genome.fa.s4693.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010533_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2620943

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701898--701954	14	3.7	14	79	20	69	40	1	3	54	1.28
701840--701966	67	1.9	66	87	7	186	38	4	7	49	1.51
701840--701966	33	3.8	33	86	5	166	38	4	7	49	1.51
704791--704835	19	2.4	19	92	0	72	35	2	15	46	1.58
707666--708817	574	2.0	574	99	0	2295	37	14	9	38	1.79
716315--716374	29	2.1	29	93	0	102	28	13	21	36	1.91
723359--723393	17	2.2	16	90	10	54	25	11	2	60	1.45
723875--723924	24	2.1	24	100	0	100	50	0	4	46	1.20
723983--724024	20	2.1	20	100	0	84	50	0	4	45	1.23
723866--724077	98	2.1	104	90	8	337	46	1	7	44	1.41
726833--726891	19	3.3	18	72	15	52	45	0	1	52	1.10
726823--726896	30	2.4	30	78	13	78	40	0	1	58	1.07
726792--726859	33	2.1	33	83	5	84	32	0	5	61	1.20
728620--728667	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
728671--728764	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
729285--729381	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
729283--729388	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
729770--730245	126	3.8	126	97	0	891	32	19	26	21	1.97
730313--730353	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
733346--733383	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
733397--733454	23	2.6	23	94	5	102	44	12	3	39	1.58
743057--743082	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747385--747640	79	3.2	79	87	6	377	43	16	16	24	1.87
760781--761365	126	4.6	126	73	11	404	33	22	14	30	1.93
765585--765638	26	2.1	26	82	0	63	31	3	5	59	1.38
766173--766221	21	2.3	21	86	6	64	28	18	18	34	1.94
769502--769589	46	1.9	46	81	4	106	32	13	27	26	1.94
769908--769967	32	1.9	31	86	3	84	40	20	8	31	1.82
775244--775462	58	3.8	58	80	4	185	30	23	18	27	1.98
775281--775462	58	3.1	58	83	2	231	29	23	19	26	1.98
779447--779499	24	2.2	24	93	0	88	13	24	41	20	1.88
780433--780496	31	2.1	31	90	0	101	35	15	15	32	1.90
780655--780698	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
781098--781139	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
782872--783037	43	3.9	43	80	3	181	31	23	15	30	1.95
785391--785483	42	2.2	42	76	3	98	44	16	6	33	1.73
787845--787873	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
788659--788721	31	2.1	31	84	3	83	31	17	6	44	1.74
788738--788816	39	2.1	39	92	2	133	53	7	11	27	1.64
798746--798776	16	1.9	16	100	0	62	25	0	25	48	1.52
800597--800665	28	2.4	28	80	4	75	36	2	4	56	1.34
801263--801317	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
801750--801858	8	13.6	8	98	0	191	26	10	23	39	1.86
801845--801896	8	6.8	8	91	8	81	36	23	13	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802529--802576	24	2.0	24	87	0	69	41	2	18	37	1.63
802519--802567	20	2.5	20	72	0	53	38	2	18	40	1.62
804685--804709	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
807523--807627	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	31	1.85
808021--808077	23	2.3	24	79	14	62	31	0	1	66	1.02
808041--808083	12	3.1	14	80	19	54	30	0	0	69	0.88
808104--808149	21	2.3	21	85	7	60	36	4	0	58	1.18
808104--808150	11	4.4	11	74	15	53	36	4	0	59	1.17
808146--808194	21	2.3	20	79	6	53	20	6	4	69	1.27
809943--810027	42	2.0	42	100	0	170	29	9	23	37	1.86
821739--822012	150	1.8	147	83	5	363	31	14	29	24	1.95
822528--822844	36	8.8	36	82	2	314	36	22	19	21	1.95
822528--822810	108	2.6	109	83	3	349	36	22	19	21	1.95
824520--824686	57	2.9	56	85	3	226	28	20	31	18	1.97
825736--825804	31	2.2	31	89	0	111	26	30	10	33	1.89
829026--829169	59	2.4	60	82	3	166	33	15	20	31	1.93
843994--844020	6	4.5	6	100	0	54	33	29	18	18	1.95
852818--852903	42	2.0	42	97	0	163	30	24	29	16	1.96
853518--853553	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
855895--855943	20	2.5	19	83	12	55	34	0	22	42	1.54
857587--857694	19	5.7	19	85	3	119	44	3	17	34	1.67
857589--857737	38	3.8	38	78	7	131	46	2	18	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857726--857783	19	3.0	20	76	16	59	55	1	22	20	1.53
857725--857782	13	4.5	13	70	12	57	55	1	20	22	1.53
857813--857849	19	2.0	19	89	5	58	29	0	16	54	1.43
858786--858829	22	2.0	23	90	4	72	22	20	31	25	1.98
864486--864520	15	2.3	15	90	0	52	5	40	11	42	1.65
866650--866724	28	2.7	28	89	0	123	9	13	25	52	1.70
869460--869514	26	2.1	27	93	3	94	36	5	0	58	1.21
871197--871290	43	2.2	43	82	3	109	50	2	1	46	1.20
871805--871852	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
874187--874255	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
874196--874255	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
874346--874394	21	2.3	21	100	0	98	18	38	30	12	1.87
874421--874461	20	2.0	20	100	0	82	14	41	29	14	1.86
874497--874539	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
874567--874606	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
877023--877091	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
877032--877091	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
877182--877260	21	4.0	21	78	18	107	20	37	27	13	1.91
877295--877333	20	2.0	20	89	0	60	20	35	30	12	1.90
877369--877410	21	2.0	21	85	0	57	26	14	26	33	1.94
877440--877479	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
877694--877763	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878746--878831	24	3.6	24	87	3	84	45	19	12	22	1.84
878763--878873	24	4.7	24	84	6	145	40	18	15	25	1.90
878763--878873	48	2.3	48	89	4	163	40	18	15	25	1.90
878763--878896	47	2.8	47	83	7	121	42	17	14	24	1.88
881337--881374	13	2.9	13	96	0	67	23	15	44	15	1.85
882744--882792	18	2.7	18	93	0	80	55	0	12	32	1.37
883939--884008	12	5.8	12	81	6	79	14	15	18	51	1.77
883902--884010	24	4.5	24	79	6	114	18	17	16	47	1.83
883902--884010	48	2.3	49	84	6	134	18	17	16	47	1.83
888090--888140	3	17.3	3	95	4	95	31	0	0	68	0.90
888353--888465	32	3.6	32	85	4	115	51	22	13	13	1.75
888378--888430	16	3.3	16	72	0	61	52	16	13	16	1.74
888394--888446	16	3.3	16	72	0	61	54	16	13	15	1.71
888696--888743	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
894101--894147	18	2.7	17	86	3	67	29	29	8	31	1.87
895490--895533	22	2.0	22	95	0	79	27	6	18	47	1.73
897249--897274	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
897321--897346	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
897242--897389	72	2.1	72	100	0	296	32	4	6	56	1.44
898953--899828	54	16.8	52	74	16	537	21	47	10	20	1.80
899001--899239	48	4.9	48	82	9	268	20	48	8	21	1.75
898953--899830	102	8.4	102	74	12	567	21	47	10	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898971--899251	48	5.6	48	70	13	192	20	49	9	19	1.76
899284--899565	45	6.0	45	84	11	304	21	46	11	20	1.82
899453--899671	117	1.9	117	94	0	384	21	48	12	17	1.80
899579--899830	51	4.8	51	80	8	283	21	46	11	20	1.82
899634--899830	105	1.9	102	86	3	277	21	46	11	20	1.81
899571--899851	156	1.8	156	87	1	420	21	48	11	19	1.79
910286--910349	31	2.0	34	87	9	98	48	9	9	32	1.67
915209--915343	71	1.9	70	90	1	216	22	11	39	27	1.88
915317--915499	53	3.5	53	86	1	260	22	8	39	28	1.83
922947--923002	22	2.5	22	100	0	112	26	16	25	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12