genome.fa.s4693.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010533_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2620943

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297703--2297750	21	2.4	19	80	13	60	18	16	12	52	1.75
2297884--2297930	20	2.4	19	79	10	58	19	14	12	53	1.73
2297670--2298142	181	2.6	181	90	2	716	27	16	14	42	1.87
2299145--2299198	28	1.9	28	85	7	74	51	0	0	48	1.00
2299179--2299249	20	3.5	20	69	17	56	53	2	0	43	1.15
2317053--2317112	29	2.1	28	82	17	70	65	8	1	25	1.30
2317768--2317820	19	3.0	16	77	20	52	41	0	3	54	1.18
2318007--2318040	16	2.1	16	88	0	50	47	2	8	41	1.50
2318011--2318062	18	2.9	18	82	0	68	40	3	13	42	1.62
2318154--2318192	19	2.1	19	85	0	51	38	7	7	46	1.61
2319593--2319621	15	2.0	15	93	6	51	58	13	13	13	1.63
2319863--2319942	22	3.6	22	94	0	133	22	23	28	25	1.99
2320868--2320901	18	1.9	17	88	5	50	32	2	23	41	1.69
2325803--2325831	15	2.0	15	93	6	51	58	13	13	13	1.63
2326108--2326211	22	4.7	22	96	0	181	22	23	28	25	1.99
2327299--2327336	13	2.7	14	88	8	51	28	5	0	65	1.14
2329788--2329813	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
2329782--2329819	13	2.6	14	84	16	51	23	26	7	42	1.81
2340968--2341018	19	2.6	19	79	14	59	74	1	1	21	1.02
2341317--2341363	21	2.2	21	100	0	94	38	23	14	23	1.92
2341587--2341634	25	2.0	24	83	4	60	62	12	2	22	1.40
2341505--2341730	76	3.1	76	82	8	245	56	11	1	30	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342343--2342398	22	2.5	22	97	0	103	55	10	17	16	1.69
2348975--2349023	19	2.6	18	81	9	62	73	4	4	18	1.15
2349488--2349679	76	2.6	71	86	7	233	57	13	0	29	1.40
2349488--2349703	76	2.9	75	79	12	221	57	11	1	29	1.42
2350772--2350864	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
2350769--2350864	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
2350772--2350864	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
2350853--2350946	20	4.7	20	78	2	80	34	23	18	24	1.96
2351500--2351544	19	2.4	19	88	0	63	48	24	15	11	1.77
2351540--2351629	19	4.7	19	93	2	153	11	20	22	46	1.81
2351540--2351629	39	2.3	38	94	1	153	11	20	22	46	1.81
2353630--2353711	42	2.0	42	92	4	139	24	32	15	26	1.95
2355088--2355123	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2355230--2355297	20	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
2355306--2355432	33	3.9	32	85	8	184	15	22	18	42	1.89
2355306--2355429	66	1.9	66	98	0	239	15	23	18	42	1.88
2357925--2357978	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
2359018--2359095	20	3.9	20	96	0	138	37	23	23	16	1.94
2359119--2359172	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
2359101--2359171	33	2.1	34	79	7	83	19	18	21	40	1.91
2359116--2359191	33	2.3	33	90	0	116	14	21	22	42	1.89
2361180--2361246	19	3.5	19	83	4	89	38	23	22	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2361161--2361277	39	3.2	37	70	14	100	42	24	18	13	1.87
2361235--2361291	14	3.8	14	78	17	69	49	26	15	8	1.74
2361219--2361297	32	2.4	33	93	2	133	46	24	17	11	1.81
2361304--2361399	19	5.6	17	71	21	69	11	18	22	46	1.81
2361326--2361383	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2361309--2361399	32	2.8	33	93	3	157	10	17	23	48	1.79
2361393--2361438	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
2361905--2361949	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2363268--2363305	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2363568--2363611	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2363799--2363892	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
2363820--2363954	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
2363881--2363973	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
2363881--2363976	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
2365425--2365519	42	2.3	43	85	7	124	26	13	5	54	1.60
2375011--2375056	23	2.0	23	86	0	65	58	2	2	36	1.22
2385411--2385435	12	2.1	12	100	0	50	24	40	8	28	1.83
2396012--2396058	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2400046--2400112	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
2402316--2402350	14	2.5	13	86	13	52	22	2	11	62	1.41
2404862--2404902	2	21.0	2	87	5	57	56	0	0	43	0.99
2404909--2404967	23	2.6	21	72	15	55	40	1	1	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411626--2411715	45	2.0	45	100	0	180	35	11	17	35	1.86
2412767--2412826	23	2.5	24	76	13	61	33	3	1	61	1.22
2413580--2413614	18	2.0	17	94	5	61	42	0	5	51	1.25
2422589--2422651	22	2.9	22	90	0	99	38	26	9	25	1.87
2424234--2424274	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2426679--2426711	4	8.0	4	93	6	57	24	0	0	75	0.80
2426670--2426730	25	2.5	25	73	19	58	24	6	0	68	1.13
2426827--2426866	14	2.8	14	88	3	53	20	2	0	77	0.88
2427630--2427662	14	2.3	15	89	5	50	81	3	15	0	0.80
2429906--2429962	20	2.8	20	81	5	60	29	7	28	35	1.83
2430006--2430096	21	4.4	20	82	8	103	26	12	29	31	1.92
2430124--2430198	20	3.7	21	80	3	73	22	16	29	32	1.95
2430124--2430174	21	2.5	20	83	3	66	23	15	29	31	1.95
2431238--2431273	19	1.9	18	88	5	54	25	8	0	66	1.19
2431414--2431451	16	2.4	16	86	4	51	50	13	0	36	1.42
2436208--2436507	149	2.0	151	96	2	552	25	15	25	33	1.95
2436358--2436666	169	1.8	169	97	1	584	24	17	25	32	1.96
2447626--2447654	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2450973--2451533	84	6.8	84	89	3	764	24	19	23	32	1.97
2450973--2451533	167	3.4	167	86	4	769	24	19	23	32	1.97
2450996--2451533	247	2.2	251	90	3	847	23	19	23	32	1.97
2451765--2451935	43	4.0	43	91	0	234	20	14	32	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453428--2453485	29	2.0	30	83	10	75	8	12	10	68	1.38
2459641--2459694	21	2.6	21	100	0	108	24	16	29	29	1.97
2459683--2459898	20	10.9	20	71	17	132	16	21	23	38	1.92
2459726--2459797	22	3.4	22	69	11	78	18	18	25	38	1.92
2459747--2459815	19	3.5	19	71	11	66	18	18	21	40	1.91
2459706--2459815	41	2.7	41	91	4	177	17	20	23	39	1.92
2459970--2460002	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
2460241--2460277	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2467828--2467881	20	2.7	20	85	2	63	20	25	24	29	1.99
2467846--2467889	21	2.1	21	83	8	54	20	27	27	25	1.99
2468238--2468297	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2468377--2468472	21	4.6	20	83	11	122	21	35	20	21	1.96
2468500--2468569	20	3.5	20	82	3	86	21	28	21	28	1.99
2468517--2468578	21	3.0	21	79	9	74	20	27	27	24	1.99
2468500--2468578	41	1.9	41	87	5	115	21	27	24	26	1.99
2469843--2469890	19	2.5	20	86	3	62	50	6	14	29	1.67
2471051--2471109	29	2.0	31	90	6	95	35	5	16	42	1.71
2471189--2471287	21	4.8	20	82	13	119	23	34	20	22	1.97
2471189--2471400	20	10.7	20	79	13	147	22	31	20	25	1.98
2486226--2486322	16	6.3	16	67	17	62	37	1	1	60	1.10
2488333--2488387	13	3.9	14	75	15	51	52	3	0	43	1.18
2488328--2488385	26	2.1	29	84	9	77	55	3	0	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2496012--2496350	2	176.0	2	65	21	138	49	3	2	44	1.33
2496012--2496116	13	7.8	13	71	19	74	53	4	1	40	1.33
2496024--2496330	44	7.0	43	72	20	208	48	3	2	44	1.33
2496671--2496731	22	2.7	23	85	5	72	31	9	19	39	1.84
2497320--2497356	19	1.9	19	94	0	65	45	2	10	40	1.53
2500580--2500623	23	1.9	23	86	9	63	27	6	13	52	1.66
2503253--2503295	19	2.3	19	100	0	86	27	23	13	34	1.93
2504944--2505018	31	2.4	31	88	0	114	18	9	17	54	1.69
2511784--2511910	43	3.0	43	100	0	254	35	8	15	40	1.78
2511817--2511885	22	3.2	22	65	19	63	34	8	17	39	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12