genome.fa.s520.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000520.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000991_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1956684

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772026--772141	30	3.9	30	87	4	155	17	14	9	58	1.62
776640--776668	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
779584--780033	131	3.4	129	83	6	528	26	30	17	25	1.97
781760--781890	30	4.4	29	82	12	151	16	13	10	59	1.61
781760--781890	59	2.2	59	86	5	176	16	13	10	59	1.61
782393--782505	20	5.5	20	72	10	84	38	20	15	25	1.92
782620--782778	57	2.8	57	91	1	248	35	18	16	29	1.93
783226--783293	23	2.9	23	76	24	63	22	4	4	69	1.25
783242--783322	25	3.3	25	78	13	87	25	2	3	67	1.19
783241--783321	26	3.2	26	78	13	89	24	2	3	69	1.17
783258--783400	24	5.8	25	68	21	70	30	2	2	65	1.15
783352--783461	4	26.5	4	71	17	64	22	2	0	73	1.01
783278--783394	38	3.4	33	80	15	130	31	1	1	64	1.13
783301--783409	38	2.9	37	84	9	143	32	1	0	65	1.10
783301--783454	38	4.0	38	80	9	120	27	3	1	67	1.14
783311--783461	43	3.6	42	74	8	112	25	3	1	69	1.11
783393--783459	27	2.5	27	83	11	84	17	4	1	76	1.04
785309--785358	25	2.0	25	84	11	66	22	20	8	50	1.74
786585--786625	19	2.2	19	86	8	57	75	2	19	2	1.03
786699--786833	69	2.0	69	92	2	227	38	20	13	28	1.90
787741--787845	32	3.3	32	73	5	97	27	11	20	40	1.87
788433--788752	106	3.0	106	85	2	392	33	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789009--789186	87	2.1	87	93	1	304	32	18	12	35	1.89
789095--789330	102	2.3	102	90	0	373	31	19	12	37	1.88
789235--789307	37	2.0	37	94	0	128	26	19	13	41	1.88
789453--789567	36	3.2	36	82	2	140	26	18	13	41	1.87
789567--789642	38	2.0	38	86	0	107	44	22	6	26	1.77
790629--790682	14	3.8	14	87	2	72	31	0	0	68	0.90
790787--790960	38	4.5	38	73	15	117	28	1	2	67	1.13
790879--790988	6	18.2	6	68	19	50	19	3	0	76	0.99
790869--790959	25	3.6	24	72	20	78	23	2	1	73	1.01
790865--790930	32	2.1	31	86	8	89	27	3	0	69	1.03
790849--790984	47	3.0	47	80	12	117	23	3	0	72	1.06
791426--791474	20	2.5	20	89	0	80	28	24	18	28	1.98
791490--791530	20	2.0	20	95	0	73	39	17	17	26	1.91
791422--791662	77	3.1	77	83	4	297	34	20	15	29	1.94
791580--791628	20	2.5	20	89	0	80	28	24	16	30	1.96
791664--791716	20	2.7	20	82	5	63	30	9	24	35	1.87
791702--791752	21	2.5	20	84	6	66	23	7	27	41	1.82
792367--792410	22	2.0	22	83	12	56	52	11	2	34	1.50
792981--793012	12	2.7	12	100	0	64	59	0	12	28	1.34
793705--793857	65	2.4	64	84	5	202	24	18	24	32	1.97
796478--796625	23	6.7	23	84	6	173	27	20	28	22	1.99
800450--800489	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800460--800502	21	2.0	21	82	8	52	39	4	4	51	1.44
802351--802506	64	2.4	65	85	6	196	23	19	25	32	1.98
808704--808748	21	2.1	22	88	8	67	40	2	6	51	1.41
809625--810460	418	2.0	418	99	0	1636	36	21	17	25	1.94
810022--811929	955	2.0	954	99	0	3744	37	19	18	24	1.94
821753--821802	21	2.4	21	96	0	91	34	4	22	40	1.72
824049--824120	37	1.9	38	94	2	128	55	16	13	13	1.69
824307--824371	14	4.6	14	84	0	76	61	18	9	10	1.54
829839--829867	15	1.9	15	100	0	58	41	6	0	51	1.28
832675--832699	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
833429--833508	23	3.2	23	64	29	56	33	17	2	46	1.62
833399--833485	29	3.2	29	63	30	73	32	18	4	44	1.70
833354--833512	53	3.0	53	98	0	302	31	19	3	45	1.68
838573--838612	11	3.5	11	83	6	53	47	5	7	40	1.54
839167--839217	13	3.9	14	73	17	56	27	9	13	49	1.74
839169--839221	25	2.1	25	96	0	97	26	11	13	49	1.75
839982--840143	2	84.0	2	72	18	121	46	3	1	48	1.30
840459--840624	2	86.0	2	73	17	129	46	2	2	48	1.28
842386--842444	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
847035--847092	28	2.0	29	96	3	109	24	13	13	48	1.79
848415--848476	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
851224--851326	48	2.1	48	92	0	170	49	18	14	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851986--852030	14	3.2	14	83	0	63	20	11	8	60	1.57
851951--852034	10	8.4	10	67	19	50	19	13	11	55	1.67
852298--852346	23	2.2	22	85	3	62	16	10	12	61	1.57
852276--852429	74	2.2	70	85	9	204	12	6	18	62	1.51
852353--852418	10	6.3	10	74	10	51	12	4	19	63	1.45
852358--852438	33	2.4	33	80	8	83	12	6	19	61	1.51
852340--852438	24	4.1	24	72	19	57	12	6	20	61	1.51
853067--853116	22	2.3	23	86	6	68	44	16	0	40	1.47
859981--860019	3	12.7	3	89	5	60	61	0	0	38	0.96
860302--860935	128	5.0	128	76	4	560	28	17	26	26	1.98
860979--861106	66	1.9	66	82	0	157	41	17	13	28	1.86
861175--861262	32	2.8	32	86	10	126	30	22	17	29	1.96
862330--862359	3	10.3	3	92	7	53	0	36	0	63	0.95
866545--866715	63	2.7	63	82	3	209	40	12	22	23	1.88
885982--886128	60	2.4	59	80	6	170	35	19	12	33	1.89
888825--888866	21	2.0	22	85	4	59	45	7	14	33	1.72
889404--889436	16	2.1	16	100	0	66	6	6	45	42	1.53
890245--890446	99	2.0	100	98	1	388	38	7	17	36	1.78
891665--891713	24	2.1	23	84	3	62	57	12	4	26	1.53
892014--892089	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
896572--896601	15	2.0	15	93	0	51	16	46	23	13	1.82
897027--897102	36	2.1	36	95	0	134	43	13	10	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897913--897980	30	2.3	30	92	0	109	11	27	25	35	1.91
905547--905599	24	2.2	24	86	0	70	5	33	20	39	1.76
913820--913859	19	2.2	17	86	8	53	42	0	0	57	0.98
913926--913982	23	2.5	23	97	0	105	43	35	0	21	1.52
915313--915383	29	2.6	26	73	8	61	25	8	5	60	1.48
927098--927200	43	2.4	43	86	3	145	28	11	26	33	1.91
927182--927303	43	2.8	41	77	13	113	26	17	22	34	1.95
927165--927287	43	2.9	44	77	10	114	26	15	22	35	1.94
928569--928612	23	2.0	22	82	8	54	54	4	15	25	1.60
929303--929528	83	2.7	83	82	4	253	32	21	14	31	1.93
929303--929563	83	3.2	83	79	5	208	31	21	15	32	1.94
931233--931305	32	2.3	31	83	6	92	23	12	26	38	1.90
942398--942438	21	2.0	21	85	0	55	41	7	12	39	1.70
942859--942921	20	2.9	21	81	9	65	15	25	34	23	1.95
946730--946769	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
950522--950720	95	2.1	95	93	0	337	34	15	18	31	1.92
952187--952600	85	4.9	84	82	1	497	35	20	18	26	1.95
954934--954970	16	2.3	16	90	9	58	32	5	5	56	1.45
955558--955595	4	9.5	4	100	0	76	47	26	0	26	1.52
956321--956355	16	2.2	16	89	0	52	2	8	34	54	1.46
957979--958236	24	10.8	24	69	7	123	6	32	19	41	1.76
958139--958234	36	2.6	37	73	4	106	4	35	20	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958231--958281	24	2.1	24	92	0	84	13	35	21	29	1.92
958292--958366	36	2.1	36	82	5	89	6	32	26	34	1.82
958325--958383	24	2.5	24	82	0	64	5	27	27	40	1.77
960879--960919	21	2.0	21	85	0	55	19	31	2	46	1.63
962646--962710	33	1.9	34	90	3	105	40	20	10	29	1.86
964481--964506	12	2.2	12	100	0	52	7	11	30	50	1.67
971188--971235	16	2.9	16	79	14	53	70	6	4	18	1.25
971340--971400	27	2.2	28	88	5	88	40	8	4	45	1.55
992132--992256	21	6.3	19	76	20	89	48	6	0	44	1.28
992130--992252	37	3.2	38	80	11	144	48	6	0	44	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11