genome.fa.s520.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000520.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000991_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1956684

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1879--1976	20	4.9	21	83	5	96	41	20	20	17	1.90
1879--1937	21	2.9	21	92	2	93	40	20	18	20	1.91
8128--8261	36	3.9	34	73	10	101	35	20	20	23	1.96
8379--8480	42	2.5	41	82	4	125	22	23	23	30	1.99
8380--8494	41	2.8	41	75	7	108	24	24	22	28	1.99
8585--8686	42	2.5	42	81	1	125	26	23	21	28	1.99
8265--9616	202	6.6	204	89	6	1853	32	16	19	31	1.94
8985--9086	42	2.5	42	81	1	125	26	23	20	29	1.99
8265--9616	403	3.3	407	89	7	1899	32	16	19	31	1.94
13717--13746	9	3.4	9	90	9	53	46	10	0	43	1.37
13977--14061	39	2.2	39	91	0	134	18	16	24	40	1.91
13995--14080	39	2.2	39	87	8	122	23	12	24	39	1.89
20298--20373	23	3.4	23	77	17	97	57	5	0	36	1.21
20309--20378	20	3.3	20	72	18	70	57	5	1	35	1.32
20288--20373	43	2.0	43	97	0	163	55	5	0	38	1.24
21892--21944	20	2.7	20	100	0	106	24	11	35	28	1.90
25540--25930	194	2.0	193	85	2	525	37	9	12	40	1.76
31569--31601	16	2.1	16	94	0	57	33	21	12	33	1.90
33770--33829	3	20.0	3	79	6	68	31	1	0	66	1.01
35160--35234	37	2.1	37	95	5	136	45	2	5	46	1.40
36987--37013	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
38314--38356	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48625--48959	113	3.0	113	88	2	487	38	15	19	27	1.91
48890--48953	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
49433--49492	3	20.0	3	83	6	77	33	1	0	65	1.03
55389--55506	44	2.7	44	77	0	110	46	20	20	12	1.83
60825--61001	64	2.8	64	82	6	207	35	19	19	25	1.95
61837--61882	21	2.2	21	100	0	92	28	10	26	34	1.90
61899--61941	22	2.0	22	85	0	59	23	25	25	25	2.00
66307--66527	64	3.5	64	80	4	241	33	19	19	28	1.96
67372--67480	21	5.2	21	95	0	200	28	9	26	35	1.87
67734--67789	21	2.7	21	81	10	62	50	1	16	32	1.55
70507--70652	60	2.4	59	80	11	156	34	21	2	41	1.67
75605--75661	23	2.5	23	88	0	78	17	24	28	29	1.97
75604--75672	23	3.0	23	80	0	57	20	23	24	31	1.98
81784--81823	19	2.0	20	85	4	55	27	22	20	30	1.98
82593--82646	23	2.3	23	83	0	81	20	27	24	27	1.99
82604--82653	23	2.2	23	85	0	64	22	26	22	30	1.99
84043--84082	3	13.0	3	89	5	62	70	0	0	30	0.88
84044--84082	16	2.5	16	95	4	71	71	0	0	28	0.86
84261--85105	39	21.5	39	81	5	711	22	23	11	42	1.87
84261--85111	78	10.8	78	82	3	934	22	23	11	42	1.87
84261--85105	117	7.2	117	81	4	903	22	23	11	42	1.87
84463--85113	39	16.7	39	91	0	870	22	23	11	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85172--85695	45	11.5	46	87	4	496	30	19	21	28	1.97
85162--85695	90	5.8	90	85	3	602	31	19	21	28	1.97
85500--85570	20	3.3	20	65	24	54	32	19	25	22	1.98
85162--85695	135	3.9	135	84	3	647	31	19	21	28	1.97
86259--86318	22	2.7	22	92	5	86	36	13	13	36	1.84
88192--88251	22	2.7	22	92	5	86	36	13	13	36	1.84
91313--91373	18	3.2	20	75	11	65	4	19	0	75	0.98
91312--91357	23	1.9	24	86	8	67	2	19	0	78	0.86
93785--93917	14	9.4	14	72	18	57	58	8	16	16	1.61
93845--93887	13	3.1	14	87	12	63	60	9	16	13	1.58
93846--93886	21	2.0	21	100	0	82	58	9	17	14	1.62
93829--93887	27	2.1	28	84	9	77	59	10	16	13	1.61
93871--93917	15	3.1	15	77	22	53	63	6	14	14	1.49
93845--93887	7	6.3	7	84	15	63	60	9	16	13	1.58
97703--97742	3	13.0	3	84	5	53	67	2	0	30	1.04
98115--98139	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
100305--100353	19	2.6	19	87	9	66	24	30	16	28	1.96
100303--100482	65	2.8	64	77	10	190	27	25	18	28	1.98
100434--100482	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
108958--109112	65	2.4	64	80	5	170	30	23	18	27	1.97
121199--121242	22	2.0	22	86	0	61	31	13	2	52	1.53
129521--129554	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130943--131010	3	22.7	3	88	5	102	33	0	1	64	1.02
131710--131738	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
132283--132316	17	1.9	18	94	5	61	20	0	5	73	1.04
132370--132402	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
139500--139528	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
140080--140115	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
140169--140201	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
151494--151570	6	12.3	6	77	20	70	81	0	18	0	0.68
151503--151570	26	2.6	26	86	4	93	80	0	19	0	0.70
151495--151573	32	2.4	33	85	8	108	81	0	18	0	0.70
152687--153081	102	3.9	102	97	1	722	24	14	23	37	1.92
152687--153081	52	7.7	51	97	0	720	24	14	23	37	1.92
153716--154842	113	10.0	113	95	0	1945	36	14	19	28	1.91
155139--155208	3	22.7	3	88	5	104	34	0	1	64	1.03
155138--155208	28	2.7	26	89	6	108	33	0	1	64	1.02
155145--155206	22	2.8	22	90	0	97	35	0	1	62	1.05
155917--155945	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
156498--156533	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
160010--160052	20	2.2	20	87	4	61	23	18	18	39	1.92
160538--160576	20	2.0	20	100	0	78	51	20	12	15	1.76
160557--160590	14	2.4	14	90	0	50	47	23	17	11	1.81
160542--160606	34	1.9	34	93	0	112	47	24	16	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160607--160656	20	2.5	20	86	0	73	12	14	18	56	1.68
161978--162074	42	2.3	42	83	0	113	29	35	15	19	1.93
162192--162232	21	2.0	21	85	0	55	21	14	29	34	1.93
162461--162498	4	9.5	4	100	0	76	23	0	0	76	0.79
162642--162738	21	4.6	21	84	5	133	22	37	17	22	1.94
162642--162759	42	2.8	42	88	1	166	22	38	16	22	1.93
162646--162759	21	5.5	21	82	2	113	22	38	17	21	1.93
164353--164408	20	2.8	20	86	5	78	19	16	23	41	1.90
165868--165912	14	3.2	14	100	0	90	22	22	13	42	1.88
167006--167083	24	3.2	24	96	0	138	38	20	20	20	1.94
167840--167870	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
168016--168064	18	2.7	18	96	0	89	46	14	20	18	1.83
168052--168137	20	4.3	20	69	18	63	37	15	22	25	1.93
168070--168159	20	4.5	20	76	8	85	33	15	24	26	1.95
170008--170047	19	2.0	20	85	4	55	55	0	2	42	1.13
172495--172578	39	2.2	39	91	0	141	42	11	21	23	1.86
173328--173371	23	1.9	23	90	0	70	34	11	31	22	1.90
175360--175396	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
176042--176111	25	2.9	23	70	17	70	38	7	1	52	1.38
184718--184773	22	2.5	22	97	0	103	37	17	12	32	1.88
185133--185783	57	11.5	57	91	2	963	36	10	19	33	1.87
186185--186314	68	1.9	68	90	0	206	31	13	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186483--186597	45	2.6	45	90	0	176	46	6	22	24	1.76
189535--189572	19	2.1	19	90	5	60	44	2	2	50	1.30
190757--190784	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
190710--190767	22	2.9	21	66	28	54	53	1	1	43	1.21
196054--196106	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
196096--196230	20	6.7	20	84	3	173	41	18	18	21	1.90
196096--196230	41	3.3	41	91	1	200	41	18	18	21	1.90
196108--196224	61	1.9	61	87	3	173	42	17	17	22	1.89
196783--196853	20	3.6	20	88	1	90	50	21	15	12	1.77
196879--196972	20	5.1	19	74	17	90	12	23	19	44	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11