genome.fa.s5606.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005606.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013040_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3509357

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27387--27422	12	3.2	12	77	22	51	50	8	0	41	1.33
27609--27656	25	1.9	25	86	0	69	41	14	14	29	1.85
27659--27705	20	2.3	20	92	0	76	34	21	17	27	1.95
29491--29536	23	2.0	24	86	4	67	50	15	2	32	1.56
30197--30235	19	2.1	19	90	0	60	43	30	0	25	1.55
43004--43064	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
43121--43419	85	3.5	84	92	1	447	32	17	20	29	1.95
48741--48910	45	3.8	45	90	0	252	26	20	6	47	1.74
48936--49509	81	7.1	81	91	0	896	32	19	11	36	1.88
49725--50084	55	6.6	55	89	2	537	36	17	11	34	1.85
50522--50572	20	2.5	20	96	0	93	25	27	11	35	1.91
50587--50636	21	2.4	21	93	0	82	32	18	12	38	1.87
55409--55570	40	4.1	40	96	0	297	25	16	24	33	1.96
55675--55780	45	2.4	45	91	0	176	39	9	22	28	1.85
61011--61043	16	2.1	16	100	0	66	30	27	6	36	1.81
63914--63985	19	3.5	20	74	9	74	33	13	22	30	1.93
64385--64656	140	1.9	141	90	2	440	45	10	22	22	1.82
64378--64671	47	6.3	46	89	3	419	45	10	21	22	1.83
64378--64671	93	3.2	93	86	3	421	45	10	21	22	1.83
67131--67187	29	1.9	30	86	10	82	43	7	15	33	1.74
76734--76779	22	2.1	22	91	0	74	50	10	2	36	1.50
79210--79276	30	2.2	30	76	5	73	32	22	5	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95514--95613	52	1.9	53	91	2	166	43	16	14	27	1.85
96467--96516	20	2.5	20	86	0	73	36	24	10	30	1.88
96693--96737	21	2.1	21	100	0	90	40	33	0	26	1.57
106430--106473	21	2.1	21	100	0	88	29	13	22	34	1.93
107838--107871	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
119890--119915	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
126953--127018	28	2.4	28	94	0	123	48	9	6	36	1.60
127571--127613	22	2.0	22	90	4	70	27	11	4	55	1.55
134938--134967	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
136468--136499	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
136507--136545	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
144300--144403	30	3.4	29	73	15	86	28	19	16	35	1.93
144282--144396	60	1.9	59	82	8	144	26	21	15	36	1.93
144407--144500	49	1.9	49	84	0	125	17	23	20	39	1.92
148266--148300	18	1.9	18	88	0	52	28	8	22	40	1.84
148624--148655	13	2.5	13	100	0	64	31	9	28	31	1.88
148624--148668	13	3.3	13	90	6	54	31	11	28	28	1.91
148960--149159	111	1.8	111	91	2	330	33	13	19	34	1.90
149819--149860	20	2.0	21	90	4	68	21	26	19	33	1.97
150487--150596	30	3.7	30	77	2	89	33	25	10	30	1.89
151188--151221	11	3.0	11	87	8	50	20	17	32	29	1.96
156565--156628	34	1.9	33	84	6	85	35	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163378--163406	6	4.8	6	100	0	58	13	17	34	34	1.89
165169--165221	17	3.1	17	77	0	61	39	7	16	35	1.78
170954--171240	85	3.4	84	82	5	317	34	20	21	23	1.97
170919--171240	43	7.5	43	78	4	278	34	20	20	23	1.96
175111--175493	42	9.2	42	84	5	458	31	17	21	28	1.96
175111--175493	83	4.6	83	81	9	424	31	17	21	28	1.96
175111--175493	125	3.1	124	88	2	547	31	17	21	28	1.96
178670--178700	16	1.9	16	93	0	53	38	9	12	38	1.77
179302--179396	23	4.1	23	87	0	145	32	24	26	16	1.96
179289--179390	46	2.2	46	87	6	145	31	26	26	15	1.96
179484--179527	15	2.9	14	78	15	52	38	20	2	38	1.65
179687--179743	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
184148--184178	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
184916--184963	22	2.1	22	84	3	60	47	6	16	29	1.71
184869--185269	81	5.0	81	87	1	588	39	11	21	27	1.87
185005--185048	22	2.0	22	95	0	79	38	9	20	31	1.84
185086--185134	22	2.3	21	83	10	64	42	8	20	28	1.80
185202--185326	59	2.1	59	96	0	232	37	13	23	25	1.91
185110--185373	140	1.9	141	86	3	381	39	11	21	27	1.87
186967--187023	29	2.0	29	92	0	96	33	15	15	35	1.90
194682--195689	335	3.0	332	88	4	1474	43	4	8	43	1.55
195777--195834	21	2.7	21	73	7	55	18	6	6	67	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196138--196281	72	2.0	72	97	0	270	35	14	23	26	1.93
205169--205199	16	1.9	16	93	0	53	58	22	9	9	1.59
205264--205322	16	3.7	16	93	0	100	59	20	11	8	1.58
206445--206495	24	2.1	24	89	7	77	54	17	11	15	1.70
211716--211774	30	2.0	30	82	0	73	11	23	6	57	1.58
212341--212582	133	1.8	134	85	0	342	23	18	35	23	1.96
212692--212752	32	1.9	32	96	0	113	34	13	19	32	1.90
212944--213011	33	2.1	33	82	0	82	32	19	16	32	1.93
214950--215084	66	2.0	66	98	0	261	45	14	11	28	1.80
219647--219703	29	1.9	29	82	10	71	14	21	5	59	1.54
220391--220421	9	3.4	9	95	0	53	67	6	0	25	1.14
221354--221419	31	2.2	30	86	2	87	30	19	6	43	1.75
231038--231066	15	1.9	15	100	0	58	31	27	0	41	1.56
232761--232830	29	2.4	30	81	11	83	42	5	14	37	1.69
232865--232898	17	1.9	18	94	5	61	41	0	20	38	1.53
236985--237120	59	2.3	60	75	5	134	30	20	18	30	1.96
250829--250855	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
254421--254532	59	1.9	59	83	0	143	30	21	19	28	1.98
263025--263085	13	4.7	13	89	0	86	31	19	16	32	1.94
263063--263221	85	1.9	85	90	0	255	31	21	16	30	1.95
288877--288935	30	1.9	31	86	13	86	44	3	22	30	1.69
294746--294905	85	1.9	85	97	0	302	46	14	18	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295419--295464	19	2.2	21	81	14	51	15	36	10	36	1.82
296046--296115	2	34.5	2	97	2	131	48	0	1	50	1.09
299465--299525	31	2.0	31	93	0	104	22	3	37	36	1.71
300657--300703	24	2.0	24	100	0	94	36	12	8	42	1.74
305484--305879	58	6.8	58	87	1	533	36	18	9	34	1.84
306308--306351	20	2.2	20	92	4	72	18	31	15	34	1.92
323262--323295	17	2.0	17	94	0	59	26	17	0	55	1.42
329586--329650	29	2.3	29	78	7	71	50	24	3	21	1.63
330752--331038	54	5.4	53	82	9	316	23	18	23	34	1.96
330782--331038	108	2.4	106	86	3	356	23	17	23	35	1.96
337534--337798	54	4.9	54	83	3	336	24	17	22	35	1.95
345228--345288	32	1.9	33	83	6	81	36	32	11	19	1.88
345402--345439	3	13.3	3	83	10	53	36	2	0	60	1.11
345402--345431	8	3.6	8	91	8	51	36	0	0	63	0.95
346017--346077	32	1.9	32	82	0	77	73	1	21	3	1.06
346031--346089	16	3.7	15	76	13	55	77	5	13	3	1.05
346780--346934	30	5.2	30	92	0	247	23	13	4	58	1.53
346780--346973	60	3.2	59	85	5	194	22	14	6	56	1.61
346780--346973	90	2.2	88	83	9	232	22	14	6	56	1.61
351925--352112	64	2.9	65	84	5	197	30	21	18	30	1.97
357780--357885	21	5.3	21	78	17	127	28	26	21	23	1.99
357875--357947	20	3.6	20	72	17	78	24	20	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357868--357968	41	2.5	41	88	3	150	24	22	17	34	1.96
357934--358083	21	7.3	20	73	16	121	25	22	20	31	1.98
357941--358083	60	2.3	61	91	3	225	25	22	20	31	1.98
358167--358200	12	3.1	11	91	8	52	29	52	17	0	1.45
358706--358737	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
358827--358928	21	4.9	21	73	13	86	32	21	21	24	1.98
358827--358928	41	2.4	43	85	7	131	32	21	21	24	1.98
358937--358990	21	2.6	21	87	0	81	22	20	27	29	1.98
359379--359442	21	2.9	21	81	6	65	26	25	20	28	1.99
363380--363449	21	3.2	21	64	28	56	42	10	20	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11