genome.fa.s5606.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005606.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013040_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3509357

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1295 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217116--2217166	22	2.3	22	76	23	54	58	7	1	31	1.37
2218742--2218803	3	20.3	3	75	15	56	59	0	0	40	0.97
2218742--2218803	28	2.2	28	88	2	90	59	0	0	40	0.97
2218743--2218799	22	2.6	22	86	8	73	57	0	0	42	0.98
2219277--2219485	112	1.9	112	85	3	294	27	18	14	39	1.90
2220299--2220620	22	14.6	22	90	0	473	36	13	16	34	1.87
2221961--2222128	74	2.3	75	86	1	230	32	23	13	30	1.93
2225332--2225466	72	1.9	72	89	3	209	35	18	20	25	1.95
2226340--2226369	15	2.0	15	93	0	51	23	20	13	43	1.86
2227851--2227921	35	2.1	35	86	2	99	61	8	11	18	1.53
2227981--2228023	8	5.9	8	86	13	58	62	9	13	13	1.53
2227981--2228023	14	3.0	15	84	15	56	62	9	13	13	1.53
2229269--2229310	17	2.5	17	96	0	75	45	19	16	19	1.86
2229420--2229455	18	2.0	18	94	0	63	69	0	11	19	1.18
2230355--2230396	2	21.5	2	82	4	50	50	2	0	47	1.14
2230366--2230409	23	1.9	23	90	0	70	52	2	0	45	1.13
2230469--2230507	20	2.0	20	84	0	51	46	2	0	51	1.14
2232171--2232220	3	16.3	3	80	12	57	64	0	0	36	0.94
2232159--2232220	25	2.7	22	75	15	63	62	0	1	35	1.05
2232155--2232212	25	2.4	25	85	2	73	60	0	1	37	1.07
2235448--2235520	36	2.0	36	91	0	119	31	27	5	35	1.80
2236760--2236800	17	2.4	17	95	0	73	26	9	21	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239775--2239836	26	2.4	26	88	0	97	32	4	32	30	1.79
2243338--2243512	45	3.9	45	91	1	280	41	6	20	31	1.78
2243496--2243538	20	2.2	20	87	8	61	46	2	23	27	1.64
2250414--2250588	45	3.9	45	90	1	271	40	6	20	33	1.77
2250572--2250615	20	2.2	20	88	8	63	47	2	22	27	1.63
2251956--2252007	19	2.7	19	84	3	68	48	9	13	28	1.74
2257567--2257600	15	2.3	15	100	0	68	26	26	20	26	1.99
2263418--2263456	5	7.4	5	83	11	51	0	17	0	82	0.68
2266586--2266678	45	2.1	45	91	0	150	29	23	11	35	1.90
2273958--2273982	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
2274946--2274978	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
2279498--2279840	54	6.4	54	85	2	433	33	13	16	36	1.88
2279493--2279878	108	3.6	106	85	5	462	33	13	16	36	1.88
2279498--2279840	162	2.1	160	87	3	499	33	13	16	36	1.88
2286389--2286703	54	5.8	54	91	1	497	33	13	17	36	1.88
2291000--2291025	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
2294823--2294868	20	2.3	20	88	0	65	23	28	19	28	1.98
2297429--2297890	229	2.0	228	88	2	694	35	7	20	36	1.81
2297744--2297780	17	2.1	19	85	10	51	40	10	13	35	1.80
2301167--2301214	18	2.7	18	80	0	60	37	4	18	39	1.70
2304239--2304518	140	2.0	140	83	4	350	37	16	13	32	1.88
2305038--2305080	18	2.4	18	84	7	52	34	34	6	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305049--2305090	18	2.3	18	95	0	75	21	33	9	35	1.86
2311928--2312137	116	1.8	116	82	2	269	34	17	13	34	1.89
2320918--2320958	20	2.1	20	86	4	57	39	0	19	41	1.52
2322640--2322678	19	2.1	18	85	4	51	48	7	10	33	1.66
2322713--2322752	20	2.0	20	90	4	64	45	5	15	35	1.68
2322718--2322758	19	2.2	20	86	8	59	53	2	17	26	1.56
2322735--2322769	12	2.8	13	86	8	54	54	0	20	25	1.45
2324958--2325028	24	3.0	24	74	0	79	54	18	5	21	1.63
2334665--2335084	54	7.8	54	87	3	555	33	17	15	32	1.92
2335505--2335554	20	2.5	19	84	15	66	24	30	12	34	1.91
2341627--2342045	54	7.8	54	81	2	207	34	16	15	33	1.90
2355702--2356043	188	1.8	188	89	1	533	30	11	17	40	1.85
2361173--2361214	20	2.1	20	95	0	75	40	30	7	21	1.80
2364325--2364364	19	2.1	19	86	9	55	17	22	0	60	1.37
2379540--2379722	92	2.0	92	100	0	366	27	3	26	42	1.71
2382008--2382554	187	2.9	186	84	2	664	30	11	18	39	1.87
2382527--2382660	68	2.0	68	100	0	268	22	8	17	51	1.72
2390740--2390785	23	2.0	24	91	4	76	34	28	17	19	1.94
2390763--2390841	33	2.5	31	83	6	97	27	29	27	15	1.96
2393018--2393057	20	2.0	20	90	0	62	47	10	10	32	1.70
2400841--2401581	106	7.0	106	87	0	1007	22	17	24	35	1.95
2402134--2402200	34	2.0	34	93	0	116	28	8	17	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402928--2402962	18	1.9	18	94	0	61	51	0	11	37	1.38
2403151--2403205	22	2.5	22	93	0	92	23	9	27	40	1.85
2407237--2407645	204	2.0	204	95	4	738	54	5	10	29	1.56
2412688--2412766	20	3.6	20	75	21	86	43	8	26	21	1.82
2412662--2412993	46	7.2	46	84	1	439	44	10	21	23	1.83
2412662--2412993	93	3.6	92	86	0	466	44	10	21	23	1.83
2412667--2412994	139	2.4	139	87	3	464	45	10	21	23	1.82
2416253--2416277	12	2.1	12	100	0	50	16	16	36	32	1.90
2417270--2417307	20	1.9	20	100	0	76	44	15	7	31	1.75
2418642--2418675	14	2.4	14	90	0	59	55	0	5	38	1.24
2422956--2423073	47	2.6	44	83	7	146	39	8	21	30	1.83
2424119--2424168	14	3.5	14	77	20	50	40	0	2	58	1.10
2424214--2424283	27	2.7	26	73	6	79	22	15	24	37	1.93
2428498--2428615	51	2.3	53	80	5	134	38	18	15	27	1.91
2432573--2432634	31	2.0	32	87	3	90	32	9	8	50	1.65
2435331--2435374	19	2.1	21	88	12	65	47	9	11	31	1.71
2435459--2435555	50	1.9	50	80	0	113	19	20	22	37	1.95
2436248--2436303	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2441071--2441117	21	2.2	22	81	11	53	61	2	2	34	1.20
2441289--2441343	20	2.7	20	94	2	92	5	16	54	23	1.63
2442721--2443192	106	4.5	106	88	1	626	22	16	25	34	1.95
2442721--2443193	210	2.2	210	84	2	606	22	16	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444393--2444438	22	2.1	21	92	4	74	2	13	4	80	0.95
2455252--2455287	18	1.9	19	88	5	56	77	0	0	22	0.76
2455280--2455333	22	2.5	22	82	8	65	62	1	1	33	1.16
2455268--2455343	27	2.8	28	76	7	68	64	1	2	31	1.15
2456354--2456398	12	3.8	12	82	14	58	57	0	0	42	0.98
2456351--2456406	29	1.9	29	85	7	78	58	0	0	41	0.98
2456360--2456406	12	4.0	11	79	15	58	57	0	0	42	0.98
2457823--2457866	9	4.7	9	79	20	54	86	9	4	0	0.70
2457820--2457866	20	2.3	20	92	0	76	85	10	4	0	0.74
2470114--2470182	30	2.3	30	89	0	102	18	17	33	30	1.94
2478355--2478483	52	2.5	52	91	2	215	28	25	13	32	1.93
2482447--2482608	41	3.9	41	75	10	139	29	15	13	41	1.85
2484766--2484808	16	3.0	15	80	19	56	41	18	4	34	1.71
2484756--2484808	28	1.9	27	92	3	88	41	16	3	37	1.67
2484778--2484953	35	5.1	35	76	7	164	43	11	5	39	1.63
2490873--2490898	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
2491845--2491881	5	7.8	5	88	11	60	81	0	0	18	0.70
2491845--2491885	9	4.6	9	93	6	66	80	0	0	19	0.71
2491845--2491885	14	3.0	14	86	13	59	80	0	0	19	0.71
2491746--2492048	134	2.3	130	87	6	418	47	10	16	25	1.78
2491966--2492013	19	2.5	20	77	12	57	72	0	0	27	0.84
2491978--2492010	14	2.5	13	90	9	57	81	0	0	18	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493189--2493449	121	2.2	121	85	5	341	30	14	20	35	1.92
2493308--2493890	219	2.7	218	78	3	632	28	14	22	34	1.94
2493813--2493982	61	2.8	58	73	10	135	27	11	21	39	1.87
2493188--2494441	551	2.3	556	81	3	1429	27	14	23	34	1.93
2494050--2494978	220	4.2	220	87	0	1169	26	14	24	34	1.94
2493870--2494978	440	2.5	438	83	4	1343	27	13	24	34	1.93
2494839--2495053	98	2.2	98	82	3	254	24	18	26	31	1.97
2495358--2495547	102	1.9	103	88	1	292	37	11	16	34	1.85
2495317--2495554	103	2.3	104	83	2	293	37	10	15	36	1.82
2498304--2498615	103	3.0	103	98	0	606	34	19	17	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11