genome.fa.s5606.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005606.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013040_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3509357

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632989--633176	34	5.4	34	71	18	145	28	15	10	45	1.79
632990--633170	70	2.5	71	83	7	233	28	15	11	44	1.80
636358--636468	34	3.2	34	88	1	150	19	21	18	40	1.91
636373--636470	34	2.9	34	90	0	151	21	22	16	39	1.92
646085--646146	28	2.2	28	97	0	115	48	6	14	30	1.69
646138--646210	35	2.1	35	92	0	119	36	8	12	42	1.72
647989--648044	28	2.0	28	82	3	69	17	12	3	66	1.39
649533--649600	17	3.9	17	82	1	73	41	5	11	41	1.66
649592--649651	16	3.5	17	84	8	70	41	11	15	31	1.82
654120--654166	22	2.1	22	84	7	60	46	8	6	38	1.60
656670--656737	30	2.3	30	86	0	91	32	16	7	44	1.75
664019--664185	59	2.8	58	88	3	235	31	23	17	27	1.97
670947--670997	4	12.8	4	78	0	57	47	21	3	27	1.68
670947--670997	20	2.5	20	96	0	93	47	21	3	27	1.68
672776--672801	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
673362--673386	13	1.9	13	100	0	50	36	16	24	24	1.94
681177--681218	15	2.8	15	92	7	68	50	2	4	42	1.36
695739--695788	20	2.4	21	87	9	68	26	20	26	28	1.99
695740--695788	21	2.4	20	86	10	64	26	20	24	28	1.99
696145--696281	65	2.1	65	83	2	168	25	18	23	32	1.97
696750--696777	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
702485--702524	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704468--704627	65	2.5	65	86	5	209	26	18	23	31	1.98
711587--711643	18	3.0	18	78	14	69	28	14	10	47	1.76
712632--713153	59	8.9	60	84	5	622	28	21	12	37	1.90
712621--713150	177	3.0	177	84	6	691	29	21	12	37	1.89
713674--713728	20	2.7	20	81	13	67	23	23	16	36	1.94
721881--722229	41	8.5	40	72	6	252	32	12	19	35	1.90
721881--722229	82	4.3	82	87	1	502	32	12	19	35	1.90
727284--727504	44	5.0	44	87	0	289	25	21	11	41	1.87
737067--737115	24	2.0	24	100	0	98	46	8	12	32	1.71
737883--738422	81	6.7	81	88	0	765	35	12	23	28	1.91
740363--740928	81	7.0	81	87	0	792	32	21	11	35	1.89
740363--740924	242	2.3	243	89	1	840	32	21	11	35	1.89
744146--744200	21	2.6	21	82	0	83	50	14	7	27	1.69
748040--748070	16	1.9	16	93	0	53	35	32	6	25	1.82
751593--751650	21	2.7	22	70	17	59	8	8	18	63	1.48
754908--754954	11	4.1	11	84	10	58	44	19	8	27	1.79
754907--754944	11	3.2	12	88	11	60	50	15	7	26	1.72
754905--754954	24	2.1	24	88	0	73	46	18	8	28	1.77
760339--760376	19	2.0	20	89	5	60	36	15	26	21	1.93
772962--773044	26	3.2	26	92	0	148	19	14	31	34	1.92
775193--775258	28	2.4	28	100	0	132	31	19	22	25	1.98
775248--775299	13	4.0	13	87	0	77	26	23	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775373--775427	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
785673--785752	26	3.1	25	84	8	99	20	15	30	35	1.93
786237--786280	23	2.0	22	86	13	63	40	4	4	50	1.43
795794--795840	17	2.8	17	77	6	51	70	0	2	27	0.99
795999--796037	18	2.2	18	86	9	53	61	2	2	33	1.23
797161--797215	3	17.7	3	78	14	58	61	1	0	36	1.06
797149--797193	19	2.4	19	85	11	65	55	0	0	44	0.99
797152--797215	28	2.2	29	83	8	78	59	1	0	39	1.07
797445--797830	204	1.9	203	88	1	576	36	17	16	28	1.92
800579--800603	12	2.1	12	100	0	50	8	0	52	40	1.31
801304--801355	14	3.7	14	71	19	54	30	19	25	25	1.98
803203--803304	47	2.2	48	96	3	190	20	24	17	37	1.94
807532--808017	263	1.9	261	89	1	758	35	15	15	32	1.90
809282--809353	37	1.9	37	88	0	108	29	22	18	30	1.97
817061--817105	9	5.0	9	80	0	54	8	31	24	35	1.86
817445--817484	18	2.2	18	100	0	80	20	17	32	30	1.95
818412--818739	111	3.0	111	95	2	576	43	11	8	35	1.71
818864--818902	10	3.9	10	83	12	53	38	0	28	33	1.57
819026--819134	50	2.2	50	84	0	146	20	27	34	17	1.95
819162--819224	29	2.1	29	82	8	74	30	17	25	26	1.97
822455--822499	18	2.5	18	88	0	72	28	6	0	64	1.19
826856--827558	123	5.7	123	87	1	971	39	15	17	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826856--827558	369	1.9	369	88	1	1077	39	15	17	27	1.90
827729--827785	6	9.2	6	75	7	51	19	3	1	75	1.04
829035--829060	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
837498--838121	123	5.1	123	90	0	912	39	16	16	27	1.90
843301--843396	28	3.5	28	71	13	99	39	3	9	47	1.51
843294--843414	55	2.2	55	98	0	233	39	4	11	44	1.60
847046--847091	20	2.3	20	85	7	58	36	8	15	39	1.78
848030--848237	103	2.0	103	93	0	353	32	10	31	25	1.89
851638--851679	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
854358--855034	348	1.9	349	88	1	1009	33	18	15	31	1.93
862967--863119	61	2.5	60	81	3	189	37	16	20	24	1.93
863439--863642	46	4.4	46	91	0	318	21	21	15	42	1.89
870781--870826	14	3.1	15	76	20	51	43	4	17	34	1.69
871909--871948	21	1.9	21	84	0	53	15	15	7	62	1.53
872201--872243	22	2.0	22	85	0	59	23	6	23	46	1.76
872960--873173	108	2.0	108	91	0	347	25	10	20	43	1.83
874910--874949	21	1.9	21	94	0	71	35	15	12	37	1.85
877107--877143	19	1.9	19	88	0	56	29	29	16	24	1.96
887857--887896	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
887877--887928	23	2.3	23	80	6	72	17	21	40	21	1.91
895957--896669	356	2.0	356	98	0	1372	42	15	11	30	1.82
899339--899373	5	6.8	5	90	6	52	77	0	2	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899339--899373	16	2.3	15	90	5	52	77	0	2	20	0.90
902003--902038	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
907413--907444	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
914754--914844	20	4.6	20	80	13	82	81	0	17	1	0.76
914749--914844	7	14.1	7	75	18	96	81	0	17	1	0.75
916104--916822	92	7.8	92	96	0	1294	27	14	22	35	1.93
917663--917707	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
917497--917873	113	3.3	113	90	2	558	36	15	16	31	1.90
917536--918061	113	4.6	113	85	6	516	38	14	16	29	1.89
917860--918151	118	2.5	118	80	9	287	41	15	17	24	1.89
918287--918348	3	21.0	3	93	3	108	33	0	0	66	0.92
919838--919880	21	2.0	21	81	4	50	46	2	0	51	1.13
926849--926883	5	6.8	5	90	6	52	77	0	2	20	0.90
926849--926883	16	2.2	16	90	5	54	77	0	2	20	0.90
933586--933645	32	1.9	32	86	3	86	46	3	0	50	1.18
935369--935428	31	1.9	32	86	3	86	48	1	3	46	1.28
935800--935946	60	2.5	59	82	3	179	29	23	6	40	1.79
936435--936478	21	2.1	21	91	0	70	52	6	2	38	1.41
936487--936525	20	2.0	20	89	0	60	51	7	0	41	1.31
936468--936502	10	3.5	10	88	0	52	60	8	0	31	1.27
939223--939252	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
947597--947732	67	2.0	67	97	0	254	30	10	15	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951113--951518	131	3.1	134	80	7	429	27	18	28	25	1.98
951636--951827	65	3.0	63	75	17	178	42	11	16	29	1.83
951658--951827	67	2.7	63	80	9	191	42	12	14	30	1.83
951807--951853	21	2.2	21	88	0	67	44	6	21	27	1.76
951935--952004	32	2.2	32	89	0	104	30	20	17	32	1.95
953064--953100	15	2.6	14	87	8	56	8	10	0	81	0.89
957690--957775	3	28.7	3	86	13	124	66	0	0	33	0.92
967912--968021	47	2.4	45	85	7	150	38	5	22	33	1.77
974570--974695	59	2.1	59	86	0	171	28	18	23	29	1.98
976418--976494	34	2.3	34	84	4	102	44	10	19	25	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11