genome.fa.s5606.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005606.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013040_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3509357

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501967--2502008	17	2.5	17	96	0	75	61	4	4	28	1.36
2503494--2503568	16	4.9	15	71	11	53	65	8	12	14	1.47
2503756--2503850	34	2.8	33	80	9	111	49	2	20	28	1.60
2503888--2504165	126	2.2	123	87	6	400	47	14	13	25	1.80
2525803--2525833	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
2528089--2528366	91	3.1	90	64	15	212	34	9	15	41	1.79
2522170--2528662	181	36.2	181	87	6	9152	34	10	14	41	1.80
2528735--2530835	366	5.9	361	87	6	2904	34	10	13	41	1.79
2529638--2530835	183	6.9	163	75	14	738	34	10	14	41	1.79
2528755--2529815	181	5.9	182	88	4	1531	34	9	13	42	1.78
2529801--2530833	183	5.8	182	87	5	1497	34	10	14	41	1.79
2530690--2530984	147	2.0	146	90	6	463	33	11	14	40	1.82
2530834--2532019	183	6.6	181	89	3	1825	33	10	14	41	1.80
2530834--2532019	365	3.3	363	91	2	1870	33	10	14	41	1.80
2531869--2532148	131	2.1	131	94	1	483	34	10	16	39	1.81
2532001--2533595	183	8.8	182	91	2	2472	34	9	13	41	1.78
2531173--2532893	856	2.0	841	89	4	2330	34	10	14	41	1.79
2533640--2533883	42	6.0	41	77	8	237	28	19	17	34	1.94
2533659--2533883	79	2.8	82	85	5	296	28	19	17	34	1.95
2533659--2533857	39	4.9	39	77	9	168	27	19	17	35	1.94
2536668--2536735	16	4.4	16	68	26	56	29	0	32	38	1.58
2538074--2538132	21	2.8	21	84	0	64	20	3	20	55	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538301--2538553	43	5.9	42	85	5	242	29	22	21	26	1.99
2538328--2538553	86	2.6	85	88	4	303	28	22	23	26	1.99
2538694--2538732	19	2.1	19	85	4	53	48	20	17	12	1.80
2538756--2546194	182	40.9	181	90	2	11559	34	10	14	41	1.79
2538742--2546194	547	13.7	544	91	2	11526	34	10	14	41	1.79
2539930--2539967	19	2.1	18	90	5	58	44	15	7	31	1.75
2540101--2540148	19	2.5	18	83	12	60	45	14	8	31	1.74
2544462--2544510	19	2.6	18	81	12	53	46	14	8	30	1.73
2546724--2546782	24	2.4	24	78	16	59	50	27	3	18	1.62
2560218--2560265	24	2.0	24	95	0	87	35	12	10	41	1.77
2561424--2561466	21	2.0	21	100	0	86	34	13	23	27	1.93
2567615--2567710	24	4.0	24	95	0	174	33	13	11	41	1.80
2575076--2575123	24	2.0	24	95	0	87	33	8	10	47	1.68
2583255--2583429	90	2.0	89	90	1	278	45	6	12	36	1.66
2589326--2589356	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2589700--2589729	13	2.3	13	100	0	60	20	13	23	43	1.86
2592889--2592918	13	2.3	13	94	0	51	20	16	20	43	1.88
2596779--2596850	23	3.2	23	88	7	96	29	25	20	25	1.99
2596794--2596859	21	3.0	21	84	8	71	28	27	19	24	1.99
2596815--2596872	21	2.8	21	81	5	64	32	29	17	20	1.95
2608066--2608144	24	3.2	24	76	1	77	32	22	20	24	1.97
2608931--2608971	16	2.5	16	84	4	55	53	7	7	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626380--2626882	251	2.0	251	95	0	898	38	17	11	32	1.85
2632480--2632592	47	2.4	46	80	2	127	40	11	24	23	1.87
2632559--2632658	20	4.7	20	75	17	94	39	14	27	20	1.90
2632588--2632983	92	4.3	91	87	2	578	43	12	22	21	1.86
2632581--2632983	46	8.8	46	86	1	522	43	12	22	21	1.86
2632579--2632992	138	3.0	136	86	2	576	43	12	22	21	1.86
2632947--2632986	20	2.0	21	85	14	57	40	15	25	20	1.90
2635908--2636003	39	2.5	39	80	0	111	32	26	23	17	1.97
2638327--2638358	16	2.0	16	93	0	55	53	6	12	28	1.62
2646654--2646734	30	2.7	30	96	0	144	55	13	7	23	1.63
2647525--2647557	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2650790--2650855	17	3.8	17	82	6	71	37	9	7	45	1.64
2654741--2654783	17	2.5	17	88	0	59	32	18	6	41	1.77
2656816--2656893	37	2.1	37	100	0	156	39	10	11	38	1.76
2658596--2658772	67	2.6	67	93	0	291	32	22	24	21	1.98
2658755--2658938	69	2.7	66	77	5	181	28	17	23	29	1.97
2665854--2665879	11	2.4	11	100	0	52	19	7	7	65	1.43
2673076--2673235	65	2.5	64	82	7	182	31	15	20	32	1.94
2675448--2675499	20	2.6	20	100	0	104	17	25	28	28	1.97
2675491--2675588	21	4.4	22	73	19	71	28	21	20	29	1.98
2675530--2675575	24	1.9	24	90	0	74	28	21	19	30	1.98
2675491--2675588	45	2.2	44	83	8	119	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686579--2686760	90	2.0	90	100	0	364	25	17	30	26	1.97
2696104--2696131	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2696119--2696173	23	2.2	25	78	12	60	49	7	5	38	1.54
2697941--2698234	54	5.4	53	81	7	333	27	13	21	37	1.92
2697928--2698234	162	1.9	162	86	2	438	27	13	20	37	1.91
2702228--2702559	54	6.3	53	77	9	290	28	15	20	35	1.93
2705073--2705125	22	2.4	22	87	9	72	50	0	3	45	1.19
2705113--2705153	17	2.5	17	80	15	50	56	2	0	41	1.13
2709935--2709977	20	2.2	20	86	0	59	27	13	20	37	1.91
2711052--2711080	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2711361--2711390	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2719729--2719770	13	3.3	13	83	6	59	19	42	23	14	1.87
2719766--2719890	29	4.3	29	76	9	119	37	8	21	32	1.83
2727128--2727204	10	8.0	10	68	18	56	19	27	31	22	1.98
2727138--2727204	19	3.5	19	87	0	98	19	25	31	23	1.98
2727203--2727236	17	2.0	17	88	0	50	20	44	20	14	1.87
2727244--2727377	29	4.6	29	80	6	146	38	5	20	35	1.78
2727243--2727375	58	2.3	59	84	3	180	38	6	21	33	1.78
2729512--2729588	15	5.5	13	75	17	73	55	1	0	42	1.07
2729517--2729588	14	4.9	15	71	19	71	58	1	0	40	1.07
2729512--2729588	29	2.7	29	95	2	138	55	1	0	42	1.07
2729955--2729989	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733026--2733356	165	2.0	166	99	0	655	34	21	24	18	1.96
2735768--2735809	22	2.0	21	90	4	66	38	35	2	23	1.68
2736570--2736626	24	2.4	24	96	0	105	14	40	17	28	1.88
2748415--2748479	13	5.0	13	90	0	85	33	15	23	27	1.95
2748283--2748443	85	1.9	85	86	0	232	31	18	19	31	1.96
2748415--2748479	26	2.5	26	84	0	94	33	15	23	27	1.95
2748283--2748462	85	2.1	84	80	7	204	30	17	20	31	1.95
2749790--2749831	22	1.9	22	85	0	57	23	14	21	40	1.90
2752383--2752435	14	3.8	14	79	0	61	24	0	24	50	1.49
2752363--2752410	21	2.4	19	80	13	60	31	0	20	47	1.50
2752405--2752472	21	3.2	21	69	22	54	25	0	23	51	1.48
2752410--2752442	14	2.4	14	94	0	57	15	0	30	54	1.41
2752377--2752471	42	2.3	42	78	14	106	25	0	23	51	1.48
2753936--2754009	2	37.0	2	89	5	114	50	1	1	47	1.18
2755672--2755768	37	2.6	38	88	3	133	40	2	36	21	1.65
2755672--2755782	39	2.9	38	77	15	111	39	2	36	21	1.68
2756521--2756568	21	2.3	21	100	0	96	41	20	14	22	1.89
2760721--2760819	39	2.5	39	90	0	144	39	1	37	22	1.61
2766611--2766642	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2766927--2767153	44	5.2	45	82	6	250	21	22	22	34	1.97
2766933--2767153	88	2.5	88	87	1	300	21	21	21	35	1.96
2766906--2767151	132	1.9	131	86	2	350	20	22	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772909--2772938	14	2.1	14	93	0	51	36	0	40	23	1.55
2773262--2773312	19	2.6	20	90	3	77	43	5	13	37	1.69
2775660--2775693	16	2.1	17	94	5	61	35	11	11	41	1.78
2777454--2777482	14	2.0	15	93	6	51	44	13	6	34	1.71
2778897--2778966	22	3.2	22	85	4	70	27	17	21	34	1.95
2778916--2778972	22	2.6	22	86	10	89	28	17	22	31	1.97
2784994--2785034	20	2.0	20	90	9	66	21	14	0	63	1.30
2792358--2792382	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
2804728--2805410	360	1.9	360	95	1	1228	41	15	21	20	1.89
2818192--2818232	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11