genome.fa.s5606.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005606.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013040_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3509357

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1991702--1991737	18	2.0	18	94	0	63	19	0	25	55	1.43
1992697--1992733	18	2.1	18	89	0	56	54	8	5	32	1.53
1993119--1993168	25	2.0	25	92	0	82	46	22	6	26	1.74
1993272--1993321	20	2.5	20	86	0	82	12	16	26	46	1.81
1996007--1996044	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
1996181--1996227	18	2.6	18	82	3	58	31	14	23	29	1.95
1996221--1996314	20	4.6	21	85	2	102	23	14	22	39	1.91
1996263--1996328	20	3.3	20	84	0	96	18	13	25	42	1.87
1996242--1996335	40	2.4	40	84	8	122	22	14	22	40	1.90
1996326--1996363	20	1.9	20	88	0	58	26	18	18	36	1.94
1996843--1996870	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2000700--2000750	20	2.5	21	84	12	63	41	27	0	31	1.56
2011214--2011303	29	3.0	30	77	17	98	24	15	7	52	1.69
2014117--2014451	162	2.0	156	90	8	422	26	10	4	57	1.51
2014877--2014953	4	17.8	4	73	15	55	19	6	3	70	1.26
2014853--2014953	45	2.4	45	80	11	106	18	6	3	70	1.26
2015862--2015905	6	7.2	6	85	10	54	20	0	0	79	0.73
2015861--2015905	15	2.9	16	86	6	74	22	0	0	77	0.76
2019215--2019287	38	2.0	35	92	7	119	43	24	26	5	1.75
2019343--2019414	34	2.1	35	97	2	137	29	34	15	20	1.93
2026069--2026743	105	6.4	105	91	2	1066	32	25	18	23	1.97
2028905--2028944	17	2.4	17	91	8	64	12	5	7	75	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028916--2028966	22	2.3	23	80	10	61	15	9	5	68	1.36
2028896--2028990	4	23.0	4	70	12	50	17	6	5	70	1.27
2030081--2030168	30	2.9	29	75	15	90	27	15	7	48	1.73
2037060--2037184	59	2.1	59	87	0	178	28	18	24	29	1.98
2037250--2037288	20	2.0	20	84	0	51	20	5	20	53	1.64
2037305--2037400	47	2.0	47	89	0	147	37	4	20	37	1.72
2044427--2044563	59	2.3	59	81	2	177	29	18	22	29	1.97
2044617--2044655	20	2.0	20	84	0	51	20	5	20	53	1.64
2044656--2044765	47	2.4	45	84	10	143	36	4	23	35	1.76
2047073--2047379	137	2.3	135	81	5	334	35	15	18	30	1.92
2050953--2050997	16	2.8	17	86	6	58	28	28	15	26	1.96
2051411--2051476	19	3.5	19	82	0	69	43	7	16	31	1.76
2051413--2051495	19	4.4	19	81	0	58	42	6	16	34	1.73
2051530--2051585	12	4.5	13	79	4	62	55	0	23	21	1.44
2051784--2051829	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2057956--2058013	19	3.1	18	80	9	62	44	1	15	37	1.57
2061474--2061731	130	2.0	130	100	0	516	32	21	15	30	1.94
2063126--2063396	49	5.6	49	83	3	307	27	21	15	35	1.93
2071699--2071729	15	2.1	15	93	0	53	19	35	12	32	1.90
2074499--2074532	16	2.1	16	94	0	59	2	44	5	47	1.42
2074499--2074531	15	2.1	16	88	5	50	3	45	6	45	1.43
2075875--2076157	140	2.0	142	98	1	552	34	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077288--2077357	22	3.5	20	83	9	88	31	15	24	28	1.96
2077697--2077849	55	2.8	55	80	2	164	33	11	22	32	1.89
2078057--2078443	68	5.7	68	89	2	582	31	15	23	29	1.95
2078057--2078443	135	2.9	135	88	3	573	31	15	23	29	1.95
2078393--2078836	81	5.6	80	84	4	495	35	11	25	27	1.90
2078395--2078807	159	2.6	159	84	4	503	35	11	25	28	1.90
2080896--2080934	21	1.9	21	94	5	71	28	20	28	23	1.99
2080897--2080949	21	2.5	21	84	6	63	33	18	24	22	1.97
2081289--2081353	22	3.0	22	93	0	103	29	15	20	35	1.93
2082109--2082151	19	2.4	17	82	14	59	53	0	6	39	1.28
2082115--2082151	19	1.9	19	100	0	74	54	0	5	40	1.24
2082148--2082193	18	2.5	19	75	13	51	47	2	4	45	1.34
2082171--2082231	23	2.7	22	76	16	61	52	0	4	42	1.23
2082115--2082231	46	2.6	44	75	15	107	52	0	5	41	1.29
2082124--2082293	63	2.6	67	77	16	176	48	1	7	43	1.38
2082306--2082351	13	3.1	16	73	20	55	19	10	0	69	1.17
2086446--2086487	21	1.9	22	90	9	68	30	0	38	30	1.58
2088304--2088595	59	4.9	58	85	4	370	27	15	25	31	1.96
2088306--2088597	119	2.5	118	84	3	374	27	15	25	32	1.96
2095358--2095753	54	7.3	54	82	3	431	28	19	18	33	1.95
2095358--2095749	162	2.4	162	85	3	504	28	19	18	33	1.96
2096266--2096319	21	2.6	21	87	0	81	37	18	11	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101228--2101465	54	4.4	54	84	3	282	28	16	18	36	1.93
2101228--2101465	108	2.2	109	84	3	311	28	16	18	36	1.93
2101891--2101922	17	1.9	16	93	6	55	31	31	12	25	1.92
2105764--2105992	112	2.0	112	85	1	307	30	16	16	36	1.91
2112761--2112990	111	2.1	112	91	0	372	30	16	18	34	1.93
2113717--2113962	123	2.0	123	100	0	492	27	21	13	36	1.92
2120710--2120744	18	1.9	18	100	0	70	17	5	28	48	1.69
2121367--2121415	23	2.1	23	85	7	64	28	2	12	57	1.46
2131753--2131795	18	2.5	17	82	14	52	32	6	23	37	1.82
2131797--2131903	40	2.7	40	80	4	117	49	2	5	42	1.41
2131826--2131920	23	4.4	23	70	15	94	48	1	6	44	1.35
2131826--2131956	63	2.1	62	88	1	190	49	2	6	41	1.42
2131877--2131926	23	2.1	25	85	7	68	50	2	6	42	1.38
2131891--2131996	40	2.7	38	80	12	110	46	2	7	43	1.46
2131891--2131966	41	2.0	40	87	10	113	48	2	9	39	1.49
2131891--2131988	41	2.5	39	81	12	112	44	3	8	43	1.49
2132033--2132071	17	2.5	15	84	12	51	23	5	0	71	1.05
2137389--2137495	47	2.3	47	93	0	178	35	8	22	33	1.84
2153730--2153765	17	2.1	17	89	0	54	66	2	8	22	1.31
2157646--2158497	423	2.0	423	95	1	1521	33	17	15	32	1.92
2161141--2161555	137	3.0	137	86	1	546	27	14	17	40	1.88
2165202--2165234	12	2.8	12	100	0	66	78	6	9	6	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168114--2168163	20	2.5	20	90	0	82	50	28	6	16	1.68
2172592--2172637	24	1.9	24	86	8	67	54	4	0	41	1.20
2172694--2172736	13	3.2	13	83	6	50	53	6	0	39	1.28
2178324--2178435	35	3.2	35	86	5	147	41	20	0	36	1.59
2179453--2179565	35	3.2	34	88	5	163	33	0	23	42	1.60
2180478--2180510	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2181181--2181247	7	9.6	7	100	0	134	0	28	0	71	0.86
2183471--2183530	21	2.9	21	92	0	93	26	25	21	26	2.00
2183650--2183698	22	2.3	22	75	13	57	26	24	4	44	1.71
2186159--2186574	205	2.0	205	99	0	823	27	22	15	34	1.94
2190521--2190574	24	2.4	22	87	9	74	24	24	3	48	1.67
2192460--2192518	16	3.4	16	72	17	55	49	10	8	32	1.67
2192713--2192772	29	2.1	29	84	9	79	50	8	18	23	1.74
2192810--2192884	31	2.4	31	86	0	105	36	4	25	34	1.75
2195758--2195859	42	2.5	40	78	9	114	30	23	22	23	1.99
2198459--2198519	23	2.7	23	86	0	95	26	26	27	19	1.99
2199165--2199324	63	2.5	63	84	6	191	25	20	21	32	1.97
2202748--2202792	18	2.5	18	100	0	90	40	15	11	33	1.83
2206581--2206636	26	2.2	26	83	0	67	37	41	1	19	1.62
2207467--2207533	11	6.5	10	74	16	57	19	1	1	77	0.92
2207467--2207532	9	7.6	9	77	13	50	19	1	1	77	0.93
2207479--2207530	21	2.5	22	78	12	65	19	1	1	76	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210644--2210716	21	3.6	20	77	15	78	75	2	19	2	1.05
2210653--2210716	19	3.3	18	76	18	65	76	1	18	3	1.00
2210662--2210747	11	7.9	11	70	15	54	77	3	15	3	1.03
2210655--2210736	19	4.6	17	73	20	62	78	3	15	2	1.01
2210657--2210736	41	1.9	42	84	5	108	78	3	15	2	0.99
2210657--2210747	42	2.2	40	82	9	103	78	3	15	3	1.02
2211768--2211851	32	2.6	32	80	0	96	29	13	22	34	1.92
2212925--2212988	26	2.5	26	92	0	101	34	46	0	18	1.49
2214047--2214087	6	6.7	6	97	2	73	31	0	0	68	0.90
2217088--2217126	20	2.0	20	84	0	51	46	2	0	51	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11