genome.fa.s5983.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005983.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014064_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  781742

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774012--774052	21	2.0	21	90	0	64	21	7	21	48	1.74
774020--774088	14	4.9	14	68	7	50	20	8	21	49	1.76
774092--774148	21	2.8	20	86	7	78	12	7	26	54	1.63
774117--774276	28	6.2	28	66	17	76	13	6	30	50	1.66
774194--774367	21	8.0	21	71	8	87	17	6	24	51	1.69
774075--774295	49	4.5	49	71	6	160	14	7	28	49	1.71
774323--774353	14	2.2	14	94	0	53	19	9	19	51	1.74
774245--774391	21	7.0	21	75	0	78	19	8	23	48	1.75
774344--774423	28	2.9	28	83	7	92	18	10	20	51	1.74
774315--774402	21	4.2	21	80	0	68	22	9	18	50	1.75
774386--774438	14	3.8	14	76	0	61	20	13	16	49	1.79
774400--774480	35	2.3	35	84	0	99	14	12	20	51	1.74
774413--774459	14	3.4	14	85	5	51	14	12	17	55	1.70
774467--774537	35	2.0	35	86	0	97	21	11	21	46	1.82
774470--774550	35	2.3	36	80	6	94	14	12	22	50	1.76
774524--774564	22	1.9	21	85	5	55	24	9	14	51	1.72
774568--774614	14	3.4	14	85	11	62	6	4	34	55	1.45
774594--774682	42	2.1	42	81	8	101	15	4	28	51	1.63
774651--774737	21	4.1	21	75	0	66	22	5	19	51	1.68
774711--774744	7	4.9	7	96	0	59	32	11	11	44	1.77
774700--774793	21	4.5	21	76	5	64	24	9	17	48	1.76
774825--774934	14	7.9	14	72	0	76	15	9	24	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774831--775217	28	13.3	28	70	15	160	17	10	25	47	1.79
774805--774863	21	2.8	22	71	7	59	15	6	23	54	1.65
774854--775117	7	37.7	7	69	10	92	16	10	25	46	1.79
774854--775143	35	8.3	35	72	8	117	16	10	25	47	1.78
774951--775136	14	13.3	14	68	7	65	15	11	26	46	1.79
775229--775389	14	11.0	14	71	9	97	15	3	26	54	1.58
775231--775389	35	4.8	34	75	11	116	15	3	25	54	1.58
775316--775374	7	8.4	7	82	0	64	15	0	25	59	1.36
775316--775402	21	4.1	21	77	0	75	14	3	25	56	1.55
775252--775390	35	4.0	35	75	9	131	16	3	25	54	1.58
775471--775543	28	2.6	28	76	8	76	15	5	24	54	1.61
775527--775595	21	3.3	20	74	11	59	11	2	31	53	1.52
775533--775629	35	2.8	34	85	4	115	12	5	30	51	1.61
775527--775640	14	8.2	14	72	1	59	11	4	30	53	1.56
775610--775698	28	3.2	28	75	0	97	14	4	25	55	1.59
775597--775674	21	3.7	21	71	0	66	15	5	25	53	1.62
775558--775732	49	3.4	49	74	10	143	16	5	26	51	1.65
775610--775730	56	2.2	56	85	5	156	16	4	25	52	1.63
775698--775767	36	1.9	36	82	0	86	22	2	22	51	1.61
775726--775774	21	2.3	22	78	3	55	16	0	30	53	1.43
775790--775851	21	3.0	20	72	9	52	9	6	32	51	1.60
775727--775872	49	3.0	49	75	6	134	16	4	26	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775796--775879	42	2.0	42	83	4	107	14	7	26	52	1.67
775855--775971	14	8.9	14	67	12	59	17	13	23	46	1.83
775846--775943	21	4.7	21	76	0	79	16	13	24	45	1.83
775877--775923	7	6.7	7	83	9	51	12	14	25	46	1.80
775890--775950	7	8.7	7	77	13	54	11	16	26	45	1.81
775939--775992	21	2.6	21	84	0	72	18	12	22	46	1.83
775807--776005	28	7.1	28	77	3	132	16	12	22	48	1.79
776066--776146	7	11.6	7	73	5	56	13	13	23	49	1.78
776072--776139	14	4.9	14	76	7	66	16	13	22	48	1.80
776114--776175	28	2.2	29	85	8	92	14	14	25	45	1.83
776057--776146	21	4.3	21	78	0	99	15	14	23	46	1.82
776140--776242	21	4.9	20	75	4	71	16	9	23	50	1.74
776073--776167	14	6.8	14	71	0	64	15	13	22	48	1.80
776140--776242	42	2.5	43	74	6	104	16	9	23	50	1.74
776255--776368	35	3.3	35	76	12	101	13	5	27	54	1.60
776331--776370	21	1.9	21	89	0	62	12	10	25	52	1.70
776358--776397	21	1.9	21	89	0	62	10	12	27	50	1.72
776323--776585	28	9.1	28	74	9	100	14	6	26	52	1.66
776364--776586	21	10.6	21	70	6	76	15	6	25	52	1.67
776401--776503	14	7.4	14	74	0	80	14	1	27	56	1.49
776506--776615	7	15.7	7	72	0	58	13	10	24	50	1.73
776548--776613	21	3.1	22	76	8	73	9	10	27	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776506--776754	49	5.1	49	77	4	209	14	8	24	51	1.70
776541--776662	21	5.8	21	71	11	70	9	9	27	53	1.65
776364--776720	14	26.0	14	65	12	78	14	7	25	52	1.67
776785--776845	28	2.1	29	84	3	79	14	8	24	52	1.69
776785--776852	28	2.4	28	82	2	73	14	10	23	51	1.73
776871--776902	7	4.6	7	100	0	64	0	28	56	15	1.40
776927--777004	26	2.9	27	92	5	124	1	12	55	30	1.46
776927--777004	33	2.4	33	97	0	147	1	12	55	30	1.46
776906--778933	7	296.7	7	94	5	2917	13	11	42	32	1.80
778960--779046	21	4.1	21	75	0	66	22	5	19	51	1.68
779020--779053	7	4.9	7	96	0	59	32	11	11	44	1.77
779009--779102	21	4.5	21	76	5	64	24	9	17	48	1.76
779134--779243	14	7.9	14	72	0	76	15	9	24	50	1.72
779140--779525	28	13.3	28	70	14	167	17	10	25	47	1.79
779114--779172	21	2.8	22	71	7	59	15	6	23	54	1.65
779163--779426	7	37.7	7	69	10	92	16	10	25	46	1.79
779163--779452	35	8.3	35	72	8	117	16	10	25	47	1.78
779135--779525	56	6.7	56	70	14	229	17	9	25	47	1.78
779260--779445	14	13.3	14	68	7	65	15	11	26	46	1.79
779537--779697	14	11.0	14	71	9	97	15	3	26	54	1.58
779539--779697	35	4.8	34	75	11	116	15	3	25	54	1.58
779624--779682	7	8.4	7	82	0	64	15	0	25	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779624--779710	21	4.1	21	77	0	75	14	3	25	56	1.55
779560--779698	35	4.0	35	75	9	131	16	3	25	54	1.58
779779--779851	28	2.6	28	76	8	76	15	5	24	54	1.61
779835--779903	21	3.3	20	74	11	59	11	2	31	53	1.52
779841--779937	35	2.8	34	85	4	115	12	5	30	51	1.61
779835--779948	14	8.2	14	72	1	59	11	4	30	53	1.56
779918--780006	28	3.2	28	75	0	97	14	4	25	55	1.59
779905--779982	21	3.7	21	71	0	66	15	5	25	53	1.62
779866--780040	49	3.4	49	74	10	143	16	5	26	51	1.65
779918--780038	56	2.2	56	85	5	156	16	4	25	52	1.63
780006--780075	36	1.9	36	82	0	86	22	2	22	51	1.61
780034--780082	21	2.3	22	78	3	55	16	0	30	53	1.43
780098--780159	21	3.0	20	72	9	52	9	6	32	51	1.60
780035--780180	49	3.0	49	75	6	134	16	4	26	52	1.64
780104--780187	42	2.0	42	83	4	107	14	7	26	52	1.67
780163--780279	14	8.9	14	67	12	59	17	13	23	46	1.83
780154--780251	21	4.7	21	76	0	79	16	13	24	45	1.83
780185--780231	7	6.7	7	83	9	51	12	14	25	46	1.80
780198--780258	7	8.7	7	77	13	54	11	16	26	45	1.81
780247--780300	21	2.6	21	84	0	72	18	12	22	46	1.83
780115--780313	28	7.1	28	77	3	132	16	12	22	48	1.79
780373--780453	7	11.6	7	73	5	56	13	13	23	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780380--780474	14	6.8	14	71	0	64	15	13	22	48	1.80
780378--780549	21	7.9	21	71	12	96	16	11	23	49	1.77
780421--780482	28	2.2	29	85	8	92	14	14	25	45	1.83
780637--780676	21	1.9	21	89	0	62	12	10	25	52	1.70
780630--780696	28	2.4	28	84	0	89	10	7	26	55	1.60
780664--780704	22	1.9	21	85	5	55	9	12	26	51	1.70
780672--780759	21	4.1	22	71	12	58	14	5	22	56	1.59
780629--780716	28	3.1	28	72	15	74	11	7	27	53	1.64
780685--780793	7	15.6	7	69	14	55	11	2	29	55	1.50
780722--780799	21	3.8	21	76	8	79	8	0	33	57	1.30

Tables:   1   2   3   4   5