genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000073.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000132_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1402814

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1883--1915	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
1900--1968	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
2120--2501	11	32.1	11	66	24	97	45	9	1	42	1.48
2247--2457	26	8.6	25	75	16	158	43	9	2	44	1.51
2279--2354	23	3.4	22	83	13	77	46	13	2	38	1.57
2153--2512	119	3.0	124	90	5	571	45	10	1	43	1.48
2371--2457	12	6.8	13	72	16	65	42	8	3	45	1.50
5635--5694	21	2.8	21	97	2	111	53	13	0	33	1.40
6199--6265	21	3.3	21	83	8	77	53	14	0	31	1.42
6807--6884	25	3.2	25	65	23	67	23	47	11	17	1.80
6806--6899	47	2.0	46	95	2	170	23	46	10	19	1.80
6959--7016	29	2.0	29	93	0	98	17	34	31	17	1.93
10722--10764	21	2.0	21	100	0	86	23	32	0	44	1.54
23323--23433	55	2.1	55	86	5	156	52	9	10	27	1.68
25927--25965	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
25864--26072	65	3.2	64	83	8	212	29	26	17	26	1.97
25913--26075	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
32989--33067	31	2.6	31	89	2	115	31	2	34	31	1.71
33459--33497	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
33396--33603	65	3.2	64	82	9	203	29	25	17	26	1.97
33445--33604	63	2.5	64	85	4	207	30	26	16	26	1.96
38650--38686	19	1.9	19	88	0	56	62	2	2	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42864--42932	15	3.7	19	75	16	58	24	30	24	20	1.99
42902--42934	15	2.2	15	100	0	66	27	33	24	15	1.95
46510--46816	150	2.1	149	93	0	524	34	21	16	27	1.95
47271--47427	64	2.4	63	80	10	158	28	18	20	33	1.96
47957--47991	19	1.9	19	88	11	56	60	0	34	5	1.21
53533--53577	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
53545--53860	150	2.1	149	94	1	553	34	21	18	26	1.96
54315--54471	64	2.4	63	80	10	158	28	18	20	33	1.96
55002--55036	19	1.9	17	88	11	52	62	0	34	2	1.10
61804--61841	20	2.0	19	90	10	60	55	7	0	36	1.29
61838--61897	31	1.9	31	96	0	111	63	13	1	21	1.38
63217--63307	27	3.4	27	93	0	155	24	21	23	30	1.99
63879--63922	23	2.0	21	86	8	61	22	0	2	75	0.92
64086--64143	27	2.1	27	96	0	107	3	22	17	56	1.55
68959--69018	30	2.0	30	83	6	77	35	26	20	18	1.95
70422--70528	35	3.0	36	90	2	180	35	14	14	35	1.87
71086--71142	28	1.9	30	86	10	82	28	26	10	35	1.89
75923--75994	36	2.0	36	89	5	110	34	12	15	37	1.85
78990--79095	53	2.0	53	83	1	131	36	17	13	32	1.89
79824--79975	42	3.7	41	69	18	107	31	17	17	32	1.94
79750--79998	41	6.0	41	66	14	116	32	15	16	35	1.90
79788--80047	83	3.1	82	79	3	290	33	15	16	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84530--84570	20	2.0	21	85	4	57	26	7	26	39	1.82
86176--86202	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
86194--86466	93	3.0	91	82	4	244	35	9	18	36	1.83
93443--93479	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
96326--96360	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
97049--97083	18	1.9	18	94	0	61	25	20	28	25	1.99
101769--101990	59	3.8	59	84	2	259	36	10	22	31	1.88
101769--102073	118	2.6	117	80	5	310	36	10	21	30	1.88
102019--102209	60	3.2	60	88	4	271	36	12	21	29	1.90
102790--102851	24	2.6	24	94	0	106	27	24	27	20	1.99
103112--103170	26	2.3	26	94	2	102	35	3	11	49	1.56
103927--103992	2	33.0	2	96	0	123	51	0	0	48	1.00
104420--104482	23	2.7	23	82	0	90	17	26	25	30	1.97
107939--107991	19	2.8	19	100	0	106	30	16	30	22	1.96
107880--108055	83	2.1	83	81	6	205	34	17	23	24	1.96
109272--109305	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
109376--109436	21	2.8	21	85	9	70	31	14	22	31	1.94
109653--109720	23	3.0	23	74	8	66	22	25	23	29	1.99
116631--116666	18	2.0	18	100	0	72	44	16	16	22	1.86
135074--135124	11	4.5	11	76	13	50	58	1	3	35	1.28
135079--135124	23	1.9	25	86	8	69	60	2	4	32	1.28
136407--136495	22	4.2	22	68	8	67	38	24	14	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137381--137543	22	7.7	22	82	12	216	49	7	0	42	1.36
137381--137543	43	3.9	43	85	11	230	49	7	0	42	1.36
137531--137555	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
142655--142708	20	2.6	21	88	2	74	42	25	9	22	1.83
142699--142767	20	3.5	19	82	5	93	26	23	15	34	1.95
142678--142787	39	2.8	40	83	2	150	30	21	13	34	1.92
142678--142788	20	5.6	19	75	17	68	30	21	13	34	1.92
143561--143594	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
143719--143771	24	2.2	24	90	3	81	18	18	20	41	1.91
145008--145051	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
145084--145148	32	2.0	33	87	3	96	27	0	49	23	1.50
146922--146966	19	2.4	19	92	0	72	28	2	11	57	1.45
147084--148048	196	4.9	198	94	3	1687	36	15	17	30	1.91
149508--149586	3	27.0	3	74	5	72	36	6	34	22	1.80
149504--149586	12	7.1	12	88	1	89	36	7	33	22	1.82
150761--150794	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
151149--151212	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
151592--152068	176	2.7	177	91	5	763	33	15	17	33	1.91
154819--154885	19	3.3	19	80	13	71	34	4	22	38	1.74
154814--154885	22	3.5	21	81	10	78	34	4	22	38	1.73
155141--155188	23	2.0	25	88	8	73	25	8	22	43	1.81
155563--155599	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155863--155947	38	2.2	38	93	0	143	47	20	14	18	1.83
156735--156799	18	3.1	23	75	20	70	30	6	24	38	1.80
156735--156792	22	2.8	22	80	17	63	32	5	25	36	1.78
156155--157087	393	2.4	390	87	9	1341	40	8	12	38	1.73
157175--157236	23	2.7	23	100	0	124	35	22	9	32	1.87
157383--157420	15	2.5	15	100	0	76	0	10	42	47	1.38
164218--164269	20	2.6	20	84	0	68	50	25	5	19	1.69
164258--164334	20	3.8	20	76	10	66	35	25	11	27	1.91
164238--164318	41	2.0	41	83	7	103	38	24	8	28	1.85
164323--164410	20	4.5	19	74	14	65	27	21	14	36	1.93
164286--164390	40	2.6	40	83	4	140	30	22	12	34	1.91
164543--164580	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
165178--165211	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
167852--167914	14	4.6	14	78	4	74	47	19	1	31	1.59
167865--167923	27	2.2	27	90	0	91	52	16	1	28	1.54
171103--171157	22	2.6	22	77	5	60	27	10	41	20	1.85
171293--171339	20	2.3	20	88	0	67	23	12	21	42	1.87
179471--179509	15	2.6	15	88	12	62	71	2	0	25	0.98
180198--180234	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
181355--181407	21	2.4	23	84	12	76	28	28	16	26	1.97
188745--188802	21	2.8	21	91	0	98	25	18	29	25	1.98
189809--189875	21	3.2	21	95	0	116	22	25	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189899--189952	20	2.7	20	82	0	81	44	22	12	20	1.85
189971--190021	18	2.7	19	72	6	59	35	21	11	31	1.90
190886--190939	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
193200--193235	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
193556--193640	20	4.6	20	69	19	76	18	21	21	38	1.93
193605--193649	20	2.2	20	84	7	56	17	22	22	37	1.94
194062--194114	24	2.2	24	86	0	70	35	1	13	49	1.53
194418--194504	39	2.2	39	97	0	165	47	20	14	17	1.83
194943--194981	13	2.9	14	92	3	62	43	23	0	33	1.54
196407--196505	21	4.7	21	71	8	76	23	18	33	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7