genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000073.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000132_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1402814

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754348--754393	23	2.0	24	82	4	58	32	15	13	39	1.85
754430--754797	108	3.3	108	69	13	296	32	14	13	39	1.85
754236--754890	226	2.9	226	86	2	863	33	13	12	40	1.83
766158--766202	20	2.2	20	96	0	81	40	8	17	33	1.81
766258--766345	29	3.1	27	75	12	86	44	3	0	52	1.18
766722--766758	19	1.9	19	94	0	65	27	13	21	37	1.91
767269--767303	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
769021--769482	59	7.8	58	88	3	631	35	19	10	34	1.86
769814--770036	94	2.4	95	85	3	299	26	25	17	30	1.97
776706--776734	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
777927--777984	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
778039--778088	19	2.6	19	100	0	100	26	32	12	30	1.92
779295--779335	17	2.4	17	79	0	55	17	26	0	56	1.41
781382--781439	23	2.5	23	77	0	80	39	25	18	15	1.91
781762--781810	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
783004--783061	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
785092--785146	22	2.7	20	83	10	74	23	32	16	27	1.96
785092--785163	22	3.5	20	75	12	58	23	31	15	29	1.95
785092--785314	94	2.4	95	84	0	304	26	26	17	30	1.97
785809--785909	49	2.1	49	94	0	175	52	13	7	25	1.68
787807--787847	21	1.9	22	90	5	66	26	19	17	36	1.94
793544--793598	24	2.3	23	87	6	83	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815769--815838	32	2.2	32	89	0	104	31	28	0	40	1.57
822505--822554	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
823451--823508	27	2.1	28	87	9	84	50	0	6	43	1.29
828568--828629	32	2.0	32	90	3	99	51	4	0	43	1.23
829178--829219	14	3.1	14	82	3	50	64	19	7	9	1.46
829873--829916	18	2.5	17	77	7	52	43	4	0	52	1.22
829922--829969	16	3.0	16	82	14	55	62	4	2	31	1.26
833181--833233	26	2.0	26	85	7	72	28	16	15	39	1.89
835510--835548	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
835665--835726	3	20.0	3	80	6	70	40	0	0	59	0.97
841072--841103	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
848401--848497	1	97.0	1	68	0	59	84	0	15	0	0.62
848404--848497	7	13.7	7	80	12	115	84	0	15	0	0.63
848398--848497	20	5.1	19	82	11	112	84	0	16	0	0.63
848398--848498	47	2.2	47	87	10	147	83	0	16	0	0.65
848821--848854	16	2.2	16	94	5	61	32	5	5	55	1.48
850265--850464	95	2.1	95	100	0	400	36	15	16	32	1.90
850812--850856	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
851041--851085	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
850765--851339	113	5.0	114	87	5	662	38	15	18	28	1.91
851132--851481	123	2.8	123	94	0	601	41	15	18	24	1.89
851689--851753	3	21.0	3	87	6	94	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855802--856162	55	6.6	55	86	5	421	28	25	18	27	1.98
855802--856185	165	2.4	165	86	4	528	29	25	18	26	1.98
856189--856298	37	3.0	37	87	2	132	23	20	17	39	1.92
856848--856886	14	2.9	14	88	11	55	10	20	0	69	1.17
856835--856886	24	2.1	24	85	7	68	7	19	0	73	1.07
856941--856993	27	1.9	28	81	11	65	7	16	0	75	1.02
865892--866019	46	2.8	46	85	2	168	40	21	10	27	1.85
865892--866023	45	2.9	46	86	2	176	39	21	10	28	1.87
872971--873397	100	4.3	100	83	4	468	43	11	11	34	1.76
872971--873397	99	4.3	101	82	5	460	43	11	11	34	1.76
873019--873397	199	1.9	200	84	4	516	42	11	11	34	1.77
873394--873590	72	2.8	72	86	3	263	33	12	11	42	1.79
874017--874358	108	3.2	108	81	4	381	38	12	10	38	1.77
876096--876270	87	2.0	86	95	1	314	33	16	20	29	1.95
879611--879691	23	3.5	23	74	3	90	12	13	18	55	1.69
879603--879712	47	2.3	47	85	0	148	12	13	17	56	1.67
883433--883546	56	2.0	56	87	0	165	27	18	16	37	1.92
896535--896612	5	15.4	5	74	10	52	73	6	2	17	1.17
896475--896612	21	6.8	20	70	21	76	70	7	2	19	1.23
896506--896586	15	5.4	16	72	19	50	71	7	2	18	1.21
896892--896991	3	34.3	3	75	13	59	70	3	1	26	1.08
896898--896975	35	2.2	34	82	11	86	73	3	1	21	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896889--896970	16	5.0	16	72	17	62	74	3	1	20	1.04
898028--898068	17	2.4	17	84	8	57	58	0	2	39	1.11
898846--898885	21	2.0	20	85	14	55	27	15	17	40	1.89
899741--899906	56	2.8	59	78	10	142	13	23	10	52	1.71
903688--903730	14	2.9	14	78	21	52	11	32	0	55	1.36
903693--903731	17	2.4	17	95	4	71	10	30	0	58	1.31
905586--905635	23	2.2	23	100	0	100	34	0	32	34	1.58
909569--909690	24	5.1	24	78	11	115	31	10	19	38	1.86
911791--911834	23	1.9	23	85	0	61	22	45	18	13	1.84
911777--911840	13	5.2	13	72	11	62	20	42	20	17	1.90
913937--914077	24	5.9	24	77	6	124	29	11	17	41	1.84
913937--914080	48	3.0	48	79	4	155	29	11	18	41	1.84
917487--918849	454	3.0	454	98	0	2654	33	19	19	27	1.96
919181--919218	15	2.4	16	87	12	53	60	5	2	31	1.33
919966--920002	16	2.3	16	90	9	58	27	8	2	62	1.37
924198--924267	29	2.5	28	80	15	74	70	0	15	14	1.18
925745--925825	2	41.0	2	95	2	146	49	0	1	49	1.08
930941--931000	31	1.9	31	90	6	95	41	5	10	43	1.60
931022--931065	21	2.1	21	91	0	70	54	11	0	34	1.36
931082--931199	26	4.5	25	74	14	103	54	14	0	31	1.41
931082--931154	22	3.3	22	69	16	53	54	13	0	31	1.39
931108--931554	54	8.2	55	74	11	350	53	11	0	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931227--931280	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
931205--931361	32	4.5	32	76	20	163	52	10	0	36	1.36
931269--931333	22	3.0	22	95	0	121	50	12	0	36	1.40
931313--931701	32	13.9	32	69	27	271	52	11	0	35	1.40
931313--931501	86	2.2	86	96	0	351	52	12	0	34	1.39
931267--931527	22	14.1	20	65	27	100	52	11	0	36	1.39
931570--931693	54	2.3	54	94	2	214	52	10	0	37	1.36
931619--931661	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
931646--931701	18	3.4	17	71	19	55	55	8	0	35	1.31
931621--931669	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
937207--937276	36	1.9	37	94	2	124	30	17	18	34	1.94
940227--940259	15	2.2	15	94	0	57	66	3	0	30	1.06
940844--940897	20	2.6	20	75	16	56	42	0	0	57	0.98
941177--941246	23	3.0	23	82	4	86	44	2	0	52	1.15
941191--941225	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
941217--941255	17	2.3	17	86	8	53	48	2	2	46	1.29
941967--942031	27	2.4	27	82	7	69	52	3	4	40	1.38
945051--945108	29	2.0	29	89	0	89	13	32	27	25	1.94
945173--945219	10	4.7	10	79	10	51	27	31	31	8	1.87
945173--945210	20	1.9	20	94	0	67	28	31	28	10	1.90
945148--945219	34	2.2	33	85	9	96	27	34	27	9	1.88
947164--947193	5	5.8	5	96	4	51	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954576--954618	21	2.0	22	86	4	61	25	16	16	41	1.88
956684--956724	6	6.8	6	97	0	64	39	9	51	0	1.35
956680--956724	18	2.5	18	88	0	72	42	8	48	0	1.34
956680--956728	6	8.2	6	95	0	62	42	8	48	0	1.32
960435--960459	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
963450--963492	18	2.4	18	80	7	52	39	4	44	11	1.62
973994--974031	6	6.3	6	100	0	76	0	34	0	65	0.93
974475--974509	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
975615--975671	9	6.7	9	78	11	66	33	0	0	66	0.92
975615--975665	17	3.1	17	88	5	77	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7