genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000073.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000132_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1402814

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203990--204029	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
204717--204756	21	1.9	21	89	0	62	37	35	0	27	1.57
205956--206029	23	3.2	23	77	17	64	16	1	27	55	1.49
208781--208828	20	2.4	20	89	0	69	25	16	18	39	1.91
208781--208840	20	3.0	20	85	4	59	23	16	20	40	1.91
208834--208919	20	4.2	20	74	14	86	24	16	23	36	1.94
208911--208981	20	3.6	20	73	9	65	25	12	32	29	1.93
210155--210207	21	2.5	22	84	9	65	30	28	15	26	1.96
211136--211186	19	2.5	20	78	12	52	37	5	1	54	1.36
212754--212787	17	2.0	17	88	11	52	20	20	11	47	1.81
215162--215199	19	2.0	19	100	0	76	36	26	10	26	1.89
218875--219219	171	2.0	171	88	2	514	44	20	16	17	1.86
228821--228862	20	2.0	21	90	4	68	35	11	9	42	1.74
233355--233399	23	2.0	23	86	8	65	33	22	13	31	1.92
233420--233462	19	2.3	18	92	7	77	34	13	9	41	1.77
233404--233481	40	2.0	38	85	12	104	35	15	10	38	1.81
237119--237158	22	1.9	21	85	10	55	25	25	22	27	2.00
241352--241451	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
242014--242044	16	1.9	16	93	0	53	16	0	3	80	0.83
242023--242056	11	3.2	11	91	4	52	17	2	0	79	0.86
242135--242168	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
246450--246799	183	1.9	183	95	0	637	27	21	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247940--248026	37	2.4	37	86	1	113	25	20	12	41	1.88
247896--248092	102	1.9	103	87	3	290	30	20	11	37	1.87
247976--248157	66	2.8	66	89	2	269	30	20	11	36	1.89
248042--248499	102	4.5	102	95	0	810	29	20	13	36	1.90
248124--248499	37	10.9	37	65	24	180	29	20	13	37	1.90
247896--248259	168	2.2	167	91	1	577	30	20	12	36	1.89
248210--248499	36	8.4	37	67	22	157	28	20	13	37	1.90
248441--248599	67	2.4	67	88	4	232	31	21	11	35	1.90
248733--248861	37	3.5	36	74	9	100	24	17	14	42	1.87
249147--249667	109	4.9	105	81	6	484	32	25	20	22	1.98
250128--250227	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
250673--250704	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
250901--250934	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
250952--250995	2	22.5	2	90	4	72	45	0	0	54	0.99
252979--253019	19	2.1	20	86	4	57	70	2	4	21	1.18
254790--254832	6	7.2	6	79	10	52	81	0	0	18	0.69
254788--254835	13	3.8	13	83	5	62	81	0	0	18	0.70
265589--265634	18	2.6	17	82	3	56	39	4	28	28	1.76
266205--266278	33	2.2	34	90	7	125	47	32	9	10	1.71
267207--267321	51	2.3	51	84	3	142	37	3	10	48	1.54
268835--268870	16	2.3	16	90	4	56	44	8	11	36	1.70
269911--269942	17	1.9	17	93	6	57	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273571--273648	35	2.2	35	88	4	122	43	21	1	33	1.61
273571--273664	35	2.7	35	83	6	93	43	25	1	29	1.62
273833--274244	141	2.9	141	92	3	662	36	5	8	48	1.59
275061--275136	20	3.8	20	81	16	102	27	30	17	25	1.97
276561--276619	3	20.0	3	74	10	50	66	1	30	1	1.12
280509--280590	23	3.7	23	79	11	98	24	26	19	29	1.98
281334--281358	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
283273--283346	20	3.8	20	73	21	75	27	28	16	28	1.97
285929--285980	17	3.1	17	100	0	104	48	28	0	23	1.51
286323--286415	23	4.0	24	81	4	109	32	21	23	22	1.98
286322--286439	23	5.0	23	83	1	101	33	22	22	22	1.98
287742--287801	30	2.0	30	100	0	120	43	13	13	30	1.82
289155--289211	28	2.0	28	100	0	114	35	17	22	24	1.95
289518--289564	20	2.3	21	79	17	55	46	2	4	46	1.34
290172--290249	32	2.4	32	100	0	156	25	10	8	55	1.63
290475--290511	17	2.2	17	100	0	74	27	32	16	24	1.96
290718--290829	37	3.1	37	94	1	190	53	14	8	24	1.67
290924--290991	33	2.1	32	86	10	95	38	17	14	29	1.90
301341--301460	25	4.8	25	97	2	231	31	15	20	32	1.94
301341--301460	51	2.4	50	98	1	231	31	15	20	32	1.94
301543--301583	3	13.7	3	80	19	50	68	0	0	31	0.90
301543--301573	13	2.4	13	100	0	62	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301540--301594	14	3.8	14	80	20	60	70	0	0	29	0.87
301540--301601	16	3.5	17	79	18	65	70	0	0	29	0.87
301831--302137	94	3.3	91	84	8	374	25	19	28	26	1.99
316534--316653	25	4.8	25	97	2	231	31	15	20	32	1.94
316534--316653	51	2.4	50	98	1	231	31	15	20	32	1.94
316736--316776	3	13.7	3	80	19	50	68	0	0	31	0.90
316736--316766	13	2.4	13	100	0	62	64	0	0	35	0.94
316733--316787	14	3.8	14	80	20	60	70	0	0	29	0.87
316733--316794	16	3.5	17	79	18	65	70	0	0	29	0.87
318516--318557	21	2.0	21	86	9	59	21	16	14	47	1.82
320867--320912	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
328792--328841	23	2.2	23	88	0	73	42	10	8	40	1.68
328867--328909	21	2.0	22	86	4	61	37	6	11	44	1.68
333151--333216	11	6.0	11	81	0	78	16	7	19	56	1.64
333151--333227	33	2.3	33	84	0	100	15	6	18	59	1.57
333151--333216	22	3.0	22	81	0	87	16	7	19	56	1.64
334412--334558	20	7.3	20	92	0	231	29	26	19	24	1.98
334352--334559	60	3.5	60	82	4	242	28	25	18	26	1.98
335400--335453	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
337867--337960	20	4.7	20	90	2	145	36	25	20	18	1.95
337952--338005	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
337932--338026	33	2.8	34	91	3	156	44	21	22	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338064--338117	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
338042--338137	33	2.8	33	92	3	147	13	23	20	41	1.88
339683--339775	42	2.2	42	80	3	107	22	16	39	21	1.92
340259--340327	20	3.5	20	89	0	93	39	21	20	18	1.93
340270--340336	20	3.3	20	89	0	98	34	19	19	26	1.96
340369--340525	20	8.5	20	76	18	135	19	18	20	42	1.90
342420--342475	20	2.8	20	86	0	76	51	23	14	10	1.73
342422--342535	40	3.2	34	75	13	97	44	24	16	14	1.85
343105--343190	20	4.3	20	96	0	163	19	18	20	40	1.91
343188--343232	21	2.1	21	91	0	72	44	17	20	17	1.87
346391--346564	93	1.9	93	91	0	285	29	17	22	30	1.97
346794--346903	39	3.0	36	63	7	85	40	8	17	34	1.79
346924--348309	36	37.7	36	67	12	481	38	13	16	32	1.87
346762--348340	74	21.4	73	81	6	1218	37	12	16	32	1.87
347119--347191	38	1.9	38	83	5	94	36	9	17	35	1.83
346970--347316	186	1.9	187	90	3	565	38	13	17	30	1.88
346850--348309	112	13.2	110	71	10	713	37	13	16	32	1.87
346850--348192	513	2.6	514	93	1	2266	37	13	16	32	1.87
346773--348356	588	2.7	580	81	7	1808	37	13	16	32	1.87
349617--349664	3	16.3	3	95	4	89	64	0	0	35	0.94
354354--354387	5	6.8	5	100	0	68	0	17	0	82	0.67
355570--355612	22	2.0	22	91	8	72	44	4	4	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
356487--356533	3	16.0	3	87	12	71	31	0	0	68	0.90
356615--356691	25	3.1	25	92	5	129	37	18	14	29	1.90
360177--360238	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
360416--360831	210	2.0	210	85	0	564	31	21	22	24	1.98
362674--362751	26	3.2	25	67	22	76	24	23	10	42	1.85
362689--362763	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
365087--365325	105	2.3	102	83	6	286	30	19	12	38	1.89
365271--365355	36	2.4	36	84	4	109	30	21	11	36	1.89
365289--365390	36	2.9	36	78	7	95	34	20	10	34	1.87
365636--365729	29	3.3	29	87	1	127	30	9	14	44	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7