genome.fa.s7729.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007729.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109980_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1111098

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 752 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187397--187463	20	3.3	20	75	4	80	44	17	19	17	1.87
187414--187489	21	3.7	21	76	3	91	42	18	23	15	1.89
187397--187487	41	2.2	41	100	0	182	41	18	21	17	1.90
187416--187550	41	3.3	41	81	6	123	38	21	20	19	1.94
187478--187592	20	5.7	19	78	11	86	34	24	17	23	1.96
187760--187803	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
188065--188123	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
189442--189486	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
190008--190065	14	3.9	14	81	16	71	50	22	17	10	1.76
189992--190082	32	2.8	33	91	3	148	49	20	17	12	1.78
191335--191465	19	7.7	19	64	23	85	43	19	22	14	1.87
191335--191461	33	3.8	33	87	4	193	43	18	22	14	1.87
191336--191468	66	2.0	66	95	0	239	42	18	22	16	1.89
191624--191660	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
193017--193083	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
193017--193139	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
194245--194287	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
195167--195265	33	3.0	33	86	1	135	39	26	22	12	1.89
195142--195307	20	9.1	19	71	16	118	43	21	21	13	1.87
195303--195369	19	3.5	19	79	2	71	10	16	20	52	1.73
195889--196002	20	5.7	20	81	2	120	26	18	23	31	1.97
195889--196005	61	1.9	61	87	0	171	25	17	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195889--196023	61	2.2	61	81	2	164	25	20	22	31	1.98
196709--196760	25	2.1	25	100	0	104	57	3	3	34	1.35
198000--198046	21	2.2	21	100	0	94	27	34	19	19	1.96
198061--198130	21	3.4	21	78	7	90	18	22	24	34	1.96
198042--198167	42	3.1	40	87	5	164	21	20	22	35	1.96
199030--199131	42	2.4	42	98	0	195	35	25	18	20	1.95
199055--199186	61	2.1	61	92	2	219	34	27	18	19	1.95
199118--199203	42	2.2	38	87	8	118	38	23	17	20	1.93
199137--199203	19	3.3	19	74	12	62	40	20	17	20	1.92
199066--199203	61	2.3	61	89	0	186	36	24	17	21	1.94
199199--199236	20	1.9	20	88	0	58	18	21	28	31	1.97
200024--200128	45	2.4	42	80	13	104	40	0	2	55	1.21
200809--200846	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
201649--201741	20	4.6	21	71	18	63	40	24	13	20	1.89
201771--201861	40	2.3	40	82	0	119	32	20	9	36	1.86
201794--201884	20	4.7	20	68	20	66	31	21	9	36	1.87
202018--202055	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
202794--202847	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
205081--205116	18	2.0	18	88	0	54	55	22	2	19	1.56
205438--205566	60	2.2	59	81	8	145	25	17	20	36	1.94
205438--205583	20	7.3	20	77	0	130	24	18	21	35	1.95
207242--207279	4	9.5	4	88	0	58	71	2	0	26	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207403--207455	21	2.6	21	78	3	63	41	26	7	24	1.81
207489--207538	21	2.4	21	89	0	73	36	32	12	20	1.89
209182--209225	20	2.2	20	91	0	70	47	18	18	15	1.83
209798--209836	20	2.0	20	89	0	60	23	12	17	46	1.83
210374--210422	25	1.9	26	87	4	73	53	2	0	44	1.12
211271--211405	60	2.2	60	82	2	155	37	12	14	35	1.84
221482--221567	3	28.0	3	92	4	145	65	0	1	33	1.01
221802--221875	25	3.2	24	63	21	59	36	16	24	22	1.94
221799--222391	46	13.0	46	91	3	914	34	18	22	24	1.96
223066--223177	22	5.1	22	90	4	172	35	13	18	32	1.90
227869--227902	14	2.3	15	95	5	61	0	14	0	85	0.60
227869--227912	22	2.2	21	84	15	58	0	15	0	84	0.63
230805--230878	38	1.9	39	86	2	105	32	21	13	32	1.92
232847--232906	2	32.5	2	77	15	58	51	1	0	46	1.10
232823--232907	37	2.4	37	90	4	129	51	3	1	43	1.26
234174--234211	19	2.0	19	90	10	60	0	21	21	57	1.40
236527--236606	40	2.0	40	100	0	160	32	17	15	35	1.91
236718--236751	15	2.3	15	94	0	59	23	8	14	52	1.69
239583--239624	19	2.2	20	91	4	68	71	0	2	26	0.98
239578--239636	27	2.2	28	82	14	79	67	0	1	30	1.00
239944--240020	36	2.1	36	87	0	109	45	20	1	32	1.60
239944--240040	36	2.7	36	80	3	97	44	23	2	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240523--240817	148	2.0	148	91	1	484	46	9	7	36	1.64
240980--241075	35	2.7	35	82	3	104	29	2	26	42	1.66
241833--241886	22	2.5	22	90	0	81	22	42	16	18	1.89
242278--242316	20	2.0	20	85	5	53	10	15	23	51	1.73
244466--244584	42	2.8	42	88	2	159	19	35	21	24	1.96
244467--244584	21	5.6	21	79	4	130	19	35	21	23	1.96
245906--246081	66	2.6	66	86	9	234	27	2	15	53	1.55
245992--246031	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
245937--246081	66	2.2	65	91	3	238	29	2	16	51	1.56
246450--246485	18	2.0	18	88	0	54	19	2	22	55	1.56
248662--248715	24	2.2	24	80	0	63	40	16	20	22	1.91
249653--249857	20	10.4	20	76	13	99	23	14	24	37	1.92
249653--249743	39	2.3	40	83	3	105	28	12	24	35	1.91
249687--249824	20	6.9	21	80	15	107	21	15	24	37	1.93
249711--249837	40	3.2	40	71	17	120	18	16	25	39	1.91
249751--249879	60	2.1	61	95	0	217	20	17	24	37	1.93
249727--249877	80	1.9	78	87	8	223	19	17	24	38	1.93
249727--249857	40	3.3	40	74	18	121	19	16	25	38	1.92
249831--249877	20	2.3	20	88	0	67	25	17	23	34	1.96
249771--249877	40	2.7	40	76	16	130	21	17	24	36	1.95
249874--249919	21	2.2	21	88	0	65	36	19	23	19	1.95
251192--251230	20	2.0	20	85	5	53	28	35	12	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254484--254516	7	4.7	7	96	0	57	15	12	12	60	1.59
254515--254570	3	18.3	3	89	7	78	37	0	0	62	0.95
256868--256917	20	2.4	21	83	9	59	28	2	2	68	1.12
259270--259397	10	12.4	10	68	23	52	67	1	3	26	1.16
259255--259334	18	4.8	16	73	17	58	72	2	1	23	1.04
259270--259334	28	2.3	28	84	10	80	72	0	1	26	0.94
259525--259561	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
259522--259564	10	4.7	9	88	11	61	53	0	0	46	1.00
260894--262169	106	12.0	106	90	0	1958	23	17	24	34	1.96
262978--263051	22	3.4	22	88	3	105	20	12	27	40	1.87
263446--263776	167	2.0	165	88	8	488	25	17	20	36	1.94
263820--263884	7	8.7	7	76	17	60	0	12	7	80	0.91
263823--263900	16	4.8	16	71	23	65	1	14	7	76	1.05
263858--263893	8	4.4	8	92	3	54	0	11	11	77	0.99
267323--267360	19	2.0	20	89	5	60	68	0	23	7	1.16
268664--268705	12	3.6	12	81	15	52	73	0	2	23	0.94
268664--268713	23	2.3	20	86	10	64	74	0	2	24	0.93
268859--268907	14	3.2	14	78	18	53	69	4	8	18	1.30
274808--274838	9	3.6	9	91	8	55	22	22	0	54	1.44
275271--275301	9	3.6	9	91	8	55	22	22	0	54	1.44
274453--275384	463	2.0	463	99	0	1846	35	15	14	35	1.87
278830--278864	9	4.0	9	85	7	54	88	0	11	0	0.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278832--278862	16	1.9	16	100	0	62	90	0	9	0	0.46
279245--279300	18	2.8	20	81	13	80	28	7	5	58	1.46
280441--280649	114	1.8	114	90	3	341	39	11	20	28	1.88
280441--280786	114	3.0	113	80	8	340	38	13	18	28	1.90
280716--280779	20	3.2	20	64	27	55	43	9	20	26	1.82
280589--280906	122	2.6	121	91	2	494	41	14	18	25	1.89
281276--281317	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
281767--281818	24	2.1	24	82	10	61	73	11	13	1	1.19
282916--283191	42	6.7	42	88	3	393	21	20	22	35	1.96
282916--283199	21	13.8	19	76	15	183	22	20	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7