genome.fa.s7729.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007729.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109980_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1111098

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
642862--642911	24	2.1	24	81	7	57	80	4	6	10	1.02
643201--643313	60	1.9	60	85	3	156	37	12	12	38	1.81
647403--647569	23	7.2	23	77	11	144	21	29	2	46	1.64
647448--647554	49	2.2	49	86	0	142	18	33	1	45	1.60
648561--648611	21	2.5	20	81	9	59	33	9	21	35	1.86
649158--649209	15	3.5	15	75	0	59	26	3	23	46	1.69
649312--649360	25	2.0	25	84	8	64	28	16	20	34	1.94
649971--650003	17	2.0	17	88	5	50	42	9	18	30	1.81
655297--655341	22	2.0	22	82	0	54	28	2	13	55	1.50
660042--660120	30	2.5	31	83	10	97	32	11	16	39	1.84
660071--660119	15	3.3	15	72	11	55	34	10	16	38	1.82
660270--660337	24	2.8	24	93	0	118	17	19	26	36	1.94
660890--660923	16	2.1	16	88	5	50	47	8	14	29	1.75
664448--664489	21	2.0	21	90	0	66	30	0	16	52	1.44
665578--665627	24	2.1	23	82	17	59	44	6	14	36	1.69
668874--668904	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
672395--672460	33	2.0	33	100	0	132	21	27	15	36	1.93
673050--673098	20	2.5	20	93	0	80	34	22	22	20	1.97
673163--673196	16	2.1	17	88	5	52	44	17	0	38	1.49
673586--673626	18	2.3	18	82	0	55	34	12	0	53	1.38
674502--674546	23	1.9	24	86	4	65	31	24	24	20	1.98
678448--678481	16	2.1	17	88	5	52	41	17	2	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681505--681670	65	2.6	65	81	7	203	25	18	24	31	1.97
682097--682128	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
688077--688116	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
690979--691357	146	2.6	145	89	5	563	48	8	6	36	1.59
692532--692576	3	14.7	3	86	4	63	60	0	4	35	1.17
695936--695974	17	2.2	18	86	4	53	71	5	0	23	1.05
696549--696930	145	2.6	145	88	5	544	50	8	4	36	1.54
698270--698313	3	15.0	3	80	4	54	65	2	2	29	1.16
704421--704479	3	19.3	3	89	3	91	1	32	1	64	1.13
706785--706863	31	2.5	31	79	4	88	40	7	10	41	1.67
706807--706874	31	2.2	32	81	7	86	44	11	7	36	1.69
711806--711844	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
717880--717922	13	3.0	14	78	15	52	27	4	6	60	1.43
717878--717920	16	2.6	17	78	10	54	27	2	4	65	1.25
717888--717926	19	2.0	21	90	10	64	25	5	7	61	1.44
720912--720955	18	2.4	19	80	7	63	40	2	9	47	1.48
726122--726162	20	2.0	20	95	0	73	36	19	12	31	1.89
727675--727708	17	1.9	18	88	5	52	44	8	32	14	1.76
729485--729524	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
732831--732907	20	3.8	20	98	0	145	37	9	19	33	1.83
732965--733045	20	4.1	20	93	0	144	33	18	16	32	1.93
736342--736398	20	2.8	20	97	0	105	38	10	17	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736456--736495	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
737994--738029	17	2.1	18	89	5	56	47	8	30	13	1.73
739797--739853	20	2.8	20	100	0	114	36	10	19	33	1.86
739910--739949	20	2.0	20	95	0	71	32	20	17	30	1.95
740998--741076	3	27.0	3	92	5	135	32	0	1	65	1.00
742832--742866	17	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
742836--742903	24	2.6	26	76	15	70	36	1	1	60	1.15
742977--743016	11	3.3	13	80	13	50	50	2	0	47	1.14
745682--745727	20	2.3	20	88	0	65	32	13	21	32	1.92
745775--745834	20	3.0	20	100	0	120	30	20	20	30	1.97
746879--746923	3	15.7	3	86	9	67	33	0	2	64	1.06
748822--748861	11	3.3	13	80	13	50	50	2	0	47	1.14
751530--751574	20	2.2	20	92	0	72	35	11	22	31	1.89
751622--751661	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
754647--754686	11	3.3	13	80	13	50	50	2	0	47	1.14
757352--757421	20	3.5	20	78	1	79	37	5	18	38	1.75
757464--757503	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
763579--763621	12	3.3	13	83	6	52	79	0	13	6	0.93
764755--765122	119	3.1	116	78	10	397	35	16	20	28	1.94
765395--765469	3	26.7	3	72	12	52	22	1	4	72	1.10
765422--765452	8	3.9	8	100	0	62	12	0	0	87	0.55
768760--768794	16	2.2	16	89	0	52	28	2	5	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769700--769827	45	2.8	45	81	10	145	32	17	20	29	1.95
770111--770198	10	9.1	9	74	15	61	13	3	3	79	0.99
770119--770165	6	7.5	6	86	9	67	14	2	0	82	0.75
771165--771241	23	3.4	22	75	8	75	28	22	24	24	1.99
776845--777025	65	2.8	64	80	7	206	27	18	22	32	1.97
777038--777075	20	1.9	20	94	0	67	21	18	31	28	1.97
778132--778184	18	2.9	18	72	10	54	60	7	11	20	1.55
779533--779798	121	2.2	120	87	3	374	28	18	17	34	1.94
779737--780330	283	2.1	283	84	2	766	27	17	18	35	1.94
780913--780950	18	2.2	18	85	4	51	28	18	18	34	1.95
781651--782191	54	10.1	54	88	3	788	41	17	9	31	1.82
781657--782191	268	2.0	267	89	2	815	41	17	9	31	1.82
786298--786335	16	2.4	16	86	8	51	36	5	21	36	1.76
786424--786477	23	2.3	23	83	0	72	18	24	24	33	1.97
786514--786569	24	2.3	24	81	0	67	23	21	17	37	1.94
786674--786922	6	41.8	6	96	1	421	50	13	16	19	1.78
791465--791502	16	2.4	16	86	8	51	42	2	21	34	1.67
791599--791700	23	4.4	23	75	0	87	17	19	26	36	1.94
791840--791919	6	13.2	6	81	2	97	45	0	22	32	1.53
791840--791919	24	3.3	24	89	5	108	45	0	22	32	1.53
796290--796391	45	2.2	46	84	5	127	33	8	16	41	1.80
796308--796427	45	2.7	44	78	7	125	32	9	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796590--796727	23	6.1	23	80	2	163	17	21	26	34	1.95
796590--796727	68	2.0	68	82	0	168	17	21	26	34	1.95
796582--796722	45	3.1	46	91	3	223	17	23	24	34	1.96
801029--801078	26	1.9	26	88	8	75	56	8	8	28	1.57
804482--804514	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
804546--804600	27	2.0	28	86	10	78	43	12	0	43	1.42
805076--805114	15	2.5	15	87	4	51	69	0	5	25	1.09
805121--805182	28	2.1	28	85	5	79	80	4	3	11	0.98
805090--805209	19	7.1	16	72	16	84	77	3	2	16	1.01
805146--805218	34	2.2	33	80	7	78	79	1	4	15	0.95
807450--808191	86	8.7	85	84	0	820	27	17	19	35	1.94
809102--809302	95	2.1	95	88	0	294	33	15	14	36	1.88
812845--812897	25	2.2	24	82	3	61	69	1	7	20	1.22
812871--812953	28	2.7	31	85	12	102	73	4	3	18	1.16
812910--813016	44	2.6	43	81	14	127	72	2	2	21	1.10
813109--813148	19	2.2	17	86	8	53	80	2	5	12	0.98
813101--813165	10	6.8	9	74	11	58	80	1	3	15	0.92
813104--813165	27	2.3	26	82	17	83	80	1	3	14	0.91
813109--813157	18	2.7	18	84	9	64	79	2	4	14	0.97
821369--821423	22	2.5	22	79	5	58	41	0	0	58	0.98
821390--821441	26	1.9	25	85	14	68	48	0	0	51	1.00
821729--821830	49	2.1	49	96	0	186	33	21	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823111--823158	21	2.4	19	80	13	60	54	8	8	29	1.60
824522--824546	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
825424--825695	118	2.3	117	91	0	427	25	20	15	38	1.92
825593--825774	78	2.3	78	89	1	258	26	18	15	39	1.91
825672--826062	117	3.3	116	83	3	498	27	20	14	37	1.92
825672--826062	118	3.3	117	84	2	516	27	20	14	37	1.92
825426--826002	313	1.8	313	87	2	854	26	20	15	37	1.93
827293--827610	137	2.3	138	83	3	401	38	12	15	32	1.85
830138--830179	21	2.0	21	100	0	84	23	23	23	28	2.00
836214--836302	32	2.8	31	87	1	124	34	19	15	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7