genome.fa.s7733.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007733.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1979160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  1  of  9  ( 996 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--5150	7	754.0	7	89	6	6339	39	42	5	12	1.65
5147--5401	7	36.4	7	100	0	510	14	57	14	14	1.65
8760--8818	19	2.9	19	78	14	64	22	37	25	15	1.93
10770--10817	17	2.9	17	80	17	57	14	0	27	58	1.37
11052--11123	30	2.3	30	95	4	126	41	2	18	37	1.65
11440--11638	76	2.6	76	94	2	339	23	33	22	21	1.97
25423--25466	11	3.9	11	79	5	52	34	0	0	65	0.93
25457--25531	26	3.1	26	66	25	72	33	1	8	57	1.36
44454--44512	27	2.2	27	96	0	109	27	8	23	40	1.83
51439--51485	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
51228--51698	181	2.6	181	89	2	689	42	13	16	27	1.86
51619--51665	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
51630--51670	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
53894--53958	21	3.1	21	90	0	94	43	10	29	16	1.82
53992--54057	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
55851--55899	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
56132--56895	200	3.8	200	93	0	1289	35	14	18	30	1.91
58391--58448	6	9.7	6	84	0	62	39	6	32	20	1.79
58391--58448	12	4.8	12	89	0	80	39	6	32	20	1.79
59658--60242	183	3.2	182	93	1	949	35	14	15	34	1.88
60124--60362	120	2.0	120	90	0	379	33	12	14	39	1.83
59941--60531	303	2.0	303	95	0	1056	34	13	16	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63869--63925	23	2.4	23	73	2	60	36	15	10	36	1.82
63878--64097	87	2.5	87	94	0	377	33	15	9	42	1.78
63962--64006	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
64445--64489	22	2.0	22	83	8	56	42	11	8	37	1.72
64507--64579	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
64994--65066	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
64145--66423	487	4.7	488	94	2	4055	40	7	11	40	1.69
65482--65554	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
65949--66021	23	3.2	23	90	0	110	35	4	20	39	1.72
69042--69143	35	2.8	36	85	5	143	30	5	19	44	1.74
73637--73758	35	3.4	36	82	6	149	31	4	18	45	1.70
73637--73755	36	3.3	36	79	12	120	31	5	17	45	1.70
76039--76070	15	2.1	15	94	0	55	9	68	15	6	1.36
78669--79000	111	3.0	111	95	0	610	36	7	10	45	1.68
80521--80579	27	2.2	27	93	0	100	22	37	15	25	1.93
80907--80950	21	2.1	21	86	0	61	31	13	36	18	1.90
81058--81135	26	3.2	25	68	27	67	23	6	5	65	1.36
85203--85365	87	1.9	87	97	0	308	39	11	15	33	1.84
85383--86078	199	3.5	197	83	7	815	31	14	14	40	1.85
89582--90325	195	3.8	197	85	7	941	31	16	15	37	1.90
90565--90616	23	2.2	25	89	6	81	50	13	9	26	1.72
91842--91880	3	13.0	3	83	0	51	25	33	2	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91842--91880	12	3.2	12	92	0	60	25	33	2	38	1.70
93311--94180	175	4.8	188	76	14	688	32	15	15	36	1.89
95849--95893	14	3.0	15	87	6	56	11	31	0	57	1.33
95849--95894	15	3.0	16	84	9	60	10	30	0	58	1.32
96079--96178	33	3.0	33	97	0	182	27	45	0	28	1.54
96211--96255	21	2.1	21	95	0	81	13	33	11	42	1.79
96337--96369	15	2.2	15	94	0	57	12	60	6	21	1.53
98633--99295	180	3.7	180	85	6	837	28	16	14	40	1.87
105278--105421	75	1.9	75	95	0	261	27	21	20	30	1.98
107920--107945	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
109106--109179	24	3.1	24	100	0	148	51	4	32	12	1.58
109996--110040	23	2.0	23	86	0	63	48	11	22	17	1.78
111255--111306	26	2.0	27	85	11	72	26	11	3	57	1.51
111626--111651	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
111626--111854	38	6.2	37	73	13	143	41	4	10	44	1.58
111618--111887	36	7.4	35	71	18	121	41	4	9	43	1.58
111972--112021	11	4.5	11	87	7	75	32	0	0	68	0.90
111974--112029	21	2.8	19	84	12	76	32	0	1	66	1.03
111955--112036	32	2.5	32	84	11	96	31	1	3	63	1.19
111955--112036	17	4.9	18	73	24	65	31	1	3	63	1.19
111972--112036	4	16.0	4	73	20	55	30	1	1	66	1.10
112461--112507	17	2.7	17	86	3	58	55	25	17	2	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116346--116408	26	2.4	26	94	0	108	19	14	22	44	1.86
121601--121663	26	2.4	26	94	0	108	19	14	22	44	1.86
126754--126816	26	2.4	26	94	0	108	19	14	22	44	1.86
131907--131969	26	2.4	26	94	0	108	19	14	22	44	1.86
134866--134890	13	1.9	13	100	0	50	72	12	0	16	1.13
135375--135437	27	2.3	27	83	5	74	39	22	15	22	1.92
144169--144197	12	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
145084--145125	20	2.1	20	95	0	75	61	11	11	14	1.56
150545--150589	22	2.0	22	83	12	56	48	0	4	46	1.22
167128--167209	42	2.0	42	87	0	119	25	10	18	45	1.82
167416--167440	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
170367--170415	19	2.3	22	86	13	68	38	6	28	26	1.80
170717--170743	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
170956--171000	21	2.1	21	87	0	63	35	13	24	26	1.92
179518--179672	52	3.0	51	77	6	168	52	16	8	22	1.70
179622--179710	46	1.9	46	86	0	124	49	14	8	26	1.73
185446--185476	10	3.1	10	90	0	53	35	0	25	38	1.56
192158--192209	14	3.7	14	86	0	77	17	11	13	57	1.64
192158--192277	24	4.8	24	75	12	100	13	10	17	58	1.63
192198--192270	34	2.1	34	85	5	94	10	10	19	58	1.61
192158--192277	14	9.4	14	72	21	59	13	10	17	58	1.63
196574--196634	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196572--196685	35	3.2	36	90	6	178	32	4	20	42	1.71
197096--197127	16	2.0	16	93	0	55	34	6	25	34	1.81
200707--200767	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
200699--200817	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
202031--202072	22	1.9	22	85	0	57	54	11	7	26	1.62
207541--207572	14	2.3	14	100	0	64	6	15	28	50	1.68
207542--207592	24	2.1	24	85	0	66	11	11	21	54	1.68
210315--210371	30	1.9	30	96	0	105	22	8	21	47	1.78
213396--213515	48	2.5	48	80	0	132	24	55	10	10	1.65
216723--216762	12	3.3	12	82	0	53	50	10	15	25	1.74
219869--220337	233	2.0	233	100	0	938	36	14	21	28	1.92
226410--226514	52	2.0	52	100	0	210	31	13	19	36	1.90
241593--241647	24	2.3	23	82	14	67	40	1	1	56	1.21
242011--242044	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
244481--244538	29	2.0	29	96	0	107	22	10	22	44	1.82
245068--245138	33	2.1	35	84	5	92	74	4	7	14	1.18
245293--245322	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
245290--245322	14	2.4	14	95	5	59	66	0	0	33	0.92
246680--246812	60	2.2	60	76	11	139	33	14	19	33	1.92
249201--250072	437	2.0	435	97	1	1669	36	20	15	27	1.93
251070--251120	20	2.5	20	96	0	93	47	11	21	19	1.81
256865--256911	25	1.9	24	86	4	67	31	6	12	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258358--258401	20	2.3	20	88	7	65	43	9	27	20	1.82
259629--259665	15	2.4	16	91	8	60	35	0	0	64	0.94
264912--265192	45	6.2	45	84	4	316	25	18	12	43	1.85
264910--265192	135	2.1	136	85	5	376	25	18	12	43	1.85
265597--265648	20	2.6	20	96	0	95	25	21	11	42	1.86
265524--265743	115	1.9	115	89	1	343	25	22	12	40	1.88
267858--267916	23	2.6	23	97	0	109	25	16	13	44	1.85
275424--275469	22	2.1	22	83	0	56	36	15	19	28	1.92
279464--279589	22	5.7	22	73	0	117	26	21	22	29	1.99
279462--279579	44	2.7	44	94	0	200	27	21	22	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9