genome.fa.s7733.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007733.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109987_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1979160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1428434--1428465	14	2.2	15	94	5	57	37	6	15	40	1.73
1430774--1430805	12	2.8	12	95	4	57	46	15	0	37	1.46
1431732--1431761	10	3.0	10	100	0	60	30	0	10	60	1.30
1432506--1432791	144	2.0	145	95	0	520	38	7	22	31	1.82
1434605--1434688	32	2.7	31	82	12	109	17	16	10	54	1.70
1435997--1436025	13	2.2	13	100	0	58	62	0	6	31	1.22
1438088--1438118	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1442681--1442713	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
1443463--1443497	16	2.1	17	94	5	63	34	25	8	31	1.86
1444781--1444863	38	2.2	38	100	0	166	50	3	7	38	1.47
1450600--1450643	22	2.0	22	82	8	54	56	11	2	29	1.46
1453778--1453815	20	2.0	19	90	10	60	47	10	23	18	1.79
1471789--1472397	328	1.9	323	83	4	783	36	12	9	41	1.76
1473003--1473107	32	3.3	32	75	6	97	22	15	27	34	1.94
1474916--1474966	3	17.3	3	95	4	95	35	0	64	0	0.94
1479063--1479253	28	6.8	28	88	0	274	45	15	2	36	1.60
1482457--1482498	21	2.0	21	86	9	59	9	2	35	52	1.47
1483701--1484499	237	3.4	237	94	1	1349	34	21	17	26	1.96
1493458--1493511	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
1503172--1503210	17	2.4	17	91	4	62	43	2	5	48	1.38
1505658--1505772	58	2.0	58	92	0	194	38	6	24	31	1.80
1506926--1507102	90	2.0	89	90	1	282	40	10	4	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1507064--1507133	22	3.3	21	76	20	65	50	1	2	45	1.25
1508601--1508625	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1513376--1514065	216	3.2	215	90	1	1075	30	18	16	33	1.94
1514061--1514247	37	5.1	37	79	4	200	24	16	21	37	1.94
1520397--1520508	21	5.3	21	89	4	154	16	17	22	43	1.87
1520397--1520520	43	2.9	43	87	3	162	14	17	22	45	1.85
1525841--1525881	20	2.0	20	100	0	82	29	9	26	34	1.88
1527283--1527398	59	2.0	60	84	1	153	31	18	17	32	1.94
1531412--1531456	13	3.5	13	81	0	54	28	2	20	48	1.61
1532479--1532539	2	31.0	2	96	3	115	50	0	0	49	1.00
1541184--1541220	15	2.4	16	86	13	60	0	16	5	78	0.93
1541459--1541549	27	3.4	27	98	0	173	19	18	42	18	1.89
1541667--1541772	3	34.7	3	84	3	140	61	0	1	36	1.07
1542420--1543908	118	13.0	114	88	6	2121	30	20	13	35	1.91
1542418--1543877	230	6.4	230	93	2	2394	30	20	13	35	1.91
1544342--1544396	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
1544768--1544968	54	3.8	54	83	6	243	24	20	14	39	1.91
1547128--1547350	84	2.7	84	95	1	394	38	21	12	27	1.90
1556080--1556115	14	2.6	14	91	8	56	0	16	5	77	0.94
1556349--1556439	27	3.4	27	96	0	164	20	18	41	18	1.90
1556556--1556670	3	37.7	3	84	3	140	60	0	1	37	1.13
1557781--1558126	172	2.0	172	98	0	674	29	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1560100--1560172	33	2.2	35	82	9	98	49	0	2	47	1.15
1560172--1560216	21	2.0	23	87	8	67	46	0	2	51	1.13
1560213--1560251	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1567628--1567672	17	2.6	17	92	3	72	11	22	42	24	1.86
1574273--1574314	20	2.2	20	86	4	59	52	16	2	28	1.56
1575448--1575532	2	42.5	2	97	0	161	49	0	0	50	1.00
1583055--1583096	14	3.0	14	96	0	75	50	30	0	19	1.48
1593936--1593989	25	2.0	27	82	10	67	57	7	1	33	1.37
1612883--1612912	14	2.1	14	93	0	51	26	0	23	50	1.50
1627016--1627110	50	1.9	50	88	0	145	25	12	21	41	1.88
1636245--1636276	14	2.3	14	94	0	55	21	25	3	50	1.64
1637055--1637081	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
1638448--1638600	72	2.2	69	82	10	177	52	5	3	37	1.42
1639255--1639300	20	2.2	22	81	14	53	41	0	10	47	1.38
1640992--1641039	25	1.9	25	86	0	69	50	10	14	25	1.74
1644095--1644142	26	1.9	24	84	16	62	45	0	4	50	1.21
1644197--1644278	27	3.2	26	77	14	73	46	4	1	47	1.31
1644206--1644322	54	2.2	53	80	7	128	50	2	0	46	1.21
1646028--1646061	17	2.0	17	100	0	68	47	5	5	41	1.52
1647940--1648013	40	1.9	39	84	10	100	27	29	8	35	1.85
1647959--1648013	20	2.8	20	91	0	83	27	29	7	36	1.84
1655379--1655541	2	84.5	2	69	13	74	39	0	55	3	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1655379--1655541	16	9.3	17	72	21	115	39	0	55	3	1.22
1655388--1655541	20	7.3	20	69	22	84	39	0	55	3	1.23
1658328--1658405	20	3.9	20	96	0	138	24	26	10	38	1.87
1665773--1665898	22	5.7	22	69	15	73	38	0	54	5	1.29
1665771--1665958	6	32.2	6	71	13	72	38	0	56	4	1.23
1665771--1665958	16	11.1	17	70	18	99	38	0	56	4	1.23
1665829--1665958	28	4.7	28	73	14	92	36	0	60	3	1.13
1668950--1669031	29	2.8	29	92	1	137	34	14	8	42	1.76
1673203--1673319	6	19.8	6	75	10	55	37	0	58	3	1.15
1673194--1673319	16	7.2	17	78	15	109	37	0	59	3	1.13
1673195--1673301	26	4.2	26	72	15	82	37	0	59	2	1.12
1673205--1673307	22	4.6	22	79	11	102	37	0	59	2	1.13
1674317--1674410	10	9.2	10	70	11	57	36	0	60	3	1.13
1674325--1674377	22	2.4	22	93	0	97	37	0	56	5	1.23
1675405--1675429	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
1676247--1676274	8	3.5	8	100	0	56	50	0	35	14	1.43
1676878--1676915	14	2.5	15	87	8	51	34	2	2	60	1.24
1677489--1677537	19	2.5	19	86	3	62	26	22	8	42	1.81
1679353--1679389	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
1680940--1681008	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
1681095--1681183	31	2.9	31	82	0	106	35	12	12	39	1.81
1683397--1683492	31	3.1	31	96	0	174	36	21	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1683827--1683860	16	2.1	16	88	0	50	23	5	8	61	1.47
1685096--1685126	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1690534--1691003	67	7.0	67	87	1	665	21	22	21	35	1.96
1691481--1691561	41	2.0	41	85	0	108	33	23	16	27	1.95
1703301--1703369	29	2.4	30	92	7	124	30	8	17	43	1.79
1712798--1712921	60	2.1	60	84	6	162	33	11	18	37	1.86
1713868--1714064	96	2.1	96	92	0	322	29	25	14	30	1.95
1732267--1732324	2	29.0	2	87	6	82	48	5	0	46	1.24
1732261--1732324	22	3.0	22	90	4	96	46	9	0	43	1.35
1733628--1733730	31	3.4	31	75	13	99	38	8	9	42	1.69
1733628--1733730	30	3.4	30	78	4	109	38	8	9	42	1.69
1734154--1734186	17	1.9	17	88	11	50	39	48	0	12	1.40
1739482--1739639	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
1739607--1739780	20	8.7	19	76	6	105	36	25	19	18	1.95
1739607--1739779	40	4.3	39	80	4	141	35	25	19	19	1.95
1739607--1739779	60	2.9	60	81	2	186	35	25	19	19	1.95
1739626--1739777	40	3.8	38	82	9	144	35	25	19	19	1.95
1740161--1740231	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
1740352--1740405	14	3.6	14	77	18	63	40	24	25	9	1.85
1740362--1740410	16	3.1	16	72	21	57	44	22	24	8	1.79
1740417--1740514	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
1740439--1740528	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1740422--1740536	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
1742232--1742608	92	4.1	93	98	1	717	22	12	18	46	1.82
1742652--1742780	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
1742688--1742780	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
1742652--1742780	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
1742776--1742910	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
1742798--1742854	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1742781--1742873	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
1744808--1744843	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1744949--1745031	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9