genome.fa.s7760.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007760.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110029_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2010226

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  3  of  8  ( 949 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736821--736871	18	2.8	18	93	0	84	37	5	33	23	1.79
740927--740973	21	2.3	20	80	16	53	74	2	2	21	1.03
745927--745969	21	2.0	21	100	0	86	55	9	4	30	1.52
751914--751984	29	2.4	29	97	0	133	22	42	23	11	1.86
755353--755612	139	1.9	140	83	5	339	29	13	16	40	1.87
756493--756537	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
756642--756682	17	2.3	18	80	16	50	29	2	0	68	1.03
756634--756712	25	2.9	27	75	20	76	31	5	1	62	1.25
756699--756757	29	2.0	29	83	0	73	40	15	5	38	1.69
765821--765880	29	2.1	29	96	0	111	46	35	6	11	1.67
767474--767498	12	2.1	12	100	0	50	28	8	8	56	1.57
769534--769673	55	2.5	55	88	0	199	41	15	22	21	1.90
773814--774062	125	2.0	126	86	5	353	30	15	28	25	1.96
786417--786467	23	2.3	23	80	6	61	19	39	19	21	1.93
786449--786488	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
787732--787764	12	2.8	12	90	0	57	27	33	39	0	1.57
790263--791789	55	27.8	55	91	0	2360	30	14	24	30	1.94
793928--793956	12	2.3	13	94	5	51	31	0	3	65	1.09
794114--794161	4	12.0	4	100	0	96	75	0	0	25	0.81
794161--794229	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
795267--795352	43	2.0	43	100	0	172	23	16	20	39	1.92
799033--799066	18	1.9	17	94	5	59	0	20	5	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809334--809377	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
815793--815861	12	5.8	12	76	6	68	56	17	10	15	1.66
815791--815886	24	4.0	24	79	2	104	52	16	11	19	1.74
820758--820792	12	2.9	12	91	0	61	22	20	25	31	1.98
823305--823347	21	2.0	23	86	9	63	25	27	11	34	1.91
823551--823611	6	9.2	6	73	19	50	40	19	22	16	1.90
823571--823609	13	2.9	14	88	3	62	41	20	20	17	1.91
823626--823661	14	2.6	14	90	0	54	27	8	33	30	1.86
827095--827136	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
839380--839424	18	2.5	18	88	0	72	17	48	20	13	1.80
841885--842000	24	4.8	24	83	6	137	25	12	18	43	1.85
841885--842003	48	2.5	48	84	5	152	25	11	19	43	1.84
842077--842151	35	2.1	35	90	0	114	9	26	26	37	1.87
845124--845172	19	2.7	17	87	9	62	28	20	26	24	1.99
845124--845303	65	2.8	64	81	7	204	27	18	22	30	1.98
847839--847876	19	2.0	19	85	10	51	36	2	34	26	1.71
853841--853889	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
853860--853965	45	2.3	45	87	4	142	29	20	20	29	1.98
854014--854089	20	3.8	20	98	0	143	18	15	35	30	1.92
853906--854050	65	2.2	63	82	11	161	25	17	23	33	1.97
858214--858414	3	67.0	3	94	2	350	64	0	34	0	0.97
862700--862762	31	2.0	31	87	0	90	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866309--866384	31	2.5	31	82	4	91	28	15	11	43	1.83
872053--872095	20	2.1	21	87	12	63	34	16	2	46	1.60
874691--874736	25	1.9	23	83	16	58	43	0	10	45	1.39
876741--876827	37	2.3	38	80	5	97	68	4	2	24	1.19
876741--876832	42	2.3	38	79	7	94	69	4	2	23	1.17
876783--876837	15	3.5	16	80	9	60	76	3	1	18	1.02
876801--876844	5	8.4	5	87	7	61	79	2	0	18	0.83
878185--878236	22	2.4	22	100	0	104	3	3	55	36	1.36
878607--878799	59	3.2	60	76	8	180	27	13	24	33	1.94
878833--879078	39	6.3	39	81	3	282	37	17	16	28	1.91
878833--879078	118	2.1	114	82	8	300	37	17	16	28	1.91
878833--879078	79	3.2	78	84	4	282	37	17	16	28	1.91
879277--879408	59	2.2	59	82	5	151	30	21	25	22	1.99
879426--879521	39	2.5	39	87	1	131	36	15	15	32	1.89
879083--879543	251	1.8	251	88	0	699	32	18	21	28	1.96
879713--879861	57	2.6	58	85	9	191	35	20	9	34	1.85
881827--881875	7	7.3	7	76	17	50	4	18	0	77	0.92
881825--881912	10	8.8	10	68	22	60	6	17	1	75	1.08
881834--881858	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
881849--881890	17	2.5	17	81	11	52	9	11	0	78	0.96
881831--881910	29	2.7	29	79	11	72	7	17	1	73	1.12
888326--888388	12	5.2	12	72	14	58	26	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888311--888428	24	5.0	24	89	5	177	27	13	20	38	1.90
892933--893050	24	5.0	24	87	1	157	25	14	20	39	1.90
893516--893585	35	2.0	35	100	0	140	22	22	17	37	1.94
895667--895717	25	2.0	25	82	14	61	7	3	54	33	1.47
896768--896866	42	2.4	41	80	8	101	24	8	34	33	1.85
913346--913441	34	2.8	33	79	14	97	46	9	2	41	1.48
913373--913504	63	2.1	62	86	5	178	46	7	5	40	1.55
913340--913518	97	1.8	97	79	16	210	45	8	5	41	1.56
920458--920576	24	5.0	24	82	8	143	25	14	20	40	1.90
925062--925183	24	5.1	24	78	8	133	27	13	18	41	1.87
925084--925122	12	3.4	11	83	13	51	25	10	20	43	1.83
925062--925183	48	2.6	48	84	8	160	27	13	18	41	1.87
928743--928818	21	3.6	21	72	0	62	39	19	17	23	1.92
937145--937255	46	2.4	46	79	5	118	31	22	18	27	1.97
937480--937524	3	15.0	3	85	0	63	35	2	0	62	1.08
937525--937566	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
938051--938087	11	3.4	11	88	0	56	67	8	24	0	1.17
938987--939054	11	6.3	11	71	21	54	26	2	2	67	1.19
939098--939359	142	1.8	142	82	5	341	38	7	8	46	1.61
944333--944370	6	5.6	7	90	9	53	78	0	21	0	0.74
944333--944370	13	2.8	13	84	15	51	78	0	21	0	0.74
944976--945038	32	2.0	32	90	0	99	44	14	17	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949054--949111	22	2.6	22	94	0	107	32	12	13	41	1.82
949740--950272	45	11.8	45	91	2	843	24	23	18	33	1.97
949740--950272	136	3.9	135	91	1	834	24	23	18	33	1.97
949740--950272	181	2.9	181	92	0	861	24	23	18	33	1.97
950525--950600	6	11.5	6	84	5	53	39	1	0	59	1.06
950535--950600	18	3.4	18	84	12	69	42	1	0	56	1.08
950565--950595	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
951129--951154	11	2.4	11	100	0	52	65	0	34	0	0.93
951831--951863	12	2.8	12	95	0	57	36	0	3	60	1.12
975952--975996	2	22.5	2	82	8	56	44	2	0	53	1.13
975945--975989	15	3.1	15	87	3	65	37	4	0	57	1.19
975952--975996	19	2.4	19	85	7	56	44	2	0	53	1.13
975952--975996	13	3.5	13	80	17	58	44	2	0	53	1.13
977232--977276	22	2.1	21	84	12	56	44	35	2	17	1.62
980445--980474	15	2.0	15	100	0	60	33	6	0	60	1.23
985785--985881	51	1.9	51	82	4	124	37	4	12	46	1.61
987856--988026	90	1.9	90	93	0	297	45	7	9	37	1.65
994714--994892	89	2.0	90	90	1	279	43	7	10	38	1.67
995905--995953	25	2.0	25	84	8	64	20	24	0	55	1.44
999448--999493	18	2.5	19	82	13	60	19	2	8	69	1.25
999517--999549	16	2.1	16	94	0	57	6	21	0	72	1.05
1004612--1004651	21	1.9	21	100	0	80	32	15	27	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1015067--1015120	21	2.4	23	85	11	69	18	14	0	66	1.25
1019755--1019789	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
1019823--1019866	16	2.8	16	75	0	52	40	20	9	29	1.83
1025599--1025628	11	2.7	11	94	0	51	50	30	0	20	1.49
1031841--1031914	25	3.2	25	62	33	65	33	21	8	36	1.83
1031828--1031914	44	1.9	46	93	4	151	34	20	6	37	1.80
1031843--1031934	44	2.1	44	89	4	141	32	23	7	35	1.83
1041411--1041461	21	2.4	22	87	12	79	33	15	25	25	1.95
1041525--1041595	20	3.5	20	86	0	70	28	12	28	30	1.93
1041538--1041596	20	3.0	20	87	0	82	30	11	28	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8