genome.fa.s7760.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007760.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110029_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2010226

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388158--1388208	22	2.4	21	90	3	75	27	27	3	41	1.73
1389007--1389570	46	12.3	46	86	0	759	21	20	14	43	1.87
1389342--1389420	20	3.7	20	68	23	52	20	26	10	43	1.83
1389440--1389512	20	3.3	20	71	20	65	20	24	13	41	1.89
1394787--1394842	18	3.2	18	78	12	55	28	0	3	67	1.07
1395022--1395082	25	2.4	26	78	15	65	31	4	1	62	1.26
1394938--1395104	86	1.9	87	87	3	248	31	2	7	57	1.42
1397064--1397141	31	2.5	31	85	4	104	23	3	11	61	1.46
1398955--1399001	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
1399742--1399783	8	5.2	8	83	11	59	35	35	0	28	1.58
1402590--1402629	17	2.5	15	81	14	53	42	30	0	27	1.56
1402593--1402626	17	2.0	17	94	0	59	35	32	0	32	1.58
1402624--1402711	42	2.2	40	78	17	92	48	31	0	19	1.49
1402929--1402974	24	1.9	24	95	0	83	43	28	0	28	1.55
1404053--1404085	18	1.9	18	88	11	52	63	0	0	36	0.95
1404066--1404131	25	2.5	27	78	14	66	51	1	0	46	1.10
1404679--1404721	16	2.7	16	92	0	68	20	27	13	37	1.91
1404915--1404941	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1405264--1405322	12	4.9	12	79	12	59	45	0	6	47	1.29
1405264--1405316	23	2.2	25	86	6	74	45	0	7	47	1.31
1406380--1406406	12	2.2	12	100	0	54	29	25	0	44	1.54
1408109--1408197	6	15.3	6	68	27	59	51	0	1	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408104--1408199	15	6.4	15	79	13	117	53	0	1	45	1.07
1408105--1408162	29	2.1	27	93	6	98	51	0	0	48	1.00
1408104--1408191	9	10.4	9	66	24	50	52	0	1	46	1.08
1408142--1408263	31	3.8	30	80	17	138	49	1	1	47	1.21
1408202--1408256	21	2.5	21	85	5	65	45	1	1	50	1.22
1408103--1408257	75	2.1	74	83	9	190	49	1	1	47	1.17
1408300--1408333	15	2.2	16	89	5	52	47	5	2	44	1.42
1408352--1408427	36	2.1	36	87	0	107	46	9	2	42	1.50
1408409--1408459	15	3.3	15	71	15	50	50	3	3	41	1.39
1408388--1408546	57	2.9	56	83	11	193	49	6	3	39	1.48
1408527--1408555	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
1408569--1408621	24	2.3	24	87	6	74	49	3	7	39	1.49
1408599--1408632	13	2.5	13	90	4	50	41	0	11	47	1.40
1408614--1408653	20	2.0	20	90	0	62	40	10	5	45	1.60
1408640--1408710	37	2.0	36	83	5	90	36	11	11	40	1.77
1408546--1408681	57	2.4	57	79	9	154	41	8	8	41	1.66
1408975--1409123	15	10.1	14	78	15	126	44	4	4	46	1.45
1408992--1409123	28	4.5	28	79	14	110	43	4	5	46	1.46
1409084--1409164	18	4.4	18	78	18	69	46	2	3	46	1.33
1408967--1409138	15	11.3	15	74	16	106	45	4	4	45	1.43
1409292--1409358	2	33.0	2	80	8	73	49	5	0	44	1.27
1411217--1411342	61	2.0	62	84	4	166	33	7	9	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1419353--1419493	71	2.0	71	91	2	230	33	24	18	23	1.97
1421400--1421429	15	2.0	15	93	0	51	56	0	13	30	1.37
1426835--1427009	89	2.0	90	90	1	280	38	8	6	47	1.58
1434261--1434309	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
1440097--1440176	24	3.5	24	69	20	73	25	25	21	28	1.99
1442743--1442902	65	2.5	63	82	9	182	31	24	18	25	1.98
1443694--1443737	23	2.0	23	81	4	54	50	11	2	36	1.51
1449650--1449729	20	3.8	21	83	8	90	22	33	23	20	1.97
1453072--1453247	88	2.0	88	94	2	309	27	29	9	33	1.88
1455777--1455802	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
1456812--1457346	54	9.8	54	86	3	707	34	18	19	28	1.95
1456812--1457354	109	5.0	109	89	2	788	34	18	18	27	1.95
1456835--1457346	163	3.1	163	88	2	751	34	18	18	28	1.95
1457487--1457986	81	6.2	81	86	1	680	36	12	23	28	1.91
1457487--1458065	243	2.4	243	83	3	657	36	11	23	27	1.90
1457487--1458064	162	3.6	160	83	6	673	36	11	23	27	1.90
1474851--1475441	55	10.9	55	83	4	639	35	18	18	27	1.94
1474851--1475450	109	5.5	109	82	5	666	35	18	18	27	1.94
1474851--1475458	54	11.2	54	77	13	542	35	18	18	27	1.94
1475622--1475893	81	3.4	81	90	1	429	34	11	25	28	1.90
1475616--1476003	162	2.4	161	84	3	467	37	11	23	27	1.89
1475622--1475968	81	4.3	81	85	1	428	36	11	24	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479470--1479641	51	3.4	51	78	3	195	50	12	15	20	1.77
1480207--1480255	21	2.5	19	87	12	73	24	10	2	63	1.37
1481415--1481509	23	4.1	23	74	5	84	36	26	17	18	1.94
1481501--1481575	21	3.6	21	71	7	71	37	20	16	26	1.93
1481491--1481591	42	2.4	42	81	3	121	34	22	17	24	1.96
1486574--1486613	6	6.5	6	82	5	53	42	0	0	57	0.98
1486658--1486716	30	2.0	30	86	0	82	45	0	1	52	1.10
1486841--1486880	19	2.1	19	95	0	71	50	0	0	50	1.00
1487535--1487568	12	2.8	12	95	0	59	55	0	0	44	0.99
1489889--1489935	24	2.0	24	95	0	85	8	12	21	57	1.62
1489887--1489948	24	2.6	24	84	0	79	12	12	17	56	1.67
1491053--1491104	27	1.9	27	84	7	70	28	5	17	48	1.70
1491053--1491123	29	2.6	28	82	8	83	28	4	18	49	1.66
1503307--1503462	64	2.4	64	81	6	172	30	19	21	28	1.98
1503348--1503513	64	2.6	63	81	6	174	28	17	23	30	1.97
1510605--1510758	64	2.4	64	83	5	168	30	18	20	30	1.96
1510645--1510810	64	2.6	64	80	3	174	30	17	21	30	1.96
1516779--1516820	17	2.5	17	96	0	75	47	0	7	45	1.30
1517010--1517043	15	2.3	15	89	0	50	35	2	0	61	1.11
1518657--1518704	25	2.0	24	91	4	78	41	0	0	58	0.98
1518736--1518770	18	1.9	18	100	0	70	54	0	5	40	1.24
1518772--1518915	18	8.4	18	66	22	69	41	7	8	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1518837--1518888	13	3.6	13	75	22	50	38	5	9	46	1.61
1518813--1518921	33	3.4	31	86	7	130	42	5	9	43	1.59
1518882--1519000	20	5.4	20	77	18	121	52	1	6	38	1.38
1518839--1518931	33	2.9	32	85	4	125	46	4	7	41	1.52
1518882--1518987	25	4.7	23	77	18	116	53	1	6	37	1.38
1518882--1518998	45	2.6	45	98	0	225	52	1	6	38	1.38
1519071--1519214	2	75.5	2	64	21	51	46	4	2	46	1.36
1519071--1519134	22	3.0	21	82	11	67	46	6	1	45	1.37
1519283--1519463	2	86.0	2	65	21	59	45	4	7	42	1.53
1519257--1519383	9	14.3	9	66	26	67	42	3	8	45	1.50
1519257--1519379	20	5.8	20	71	16	81	42	3	8	45	1.51
1519255--1519428	87	2.0	85	82	13	214	43	4	8	43	1.55
1519338--1519410	20	3.6	20	78	15	71	46	4	6	42	1.49
1519350--1519496	53	2.8	53	83	6	181	44	4	8	42	1.55
1519458--1519650	18	10.7	20	68	26	112	40	7	8	44	1.62
1519447--1519657	35	6.6	32	75	21	185	40	6	8	44	1.61
1519453--1519506	15	3.3	15	72	22	54	40	5	7	46	1.55
1519432--1519662	128	1.8	128	90	3	378	41	6	8	43	1.61
1519283--1519660	18	21.5	17	66	22	92	42	5	8	43	1.58
1519560--1519736	33	5.4	33	78	10	141	45	4	6	42	1.50
1519651--1519712	20	3.5	19	70	30	64	51	1	6	40	1.37
1519738--1519803	7	9.4	7	77	12	73	42	36	0	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1519749--1519803	21	2.6	21	97	0	101	43	32	0	23	1.54
1519805--1519852	22	2.2	22	88	7	71	50	4	2	43	1.33
1519889--1520094	20	10.1	20	68	14	100	42	5	6	45	1.53
1519855--1519936	11	7.8	10	70	22	53	47	2	2	47	1.28
1519899--1519936	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
1520004--1520106	11	10.0	10	67	16	50	45	5	2	45	1.42
1520026--1520094	22	3.2	22	80	15	99	44	5	2	46	1.42
1520159--1520854	210	3.3	215	91	3	1090	29	11	8	51	1.67
1521966--1522013	23	2.1	23	84	0	60	35	12	16	35	1.87
1522490--1522562	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8