genome.fa.s7761.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110030_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1497221

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8636--8674	21	1.9	20	84	5	51	28	15	17	38	1.91
11659--11683	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
11983--12033	21	2.4	21	93	0	84	27	31	11	29	1.92
22895--22924	15	2.0	15	93	0	51	13	26	43	16	1.85
28466--28509	20	2.2	20	83	0	52	50	0	13	36	1.42
29578--29616	17	2.3	17	100	0	78	48	12	5	33	1.63
31225--31282	3	20.3	3	81	10	68	62	0	3	34	1.12
31225--31282	23	2.6	23	89	8	84	62	0	3	34	1.12
31472--31921	133	3.4	132	85	2	569	31	14	20	32	1.93
33597--33653	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
37427--37453	6	4.5	6	100	0	54	51	14	14	18	1.76
38725--39071	131	2.7	130	81	4	403	39	17	10	32	1.84
40834--40904	31	2.3	31	80	4	81	32	29	18	19	1.96
41626--41659	17	2.0	17	94	0	59	38	11	11	38	1.79
41661--41703	16	2.7	16	85	0	59	37	23	16	23	1.94
45886--45916	16	1.9	16	93	0	53	25	22	19	32	1.97
59772--59798	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
64615--64808	93	2.1	95	81	4	232	39	12	22	26	1.89
65152--65654	54	9.3	54	88	1	679	33	13	17	35	1.89
72730--72787	10	5.5	10	77	18	64	86	10	3	0	0.69
72730--72781	11	4.5	11	86	9	77	86	9	3	0	0.69
72730--72787	19	3.1	18	80	7	71	86	10	3	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72730--72781	24	2.2	24	90	6	81	86	9	3	0	0.69
77735--77775	22	1.9	21	85	5	55	53	0	7	39	1.29
83371--83420	24	2.2	22	82	10	57	36	0	44	20	1.52
86770--87407	54	11.8	54	88	0	900	34	14	15	36	1.87
96409--96547	36	3.9	36	91	0	199	35	25	20	19	1.96
99834--99870	7	5.3	7	96	0	65	29	0	40	29	1.57
105187--105211	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
106508--107047	91	6.0	91	91	0	807	26	21	15	36	1.93
107921--108076	58	2.7	54	76	13	161	36	21	12	29	1.90
107869--108076	116	1.8	111	87	7	310	38	19	11	29	1.87
110390--110445	7	7.4	7	86	13	76	0	17	0	82	0.68
110386--110452	17	4.2	16	85	14	95	0	19	0	80	0.71
110386--110445	31	2.0	31	96	3	113	0	18	0	81	0.69
110386--110491	16	6.6	16	76	16	96	2	16	2	78	0.99
119110--119144	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
126046--126083	18	2.1	18	90	0	58	28	15	0	55	1.41
129238--129270	16	2.1	16	88	11	50	72	3	0	24	0.98
130420--130453	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
130540--130582	22	2.0	22	100	0	86	55	27	0	16	1.41
131635--131930	45	6.6	45	79	7	269	34	8	17	39	1.81
132037--132154	58	2.0	58	82	6	141	38	4	13	43	1.64
138838--138916	39	2.0	39	92	0	131	21	13	5	59	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138846--138905	19	3.1	19	63	13	50	16	15	5	63	1.47
139427--139463	15	2.4	16	86	9	58	48	0	2	48	1.15
139427--139467	16	2.5	16	88	4	55	46	0	4	48	1.23
140592--140616	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
151207--151246	21	2.0	20	85	5	53	47	0	0	52	1.00
151198--151251	28	2.0	27	85	3	72	48	0	1	50	1.11
151211--151258	13	3.7	14	71	18	50	50	0	0	50	1.00
161461--161537	31	2.6	29	83	8	100	22	0	16	61	1.35
161460--161557	30	3.2	29	78	16	101	24	1	16	58	1.45
162516--162556	22	1.9	21	95	5	73	24	7	34	34	1.83
164777--164809	17	1.9	17	93	0	57	0	12	6	81	0.85
165127--165168	22	2.0	21	90	4	66	23	2	35	38	1.68
172164--172347	54	3.4	54	84	3	253	26	19	23	31	1.98
172164--172371	54	3.9	54	81	3	240	28	17	21	32	1.96
172164--172371	108	1.9	108	83	3	267	28	17	21	32	1.96
172729--172784	19	2.7	21	83	10	71	30	17	16	35	1.92
175284--175349	24	2.8	24	90	4	98	24	18	18	39	1.92
175288--175351	12	5.3	12	72	20	62	23	17	20	39	1.92
179370--179446	23	3.2	23	88	5	100	44	1	3	50	1.28
179354--179431	4	20.5	4	71	19	60	47	1	1	50	1.17
180738--180809	24	3.0	24	74	15	67	34	0	5	59	1.21
180734--180853	32	3.5	33	83	12	109	37	0	4	58	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180750--180821	24	3.0	23	83	15	92	34	0	5	59	1.21
180765--180862	33	3.1	31	75	18	87	38	0	3	58	1.14
180765--180919	64	2.5	63	76	15	151	39	1	3	55	1.26
180769--180909	2	75.5	2	66	25	60	40	1	2	55	1.23
180765--180944	7	26.3	7	69	22	91	39	1	4	54	1.31
198174--198206	16	2.1	16	100	0	66	45	18	0	36	1.49
217621--218055	216	2.0	215	84	2	559	35	20	14	28	1.92
218751--218907	21	7.8	20	70	19	80	36	0	7	54	1.34
218816--218908	17	5.8	17	73	22	60	41	1	4	52	1.28
218817--218972	2	82.5	2	67	24	72	44	1	5	49	1.32
218822--218907	15	6.4	14	71	24	62	41	1	3	53	1.25
218861--218939	11	7.4	11	70	24	62	43	1	7	48	1.39
218816--218972	27	5.6	26	71	20	88	43	1	5	49	1.32
239477--239528	22	2.7	20	78	21	58	69	0	25	5	1.10
241700--242075	34	10.9	35	83	3	433	34	22	21	22	1.97
241700--242075	104	3.6	105	88	3	539	34	22	21	22	1.97
242081--243171	215	5.1	213	86	5	1532	32	15	19	32	1.93
243045--243142	42	2.4	41	80	1	115	24	22	23	29	1.99
243004--243352	181	1.9	181	92	1	592	30	16	19	32	1.94
243441--243543	43	2.5	41	76	4	98	25	22	21	31	1.98
243519--243625	56	1.9	56	88	0	160	27	20	24	28	1.99
248475--248499	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250773--250824	22	2.7	20	78	21	58	69	0	25	5	1.10
252998--253373	34	10.9	35	84	3	442	33	22	21	22	1.97
252998--253373	104	3.6	105	89	3	548	33	22	21	22	1.97
253379--254470	215	5.1	214	87	4	1523	33	14	19	32	1.92
254303--254651	181	1.9	181	92	1	592	30	16	19	33	1.94
254740--254842	43	2.5	41	77	4	107	24	23	21	31	1.99
254817--254924	56	1.9	56	88	0	162	25	21	24	28	1.99
257648--257677	15	1.9	16	93	6	53	76	3	6	13	1.11
257746--257788	18	2.4	18	88	0	59	69	0	9	20	1.15
258660--259026	201	1.8	202	81	5	456	26	20	19	32	1.97
259778--259866	32	2.8	32	80	0	97	34	22	14	28	1.93
260890--260935	15	3.4	14	82	14	60	6	8	6	78	1.10
260890--260929	15	2.7	15	92	3	64	5	10	7	77	1.11
263066--264194	561	2.0	560	93	0	1945	34	20	17	27	1.95
264740--264786	18	2.7	18	83	6	62	74	0	6	19	1.03
264761--264797	14	2.5	15	83	16	51	70	2	8	18	1.25
265295--265342	24	2.0	24	83	0	60	52	14	0	33	1.42
272716--272797	40	2.0	40	97	0	155	24	17	25	32	1.96
273458--273496	20	2.0	20	94	0	69	15	20	25	38	1.92
273460--273503	20	2.2	20	87	0	61	18	20	20	40	1.91
279613--279753	40	3.5	40	94	0	255	22	17	27	31	1.97
279857--279982	45	2.8	46	82	3	157	38	8	23	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289158--289202	14	3.2	14	78	12	56	31	2	13	53	1.52
289283--289318	18	2.1	17	89	5	54	66	5	8	19	1.38
291201--291258	23	2.5	23	80	2	71	44	24	8	22	1.80
297697--297762	19	3.4	19	69	10	53	36	19	9	34	1.84
303101--303198	29	3.3	29	80	7	108	43	18	4	33	1.69
306079--306133	24	2.3	24	90	0	83	16	36	34	12	1.87
307012--307048	16	2.3	16	100	0	74	13	10	40	35	1.80
309855--309884	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
309837--309876	18	2.2	18	95	0	71	20	42	22	15	1.88
309836--309904	31	2.2	33	82	10	81	17	37	24	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7