genome.fa.s7761.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110030_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1497221

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  7  of  7  ( 824 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1343715--1343792	38	2.0	41	85	7	108	1	16	0	82	0.75
1345323--1345359	9	3.9	10	86	10	51	59	2	18	18	1.50
1345323--1345367	19	2.4	18	85	7	63	57	2	20	20	1.51
1351717--1351755	21	1.9	20	84	5	51	35	43	2	17	1.63
1352665--1352747	15	5.1	16	81	12	62	68	0	3	27	1.06
1352705--1352749	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
1352954--1352988	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
1365324--1365381	20	2.8	20	81	2	62	25	44	0	29	1.54
1366393--1366522	45	2.9	44	72	10	111	47	6	3	41	1.48
1370699--1370751	19	2.8	19	94	0	79	30	35	13	20	1.91
1370737--1370881	64	2.3	63	79	6	148	27	24	19	28	1.99
1379481--1379532	19	2.7	19	96	0	95	28	30	19	21	1.97
1379414--1379577	84	2.0	82	80	8	188	30	25	18	25	1.98
1379555--1379597	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
1383183--1383218	17	2.1	17	89	0	54	41	11	2	44	1.54
1384819--1384850	10	3.2	10	100	0	64	37	21	9	31	1.85
1386082--1386112	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
1387721--1387774	28	1.9	28	84	0	72	33	7	12	46	1.70
1390445--1390489	21	2.1	21	91	0	72	44	0	15	40	1.47
1395976--1396091	36	3.2	36	70	18	105	41	16	14	27	1.87
1399815--1400015	86	2.3	87	81	4	228	26	18	6	47	1.74
1399796--1400089	43	6.8	44	74	9	198	27	19	5	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1399815--1400054	43	5.6	43	76	8	202	27	19	7	45	1.76
1401898--1401941	16	2.8	16	78	0	52	40	15	22	20	1.90
1403028--1403138	51	2.2	52	82	6	129	18	29	31	20	1.96
1403266--1403328	30	2.1	29	94	2	108	39	39	3	17	1.66
1403370--1403402	16	2.1	16	88	11	50	36	0	0	63	0.95
1409270--1409333	20	3.4	19	77	18	80	65	4	0	29	1.13
1409999--1410063	23	2.9	22	86	6	85	49	1	24	24	1.59
1411061--1411123	32	2.0	32	87	0	90	22	9	19	49	1.76
1418161--1418246	39	2.2	39	79	4	93	47	11	2	38	1.53
1419198--1419242	2	22.5	2	91	8	74	48	2	0	48	1.13
1421274--1421303	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
1421277--1421311	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
1421391--1421509	23	5.3	22	70	24	70	74	0	5	18	1.06
1421462--1421525	30	2.1	31	88	8	96	70	0	3	26	1.02
1421455--1421577	44	2.9	42	77	10	101	65	0	2	31	1.05
1421583--1421652	23	3.2	22	73	20	58	68	4	7	20	1.30
1421922--1422059	37	3.8	36	84	6	172	29	14	13	42	1.84
1421956--1422056	34	2.9	35	91	8	161	27	14	13	43	1.84
1422605--1423121	105	5.0	105	90	2	704	22	17	26	34	1.96
1423764--1423921	68	2.4	65	85	4	208	36	9	22	31	1.86
1423764--1424072	65	4.6	66	75	12	227	37	11	20	30	1.88
1423917--1423975	21	3.1	21	63	27	58	37	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423896--1424273	36	10.9	36	75	14	321	37	13	20	29	1.90
1423835--1424150	138	2.3	136	85	3	418	38	12	19	29	1.89
1423900--1424277	173	2.2	173	83	5	478	38	13	19	28	1.89
1424214--1424270	15	3.5	15	69	17	51	36	15	24	22	1.94
1424210--1424275	34	1.9	34	93	0	114	36	15	24	24	1.93
1424210--1424327	35	3.4	35	72	14	100	37	16	21	25	1.93
1425228--1425271	22	2.0	22	91	8	72	27	11	22	38	1.88
1425922--1425989	8	8.8	8	74	6	59	0	13	7	79	0.93
1425923--1425990	22	3.0	22	79	16	59	0	13	8	77	0.98
1425913--1425995	17	5.1	16	73	23	59	0	13	8	78	0.96
1425912--1425989	38	2.1	36	80	15	88	0	12	7	79	0.93
1427153--1427191	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
1427153--1427191	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
1427710--1427749	18	2.2	18	100	0	80	35	12	32	20	1.90
1429675--1429704	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
1429678--1429712	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
1429727--1429756	11	2.6	11	94	5	51	70	0	10	20	1.16
1429797--1429874	13	6.3	12	71	12	52	75	1	2	20	0.99
1429760--1429866	29	3.7	29	70	20	71	74	0	6	17	1.08
1429790--1429884	24	3.8	26	76	14	94	73	1	5	20	1.08
1429790--1429886	26	3.8	26	77	11	96	73	1	5	20	1.09
1429821--1429899	36	2.2	37	86	11	110	68	0	2	29	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429954--1430015	23	2.8	22	75	20	58	67	4	6	20	1.32
1430284--1430421	37	3.8	36	84	6	172	29	14	13	42	1.84
1430318--1430418	34	2.9	35	91	8	161	27	14	13	43	1.84
1439036--1439071	18	2.0	18	94	0	63	63	19	0	16	1.30
1440470--1440538	23	2.8	24	80	10	70	71	1	15	11	1.22
1440549--1440593	16	2.8	16	90	10	65	82	2	2	13	0.86
1441856--1441914	3	17.7	3	83	13	55	71	1	0	27	0.96
1441850--1441923	10	7.5	10	82	13	91	70	1	1	27	1.04
1441855--1441923	7	10.0	7	76	20	74	71	1	0	27	0.95
1441862--1441922	4	16.2	4	80	19	62	72	1	0	26	0.94
1442008--1442070	18	3.6	18	70	12	58	50	7	1	39	1.41
1442054--1442316	37	7.2	37	81	9	254	43	6	5	44	1.52
1442921--1443593	84	8.1	83	77	5	617	25	19	24	30	1.98
1442924--1443593	165	4.0	167	77	6	502	25	19	24	30	1.98
1442950--1443593	248	2.6	248	87	2	884	25	19	24	30	1.98
1443190--1443593	164	2.4	166	80	6	469	26	19	24	29	1.99
1448782--1448836	24	2.2	24	81	15	60	74	7	5	12	1.20
1450295--1450366	10	7.3	9	84	10	63	72	1	1	25	1.01
1450292--1450369	7	11.1	7	75	20	74	71	1	1	25	1.01
1450298--1450365	3	20.7	3	80	14	64	70	1	1	26	1.04
1450292--1450374	13	6.7	13	78	14	95	71	1	1	26	1.01
1450311--1450374	10	5.9	10	84	15	83	70	1	0	28	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450462--1450521	17	3.6	16	72	22	52	48	8	1	41	1.43
1450440--1450528	33	2.8	32	88	6	126	43	6	3	46	1.46
1450505--1450770	38	7.2	38	82	7	280	43	6	4	44	1.50
1456503--1456538	16	2.2	16	100	0	72	44	19	0	36	1.51
1459657--1459683	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1460913--1460973	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
1467057--1467097	18	2.3	18	91	0	64	24	31	34	9	1.88
1469489--1469548	29	2.0	29	90	3	93	41	5	11	41	1.63
1479559--1479861	45	6.8	45	81	5	312	29	22	10	37	1.87
1479559--1479862	89	3.4	89	81	7	341	29	22	10	37	1.87
1479947--1479996	18	2.9	17	81	18	59	58	8	4	30	1.45
1480298--1480355	22	2.7	21	72	15	64	20	29	15	34	1.94
1486168--1486511	45	7.8	44	78	7	281	29	20	10	40	1.85
1486168--1486464	132	2.2	134	81	5	327	29	19	10	40	1.85
1486176--1486514	177	1.9	175	84	4	450	29	20	10	39	1.86
1487053--1487110	22	2.6	22	97	0	107	27	27	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7

The End!