genome.fa.s7761.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110030_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1497221

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  4  of  7  ( 824 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755296--755337	14	3.1	14	86	3	50	35	2	7	54	1.41
755362--755408	7	6.7	7	95	0	85	14	23	0	61	1.33
755404--755435	5	6.6	5	92	7	57	21	0	0	78	0.76
755406--755458	14	3.9	14	80	14	67	18	3	0	77	0.92
755404--755457	9	6.0	9	77	18	51	20	3	0	75	0.95
757615--757658	16	2.7	17	82	10	65	31	0	2	65	1.05
757700--757799	38	2.8	37	78	13	102	52	3	4	41	1.36
762139--762182	11	3.7	11	82	11	52	20	4	2	72	1.13
765713--765751	17	2.4	17	86	4	53	28	5	0	66	1.12
768694--768726	16	2.1	16	88	5	50	57	6	15	21	1.59
769710--769760	16	3.1	16	83	5	57	17	11	5	64	1.45
769725--769762	17	2.2	17	95	0	67	10	15	5	68	1.36
771950--772081	46	2.9	45	83	8	160	31	21	7	38	1.82
778926--779058	47	2.9	45	84	6	160	32	21	7	39	1.81
785703--785744	22	1.9	22	85	9	59	59	4	0	35	1.19
788459--788606	64	2.5	60	82	11	162	31	22	18	27	1.97
788476--788610	65	2.1	64	87	6	193	31	23	19	25	1.98
796019--796075	3	18.7	3	83	16	73	33	0	1	64	1.04
796020--796075	20	2.6	22	83	16	73	33	0	1	64	1.04
796018--796075	23	2.5	24	86	5	84	34	0	1	63	1.04
796019--796075	26	2.3	23	88	8	78	33	0	1	64	1.04
796847--797149	58	5.2	58	91	0	444	34	20	12	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797488--797547	19	3.0	19	76	21	68	28	26	15	30	1.96
797572--797625	20	2.7	19	85	5	63	18	25	16	38	1.92
797614--797702	39	2.3	39	98	0	169	28	20	12	39	1.88
803276--803321	22	2.0	22	87	4	65	54	4	0	41	1.20
803690--803888	97	2.1	96	83	0	245	35	20	12	32	1.89
803788--803973	58	3.2	58	92	1	302	34	20	10	33	1.88
810921--811036	36	3.3	35	76	9	101	28	17	12	42	1.85
810971--811049	36	2.1	38	86	4	108	31	18	11	37	1.87
811300--811539	131	1.8	131	86	1	347	25	31	18	24	1.98
811848--811906	3	20.0	3	83	10	77	30	1	1	66	1.12
811851--811894	23	1.9	23	95	0	79	29	2	2	65	1.16
811848--811904	26	2.3	26	87	6	91	29	1	1	66	1.12
818698--818749	14	3.8	14	87	2	70	44	21	19	15	1.87
824785--824826	13	3.2	13	86	6	66	35	19	28	16	1.93
824785--824828	14	3.2	14	90	3	72	34	18	29	18	1.94
824827--824880	15	3.7	14	87	5	72	25	18	29	25	1.98
827212--827288	35	2.2	35	97	0	145	42	2	2	51	1.29
829222--829252	14	2.2	14	94	0	53	51	6	19	22	1.69
829321--829360	21	1.9	21	94	0	71	32	27	15	25	1.95
829774--829959	44	4.2	45	92	1	304	30	21	6	41	1.79
830049--830524	59	8.1	56	74	10	253	29	22	12	35	1.91
830148--830524	117	3.2	118	82	5	442	29	22	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832401--832438	15	2.5	16	87	8	53	76	2	0	21	0.91
832409--832446	15	2.4	16	86	13	60	73	0	0	26	0.83
832391--832448	25	2.3	25	82	5	64	72	1	0	25	0.94
832469--832504	17	2.1	17	94	0	63	44	5	2	47	1.41
832513--832581	23	3.0	23	77	14	72	46	7	2	43	1.46
832548--832790	37	6.4	37	77	11	181	42	11	3	42	1.58
832556--832807	118	2.1	116	81	8	287	42	10	3	43	1.56
832690--832796	38	2.9	35	77	15	101	42	12	3	42	1.60
834466--834495	8	3.9	8	91	8	53	0	10	0	90	0.47
834467--834495	15	1.9	15	100	0	58	0	10	0	89	0.48
843495--843537	19	2.3	19	87	0	59	23	6	11	58	1.57
843827--843859	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
851785--851864	42	1.9	42	86	0	115	25	20	21	33	1.97
851553--852659	237	4.7	236	90	2	1700	32	14	18	34	1.91
852024--852126	42	2.5	41	83	1	125	27	22	21	29	1.99
852280--852367	42	2.1	42	82	4	106	27	21	19	31	1.97
852451--852835	175	2.2	175	90	2	587	32	16	18	32	1.94
851977--853296	637	2.1	643	88	2	1967	32	15	18	33	1.92
852627--853741	236	4.8	231	84	4	1342	32	16	18	33	1.93
854039--854078	11	3.5	11	86	13	55	70	0	0	30	0.88
858187--858289	54	1.9	54	82	4	127	35	20	15	28	1.93
865269--865379	54	2.1	54	85	0	150	37	16	17	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866182--866229	19	2.4	19	82	6	60	39	18	10	31	1.85
868331--868361	12	2.6	12	94	0	53	70	3	3	22	1.16
869511--869551	21	2.0	20	86	9	57	70	2	4	21	1.18
870544--870582	9	4.3	9	87	9	53	69	0	0	30	0.89
870595--870853	38	6.9	36	75	15	208	42	9	3	44	1.54
870716--870745	14	2.1	14	93	0	51	43	16	0	40	1.48
871181--871227	17	2.8	17	75	12	51	53	4	2	40	1.32
872413--872443	16	1.9	16	100	0	62	38	19	3	38	1.68
878217--878441	46	4.9	46	91	0	360	41	15	22	20	1.89
884138--884172	7	5.0	7	96	0	61	57	0	40	2	1.14
885299--885429	46	3.0	44	86	5	176	42	12	21	23	1.86
885943--886030	44	2.0	44	97	0	167	40	19	4	35	1.72
886581--886627	18	2.6	18	100	0	94	57	4	14	23	1.55
890935--891142	39	5.3	39	80	2	204	34	21	26	17	1.95
890935--891142	78	2.7	78	79	1	229	34	21	26	17	1.95
898909--898968	23	2.6	23	91	0	93	23	30	25	21	1.99
905661--905826	39	4.3	39	82	1	208	30	24	28	16	1.97
905661--905825	77	2.1	78	82	1	206	30	23	28	16	1.97
906540--906580	3	14.0	3	94	5	75	65	0	0	34	0.93
910349--910720	188	2.0	188	100	0	744	39	20	13	26	1.90
913596--913701	38	2.7	39	85	5	135	50	2	12	34	1.55
915409--915474	28	2.4	28	92	0	105	24	30	33	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918868--919187	89	3.6	89	91	2	513	22	22	24	30	1.99
919610--919761	63	2.4	64	80	13	170	34	23	17	25	1.96
919610--919807	64	3.1	63	78	11	181	32	22	17	27	1.96
921292--921333	21	2.0	21	100	0	84	47	23	9	19	1.78
924936--925026	44	2.1	44	84	9	118	27	26	21	24	1.99
924954--925006	21	2.5	22	84	3	63	26	24	24	24	2.00
924954--925034	23	3.7	23	75	8	87	27	25	23	23	2.00
926962--927019	28	2.0	28	83	9	73	18	3	22	55	1.58
927202--927236	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
930920--930957	18	2.1	18	90	0	58	47	0	15	36	1.46
932616--932980	89	4.1	89	87	4	493	21	21	25	31	1.98
934928--934973	23	2.0	23	82	0	56	19	21	10	47	1.80
935506--935553	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
936505--936680	93	1.9	95	83	7	234	39	11	22	25	1.88
937047--937289	55	4.4	55	87	4	373	37	10	17	34	1.84
937029--937590	110	5.0	109	85	8	761	35	10	18	35	1.85
937217--937568	55	6.0	61	83	11	376	35	10	17	36	1.85
937290--937590	55	5.5	55	92	2	500	33	10	18	36	1.85
937029--937590	232	2.5	220	85	8	790	35	10	18	35	1.85
939768--939797	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
944208--944279	33	2.1	35	87	10	105	27	8	22	41	1.82
952454--952478	6	4.2	6	100	0	50	16	16	36	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952621--952662	19	2.2	20	87	12	61	73	7	2	16	1.15
955676--955772	47	2.1	47	100	0	194	34	14	21	29	1.93
959808--959855	18	2.7	18	80	3	62	72	0	12	14	1.11
959947--960016	30	2.5	28	77	13	72	72	0	5	21	1.05
960027--960065	2	20.0	2	84	5	53	51	0	2	46	1.14
960111--960180	2	38.0	2	83	16	98	54	0	0	45	0.99
960173--960224	21	2.4	21	75	18	54	69	0	5	25	1.10
961556--961805	110	2.3	105	78	5	250	25	18	22	33	1.97
962493--962849	65	5.3	66	74	11	240	40	12	18	29	1.86
962664--962885	36	6.3	36	79	10	226	42	13	17	25	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7