genome.fa.s7838.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110187_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3429202

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630--705	39	1.9	39	97	0	143	43	13	9	34	1.75
2599--2690	33	2.8	33	77	11	98	44	11	7	35	1.70
3649--3821	60	2.9	59	81	5	177	32	17	8	41	1.80
6403--6431	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
10382--10609	58	3.9	58	77	8	185	33	23	17	25	1.96
16349--18418	545	3.8	535	82	5	2096	40	9	14	36	1.79
21283--21333	21	2.4	21	93	3	84	45	15	1	37	1.58
28311--28346	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
31403--31466	2	32.5	2	96	3	121	51	0	0	48	1.00
39666--39705	16	2.6	16	88	4	55	40	10	17	32	1.83
41110--41147	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
42543--42679	60	2.3	60	81	7	163	37	9	14	37	1.79
45643--45669	13	2.1	13	100	0	54	22	22	7	48	1.75
62925--63207	153	1.9	150	84	5	381	30	17	29	22	1.97
63795--64038	36	6.8	36	83	2	276	34	23	20	21	1.96
63771--64038	108	2.5	107	82	2	311	35	23	20	20	1.96
66093--66223	39	3.4	39	88	0	208	27	19	32	19	1.97
66174--66282	57	1.9	57	90	0	173	31	22	30	16	1.96
77030--77062	15	2.1	17	88	11	52	15	15	6	63	1.49
77432--77466	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
79700--79751	20	2.5	20	87	3	77	38	26	17	17	1.92
79805--79851	18	2.5	18	86	6	58	31	19	10	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79989--80028	16	2.5	16	83	0	53	27	5	0	67	1.11
80751--80797	24	1.9	24	91	4	76	21	19	21	38	1.94
83065--83100	18	2.0	18	94	0	63	55	19	2	22	1.56
83306--83378	29	2.5	29	86	0	92	34	16	19	30	1.94
84795--84893	42	2.4	42	84	0	135	18	18	34	29	1.94
86429--86479	20	2.5	20	93	0	84	9	19	21	49	1.77
86447--86490	20	2.2	20	83	0	52	13	15	20	50	1.78
87004--87052	20	2.5	20	93	0	80	18	10	24	46	1.79
94742--94795	21	2.6	21	88	5	74	59	14	16	9	1.60
95467--95527	25	2.4	26	78	10	63	49	0	4	45	1.23
95983--96090	50	2.1	50	79	1	117	15	32	27	24	1.95
98493--98549	29	2.0	29	96	0	105	17	28	19	35	1.94
99055--99100	18	2.6	18	89	0	74	26	15	8	50	1.73
102772--102806	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
105108--105182	31	2.4	33	77	11	84	60	1	0	38	1.06
105105--105193	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
112208--112282	24	3.2	24	64	17	66	46	24	6	22	1.75
112191--112284	47	2.0	47	93	0	161	45	24	7	22	1.78
115423--115479	3	19.0	3	85	7	80	31	1	0	66	1.02
116850--116907	21	2.7	23	76	15	61	41	0	3	55	1.17
116781--117137	131	2.8	127	85	9	481	37	5	7	49	1.56
121289--121455	60	2.8	59	78	5	165	47	5	13	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134885--134975	24	3.8	24	84	5	112	29	14	16	39	1.88
134885--134992	24	4.5	24	79	9	103	29	12	17	40	1.86
136495--136603	56	2.0	55	81	5	130	29	17	32	21	1.96
138661--139069	51	7.7	51	72	17	253	21	49	9	19	1.77
138685--138826	72	2.0	72	82	0	176	22	52	7	17	1.70
138803--139112	51	6.4	45	76	14	176	22	48	10	18	1.78
138630--138868	123	2.0	123	86	8	339	21	50	9	18	1.75
138936--139112	51	3.6	51	81	8	183	25	46	7	19	1.76
146672--146698	12	2.2	12	100	0	54	0	25	0	74	0.83
177506--177536	7	4.6	7	96	4	55	12	32	16	38	1.86
183302--183353	24	2.3	22	81	12	61	46	5	3	44	1.45
184821--184901	42	1.9	42	87	0	117	34	24	28	12	1.92
186874--187381	192	2.7	192	79	5	462	19	32	11	36	1.87
195045--195106	24	2.5	25	81	5	81	30	24	22	22	1.99
200017--200100	25	3.4	25	80	9	84	30	21	23	23	1.99
200017--200089	24	3.0	24	82	13	78	27	23	26	23	2.00
200048--200097	24	2.1	24	84	0	64	34	22	22	22	1.97
203571--203635	29	2.2	29	100	0	130	43	3	20	33	1.67
215946--215983	18	2.1	19	85	5	51	52	5	2	39	1.38
216058--216160	52	2.0	52	84	0	134	23	26	17	33	1.96
222055--222112	30	1.9	30	96	0	107	46	1	6	44	1.40
222102--222160	30	2.0	30	83	6	75	54	6	8	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222758--222839	41	2.0	41	95	0	146	23	18	20	37	1.94
222887--222936	24	2.1	24	92	3	84	42	2	18	38	1.61
223162--223217	7	7.9	7	96	4	103	28	0	12	58	1.34
228087--228117	15	2.1	15	93	0	53	41	22	12	22	1.88
241242--241285	13	3.4	13	78	12	54	34	18	0	47	1.49
251586--251631	25	1.9	24	82	8	58	58	4	0	36	1.18
256810--256853	24	1.9	23	86	9	63	13	6	9	70	1.33
266553--266706	31	5.0	31	95	1	265	38	22	19	20	1.94
270918--271102	31	6.0	31	96	1	327	38	22	19	20	1.94
276473--276510	19	2.0	19	85	10	51	34	5	0	60	1.19
276507--277358	426	2.0	426	99	0	1695	26	19	11	42	1.85
280467--280511	19	2.3	19	96	3	81	60	0	15	24	1.36
290939--291057	41	2.9	41	91	0	193	17	20	22	39	1.92
290958--291032	21	3.6	21	70	3	80	21	18	24	36	1.95
290935--291052	20	5.8	20	72	4	101	17	21	21	39	1.92
291652--291707	5	10.8	5	94	3	76	0	19	46	33	1.50
291668--291716	15	3.2	15	88	8	55	4	20	38	36	1.72
291783--291845	19	3.2	19	70	12	63	41	20	19	19	1.91
291798--291869	22	3.4	22	69	11	78	38	23	19	18	1.93
291783--291889	41	2.6	41	91	4	171	41	21	20	16	1.91
300390--300746	178	2.0	178	99	0	705	32	11	16	40	1.84
303384--303431	23	2.0	24	88	4	71	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303693--303723	11	2.8	11	100	0	62	22	48	19	9	1.78
307347--308097	296	2.5	299	80	5	768	32	20	15	31	1.93
310026--310068	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
317181--317205	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
319450--319526	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
319672--319709	20	1.9	20	88	0	58	23	26	7	42	1.81
322206--322644	147	3.0	145	78	6	427	26	26	13	33	1.94
323617--324032	227	1.8	227	89	3	649	41	6	8	43	1.63
324419--324474	28	2.0	28	86	10	80	35	3	0	60	1.14
329020--329106	21	4.1	20	76	14	77	79	4	14	1	0.95
329025--329118	37	2.6	35	80	14	102	79	4	14	1	0.93
329033--329110	7	11.0	7	76	15	72	80	3	14	1	0.91
329744--329794	22	2.3	22	89	0	75	39	25	9	25	1.86
330501--331531	106	9.7	106	93	0	1735	33	25	18	22	1.96
330501--331531	529	1.9	529	97	0	1956	33	25	18	22	1.96
331572--331606	16	2.2	16	100	0	70	5	17	11	65	1.43
331669--331724	28	2.0	28	86	10	80	35	3	0	60	1.14
364821--364977	89	1.9	86	85	11	227	45	4	3	46	1.41
364927--364952	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
367719--367806	30	2.9	30	94	0	149	14	19	18	47	1.82
371570--371631	31	2.0	31	90	0	97	45	20	12	20	1.84
371680--371783	36	2.8	36	79	12	113	32	20	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372497--372530	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
373779--373843	22	3.0	22	97	0	121	26	27	27	18	1.98
375514--375558	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
376532--376568	7	5.3	7	90	0	56	16	0	35	48	1.46
376714--376765	23	2.2	23	83	13	61	46	3	5	44	1.45
378514--378985	235	2.0	236	99	0	928	20	22	27	30	1.98
381129--381444	157	2.0	157	98	1	616	30	14	10	44	1.79
382800--382868	2	35.0	2	97	2	131	49	0	0	50	1.00
383574--383642	35	2.0	35	97	0	129	17	11	34	36	1.86
388330--388399	36	1.9	36	88	0	104	30	37	7	25	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13