genome.fa.s7838.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110187_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3429202

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  3  of  13  ( 1485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
669257--669316	23	2.6	24	80	17	65	30	6	5	58	1.45
669599--669632	18	1.9	17	88	5	50	52	14	0	32	1.42
670790--670816	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
671662--671706	22	2.0	23	86	4	65	57	4	2	35	1.31
673696--673720	7	3.6	7	100	0	50	44	0	12	44	1.41
676531--676555	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
677307--677350	16	2.8	16	78	0	52	43	2	0	54	1.12
678856--678916	14	4.1	14	75	19	61	37	13	0	49	1.42
678865--678927	31	2.0	31	96	0	117	39	14	0	46	1.45
681909--681939	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
685317--685374	21	2.9	18	74	18	53	43	1	3	51	1.28
685737--685789	21	2.5	21	78	6	63	22	24	18	33	1.97
685816--685933	41	2.9	41	97	0	218	37	25	17	19	1.94
685819--685969	20	7.4	20	80	8	144	32	27	17	22	1.97
685839--685914	21	3.7	21	79	10	102	40	25	17	17	1.90
685819--685987	61	2.8	60	75	7	144	33	26	17	22	1.96
685902--685978	20	3.8	20	92	0	127	24	28	19	27	1.99
685942--685987	20	2.3	20	84	0	56	30	26	19	23	1.98
685816--685969	41	3.8	41	92	0	211	33	26	17	22	1.96
686202--686257	20	2.8	20	94	0	94	41	23	19	16	1.90
686276--686355	34	2.4	34	87	4	108	11	22	25	41	1.87
687903--687993	42	2.2	42	88	3	141	20	15	41	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687929--687989	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
688355--688410	20	2.8	20	88	0	76	35	23	25	16	1.94
688409--688469	19	3.5	18	72	21	58	13	18	19	49	1.79
688425--688483	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
688409--688499	33	2.8	33	94	0	155	13	17	20	48	1.81
688441--688499	19	3.4	19	71	22	65	13	16	20	49	1.80
688486--688550	20	3.2	20	97	0	121	18	23	20	38	1.93
689075--689122	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
690442--690500	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
690763--690806	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
690993--691065	20	3.7	20	88	0	101	24	20	27	27	1.99
691078--691128	21	2.4	22	80	6	70	35	17	27	19	1.94
708029--708064	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
712506--712854	4	87.2	4	98	0	617	24	2	25	47	1.65
715526--715554	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
716404--716434	15	2.1	15	93	0	53	54	3	0	41	1.16
716632--716685	25	2.2	25	86	6	74	35	7	1	55	1.39
723716--723791	21	3.7	21	85	3	100	38	17	25	19	1.93
723822--723873	20	2.6	21	85	11	74	28	28	17	25	1.97
723777--723854	41	1.9	41	81	0	93	41	23	15	20	1.90
724417--724460	19	2.3	19	88	0	61	50	25	15	9	1.74
724456--724659	19	11.1	19	80	13	221	11	22	22	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724547--724634	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
724602--724659	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
726661--726783	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
726717--726783	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
728142--728177	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
728356--728473	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
728360--728453	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
730748--730772	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
732233--732270	14	2.7	15	84	12	53	50	18	0	31	1.47
732631--732681	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
732712--732765	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
732707--732784	33	2.4	33	91	0	120	12	23	21	42	1.87
732872--732908	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
734772--734838	19	3.5	19	80	11	82	38	23	22	14	1.92
734827--734884	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
734811--734889	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
734896--734991	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
734918--734975	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
734901--734991	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
734976--735030	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
735501--735545	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
736855--736892	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737153--737196	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
737384--737477	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
737364--737478	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
737406--737540	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
737467--737559	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
737467--737562	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
741592--741727	60	2.3	61	78	8	145	30	25	7	37	1.83
741815--741943	59	2.2	59	81	4	152	38	6	20	34	1.78
753381--754249	84	10.5	84	79	3	807	30	24	20	25	1.99
753381--754244	248	3.5	249	80	3	924	29	24	20	25	1.99
753381--754238	332	2.6	331	88	3	1235	29	24	20	25	1.99
755765--755816	24	2.2	24	83	13	63	13	5	1	78	1.01
755766--755819	11	4.6	12	77	13	67	14	5	1	77	1.03
755896--755924	9	3.2	9	100	0	58	10	0	0	89	0.48
755897--755937	18	2.3	18	86	0	55	19	0	0	80	0.71
760102--760600	106	4.7	106	94	0	836	34	26	17	21	1.95
760904--761072	83	2.0	83	81	2	196	28	24	20	26	1.99
761487--761552	33	2.0	33	91	5	107	40	18	10	30	1.84
761487--761566	33	2.4	34	85	8	94	40	15	13	31	1.86
762040--762071	4	8.2	4	93	6	57	25	0	0	75	0.81
762038--762071	11	3.0	11	91	8	59	26	0	0	73	0.83
762038--762074	8	5.0	7	93	6	56	27	0	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765108--765153	20	2.3	20	92	0	74	8	26	26	39	1.85
774967--775000	18	1.9	17	88	5	50	17	23	29	29	1.97
783210--783255	23	2.0	23	91	0	74	30	15	8	45	1.76
783941--783980	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
799264--799297	17	2.0	17	88	0	50	32	11	8	47	1.71
803127--803155	7	4.1	7	100	0	58	27	44	13	13	1.82
812331--812390	20	3.0	20	78	4	66	33	18	11	36	1.87
812329--812421	41	2.3	39	81	5	105	33	18	11	36	1.87
812395--812440	18	2.5	18	85	3	56	30	19	15	34	1.93
812578--812616	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
813211--813244	12	2.8	12	90	0	50	58	26	0	14	1.36
813362--813411	24	2.1	24	92	0	82	26	20	16	38	1.92
815626--815669	19	2.4	19	96	3	81	40	25	9	25	1.84
815699--815739	18	2.3	18	87	8	57	53	21	2	21	1.57
816172--816221	25	2.0	25	92	0	82	28	8	20	44	1.79
817756--817857	20	5.1	20	82	0	132	24	18	18	38	1.93
817919--818058	64	2.2	63	93	2	235	51	16	2	30	1.56
819408--819484	21	3.7	21	84	3	102	28	18	28	24	1.98
819832--819871	21	2.0	21	85	5	55	37	35	5	22	1.76
821632--821726	20	4.8	20	87	5	138	50	17	18	12	1.77
822120--822199	22	3.6	22	87	0	106	21	17	42	18	1.89
822347--822457	20	5.6	20	84	6	145	17	13	22	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822347--822457	40	2.8	40	90	5	163	17	13	22	46	1.82
823728--823764	12	3.1	12	96	0	65	45	0	0	54	1.00
827351--827375	13	1.9	13	100	0	50	24	24	4	48	1.68
839322--839392	31	2.3	31	80	4	81	42	11	8	38	1.71
846332--846382	25	2.0	25	96	0	93	29	9	15	45	1.79
848198--848414	64	3.4	64	80	3	206	33	19	18	28	1.96
849002--849076	30	2.5	30	80	2	78	45	9	16	29	1.78
849175--849395	101	2.2	102	95	2	408	25	12	24	37	1.91
849415--849469	23	2.4	23	93	0	92	18	27	27	27	1.98
854544--854766	103	2.2	103	100	0	446	25	13	25	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13