genome.fa.s7838.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110187_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3429202

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854778--854840	23	2.7	23	88	9	85	19	26	26	26	1.99
861354--861405	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
861395--861493	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
861460--861653	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
861460--861653	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
862035--862105	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
862226--862280	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
862291--862408	14	7.1	18	67	25	80	10	24	21	44	1.83
862313--862402	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
862296--862410	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
864106--864485	185	2.0	186	99	0	753	22	12	18	46	1.83
864106--864485	93	4.1	93	99	0	753	22	12	18	46	1.83
864529--864657	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
864565--864657	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
864529--864657	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
864653--864787	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
864675--864731	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
864658--864750	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
866601--866673	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
866596--866660	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
866655--866690	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
866797--866897	19	5.6	19	82	14	133	44	17	22	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866926--867251	19	18.4	19	80	15	396	14	20	18	47	1.83
866904--867223	52	6.0	51	84	8	360	15	20	17	46	1.83
866926--867251	71	4.6	71	86	9	456	14	20	18	47	1.83
866888--867184	142	2.1	143	94	2	528	15	20	17	46	1.84
869554--869578	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
869753--869799	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
870467--870835	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
871619--871994	185	2.0	190	96	3	708	32	17	13	36	1.88
873295--873355	26	2.4	26	83	8	81	49	0	0	50	1.00
878075--878099	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
880516--880561	21	2.2	21	96	0	83	60	0	0	39	0.97
880973--881036	22	3.2	20	75	14	69	57	4	0	37	1.19
880951--881013	31	2.0	32	90	6	101	53	4	0	41	1.22
882091--882283	96	2.0	97	98	1	379	31	21	22	23	1.98
883575--883896	161	2.0	161	98	0	626	29	11	27	31	1.92
885359--885391	17	2.0	17	88	5	50	6	12	21	60	1.53
890792--890822	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
890792--890825	10	3.5	10	96	4	61	23	0	0	76	0.79
892386--892445	31	1.9	31	89	0	93	38	8	3	50	1.49
892418--892465	13	3.8	12	86	8	60	47	4	2	45	1.33
892478--892512	18	1.9	18	94	0	61	40	8	8	42	1.66
892480--892561	33	2.6	31	86	7	119	41	9	7	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892522--892601	24	3.2	24	70	25	76	40	7	7	45	1.61
892522--892630	26	4.2	26	75	11	100	40	6	6	46	1.55
892492--892608	26	4.3	27	74	12	98	41	7	7	43	1.62
892542--892676	2	65.0	2	67	22	57	43	5	5	45	1.48
892691--892723	17	1.9	17	93	0	57	39	6	9	45	1.61
892563--892921	33	10.1	35	68	20	130	42	6	5	44	1.55
892774--892899	2	58.0	2	69	20	67	42	6	4	46	1.50
892802--892899	7	14.6	7	72	19	50	42	7	4	45	1.50
892828--892899	20	3.5	20	83	9	85	44	5	2	47	1.41
892741--892892	51	2.8	53	85	8	193	42	7	4	45	1.54
892802--892899	29	3.4	28	79	10	74	42	7	4	45	1.50
892853--892921	34	2.0	36	85	5	97	46	7	2	43	1.46
892979--893194	58	3.5	60	78	13	210	45	7	5	41	1.55
893007--893185	33	5.6	33	82	11	230	44	7	5	43	1.53
892956--893199	18	13.3	18	66	21	98	45	7	5	41	1.55
893104--893151	25	1.9	25	86	0	69	45	8	4	41	1.53
893164--893196	9	3.7	9	84	15	50	54	6	0	39	1.25
893122--893220	51	1.9	51	80	8	112	48	6	3	42	1.43
896335--896372	13	2.8	13	82	17	51	60	2	2	34	1.24
896351--896396	19	2.5	18	83	13	58	60	0	6	32	1.22
896369--896445	38	2.0	39	85	12	106	58	3	2	35	1.30
896352--896444	18	5.1	18	76	15	68	59	3	3	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899622--899814	95	2.0	96	98	1	379	26	10	16	46	1.79
905519--905577	30	2.0	30	86	0	82	23	13	5	57	1.56
906010--906043	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
906040--906075	17	2.1	18	89	5	56	50	8	2	38	1.47
906053--906095	23	1.9	23	90	4	70	53	2	6	37	1.41
906172--906223	27	2.0	27	85	10	74	57	0	3	38	1.17
906111--906236	30	4.1	30	72	14	105	56	0	4	38	1.26
906172--906261	30	3.2	28	77	13	80	56	0	4	38	1.19
906579--906858	138	2.0	137	97	2	533	42	13	13	30	1.83
907810--907882	37	2.0	37	86	0	101	23	15	20	41	1.90
913040--913254	84	2.6	84	76	5	195	31	7	18	42	1.77
915809--915974	42	4.0	42	83	5	178	25	35	13	24	1.93
916074--916235	21	7.7	21	73	8	150	19	12	35	33	1.89
916108--916225	42	2.8	42	85	0	173	19	13	33	33	1.91
916510--916613	21	5.0	21	81	0	118	20	37	13	28	1.90
916854--916887	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
917382--917420	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
917586--917807	21	10.9	20	71	11	112	29	11	22	36	1.89
917590--917666	20	3.8	20	75	16	77	31	11	24	32	1.91
917586--917642	20	2.8	20	86	7	80	35	10	24	29	1.89
917736--917790	20	2.8	20	75	10	58	21	7	30	40	1.81
919843--919878	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921526--921573	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
921943--921981	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
921984--922049	23	2.9	23	84	8	82	40	22	4	31	1.74
922191--922249	29	2.1	29	81	9	68	44	0	5	50	1.24
921647--922672	417	2.4	422	94	4	1830	38	12	7	40	1.72
922409--922469	21	2.7	23	82	10	81	37	21	4	36	1.75
922841--922927	44	1.9	44	93	4	147	44	18	9	27	1.80
922881--922911	16	1.9	16	100	0	62	48	19	12	19	1.81
923053--923114	23	2.4	26	74	20	67	40	16	4	38	1.69
923062--923115	23	2.3	23	93	0	90	40	16	5	37	1.72
925553--926173	182	3.4	182	93	3	1031	32	16	14	36	1.89
926963--927073	55	2.0	55	100	0	222	36	19	12	30	1.89
928719--928783	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
931170--931214	20	2.3	19	92	7	81	15	17	11	55	1.68
932801--932830	3	9.7	3	92	7	51	33	0	3	63	1.11
934505--934542	20	1.9	20	94	0	67	39	13	10	36	1.79
936401--936471	35	2.0	35	83	0	88	46	4	1	47	1.30
937997--938026	2	15.5	2	93	6	53	0	50	0	50	1.00
938809--938983	63	2.8	63	84	1	217	17	20	37	25	1.94
941257--941537	18	15.6	18	80	0	301	44	30	23	1	1.60
941251--941543	36	8.1	36	92	1	408	45	29	24	1	1.60
941953--942033	40	2.0	40	100	0	162	39	17	9	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942238--942271	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
945354--945390	20	1.9	19	89	10	58	45	10	21	21	1.82
945814--946141	164	2.0	164	100	0	656	36	20	18	23	1.95
946656--946730	31	2.6	29	82	6	80	44	4	17	34	1.67
949272--949311	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
949905--950012	31	3.5	31	77	1	99	32	15	18	33	1.93
953864--953926	32	2.0	32	93	0	108	49	15	3	31	1.61
965360--965390	16	1.9	16	93	0	53	51	29	0	19	1.47
968955--969069	41	2.8	42	97	1	214	16	20	20	43	1.88
969278--969358	22	3.5	22	71	15	65	51	1	1	45	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13