genome.fa.s7838.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110187_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3429202

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  9  of  13  ( 1485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2025663--2025746	36	2.3	36	87	0	123	45	8	17	28	1.78
2033993--2034100	33	3.3	33	88	2	155	9	41	11	37	1.73
2035328--2035353	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2037278--2037336	20	3.0	19	76	9	55	52	8	16	22	1.70
2037079--2037550	181	2.6	180	87	1	649	42	12	16	27	1.85
2037981--2038018	20	2.0	19	85	10	51	42	2	15	39	1.61
2038139--2038485	183	1.9	184	93	2	610	37	13	15	33	1.87
2041182--2042015	182	4.6	182	92	3	1373	42	12	16	28	1.85
2042151--2042313	87	1.9	87	93	2	283	33	13	10	42	1.78
2042225--2042285	23	2.7	23	84	0	68	32	13	8	45	1.72
2045893--2046012	60	2.0	58	82	3	141	41	28	12	17	1.86
2051549--2051601	21	2.5	21	84	9	63	30	16	26	26	1.97
2065169--2065202	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
2069768--2069849	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
2074471--2074552	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
2080563--2080614	18	2.9	18	97	0	95	26	34	21	17	1.95
2081550--2081602	21	2.5	22	87	9	74	28	26	16	28	1.97
2082896--2082951	19	3.0	19	81	5	69	23	12	10	53	1.69
2083828--2083866	20	2.0	20	100	0	78	43	20	10	25	1.83
2087299--2087351	25	2.1	26	89	3	81	33	5	3	56	1.41
2088387--2088473	38	2.5	35	82	12	101	45	3	2	48	1.32
2093979--2094054	38	2.0	38	97	0	143	31	9	15	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094864--2094912	20	2.4	20	86	10	64	30	26	12	30	1.92
2094877--2095043	74	2.2	75	86	5	230	34	23	13	28	1.93
2094961--2095082	57	2.1	57	89	0	190	37	25	13	23	1.91
2095560--2095607	20	2.4	20	89	0	69	25	12	29	33	1.92
2095572--2095613	20	2.1	20	90	0	66	30	9	30	28	1.89
2097939--2097977	18	2.2	18	100	0	78	33	28	5	33	1.79
2110017--2110272	107	2.4	105	79	13	263	42	4	7	45	1.52
2110133--2110220	39	2.2	39	88	6	124	46	4	5	43	1.47
2110133--2110265	40	3.6	39	77	16	129	46	3	5	44	1.44
2110310--2110348	14	2.6	16	88	8	55	43	0	0	56	0.99
2111532--2111574	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2115000--2115146	75	2.0	75	93	0	249	42	12	8	37	1.72
2120106--2120223	60	2.0	60	84	1	157	27	20	23	28	1.99
2123112--2123165	24	2.2	25	78	15	60	50	12	11	25	1.74
2125091--2125127	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2128425--2128553	43	3.0	43	97	0	240	37	13	18	29	1.90
2135968--2136058	43	2.1	45	89	4	141	30	17	18	32	1.94
2157318--2157347	12	2.5	12	94	0	51	40	0	6	53	1.27
2159234--2159272	2	19.0	2	89	5	60	51	2	0	46	1.14
2159383--2159431	22	2.2	20	80	16	53	24	6	6	63	1.41
2164506--2164546	19	2.2	20	86	8	59	65	0	19	14	1.26
2175844--2175912	33	2.0	35	94	5	124	36	18	8	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176299--2176472	29	6.0	29	91	0	258	51	13	2	32	1.54
2176299--2176472	87	2.0	88	93	1	296	51	13	2	32	1.54
2183660--2183702	21	2.1	20	82	4	50	44	0	51	4	1.22
2186302--2186533	114	2.0	117	94	3	416	26	22	13	37	1.91
2189901--2189977	6	12.8	6	92	0	127	12	16	16	53	1.73
2198959--2199256	147	2.0	148	99	0	589	41	9	17	30	1.81
2200740--2200818	39	2.0	39	97	0	149	45	5	13	35	1.66
2205487--2205548	30	2.0	31	84	9	83	41	8	12	37	1.73
2206633--2206698	21	3.1	21	84	0	87	48	25	1	24	1.60
2206753--2206805	21	2.5	21	81	6	63	54	22	0	22	1.45
2207195--2207231	18	2.1	18	100	0	74	27	16	24	32	1.96
2208473--2208530	22	2.5	22	83	5	62	27	8	22	41	1.83
2208493--2208531	11	3.3	12	86	13	55	28	7	23	41	1.82
2216613--2216674	22	2.7	23	83	16	76	45	1	3	50	1.27
2217233--2217288	19	2.8	19	75	20	53	32	3	19	44	1.68
2229367--2229824	227	2.0	230	98	1	895	33	19	21	25	1.96
2231361--2231390	15	1.9	16	93	6	53	63	6	3	26	1.35
2237155--2237185	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2237433--2237495	31	2.0	31	87	0	90	25	19	4	50	1.66
2238405--2238467	24	2.7	24	82	2	65	50	17	20	11	1.76
2239298--2239437	60	2.3	60	86	4	194	37	5	25	32	1.77
2239298--2239484	59	3.2	57	80	10	184	39	5	22	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239603--2239716	59	1.9	60	89	1	176	60	5	6	28	1.42
2247292--2247424	60	2.2	60	82	2	160	38	10	10	40	1.74
2248450--2248478	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2248855--2248913	31	1.9	30	86	3	82	22	16	6	54	1.66
2248920--2248988	32	2.2	32	84	2	95	21	20	7	50	1.72
2249489--2249891	201	2.0	202	99	0	790	35	10	22	31	1.88
2251654--2251690	18	2.1	18	89	0	56	35	2	10	51	1.51
2251820--2251850	12	2.7	12	95	5	55	67	0	0	32	0.91
2252352--2252482	2	61.0	2	68	20	52	42	3	6	47	1.46
2252352--2252482	7	20.3	6	68	18	52	42	3	6	47	1.46
2252328--2252463	31	4.6	30	78	14	140	42	5	6	45	1.52
2252352--2252482	20	6.2	20	66	20	70	42	3	6	47	1.46
2252321--2252492	89	1.9	90	83	11	228	41	4	6	46	1.51
2252942--2252990	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
2258495--2258525	15	2.1	15	93	0	53	19	9	0	70	1.14
2273065--2273112	20	2.4	21	79	6	55	37	0	6	56	1.25
2275210--2275243	15	2.3	15	85	5	52	35	0	20	44	1.52
2275815--2275852	16	2.4	17	86	8	53	34	5	18	42	1.73
2275865--2275906	20	2.0	20	86	9	57	50	4	14	30	1.63
2280586--2280725	60	2.3	61	77	10	144	40	2	22	35	1.66
2280590--2280729	61	2.3	60	77	4	147	40	2	22	34	1.66
2281820--2281851	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283362--2283599	91	2.6	90	80	3	244	39	13	10	36	1.78
2285737--2285771	18	1.9	18	88	0	52	51	0	5	42	1.25
2288059--2288083	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2290711--2290756	23	2.1	22	84	15	60	54	6	6	32	1.52
2291094--2291136	14	3.0	15	80	6	54	65	2	2	30	1.18
2297565--2297604	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
2297736--2297786	16	3.2	17	78	10	54	23	3	0	72	1.01
2297731--2297786	17	3.2	17	78	14	53	23	3	0	73	0.99
2298009--2298062	26	2.0	27	82	10	67	12	7	7	72	1.28
2299862--2300981	563	2.0	563	97	0	2116	27	16	27	28	1.97
2303089--2303134	23	1.9	25	91	8	78	78	2	17	2	0.96
2303082--2303138	11	4.9	11	78	19	62	78	3	15	1	0.96
2303087--2303139	13	4.3	13	76	9	58	81	1	15	1	0.87
2304222--2304339	31	3.7	31	83	6	139	28	14	21	35	1.92
2305212--2305330	36	3.3	36	85	2	166	26	21	14	36	1.92
2305288--2305461	65	2.6	65	85	7	226	32	21	9	36	1.85
2305288--2305460	67	2.6	67	87	5	219	32	21	9	36	1.85
2306170--2306522	106	3.3	106	86	7	496	33	25	18	23	1.97
2307832--2307908	14	5.2	15	80	12	79	40	2	1	55	1.22
2307855--2307908	2	27.5	2	87	10	76	44	3	0	51	1.19
2307898--2307957	26	2.4	25	81	10	70	30	5	3	61	1.33
2307935--2308018	39	2.2	36	87	6	114	27	4	2	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308010--2308058	17	2.7	18	81	6	55	24	2	0	73	0.94
2308264--2308325	19	3.2	19	78	10	72	9	3	6	80	0.99
2308273--2308298	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
2308264--2308317	20	2.7	19	85	5	63	9	1	7	81	0.94
2308254--2308340	27	3.1	29	68	14	58	12	4	5	77	1.11
2311313--2311387	20	3.7	20	80	8	80	30	29	13	26	1.94
2311359--2311503	57	2.5	57	94	1	245	33	22	17	26	1.96
2311475--2311522	20	2.4	20	85	0	69	29	20	18	31	1.97
2311418--2311650	77	3.0	76	80	7	290	33	20	15	31	1.93
2311635--2311702	20	3.4	20	84	8	84	20	19	16	44	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13