genome.fa.s7838.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110187_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3429202

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313140--2313178	19	2.1	19	85	9	53	41	0	2	56	1.13
2313225--2313441	73	3.0	73	87	5	325	30	24	15	29	1.95
2318893--2319040	71	2.1	71	94	3	271	29	16	4	50	1.64
2320455--2320942	244	2.0	244	99	0	958	26	14	17	40	1.89
2324332--2324667	168	2.0	169	95	0	611	36	10	18	34	1.85
2330103--2330290	38	5.2	38	63	17	121	30	16	4	47	1.67
2330072--2330287	71	3.1	71	96	0	389	29	17	4	48	1.66
2330425--2331029	299	2.0	299	99	0	1201	30	16	20	33	1.94
2337548--2337664	38	3.2	38	65	16	102	31	16	5	47	1.68
2337517--2337661	71	2.1	70	94	1	254	29	17	4	48	1.66
2337916--2337941	12	2.2	12	100	0	52	42	15	0	42	1.47
2344441--2344644	102	2.0	102	95	0	363	29	28	10	31	1.90
2344980--2345180	102	2.0	102	97	0	384	28	29	10	30	1.91
2344424--2345506	539	2.0	540	96	0	2015	27	29	12	29	1.93
2351140--2351178	20	2.0	20	85	10	53	38	0	5	56	1.22
2351964--2352390	213	2.0	214	99	0	847	28	29	16	25	1.97
2353001--2353153	31	5.0	31	92	2	247	36	20	20	22	1.95
2353848--2353892	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2356726--2356879	31	5.0	31	93	1	256	37	20	20	22	1.95
2357184--2357223	16	2.4	17	87	4	55	40	17	5	37	1.72
2357572--2357616	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2359427--2359479	27	2.0	27	92	0	88	37	3	5	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364254--2364288	9	3.9	9	84	0	52	31	0	2	65	1.07
2365740--2365885	74	2.0	72	93	2	247	26	17	23	33	1.96
2370590--2370635	24	1.9	24	86	8	67	52	2	10	34	1.49
2371742--2371792	24	2.1	24	82	13	61	70	5	0	23	1.09
2371958--2371987	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2378203--2378420	123	1.8	122	82	11	290	42	4	5	48	1.45
2378475--2378505	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2381632--2381665	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2396299--2396669	187	2.0	183	95	4	665	36	22	12	28	1.90
2397304--2397353	12	4.3	12	82	10	68	12	26	42	20	1.86
2397352--2397389	19	2.0	19	94	0	67	26	26	28	18	1.98
2397357--2397423	19	3.5	19	81	4	82	28	26	26	17	1.98
2397361--2397444	9	8.7	10	76	12	70	29	25	26	19	1.98
2397406--2397444	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
2400728--2400758	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2410895--2410925	16	1.9	16	100	0	62	45	22	12	19	1.84
2421228--2421492	36	7.3	36	77	12	222	42	4	11	42	1.60
2421228--2421492	35	7.3	35	78	11	200	42	4	11	42	1.60
2421254--2421492	72	3.3	72	81	10	256	42	4	10	42	1.59
2421254--2421447	107	1.8	107	86	6	286	42	3	10	43	1.57
2421533--2421614	3	27.7	3	77	20	84	34	1	0	64	1.01
2421533--2421614	24	3.3	25	86	11	100	34	1	0	64	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421534--2421614	28	2.8	30	83	14	107	34	1	0	64	1.02
2421663--2421738	30	2.5	30	93	0	125	36	30	25	7	1.84
2423248--2423330	2	41.5	2	100	0	166	49	0	0	50	1.00
2430795--2430960	60	2.8	60	80	1	190	32	14	2	50	1.56
2434021--2434053	17	1.9	17	93	0	57	33	3	6	57	1.38
2435772--2435841	27	2.6	27	97	0	131	14	48	21	15	1.80
2447976--2448088	40	2.8	40	81	5	120	36	13	22	28	1.91
2448075--2448134	20	3.0	20	73	7	59	26	18	20	35	1.95
2450467--2450609	60	2.4	60	81	4	164	45	4	18	31	1.69
2450505--2450641	60	2.3	59	79	9	154	45	5	18	29	1.73
2456810--2456850	17	2.6	16	81	14	50	26	9	12	51	1.70
2464984--2465093	8	13.9	8	73	17	56	31	0	2	64	1.14
2464986--2465032	17	2.8	16	81	12	51	34	0	2	63	1.06
2465602--2465654	24	2.2	24	86	3	70	39	11	0	49	1.39
2465640--2465687	24	2.0	24	87	0	69	62	10	0	27	1.27
2479967--2480217	135	1.9	135	100	0	502	41	14	14	29	1.86
2483816--2483879	27	2.4	26	84	7	83	29	4	4	60	1.37
2483867--2483925	26	2.4	25	82	5	66	44	1	0	54	1.10
2494880--2494927	17	2.8	17	81	9	62	60	0	0	39	0.97
2495462--2495504	22	2.0	22	86	9	61	25	2	4	67	1.22
2504017--2504211	58	3.3	57	70	14	171	45	5	8	40	1.59
2504477--2504510	17	2.0	17	88	0	50	35	17	14	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504642--2504690	21	2.3	21	92	3	80	28	32	6	32	1.82
2516664--2516710	16	3.0	15	82	11	58	25	2	4	68	1.19
2519793--2519842	21	2.4	21	86	6	66	70	10	0	20	1.16
2519803--2519843	21	1.9	22	95	5	75	68	9	0	21	1.18
2520009--2520042	15	2.4	14	90	5	50	58	11	23	5	1.55
2520665--2520732	33	2.0	34	85	2	93	26	13	13	47	1.79
2523677--2523748	35	2.1	35	97	0	135	40	11	19	29	1.86
2524419--2524445	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2524443--2524500	4	14.5	4	79	16	59	24	0	0	75	0.80
2524443--2524500	9	7.2	8	80	16	59	24	0	0	75	0.80
2524443--2524500	17	3.6	17	80	17	70	24	0	0	75	0.80
2524445--2524499	26	2.1	25	80	16	58	21	0	0	78	0.76
2524665--2524744	40	2.0	40	86	9	112	31	5	7	56	1.49
2524815--2524854	14	2.9	14	88	0	53	12	10	0	77	0.99
2534083--2534118	14	2.6	14	91	4	56	27	0	33	38	1.57
2536370--2536413	22	2.0	21	82	4	52	47	11	6	34	1.66
2536398--2536467	29	2.4	29	88	4	97	48	12	2	35	1.56
2543629--2543794	29	5.9	29	71	12	107	48	12	1	36	1.52
2544991--2545015	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2550106--2550597	258	1.9	250	90	6	778	40	17	13	28	1.87
2556063--2556451	193	2.0	196	98	1	757	37	12	15	34	1.85
2558580--2558655	38	2.0	38	100	0	152	42	13	5	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2558803--2558837	15	2.3	15	90	0	52	28	5	28	37	1.80
2572428--2572551	62	2.0	62	96	3	234	27	8	32	32	1.86
2589708--2589752	2	22.5	2	95	0	81	48	0	2	48	1.13
2589705--2589764	12	5.5	11	83	13	72	51	0	1	46	1.10
2590402--2590517	60	1.9	59	84	5	153	39	18	11	31	1.85
2591261--2591286	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2593502--2593935	200	2.2	197	85	5	572	41	14	13	30	1.85
2593944--2593999	24	2.4	23	80	16	71	41	0	3	55	1.17
2594527--2594574	23	2.1	23	92	0	78	29	18	10	41	1.84
2594534--2594583	23	2.2	23	89	7	75	30	18	12	40	1.86
2594621--2594665	23	2.0	23	86	0	63	40	11	8	40	1.72
2594516--2594747	87	2.6	88	84	3	333	31	12	10	44	1.76
2594702--2594772	23	3.1	23	93	0	124	33	16	8	40	1.79
2594614--2594851	109	2.2	110	89	0	352	34	12	10	43	1.75
2594816--2594867	23	2.3	23	79	0	59	38	9	9	42	1.70
2594527--2594938	196	2.1	198	89	3	627	32	12	10	44	1.76
2594725--2594973	87	2.9	87	89	1	376	33	11	10	44	1.76
2596027--2596059	10	3.3	10	91	0	57	0	27	9	63	1.24
2596134--2596167	6	5.7	6	92	0	50	38	0	11	50	1.39
2598782--2598833	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
2599063--2599118	25	2.2	26	83	6	69	50	10	0	39	1.37
2601798--2601851	27	2.0	27	100	0	108	11	22	25	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2604541--2604580	20	2.1	19	90	4	62	35	7	32	25	1.84
2606171--2607376	602	2.0	599	86	6	1671	36	11	11	40	1.78
2612291--2612378	36	2.3	37	78	9	97	26	0	11	62	1.29
2619419--2619463	10	4.7	10	86	8	67	20	22	28	28	1.98
2619420--2619469	9	5.3	9	85	7	64	18	26	28	28	1.98
2619420--2619463	19	2.3	19	96	0	79	18	22	29	29	1.97
2624347--2624375	13	2.2	13	100	0	58	34	24	10	31	1.89
2627431--2627707	139	2.0	139	90	2	432	24	20	15	40	1.90
2639975--2640009	18	1.9	18	100	0	70	11	28	34	25	1.91
2640900--2641042	31	4.6	31	94	0	241	18	18	23	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13