genome.fa.s7841.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007841.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110195_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1873963

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540--1642	20	5.8	19	74	15	64	44	18	24	12	1.84
1589--1625	14	2.6	14	95	0	65	40	21	27	10	1.86
1643--1690	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
2208--2319	20	5.6	20	81	4	73	21	19	20	38	1.94
2226--2319	20	4.7	20	82	2	116	20	20	19	40	1.92
2205--2457	41	6.2	41	71	8	149	28	18	19	33	1.95
2316--2371	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
2309--2381	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
2432--2484	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
28822--28967	76	1.9	74	93	2	247	23	10	21	43	1.84
34668--34900	116	2.0	116	100	0	466	31	18	18	31	1.95
41549--42017	236	2.0	233	96	2	868	37	18	17	27	1.93
58855--59857	4	252.2	4	98	1	1964	50	25	0	24	1.50
66285--66313	5	5.8	5	100	0	58	17	0	20	62	1.33
68373--68533	64	2.5	65	86	7	204	33	18	21	26	1.96
69948--70261	149	2.1	148	91	1	495	26	16	21	35	1.95
70229--70273	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
71640--71693	24	2.2	24	100	0	108	24	9	25	40	1.85
73610--73770	64	2.5	65	85	7	195	34	18	21	26	1.96
75177--75490	149	2.1	148	89	2	479	26	16	21	35	1.94
75458--75502	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
76781--76861	31	2.4	35	84	12	116	41	0	1	56	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90085--90117	15	2.2	15	94	0	57	15	30	27	27	1.96
91226--91260	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
94958--94998	13	3.2	13	92	0	73	17	43	21	17	1.87
94936--94981	18	2.6	18	100	0	92	17	52	17	13	1.75
94976--95021	15	3.2	15	84	6	60	15	34	26	23	1.94
96132--96166	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
99859--99899	13	3.2	13	92	0	73	17	43	21	17	1.87
99837--99882	18	2.6	18	100	0	92	17	52	17	13	1.75
99877--99922	15	3.2	15	84	6	60	15	34	26	23	1.94
101033--101067	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
105888--106032	36	4.0	36	87	0	200	40	21	5	33	1.76
105888--106032	72	2.0	72	90	2	229	40	21	5	33	1.76
106434--106497	32	2.0	31	85	14	87	35	0	0	64	0.94
122256--122288	13	2.4	14	85	10	50	45	0	0	54	0.99
122742--122797	21	2.7	21	86	5	78	26	7	17	48	1.73
126674--127115	137	3.3	137	91	3	720	31	24	21	22	1.98
129978--130019	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
133827--133893	12	6.0	12	70	16	54	43	1	1	53	1.19
133811--133896	43	2.0	42	82	10	104	40	2	2	54	1.26
135992--136044	25	2.1	25	96	0	97	58	3	16	20	1.54
135972--136019	16	2.9	17	93	6	89	54	4	22	18	1.61
141520--141579	25	2.4	23	77	20	59	46	5	3	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141931--142119	23	8.4	22	79	6	193	22	28	2	47	1.65
141931--142119	45	4.2	46	77	7	190	22	28	2	47	1.65
141950--142116	90	1.9	90	86	5	239	21	28	2	47	1.63
148839--148881	20	2.3	19	84	8	61	46	9	20	23	1.79
155611--155703	24	3.9	24	86	6	118	22	25	23	27	2.00
155689--155739	24	2.1	24	96	0	93	23	15	23	37	1.93
156782--156837	29	1.9	29	89	7	87	14	35	28	21	1.92
156896--156951	29	1.9	29	92	0	94	12	35	30	21	1.90
156969--157028	23	2.6	23	86	0	75	11	35	25	28	1.91
156992--157069	20	3.8	20	83	8	93	11	32	30	25	1.91
157016--157069	10	5.4	9	79	16	54	11	29	33	25	1.91
157126--157183	29	2.0	29	89	0	89	24	25	36	13	1.92
158129--158192	23	2.9	22	81	9	76	50	0	1	48	1.10
158129--158207	23	3.4	23	77	10	72	46	0	1	51	1.08
161481--161569	13	6.1	13	71	22	61	15	44	22	16	1.86
161475--161549	18	4.6	18	73	20	83	17	48	21	13	1.81
161481--161555	30	2.5	31	91	2	125	16	46	21	16	1.83
161526--161569	13	3.3	13	93	3	70	15	43	25	15	1.87
162848--162882	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
191136--191357	114	1.9	114	89	0	345	21	27	18	32	1.96
200682--200708	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
206768--206803	17	2.1	18	89	5	56	25	11	0	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221968--222004	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
230416--230474	27	2.2	27	96	0	109	44	3	3	49	1.36
237819--237861	14	3.1	14	80	10	52	34	2	0	62	1.08
237770--237859	20	4.4	20	72	23	64	31	4	0	64	1.13
237841--237867	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
237901--237961	16	3.5	16	70	20	50	27	6	1	63	1.28
237964--238019	17	3.2	17	78	14	53	23	3	0	73	0.99
237960--238093	43	3.0	44	70	19	116	23	2	2	70	1.15
237953--238057	55	1.9	54	81	12	126	21	3	2	71	1.15
238217--238279	26	2.4	26	81	7	74	11	6	7	74	1.21
241360--241397	13	3.0	13	85	14	53	76	2	15	5	1.08
241469--241606	69	2.0	69	92	0	231	37	22	15	24	1.93
243071--243145	37	2.0	38	86	2	107	29	21	14	34	1.93
243152--243238	37	2.4	37	86	5	115	26	19	13	40	1.89
243065--243286	102	2.2	102	94	0	381	31	18	12	37	1.89
243267--243309	21	2.0	21	100	0	86	25	18	13	41	1.88
243280--243464	36	5.3	36	72	14	145	28	18	13	40	1.88
243202--243374	86	2.0	86	79	4	188	32	17	10	39	1.84
243426--243597	67	2.6	67	84	5	208	33	19	8	38	1.82
244277--244534	110	2.4	110	83	3	301	32	24	19	22	1.97
245875--245920	19	2.3	20	75	13	51	19	8	0	71	1.11
245920--245990	2	35.5	2	97	0	133	47	0	1	50	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246047--246125	38	2.1	38	85	4	106	31	3	0	64	1.11
246107--246144	18	2.1	18	85	9	51	18	5	0	76	0.97
246125--246149	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
246138--246221	36	2.3	36	82	11	93	23	3	3	69	1.21
249036--249318	141	2.0	141	95	1	505	40	13	20	25	1.89
252169--252193	12	2.1	12	100	0	50	8	16	52	24	1.70
255261--255832	210	2.7	209	77	4	560	29	17	20	32	1.95
256522--256594	38	1.9	38	94	0	128	24	27	5	42	1.76
257472--257512	19	2.2	19	86	4	57	36	4	14	43	1.67
257529--257574	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
267388--267625	119	2.0	119	100	0	476	22	18	17	41	1.90
269300--269551	125	2.0	125	98	0	486	26	7	25	40	1.82
269654--269759	47	2.2	48	88	6	162	46	7	13	33	1.71
270161--270198	15	2.5	15	84	16	51	55	0	0	44	0.99
283221--283254	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
299897--299963	2	33.5	2	94	5	118	49	1	0	49	1.10
314488--314529	4	10.5	4	89	0	57	50	7	0	42	1.30
314488--314529	10	4.2	10	90	0	57	50	7	0	42	1.30
314488--314529	6	7.0	6	88	0	57	50	7	0	42	1.30
321932--322051	60	2.0	60	83	4	154	45	9	6	39	1.62
336159--336219	31	2.0	31	96	0	113	22	21	13	42	1.87
340335--340414	30	2.6	31	82	7	85	40	2	2	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341397--341455	25	2.4	25	86	8	84	38	0	1	59	1.08
346304--346383	38	2.2	36	86	4	106	50	0	1	48	1.08
346342--346383	15	2.8	15	78	10	50	47	0	0	52	1.00
346304--346383	19	4.5	19	71	20	66	50	0	1	48	1.08
346480--346528	25	2.0	25	84	11	66	26	8	36	28	1.85
354063--354145	29	2.9	29	92	0	139	10	33	36	19	1.86
357439--357495	21	2.7	21	88	0	87	7	29	40	22	1.80
366111--366143	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
366892--366926	16	2.1	17	94	5	63	34	25	8	31	1.86
371063--371213	75	2.0	76	86	1	214	36	15	16	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7