genome.fa.s7849.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007849.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3141433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586491--2587179	129	5.3	128	79	6	694	19	8	52	20	1.71
2586492--2586788	66	4.6	61	68	13	184	19	7	52	20	1.70
2587209--2587238	12	2.5	12	88	0	51	13	13	63	10	1.52
2601663--2601709	22	2.1	22	88	7	69	68	0	2	29	1.02
2601972--2602009	16	2.3	17	86	4	51	26	0	5	68	1.11
2605142--2605174	14	2.4	14	100	0	66	27	36	6	30	1.81
2606249--2606286	20	2.0	20	84	5	51	60	15	2	21	1.47
2615506--2615604	25	4.0	25	98	1	191	28	15	20	36	1.92
2615672--2615714	3	14.3	3	90	9	70	69	0	0	30	0.88
2615672--2615714	19	2.4	19	92	7	72	69	0	0	30	0.88
2615926--2616154	40	5.5	40	75	10	176	24	17	33	24	1.96
2615872--2616187	40	7.4	42	73	15	149	25	18	31	25	1.98
2616740--2616783	15	2.9	15	86	0	61	45	4	18	31	1.69
2617239--2617436	67	3.0	67	87	2	229	45	11	13	29	1.79
2617299--2617420	37	3.5	36	73	15	130	44	10	13	31	1.77
2617281--2617436	67	2.3	67	93	2	260	45	10	12	30	1.77
2617423--2617527	52	2.0	53	90	3	167	36	17	13	33	1.88
2617538--2617635	29	3.5	29	85	8	123	43	16	10	29	1.80
2617883--2617986	36	3.0	36	81	4	124	35	11	20	32	1.88
2617884--2618002	36	3.4	36	79	6	111	36	12	21	30	1.90
2617954--2618190	105	2.3	101	81	9	273	37	11	19	30	1.88
2618644--2618670	14	1.9	14	100	0	54	14	0	33	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621947--2622008	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
2625646--2625745	25	4.0	25	100	0	200	28	16	20	36	1.93
2625813--2625858	3	15.3	3	91	8	76	69	0	0	30	0.89
2629983--2630062	40	2.0	40	100	0	160	32	15	22	30	1.94
2631913--2631991	41	2.0	40	82	7	97	18	32	26	21	1.97
2633474--2633630	50	3.1	51	77	5	133	26	26	27	19	1.99
2634424--2634460	12	3.2	11	88	11	56	8	56	8	27	1.56
2634841--2634972	31	4.3	31	80	3	149	51	8	12	27	1.68
2634837--2634972	62	2.2	62	85	2	175	51	8	13	27	1.68
2635033--2635070	20	1.9	20	88	0	58	52	2	10	34	1.50
2635119--2635188	27	2.6	27	78	15	81	20	11	1	67	1.30
2635120--2635174	27	2.0	27	89	6	85	18	12	0	69	1.19
2637078--2637157	33	2.4	33	97	0	151	20	22	7	50	1.73
2642850--2642883	16	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
2642967--2643089	61	2.0	61	85	6	169	61	3	10	24	1.43
2645955--2646426	232	2.0	227	87	9	668	28	12	19	40	1.87
2649431--2649558	66	1.9	66	95	3	231	37	4	17	39	1.71
2650876--2650959	32	2.6	33	83	7	102	41	3	10	44	1.56
2664730--2664820	46	2.0	47	82	2	112	37	14	7	40	1.74
2668941--2669029	31	2.9	30	86	3	115	38	6	15	39	1.74
2673099--2673139	18	2.3	19	80	20	52	46	4	0	48	1.23
2673804--2673828	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2676892--2676936	20	2.2	20	84	0	54	28	24	6	40	1.80
2678399--2678433	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2680626--2680765	51	2.7	51	95	0	244	25	22	15	36	1.93
2680792--2680888	49	2.0	49	95	2	178	46	13	12	27	1.79
2682294--2682830	291	1.8	291	84	0	734	25	18	13	42	1.87
2688749--2688808	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
2692075--2692100	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2703801--2703829	5	5.8	5	100	0	58	37	41	0	20	1.53
2704511--2704550	21	2.0	21	85	14	57	35	7	20	37	1.81
2707844--2707873	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2709693--2709726	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2714421--2715186	188	4.1	187	76	5	636	37	10	20	30	1.87
2715941--2716006	31	2.1	31	97	0	123	21	27	18	33	1.96
2716964--2717043	30	2.6	30	88	5	108	30	25	11	33	1.90
2723225--2723256	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2723857--2723891	10	3.4	11	88	11	56	60	20	0	20	1.37
2727964--2728023	29	2.1	28	96	3	111	38	13	31	16	1.87
2728431--2728475	16	2.8	16	89	0	72	37	6	20	35	1.79
2734045--2734076	12	2.7	12	95	0	55	34	43	15	6	1.72
2736895--2736926	15	2.1	15	100	0	64	56	12	0	31	1.37
2739439--2739498	31	1.9	31	90	6	95	35	10	13	41	1.78
2739456--2739499	22	2.0	22	95	0	79	36	9	11	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743665--2743716	28	1.9	28	84	7	72	44	5	3	46	1.45
2743674--2743782	38	2.8	38	91	1	173	46	5	4	43	1.47
2743705--2743950	47	5.2	47	67	22	135	45	4	4	44	1.45
2743767--2743798	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2743729--2743931	53	4.1	52	76	17	182	47	4	3	44	1.40
2743658--2743880	45	5.1	45	78	15	170	47	4	3	45	1.37
2743879--2743914	12	3.0	12	91	0	63	41	5	8	44	1.58
2743780--2743903	45	3.0	40	79	13	117	47	3	3	45	1.34
2743905--2744008	36	2.8	36	80	13	106	41	8	4	45	1.56
2744033--2744069	8	4.4	9	83	16	53	45	8	0	45	1.32
2744059--2744096	19	2.0	19	89	0	58	71	2	0	26	1.00
2747358--2747401	13	3.3	14	78	9	56	56	4	0	38	1.20
2747695--2747758	18	3.6	18	89	0	101	37	4	28	29	1.77
2748325--2748411	37	2.3	38	90	4	140	39	40	10	10	1.74
2748341--2748419	37	2.1	38	90	2	124	45	34	7	12	1.71
2748325--2748877	264	2.1	256	89	4	833	36	29	11	22	1.89
2751801--2751834	18	1.9	17	88	5	50	14	23	32	29	1.94
2753379--2753443	32	2.0	32	100	0	130	38	24	9	27	1.86
2755792--2755848	3	19.0	3	96	0	105	64	1	0	33	1.04
2765301--2765366	30	2.2	30	86	0	87	34	24	31	9	1.87
2767081--2767298	103	2.1	103	92	0	364	26	11	23	38	1.90
2767338--2767382	23	2.0	23	95	0	81	22	20	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780086--2780159	20	3.7	20	88	0	103	28	25	20	25	1.99
2780335--2780377	22	2.0	22	95	0	77	27	41	11	18	1.85
2780764--2780807	19	2.3	19	88	7	63	11	20	25	43	1.85
2780764--2780857	20	4.8	20	71	8	68	15	17	23	43	1.87
2782762--2782809	20	2.4	20	82	0	60	33	22	20	22	1.97
2782852--2782918	20	3.5	19	82	8	82	17	17	26	37	1.93
2784973--2785026	20	2.7	20	85	5	74	42	27	18	11	1.84
2785069--2785353	20	14.9	20	74	10	227	28	16	21	34	1.95
2785061--2785200	74	1.9	74	91	2	228	28	18	18	34	1.95
2785205--2785345	74	1.9	74	88	2	212	25	14	24	35	1.94
2785324--2785593	140	1.9	140	97	0	513	42	15	12	28	1.84
2785653--2785688	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2787950--2788003	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2788453--2788486	16	2.2	16	89	5	52	32	8	2	55	1.45
2788466--2788560	47	2.0	47	97	0	181	27	16	8	47	1.76
2794600--2794894	20	14.6	20	78	11	291	39	25	20	14	1.91
2794600--2794894	40	7.3	40	87	4	407	39	25	20	14	1.91
2794600--2794894	162	1.8	161	89	3	468	39	25	20	14	1.91
2794995--2795134	6	23.5	6	97	0	210	32	50	11	5	1.60
2795631--2795770	6	23.5	6	98	1	273	0	16	50	32	1.45
2795856--2796014	20	7.8	20	74	8	124	16	18	24	40	1.91
2795848--2795958	42	2.6	42	92	0	195	18	18	26	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2795848--2796012	42	4.0	41	81	5	190	16	18	25	38	1.92
2796416--2796445	16	1.9	15	93	6	51	43	3	0	53	1.17
2802455--2802493	8	4.6	8	84	12	51	20	2	0	76	0.90
2805022--2805050	14	2.0	15	93	6	51	44	0	34	20	1.52
2805412--2805445	17	1.9	18	88	5	52	32	5	8	52	1.56
2814928--2814996	23	2.9	24	80	10	79	72	10	4	13	1.25
2814951--2815010	27	2.2	26	82	11	68	76	5	3	15	1.08
2815056--2815102	24	1.9	25	83	12	62	72	2	14	10	1.21
2815112--2815158	3	15.7	3	90	0	76	65	0	2	31	1.04
2815264--2815319	19	3.1	18	80	14	53	67	1	3	26	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12