genome.fa.s7849.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007849.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3141433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1953443--1953636	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
1953629--1953705	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
1953691--1953742	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
1954310--1954374	30	2.2	30	80	0	76	7	9	56	26	1.57
1954506--1954537	15	2.1	15	94	0	55	9	0	56	34	1.32
1954547--1954603	30	1.9	30	85	0	78	7	8	57	26	1.54
1954911--1954956	19	2.3	21	74	7	51	63	2	6	28	1.31
1954920--1954964	24	1.9	23	81	4	54	64	4	6	24	1.37
1957012--1957959	474	2.0	474	99	0	1878	33	13	26	27	1.93
1963484--1963549	26	2.5	26	80	9	80	66	0	7	25	1.18
1964516--1964562	17	2.7	17	96	3	85	8	23	38	29	1.84
1964690--1964724	18	1.9	18	94	0	61	80	5	0	14	0.89
1964860--1965190	38	8.8	37	76	15	245	45	6	4	42	1.52
1964905--1965176	37	7.2	38	76	13	213	45	6	4	43	1.51
1965022--1965046	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
1964863--1965117	37	6.7	39	75	18	156	45	6	5	43	1.51
1965012--1965117	43	2.6	43	83	15	129	43	5	4	46	1.48
1964905--1965194	155	1.9	153	80	8	343	44	6	5	43	1.54
1966044--1967536	105	14.2	105	93	0	2398	22	18	25	32	1.97
1966044--1967536	421	3.5	422	93	1	2476	22	18	25	32	1.97
1966044--1967536	526	2.8	526	93	0	2583	22	18	25	32	1.97
1969487--1969543	26	2.2	25	79	11	62	57	8	17	15	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1971247--1971312	26	2.5	26	80	9	80	66	0	7	25	1.18
1972278--1972324	17	2.7	17	96	3	85	8	23	38	29	1.84
1972450--1972501	22	2.4	22	73	26	56	76	3	1	17	1.02
1972626--1972956	37	8.8	37	76	15	245	45	6	4	42	1.51
1972788--1972812	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
1972778--1972908	42	3.2	43	80	16	136	43	5	3	47	1.44
1972626--1972956	38	8.8	37	76	15	236	45	6	4	42	1.51
1972953--1972991	18	2.2	18	85	0	51	51	2	10	35	1.50
1982444--1982487	22	2.0	22	95	0	79	47	22	9	20	1.78
1983956--1983985	15	1.9	16	93	6	53	40	3	36	20	1.69
1985091--1985128	20	2.0	19	90	10	60	47	10	23	18	1.79
1985629--1985704	35	2.2	35	90	4	118	39	22	1	36	1.63
1986100--1986347	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.85
1986114--1986378	130	2.0	129	81	4	300	40	13	12	33	1.83
1986676--1986738	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
1986818--1986851	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
1989874--1989928	26	2.1	27	86	6	78	38	10	7	43	1.68
1994665--1994695	15	2.0	16	93	6	55	19	38	3	38	1.68
2009516--2009610	20	4.8	20	80	2	93	45	23	14	16	1.85
2010008--2010064	22	2.6	22	85	0	78	19	19	40	21	1.92
2010225--2010297	20	3.7	20	88	0	119	27	20	26	26	1.99
2020484--2020518	17	2.1	17	100	0	70	25	34	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020714--2020752	20	2.0	20	90	10	62	23	0	20	56	1.42
2020771--2020818	23	2.1	23	84	0	60	54	0	0	45	0.99
2030171--2030294	61	2.0	61	95	0	221	28	12	16	42	1.84
2054671--2054718	19	2.5	19	96	0	87	18	14	18	47	1.82
2055439--2055482	21	2.1	21	86	0	61	34	29	15	20	1.94
2055612--2055650	19	2.1	19	100	0	78	25	10	0	64	1.25
2059964--2060036	24	3.0	24	95	0	128	28	38	20	12	1.89
2064424--2064463	17	2.4	17	91	4	64	45	0	2	52	1.14
2067700--2067752	19	2.7	19	88	2	79	35	24	11	28	1.90
2067838--2068100	54	4.9	54	75	8	207	26	13	18	41	1.88
2067935--2068066	53	2.5	53	86	1	174	25	15	21	38	1.92
2068121--2068159	15	2.6	15	95	0	69	51	2	38	7	1.44
2068535--2068914	108	3.7	107	77	13	382	36	12	10	40	1.77
2068633--2068821	94	2.0	93	89	1	288	37	9	10	43	1.71
2078887--2078914	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2085224--2085263	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2085663--2085837	88	2.0	88	91	4	282	39	6	11	42	1.68
2086809--2086849	16	2.6	16	88	3	57	41	2	2	53	1.27
2087684--2087724	16	2.6	16	88	3	57	41	2	2	53	1.27
2086762--2088516	878	2.0	877	97	1	3331	34	16	14	34	1.90
2092861--2093003	72	2.0	74	87	5	211	56	3	11	27	1.51
2108992--2109083	44	2.1	45	87	6	134	33	1	14	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121620--2121730	33	3.4	33	98	0	204	51	8	35	5	1.55
2123397--2123429	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2129390--2129439	26	1.9	26	84	8	66	22	12	34	32	1.90
2129475--2129504	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2133952--2133996	6	8.0	6	78	11	51	24	35	22	17	1.95
2133953--2133996	17	2.6	17	100	0	88	22	36	22	18	1.95
2133953--2133997	11	4.0	11	83	16	56	22	35	24	17	1.95
2134318--2134360	16	2.7	16	92	7	70	27	32	20	18	1.96
2135805--2135870	24	2.7	24	81	15	73	50	1	0	48	1.10
2135831--2135884	26	2.1	26	82	6	65	57	0	0	42	0.98
2137684--2137905	48	4.6	48	90	2	356	49	5	33	10	1.62
2140456--2140491	18	2.0	18	94	0	63	58	0	41	0	0.98
2144050--2144119	27	2.6	27	84	8	106	17	38	11	32	1.85
2146690--2146741	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2146730--2146843	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
2146727--2146843	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
2147359--2147439	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
2147435--2147600	20	9.1	19	74	16	136	12	22	22	43	1.86
2147440--2147516	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
2147488--2147575	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
2149551--2149673	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2149607--2149673	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151031--2151066	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2151193--2151251	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
2151174--2151250	33	2.3	34	84	6	104	18	22	20	38	1.93
2153482--2153539	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
2153564--2153635	19	4.4	16	84	15	62	12	20	19	47	1.82
2153577--2153625	19	2.6	19	100	0	98	14	20	16	48	1.80
2153742--2153778	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2155646--2155731	19	4.5	19	85	4	111	39	23	23	13	1.90
2155647--2155720	39	1.9	38	88	2	112	37	22	24	14	1.92
2155757--2155821	18	3.8	18	76	17	75	12	20	21	46	1.83
2155779--2155836	14	3.9	14	77	16	62	10	15	24	50	1.75
2155762--2155852	32	2.8	33	91	3	148	12	16	21	49	1.78
2155846--2155891	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
2156373--2156417	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2157736--2157773	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2158037--2158080	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
2158268--2158361	20	4.7	20	78	2	80	23	17	24	35	1.95
2158306--2158406	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
2158248--2158362	20	5.7	20	76	5	79	23	16	23	36	1.94
2158290--2158424	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
2158351--2158443	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
2158351--2158443	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164356--2164450	46	2.1	46	100	0	190	32	10	24	32	1.89
2167335--2167539	104	2.0	104	83	0	257	36	9	8	45	1.66
2171009--2171037	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2171047--2171100	20	2.8	19	89	10	83	37	0	1	61	1.07
2171629--2171689	32	1.9	32	82	0	77	50	1	0	47	1.10
2175779--2175859	30	2.7	30	88	0	117	24	41	8	24	1.83
2181737--2181766	4	7.5	4	92	0	51	30	0	20	50	1.49
2183110--2183137	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
2186478--2186519	21	2.0	21	100	0	84	23	19	23	33	1.97
2204110--2204139	11	2.8	11	95	5	53	0	10	0	90	0.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12