genome.fa.s7849.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007849.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3141433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204199--2204257	29	2.0	29	86	0	82	22	11	11	54	1.69
2211291--2211326	18	1.9	19	88	5	56	50	0	5	44	1.25
2211544--2211839	148	2.0	147	99	0	583	44	16	10	28	1.80
2215005--2215039	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
2221121--2221154	16	2.1	16	88	0	50	26	0	2	70	1.01
2221276--2221317	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2226066--2226174	36	3.1	34	70	14	103	39	22	8	30	1.83
2226031--2226174	72	2.0	72	100	0	288	37	23	8	30	1.84
2231596--2231654	29	2.0	29	86	0	82	50	13	1	33	1.52
2234932--2234996	32	2.0	34	81	6	80	27	3	10	58	1.47
2235397--2235455	29	2.0	29	86	0	82	50	13	1	33	1.52
2238749--2238813	32	2.0	34	81	6	80	27	3	10	58	1.47
2239223--2239299	29	2.6	30	81	6	84	51	7	1	38	1.39
2239405--2239438	17	2.0	17	88	0	50	20	8	26	44	1.81
2240468--2240493	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2241366--2241400	7	4.7	7	86	13	52	57	0	0	42	0.99
2241366--2241400	16	2.4	14	90	9	52	57	0	0	42	0.99
2253172--2253233	2	31.0	2	86	0	88	0	53	0	46	1.00
2253237--2253263	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2253566--2253642	38	2.0	39	89	2	120	27	5	14	53	1.62
2253686--2253719	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
2253694--2253762	27	2.4	28	79	11	79	55	1	1	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253759--2253819	24	2.5	25	81	7	63	36	4	0	59	1.19
2253980--2254045	28	2.3	29	89	10	109	33	10	12	43	1.76
2266612--2266680	2	35.0	2	91	8	115	50	1	0	47	1.09
2266632--2266716	32	2.7	32	83	10	104	52	3	1	42	1.26
2269550--2269594	24	2.0	22	86	8	63	11	17	17	53	1.72
2271526--2271558	16	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
2271881--2271936	28	2.0	28	92	0	94	48	16	1	33	1.56
2273714--2273849	63	2.2	63	85	5	186	34	15	22	27	1.94
2276902--2276926	8	3.1	8	100	0	50	12	12	24	52	1.72
2278417--2278634	103	2.1	103	93	1	375	26	12	22	38	1.90
2278641--2278718	23	3.3	23	81	1	93	24	20	23	32	1.98
2287612--2287670	31	1.9	31	92	0	100	40	15	32	11	1.83
2300056--2300161	53	2.0	53	100	0	212	35	15	13	35	1.86
2300519--2300561	22	2.0	21	95	4	77	51	11	9	27	1.69
2303095--2303169	38	2.0	37	94	5	134	38	16	13	32	1.87
2303102--2303180	38	2.1	36	86	9	106	40	17	11	30	1.85
2303989--2304048	20	3.1	20	77	18	56	61	1	0	36	1.06
2304002--2304050	18	2.6	19	78	18	57	63	0	0	36	0.95
2304088--2304162	22	3.2	22	77	17	87	50	2	0	46	1.15
2304059--2304147	27	3.4	26	79	17	105	53	2	0	43	1.13
2304059--2304162	49	2.1	51	92	3	176	51	2	0	45	1.16
2304082--2304172	24	3.8	23	78	15	94	49	2	1	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306321--2306352	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2307420--2307458	19	2.1	19	90	0	60	28	17	17	35	1.94
2310778--2310810	13	2.5	13	90	9	50	66	6	0	27	1.15
2313554--2313835	147	1.9	146	86	2	406	34	19	17	28	1.95
2323689--2323715	13	2.1	13	100	0	54	18	44	14	22	1.86
2324828--2324862	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2328578--2328611	13	2.6	13	95	0	59	17	47	14	20	1.83
2328608--2328657	7	6.7	7	88	11	73	16	28	28	28	1.97
2328608--2328656	15	3.3	15	97	0	89	16	28	26	28	1.97
2329767--2329801	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2348054--2348107	28	2.0	28	85	7	76	7	24	14	53	1.66
2348487--2348740	53	4.8	53	88	1	348	22	25	20	31	1.98
2349129--2349378	80	3.1	80	91	0	410	29	20	16	33	1.95
2349339--2349425	42	2.1	42	91	0	138	31	21	17	29	1.96
2359494--2359547	28	2.0	28	85	7	76	7	24	14	53	1.66
2360250--2360327	31	2.5	31	81	2	95	41	7	10	41	1.68
2361108--2361181	31	2.4	31	79	4	87	48	4	5	41	1.45
2361263--2361295	11	3.0	11	95	0	57	48	0	18	33	1.48
2369786--2369827	21	2.0	21	85	4	57	47	0	11	40	1.40
2379460--2379489	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2410224--2410289	33	2.0	33	100	0	132	42	3	9	45	1.51
2415054--2415088	17	2.1	17	94	0	61	42	5	14	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417710--2417765	26	2.1	27	86	6	78	53	0	7	39	1.28
2417780--2417830	16	3.3	15	76	13	50	64	3	0	31	1.11
2417859--2417902	18	2.4	18	88	3	61	63	0	4	31	1.14
2417831--2417902	19	3.9	18	76	5	63	62	2	2	31	1.24
2424268--2424292	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2428977--2429035	23	2.6	22	78	7	73	47	15	23	13	1.81
2432686--2432720	9	3.9	9	92	0	61	14	0	0	85	0.59
2432686--2432739	18	2.8	18	86	8	63	20	0	1	77	0.86
2432679--2432723	22	2.0	23	91	4	74	17	0	0	82	0.68
2432681--2432752	13	5.0	13	79	19	56	25	0	1	73	0.91
2432832--2432977	25	5.8	25	98	1	274	32	19	15	31	1.94
2432832--2432977	51	2.9	51	95	4	276	32	19	15	31	1.94
2436730--2436780	21	2.4	21	100	0	102	13	33	21	31	1.92
2436886--2436921	14	2.5	15	90	9	65	38	0	0	61	0.96
2436924--2436966	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2436901--2436998	32	3.4	31	73	26	115	35	1	10	53	1.42
2436901--2437244	54	6.4	54	68	21	249	34	0	12	52	1.45
2436969--2437016	22	2.4	18	73	23	51	33	2	12	52	1.51
2436901--2437244	134	2.6	134	95	0	625	34	0	12	52	1.45
2437026--2437132	32	3.7	31	71	23	115	34	0	12	52	1.45
2437058--2437100	22	2.0	22	90	0	68	34	0	13	51	1.42
2437192--2437234	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437259--2437317	31	1.9	31	89	0	91	45	8	3	42	1.51
2440387--2440424	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2443949--2443973	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2451736--2451838	5	20.2	5	96	4	188	59	0	0	40	0.98
2455707--2455735	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2456745--2456805	27	2.3	27	100	0	122	62	9	6	21	1.49
2468600--2468665	33	2.0	33	100	0	132	36	24	15	24	1.93
2475471--2475515	3	15.0	3	90	9	74	33	0	0	66	0.92
2477023--2477059	17	2.2	17	90	4	58	43	35	8	13	1.74
2484670--2484719	20	2.4	21	80	16	59	66	8	6	20	1.40
2492395--2492419	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
2494406--2494510	52	2.0	52	100	0	210	38	11	11	39	1.78
2503510--2503590	40	2.0	42	85	4	112	48	0	0	51	1.00
2506287--2506319	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
2527978--2528003	11	2.4	11	100	0	52	61	7	7	23	1.49
2527978--2528012	12	3.0	12	91	4	54	57	8	5	28	1.52
2530751--2530775	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2532842--2532867	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2534959--2534993	9	3.9	9	84	0	52	28	0	2	68	1.04
2547719--2547759	9	4.9	9	80	14	52	41	0	0	58	0.98
2552037--2552086	26	1.9	26	87	0	73	52	26	6	16	1.66
2562139--2562196	31	2.0	31	80	16	70	39	1	8	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2564568--2564961	199	2.0	201	90	1	621	27	23	11	37	1.89
2569960--2570006	13	3.5	13	77	11	58	23	14	2	59	1.46
2569960--2570018	28	2.1	28	100	0	118	23	13	3	59	1.50
2573524--2573572	25	2.0	25	91	0	80	55	6	4	34	1.44
2574857--2574909	21	2.4	21	81	9	52	56	13	20	9	1.64
2580699--2580738	20	2.0	20	90	0	62	37	2	7	52	1.43
2581117--2581153	2	19.5	2	86	10	51	54	0	0	45	1.00
2584974--2585003	15	2.0	15	100	0	60	6	20	66	6	1.38
2585259--2585285	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2586500--2586709	60	3.3	60	71	11	204	19	6	53	20	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12