genome.fa.s7849.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007849.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3141433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629805--629836	16	1.9	17	93	6	57	62	3	0	34	1.11
638115--638141	13	2.1	13	100	0	54	44	40	0	14	1.46
646055--646093	19	2.1	19	90	4	62	53	0	0	46	1.00
651341--651453	60	1.9	60	83	3	147	38	15	11	35	1.83
652187--652211	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
654054--654097	19	2.4	19	85	11	56	56	2	4	36	1.32
654359--654727	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
655410--655455	24	2.0	23	87	12	67	26	15	21	36	1.93
655630--655654	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
657928--658215	19	16.4	19	78	17	329	46	18	20	13	1.83
657928--658196	33	7.8	33	80	14	255	46	18	20	13	1.83
657956--658196	52	4.6	52	91	5	357	46	17	21	13	1.83
657928--658215	71	4.1	69	83	12	317	46	18	20	13	1.83
657995--658253	123	2.1	124	94	1	459	45	18	20	15	1.85
657961--658237	52	5.3	50	88	8	273	46	18	21	14	1.84
657928--658237	52	5.9	52	84	12	267	46	18	20	13	1.83
658244--658326	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
658433--658469	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
658728--658784	14	3.7	14	79	20	69	40	24	26	8	1.84
658720--658803	33	2.5	33	92	0	150	44	21	25	9	1.82
658742--658825	19	4.7	19	81	14	97	42	22	23	10	1.85
658837--658891	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658821--658891	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
658832--658913	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
658844--658932	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
659012--659082	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
659264--659318	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
659463--659655	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
659463--659655	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
659711--659762	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
665357--665439	26	3.0	29	84	10	127	25	16	21	36	1.94
670264--670480	108	2.0	108	100	0	434	35	12	11	40	1.79
672176--672246	29	2.4	30	82	11	85	33	12	1	52	1.48
673488--673536	19	2.6	19	80	0	53	42	8	16	32	1.77
673520--673567	24	2.0	23	88	4	69	43	10	18	27	1.82
674155--674199	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
674824--674861	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
674888--674929	21	2.0	21	85	0	57	16	26	28	28	1.97
680540--680581	21	2.0	21	85	0	57	16	26	28	28	1.97
682130--682263	32	4.3	32	82	5	168	34	20	17	26	1.96
682971--683037	30	2.3	30	84	2	82	28	16	11	43	1.83
687837--687902	22	3.0	22	97	2	125	27	25	27	19	1.99
688114--688173	30	2.0	31	90	3	95	33	21	6	38	1.80
688187--688257	29	2.5	29	88	2	99	38	14	8	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688559--688704	67	2.2	65	84	6	179	19	28	26	26	1.99
688686--688724	20	2.0	19	85	5	51	17	23	28	30	1.97
689185--689219	19	1.9	19	88	11	56	65	0	31	2	1.07
694765--694831	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
695051--695110	30	2.0	31	90	3	95	33	21	6	38	1.80
695125--695196	29	2.5	29	90	0	108	37	13	9	38	1.78
695500--695652	68	2.2	69	87	2	211	18	28	26	26	1.98
695632--695675	22	2.0	21	86	4	61	15	25	29	29	1.96
695501--695675	68	2.6	69	84	3	194	18	28	26	26	1.98
696136--696170	19	1.9	19	88	11	56	65	0	31	2	1.07
700931--700975	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
701554--701588	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
702480--702943	149	3.1	149	97	1	869	26	17	21	33	1.96
702911--702955	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
717730--717783	17	3.1	19	79	12	53	46	3	3	46	1.38
717740--717783	17	2.5	18	88	3	63	50	2	2	45	1.27
719349--719421	22	3.7	21	81	12	75	49	6	17	26	1.72
719367--719432	18	3.4	18	83	8	69	53	9	16	21	1.71
719608--719679	37	1.9	37	86	10	103	52	2	1	43	1.24
722234--722347	36	3.1	36	87	3	147	19	37	12	30	1.88
723161--723865	33	21.4	33	75	4	488	18	15	32	33	1.92
728430--728614	91	2.0	93	85	6	254	43	11	18	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739689--739717	12	2.3	13	94	5	51	58	6	0	34	1.25
739878--739929	27	2.0	26	88	3	77	44	0	3	51	1.19
739888--739946	27	2.2	27	84	0	73	45	1	5	47	1.34
741666--741690	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
746291--746323	16	2.1	16	94	0	57	60	24	9	6	1.49
746392--746472	16	5.1	16	93	0	126	56	19	12	11	1.65
747567--747638	10	6.4	10	72	22	54	55	22	11	11	1.66
747574--747653	14	6.3	13	74	21	73	53	23	12	10	1.68
747554--747652	24	4.1	24	89	2	146	55	21	11	12	1.67
749110--749148	11	3.5	11	82	0	51	64	2	0	33	1.08
751405--751622	113	1.9	114	86	2	314	30	13	18	37	1.89
752617--752641	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
754523--754903	190	2.0	190	100	0	762	26	17	22	32	1.96
763267--763326	30	2.0	30	100	0	120	13	46	6	33	1.69
774426--774500	36	2.1	36	97	0	141	32	5	12	50	1.62
774728--774853	21	6.1	21	83	9	161	27	23	21	26	1.99
774870--774970	21	4.8	21	84	4	141	23	21	23	30	1.99
774847--774970	42	3.0	43	79	5	146	25	20	21	32	1.98
774966--774999	12	2.8	12	86	0	50	8	14	41	35	1.77
775078--775193	21	5.5	21	88	4	171	29	24	22	24	1.99
775081--775200	63	1.9	63	96	0	222	30	23	22	24	1.99
775183--775318	21	6.5	21	83	8	170	24	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775099--775297	63	3.2	62	82	7	190	26	22	22	28	1.99
779803--779840	14	2.7	14	88	8	51	10	15	15	57	1.64
780467--780491	13	1.9	13	100	0	50	8	28	8	56	1.57
792412--792458	2	23.0	2	95	4	85	48	0	2	48	1.13
794402--794453	25	2.1	25	92	0	86	25	26	26	21	1.99
802994--803034	2	20.5	2	94	0	73	51	0	2	46	1.14
804666--804700	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
804703--804741	21	1.9	20	84	5	51	61	2	7	28	1.37
805189--805221	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
811582--811829	130	1.9	130	92	0	415	35	14	13	36	1.86
811596--811860	130	2.0	129	81	4	300	38	12	13	34	1.84
812157--812219	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
812297--812330	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
812454--812496	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
812465--812550	35	2.5	35	86	0	109	38	1	19	40	1.60
812681--812738	29	2.0	29	83	6	73	29	8	27	34	1.87
817169--817196	11	2.5	11	100	0	56	14	0	21	64	1.29
817391--817436	24	1.9	24	86	0	65	50	15	13	21	1.78
827725--827774	6	8.3	6	100	0	100	50	16	34	0	1.45
828423--828465	15	2.7	15	79	10	50	55	9	0	34	1.32
829522--829560	19	2.1	19	95	0	69	74	10	2	12	1.17
841471--841508	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845576--845628	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
854248--854295	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
857974--858024	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
858011--858064	20	2.7	20	94	0	90	51	18	18	11	1.74
858099--858392	20	14.4	20	83	5	320	35	18	26	20	1.95
858078--858377	83	3.7	83	82	6	335	35	17	26	20	1.95
858078--858394	103	3.1	103	83	5	363	35	18	26	19	1.95
858099--858377	123	2.3	123	97	1	524	35	17	26	20	1.95
858385--858424	20	2.0	20	90	0	62	52	17	17	12	1.74
858099--858414	123	2.6	123	91	1	391	36	18	25	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12