genome.fa.s7851.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110210_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1608033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733--794	3	20.7	3	93	6	108	66	0	0	33	0.92
7573--7641	36	1.9	36	90	0	111	42	18	11	27	1.85
8095--8184	43	2.1	43	91	0	144	31	8	25	34	1.87
8935--8971	19	1.9	19	94	0	65	51	5	32	10	1.60
13027--13104	41	1.9	41	82	10	97	34	12	23	29	1.92
14928--15152	97	2.3	96	83	3	272	34	25	14	25	1.94
15025--15564	137	4.0	137	87	2	739	35	25	15	24	1.94
14875--15316	234	1.9	233	81	5	543	35	25	14	24	1.94
15025--15564	272	2.0	273	86	3	757	35	25	15	24	1.94
20125--20200	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
20619--20647	15	1.9	15	100	0	58	13	27	44	13	1.82
25082--25157	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
39186--39235	17	3.2	16	83	13	61	22	48	20	10	1.79
44859--44892	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
49190--49231	17	2.4	17	88	11	59	42	9	16	30	1.80
54399--54440	18	2.3	18	100	0	84	23	9	35	30	1.87
55017--55141	67	1.9	66	81	6	155	37	13	18	30	1.89
55083--55171	36	2.4	36	79	5	99	38	13	19	29	1.89
55011--55243	102	2.3	104	79	9	248	36	14	17	31	1.90
55194--55372	67	2.7	66	82	6	211	39	14	17	29	1.89
55018--55480	234	2.0	235	85	2	635	37	14	18	29	1.91
56584--56618	18	1.9	18	94	0	61	22	40	25	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56877--56927	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
58213--58253	16	2.6	16	96	0	73	7	31	12	48	1.68
63268--63366	49	2.0	49	100	0	198	43	12	6	38	1.67
65491--65536	22	2.1	22	100	0	92	28	17	13	41	1.86
69600--69706	53	2.0	53	98	0	205	21	26	23	28	1.99
69701--69857	84	1.9	84	89	0	242	26	21	16	35	1.95
70795--70911	60	2.0	60	84	3	155	30	18	18	31	1.96
71296--71349	22	2.5	22	93	0	90	27	16	5	50	1.68
74573--74624	20	2.5	20	96	3	95	42	9	11	36	1.74
80396--80486	31	3.0	30	95	3	164	37	3	13	46	1.59
81397--81428	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
88085--88132	17	2.7	18	77	3	53	35	6	16	41	1.74
95452--95493	15	2.8	15	83	16	52	9	9	2	78	1.05
95455--95490	17	2.2	16	90	9	56	8	11	2	77	1.08
96219--96258	18	2.2	19	86	4	55	25	2	2	70	1.13
99052--99120	21	3.3	21	71	4	50	36	15	17	30	1.91
104845--104885	20	2.0	21	85	4	57	14	14	2	68	1.32
115739--115814	39	1.9	39	89	0	116	32	1	14	51	1.51
117798--117938	74	1.9	74	85	0	192	39	34	7	17	1.79
121279--121318	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
126394--126482	16	5.6	16	72	5	72	48	20	11	20	1.79
126394--126471	32	2.4	32	86	0	102	48	21	10	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126486--126567	32	2.5	32	82	2	92	46	29	9	14	1.77
127039--127094	27	2.1	27	89	0	85	37	7	3	51	1.47
127162--127198	20	1.9	19	89	10	58	56	0	0	43	0.99
127463--127487	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
128677--128719	22	1.9	22	85	4	59	4	16	6	72	1.24
129024--129180	60	2.6	59	80	9	147	30	21	7	41	1.79
129315--129479	58	2.8	59	76	8	165	43	5	20	30	1.74
130425--130630	105	2.0	104	83	9	267	49	6	4	39	1.50
132121--132962	450	1.9	450	91	1	1373	25	25	22	26	2.00
133540--133602	26	2.4	26	97	0	117	47	0	1	50	1.10
136127--136195	25	2.4	30	72	25	85	21	18	13	46	1.83
136135--136188	25	2.2	25	96	0	99	20	20	11	48	1.80
136159--136423	142	1.9	142	84	4	356	32	13	14	40	1.85
138104--138374	134	2.0	135	99	0	535	37	18	19	23	1.94
140885--140953	24	2.9	24	88	0	102	21	34	15	27	1.94
142801--142871	33	2.2	33	84	5	90	32	33	0	33	1.58
142856--142916	30	2.0	30	96	0	113	26	49	0	24	1.51
149168--149550	184	2.1	180	88	5	488	45	8	2	42	1.49
156907--156939	16	2.0	17	94	5	59	36	21	6	36	1.78
158846--158899	25	2.1	25	89	3	81	59	3	1	35	1.26
158846--158900	26	2.2	26	90	6	87	58	3	1	36	1.26
159504--159565	25	2.4	26	76	13	65	54	8	6	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160121--160153	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
160227--160265	14	2.9	14	84	3	53	58	25	12	2	1.47
161250--161284	16	2.2	16	94	0	61	37	20	25	17	1.94
162245--162303	25	2.4	25	94	0	100	45	3	3	47	1.36
163953--164011	16	3.7	16	86	0	82	61	20	8	10	1.54
164909--164951	14	3.1	14	93	0	77	51	25	16	6	1.69
169122--169164	15	2.8	15	89	3	59	39	0	2	58	1.11
180263--180368	45	2.4	45	96	0	194	33	14	19	32	1.92
180310--180434	65	1.9	65	85	7	175	29	16	22	31	1.96
187056--187095	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
188321--188620	151	2.0	151	90	2	478	31	14	23	30	1.94
195008--195057	5	9.8	5	83	12	66	80	0	0	20	0.72
195008--195057	12	3.7	13	86	13	66	80	0	0	20	0.72
195008--195060	22	2.5	21	87	9	72	79	0	0	20	0.74
195008--195060	27	2.0	26	92	3	88	79	0	0	20	0.74
205533--205614	21	3.9	21	78	7	76	25	35	24	14	1.94
209903--210067	84	2.0	84	87	4	244	30	18	18	32	1.95
210049--210090	13	3.2	13	82	0	57	35	16	19	28	1.93
210039--210090	26	2.0	26	88	0	77	34	13	19	32	1.90
222812--222866	19	2.6	22	75	16	71	52	0	0	47	1.00
236531--236619	31	2.9	30	88	3	124	23	20	21	34	1.96
243722--243766	18	2.5	18	88	0	72	20	51	13	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243748--243806	13	4.2	13	78	19	64	15	44	22	18	1.87
243726--243821	31	3.2	31	85	4	126	16	42	20	19	1.89
243762--243833	8	9.4	8	74	19	73	15	37	25	22	1.93
243722--243795	18	4.4	18	77	16	68	18	45	17	17	1.85
243796--243833	7	5.1	7	90	9	58	13	34	26	26	1.93
243796--243833	15	2.5	15	100	0	76	13	34	26	26	1.93
245113--245147	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
248788--248832	18	2.5	18	88	0	72	20	51	13	15	1.76
248814--248872	13	4.2	13	78	19	64	15	44	22	18	1.87
248792--248887	31	3.2	31	85	4	126	16	42	20	19	1.89
248828--248899	8	9.4	8	74	19	73	15	37	25	22	1.93
248788--248861	18	4.4	18	77	16	68	18	45	17	17	1.85
248862--248899	7	5.1	7	90	9	58	13	34	26	26	1.93
248862--248899	15	2.5	15	100	0	76	13	34	26	26	1.93
250174--250208	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
253826--253870	18	2.5	18	88	0	72	20	51	13	15	1.76
253852--253881	13	2.3	13	94	0	51	16	46	20	16	1.84
253830--253908	31	2.6	30	86	4	106	16	45	18	18	1.86
253866--253934	8	8.4	8	71	23	54	14	39	24	21	1.91
253826--253896	18	4.2	18	75	17	62	18	46	16	18	1.84
253898--253934	14	2.6	14	95	4	65	13	35	27	24	1.93
255187--255221	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265447--265487	20	2.0	20	100	0	82	39	19	17	24	1.92
265436--265619	77	2.4	77	90	0	287	38	18	14	28	1.90
265621--265672	20	2.5	20	84	9	61	30	13	26	28	1.94
267266--267318	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
268695--268742	23	2.1	23	100	0	96	12	16	14	56	1.68
274801--274856	28	2.0	28	85	0	76	39	0	5	55	1.23
283487--283559	17	4.1	17	68	13	56	21	19	30	28	1.98
289110--289168	30	2.0	30	82	0	73	40	11	15	32	1.83
289119--289178	30	2.0	30	86	3	84	36	10	20	33	1.86
290096--290164	21	3.5	21	69	15	65	24	26	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9