genome.fa.s7851.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110210_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1608033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690333--690426	32	3.0	32	95	4	165	9	9	40	40	1.70
690911--690943	17	1.9	17	88	11	50	27	6	0	66	1.15
691164--691213	16	3.1	16	75	13	50	20	4	6	70	1.25
695040--695117	36	2.2	36	83	4	95	35	20	24	19	1.95
706081--706551	57	8.4	56	80	10	414	29	10	16	42	1.82
706100--706549	113	4.0	111	82	8	497	30	10	16	42	1.82
719068--719155	31	2.8	31	86	3	124	43	13	20	22	1.87
719293--719357	12	5.8	12	77	14	75	40	0	3	56	1.15
719293--719376	44	1.9	44	92	0	141	40	0	5	53	1.25
719642--719772	50	2.6	50	83	7	151	45	15	11	28	1.81
744464--744504	22	2.0	21	86	13	59	73	19	0	7	1.07
744883--744916	13	2.6	13	90	0	50	32	0	5	61	1.20
745489--745550	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
748219--748271	21	2.4	22	81	12	65	49	5	1	43	1.37
748906--748941	9	4.1	9	85	7	56	33	0	2	63	1.08
748908--748945	17	2.3	17	95	4	69	34	0	2	63	1.09
748908--748952	17	2.7	17	89	3	56	33	2	2	62	1.20
748881--748958	29	2.7	29	72	18	72	32	1	1	65	1.09
750536--750609	25	2.9	27	76	15	75	16	5	9	68	1.35
750537--750604	12	5.4	12	77	14	66	16	5	10	67	1.38
779050--779081	14	2.3	14	100	0	64	37	9	0	53	1.34
780439--780497	26	2.3	26	100	0	118	45	8	20	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782694--782748	22	2.5	22	94	2	94	14	21	43	20	1.87
784272--784766	229	2.2	228	96	1	911	44	7	7	39	1.62
785046--785092	20	2.3	20	89	10	78	55	10	17	17	1.69
784834--785306	181	2.6	182	89	1	698	43	14	16	26	1.85
785218--785273	20	2.8	19	78	7	67	55	8	16	19	1.67
787494--787558	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
787592--787657	33	2.0	33	87	0	96	30	0	46	22	1.52
789448--789496	19	2.6	19	93	0	80	34	2	10	53	1.47
789589--791956	200	11.9	200	97	0	4473	36	14	17	30	1.90
789589--791956	996	2.4	997	97	0	4472	36	14	17	30	1.90
793420--793501	6	13.7	6	82	0	74	37	7	32	21	1.81
793437--793505	3	23.0	3	78	0	75	36	5	33	24	1.80
793420--793501	36	2.3	36	93	0	137	37	7	32	21	1.81
793420--793501	18	4.6	18	81	0	92	37	7	32	21	1.81
793420--793501	12	6.8	12	87	0	101	37	7	32	21	1.81
794703--795475	178	4.3	182	92	4	1184	36	14	17	32	1.89
794703--795475	359	2.1	358	90	5	1188	36	14	17	32	1.89
795349--795600	125	2.0	122	96	3	461	35	13	17	34	1.88
795170--795778	305	2.0	301	93	4	1048	35	14	17	33	1.89
795471--795935	180	2.6	183	94	4	834	35	14	16	33	1.90
798367--798431	25	2.6	25	95	0	112	40	12	12	35	1.80
798777--798839	22	2.8	23	87	2	92	36	4	22	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798777--798846	23	3.1	23	80	10	81	34	4	22	38	1.74
799243--799315	23	3.2	23	86	0	92	34	4	20	41	1.72
799041--800304	420	3.0	422	90	6	1993	41	7	12	38	1.71
799663--799738	23	3.5	22	87	7	102	34	3	22	39	1.73
799668--799738	21	3.3	21	90	4	97	33	4	22	39	1.74
800086--800151	19	3.1	21	83	16	84	33	4	22	39	1.75
803451--803523	29	2.7	26	76	13	67	30	1	24	43	1.63
814000--814218	43	5.1	43	76	6	149	57	3	10	28	1.47
816492--816650	64	2.5	64	87	4	214	30	23	17	28	1.97
816628--816670	19	2.4	19	88	7	63	23	32	18	25	1.97
818264--818295	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
820705--820756	2	26.5	2	96	3	97	51	0	0	48	1.00
823775--824257	243	2.0	240	95	4	875	24	25	15	34	1.95
826542--826757	109	2.0	107	98	1	414	30	21	26	21	1.98
827215--827272	30	1.9	30	89	0	89	36	24	29	10	1.88
828274--828451	21	8.6	21	80	6	148	21	18	25	34	1.96
828270--828472	62	3.3	62	81	5	266	20	19	25	34	1.96
828316--828499	20	8.9	20	75	11	122	17	20	25	36	1.94
828292--828511	104	2.1	103	92	3	363	20	19	25	35	1.96
828295--828499	42	5.0	41	72	9	141	18	20	25	36	1.95
828273--828511	62	3.9	60	75	9	203	20	19	25	35	1.95
828609--828641	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829138--829176	6	6.5	6	96	0	69	2	12	51	33	1.54
829275--829325	22	2.3	22	89	0	84	37	27	15	19	1.92
829311--829387	40	1.9	40	86	7	111	37	19	22	20	1.94
829311--829411	41	2.5	42	84	10	122	35	21	20	21	1.96
829379--829432	21	2.6	21	100	0	108	29	29	16	24	1.97
829356--829440	21	4.1	21	83	3	91	35	27	17	20	1.95
836033--836076	20	2.3	18	88	7	61	63	0	2	34	1.07
836082--836122	15	2.7	15	84	0	55	63	0	0	36	0.95
836243--836308	23	3.0	22	71	8	62	62	7	6	24	1.45
837619--837669	11	4.5	12	77	20	56	58	0	0	41	0.98
837619--837669	17	3.0	17	81	15	61	58	0	0	41	0.98
837838--838035	88	2.2	88	88	1	290	31	19	16	31	1.94
838079--838266	75	2.5	76	86	1	263	33	18	19	28	1.95
838199--838310	44	2.5	45	85	5	138	33	19	20	26	1.97
838245--838384	74	1.9	73	84	7	185	34	20	21	24	1.97
838133--838501	118	3.1	119	87	3	505	33	18	20	27	1.96
838318--838426	42	2.5	44	82	10	127	32	21	22	24	1.98
838366--838546	75	2.5	74	91	4	287	35	18	19	26	1.95
839014--839112	22	4.5	22	86	5	146	36	14	13	36	1.85
841991--842126	72	1.9	72	86	3	193	35	21	19	23	1.96
843200--843240	19	2.2	19	86	8	57	36	14	2	46	1.58
844176--844243	36	1.9	34	85	11	93	54	8	16	20	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844221--844288	18	3.5	19	82	10	66	61	7	11	19	1.53
847491--847528	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
849019--849175	78	2.0	79	98	1	307	31	7	20	40	1.81
850642--850695	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
850699--850733	8	4.4	8	88	0	52	60	0	5	34	1.21
863699--863739	20	2.0	21	90	4	66	85	0	4	9	0.73
863674--863739	11	6.6	10	73	13	55	80	0	10	9	0.91
864740--865058	55	5.9	55	87	4	405	28	14	28	28	1.95
864739--865061	107	3.0	109	83	4	411	29	14	28	27	1.96
865021--865176	54	2.9	54	85	7	203	30	19	26	23	1.98
865430--865480	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
865489--865522	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
870063--870189	63	2.0	64	95	4	231	46	15	21	16	1.84
871910--872039	64	2.0	64	97	2	244	25	9	20	44	1.81
878302--878710	20	20.5	20	84	5	486	35	25	18	20	1.95
879596--879620	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
881941--882237	19	16.7	19	82	14	393	47	16	21	14	1.83
881941--882259	33	9.1	38	82	14	393	46	16	21	14	1.83
881941--882259	52	6.0	52	93	4	550	46	16	21	14	1.83
882266--882366	20	5.6	19	82	14	142	14	23	17	43	1.87
882473--882508	14	2.6	14	86	4	56	44	22	0	33	1.53
882501--882575	12	6.2	12	68	20	57	57	17	1	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882490--882561	38	1.9	38	94	2	128	52	16	1	29	1.52
884368--884502	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
884424--884480	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
884405--884497	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
884368--884502	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
884498--884588	33	2.8	33	91	5	141	7	18	28	45	1.77
884498--884625	19	7.3	19	74	18	116	8	17	28	45	1.78
884669--884862	93	2.1	92	97	0	361	46	18	11	23	1.82
886566--886655	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
886558--886672	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9