genome.fa.s7888.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007888.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110270_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1558302

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1767--1835	31	2.3	31	85	7	88	40	4	8	46	1.55
2359--2411	27	1.9	28	88	3	81	28	15	13	43	1.84
3844--3910	29	2.3	28	82	14	75	49	1	4	44	1.31
17434--17507	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
27993--28078	31	2.8	31	87	0	127	24	6	17	51	1.70
28803--29095	143	2.1	142	85	1	390	36	17	11	34	1.87
30691--30811	29	4.1	29	84	5	136	50	12	11	25	1.73
31339--31377	19	2.1	19	100	0	78	30	20	10	38	1.86
31746--31782	14	2.6	15	83	8	51	59	0	2	37	1.12
34561--34633	31	2.4	31	92	0	128	31	16	17	34	1.93
36087--36339	87	2.9	86	82	5	231	43	11	14	30	1.82
36203--36388	87	2.1	88	96	1	347	44	13	13	28	1.82
36203--36423	88	2.5	87	90	3	311	43	12	14	29	1.82
37285--37343	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
41968--42026	29	2.0	29	96	0	109	49	11	13	25	1.76
43678--43703	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
51840--51897	29	2.0	30	86	3	82	51	0	1	46	1.11
51862--52094	118	2.0	117	82	6	285	45	7	8	39	1.62
53654--53706	3	19.0	3	81	14	60	66	1	0	32	1.03
53654--53709	19	3.0	18	79	7	67	66	1	0	32	1.03
53632--53710	22	3.8	21	77	14	74	62	1	0	36	1.04
53654--53732	22	3.7	22	77	14	69	69	3	1	25	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54059--54966	114	8.0	114	92	0	1403	28	18	15	37	1.91
55369--55421	22	2.4	22	93	0	97	41	13	11	33	1.80
57985--58204	114	1.9	114	93	0	377	30	21	15	33	1.94
60334--60369	10	3.5	10	92	7	63	0	0	16	83	0.65
60334--60370	11	3.5	11	96	3	67	0	0	16	83	0.64
62332--62393	14	4.5	14	75	4	54	58	8	12	20	1.60
64770--64818	20	2.5	20	80	12	57	59	0	6	34	1.22
64856--64891	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
66310--66367	3	21.0	3	80	16	63	65	1	0	32	1.03
66312--66345	5	6.4	5	90	10	50	61	0	0	38	0.96
66310--66371	13	5.0	13	69	23	53	66	1	0	32	1.02
75960--76021	3	20.7	3	74	12	56	62	3	3	30	1.26
75960--76023	24	2.7	23	83	11	76	64	3	3	29	1.24
76171--76430	91	2.9	90	84	6	334	25	17	31	25	1.97
76350--76473	46	2.8	45	75	8	128	25	20	28	25	1.99
76313--76504	40	4.6	41	73	11	158	25	19	30	24	1.98
76530--76583	28	1.9	28	85	7	74	48	12	14	24	1.79
76846--76941	35	2.7	35	79	10	90	39	13	17	29	1.88
77309--77435	65	2.0	66	87	3	186	44	11	13	29	1.79
77251--77443	66	3.0	62	76	9	181	43	13	13	29	1.82
77385--77630	29	8.3	29	66	15	110	43	14	12	30	1.82
77424--77570	61	2.4	62	90	2	235	42	14	12	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77309--77603	151	1.9	153	87	4	434	43	13	12	30	1.81
77553--77644	28	3.2	27	77	14	87	47	14	13	25	1.79
77782--78089	105	2.9	105	85	2	397	40	12	15	30	1.85
78056--78152	35	2.7	36	87	1	133	36	12	18	32	1.88
82324--82385	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
85735--85796	3	20.7	3	74	12	56	62	3	3	30	1.26
85735--85798	24	2.7	23	83	11	76	64	3	3	29	1.24
86663--86737	21	3.2	21	67	22	60	41	2	6	49	1.43
86664--86768	49	2.3	45	85	9	133	40	2	9	46	1.51
91891--91952	20	3.0	20	77	13	81	25	22	19	32	1.97
91891--91964	21	3.6	21	77	3	87	27	22	20	29	1.98
98101--98135	17	2.1	17	94	0	61	51	14	0	34	1.42
102418--102485	30	2.3	30	100	0	136	32	7	26	33	1.84
102557--102658	35	2.9	35	91	2	150	45	17	4	32	1.70
107133--107235	35	2.9	36	89	4	156	47	19	5	27	1.72
108011--108036	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
110757--110794	20	1.9	20	94	0	67	39	13	21	26	1.89
115841--116036	5	39.2	5	100	0	392	39	0	0	60	0.97
117477--117546	33	2.1	35	89	5	108	44	4	5	45	1.47
124146--124300	76	2.0	78	92	2	260	36	17	14	31	1.89
127178--127254	26	3.0	26	76	1	84	45	10	7	36	1.67
128151--128191	20	2.0	20	95	0	73	41	14	12	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128514--128680	87	2.0	87	90	5	270	31	10	9	47	1.70
129882--129962	42	1.9	42	87	0	117	37	19	19	23	1.95
132037--132100	32	1.9	32	84	12	85	14	10	18	56	1.67
134383--134413	15	2.1	15	94	5	55	29	9	12	48	1.73
140460--140541	43	1.9	43	87	0	119	29	19	19	31	1.96
140481--140578	43	2.3	43	80	7	101	26	16	20	36	1.93
142568--142690	58	2.1	58	92	3	203	35	22	5	35	1.78
150822--150883	21	3.1	21	81	13	94	30	29	20	19	1.97
150806--150879	18	3.9	18	81	10	85	27	31	21	20	1.98
157002--157054	18	2.9	18	100	0	106	26	33	22	16	1.96
159085--159113	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
160758--160815	21	2.8	21	97	2	109	22	27	10	39	1.86
160756--160849	42	2.3	41	80	14	104	26	26	13	32	1.94
162891--163026	41	3.3	41	73	8	114	28	16	23	30	1.97
162832--163166	82	4.1	81	78	9	252	29	16	21	32	1.95
164581--164675	41	2.3	41	89	1	138	34	21	16	27	1.95
165206--165298	40	2.3	40	96	0	168	31	35	15	18	1.91
167959--168117	44	3.7	44	79	3	153	28	25	18	28	1.98
168106--168294	43	4.3	43	78	2	164	31	22	17	28	1.97
168113--168275	86	1.9	86	83	2	211	28	22	18	30	1.97
169988--170028	20	2.0	22	90	9	68	53	17	4	24	1.63
176668--176704	18	2.1	18	94	0	65	18	45	13	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180383--180455	26	3.0	24	69	27	64	61	4	6	27	1.40
180855--180916	27	2.3	27	91	0	97	12	20	46	19	1.83
180965--181000	18	2.0	18	88	0	54	25	19	27	27	1.99
182679--182719	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
185947--186160	100	2.2	100	95	1	387	34	14	6	44	1.71
187364--187462	36	2.8	36	95	0	171	42	16	15	26	1.87
189737--189797	29	2.1	30	84	3	79	36	21	3	39	1.70
194713--194747	18	1.9	18	88	0	52	20	14	14	51	1.76
200918--200969	23	2.3	23	100	0	104	17	13	23	46	1.83
201995--202020	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
207640--207720	40	2.0	40	95	0	144	13	22	22	41	1.88
208884--208936	18	2.8	18	71	5	52	58	0	0	41	0.98
210761--210872	59	1.9	59	90	3	181	33	11	23	31	1.90
210759--210897	59	2.3	58	80	9	174	32	12	23	31	1.92
216449--216511	32	2.0	32	100	0	126	12	19	17	50	1.77
229422--229586	78	2.1	79	81	10	196	26	13	25	34	1.93
230432--230493	33	2.0	32	87	9	92	51	8	9	30	1.63
231200--231330	58	2.2	58	81	9	142	36	12	12	37	1.83
237306--237363	29	2.0	30	86	3	82	43	3	15	37	1.64
242873--242953	40	2.0	41	92	2	137	32	29	14	23	1.95
247281--247329	6	8.2	6	100	0	98	32	34	0	32	1.58
254824--254945	60	2.0	60	91	0	199	31	22	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255177--255224	12	3.7	13	81	13	55	45	0	10	43	1.38
255590--255654	27	2.4	27	84	0	85	47	6	4	41	1.49
255607--255659	27	2.0	27	96	0	97	45	3	3	47	1.39
262847--262872	3	8.7	3	100	0	52	0	34	30	34	1.58
265491--265563	35	2.1	35	94	0	128	39	2	2	54	1.29
267270--267308	18	2.2	18	86	4	53	48	7	2	41	1.45
272620--272645	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
287783--287850	6	10.7	6	84	7	64	35	0	16	48	1.46
305264--305292	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
307020--307066	20	2.4	20	96	3	87	55	10	10	23	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7