genome.fa.s7888.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007888.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110270_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1558302

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690752--690815	1	64.0	1	80	0	74	90	0	9	0	0.45
690743--690813	10	7.8	9	92	4	92	88	0	11	0	0.51
690759--690814	10	5.7	10	97	2	105	91	0	8	0	0.43
693962--694138	75	2.4	75	78	3	169	33	15	21	28	1.94
695454--695501	22	2.2	22	92	0	78	35	12	12	39	1.81
696331--696632	113	2.7	114	87	7	438	37	13	20	28	1.90
696983--697043	3	21.0	3	86	6	72	37	0	0	62	0.96
697509--697537	10	2.9	10	100	0	58	51	31	17	0	1.45
697508--697565	20	3.0	18	76	20	55	53	34	10	1	1.45
697507--697566	19	3.2	18	77	15	59	55	33	10	1	1.43
698549--698605	21	2.6	22	78	15	57	42	1	1	54	1.21
709347--709559	111	1.9	111	85	5	297	40	14	12	32	1.82
710317--710382	26	2.6	26	95	2	116	56	7	24	12	1.61
712604--712664	31	2.0	31	100	0	122	22	14	29	32	1.94
715490--715638	31	4.8	30	86	4	192	36	12	14	36	1.84
716834--717148	158	2.0	157	99	0	621	31	19	16	32	1.94
720768--720975	31	6.8	30	93	2	267	35	11	14	38	1.81
725306--725360	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
725444--725482	20	1.9	20	84	5	51	41	17	5	35	1.72
728545--728582	16	2.4	16	90	0	58	42	2	0	55	1.14
730859--730888	12	2.5	12	88	0	51	23	0	0	76	0.78
730948--731508	278	2.0	281	93	3	970	28	17	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731591--731617	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
735527--735571	21	2.1	22	91	4	74	53	0	2	44	1.13
741632--741678	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
741631--741680	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
743617--743662	2	23.0	2	95	0	83	47	2	0	50	1.13
748981--749026	22	2.1	22	100	0	92	23	34	23	17	1.96
757677--757738	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
757679--757764	21	4.1	20	74	14	66	22	34	26	16	1.95
763453--763483	13	2.4	13	94	0	53	19	48	19	12	1.81
763502--763577	29	2.6	29	83	4	82	22	7	26	43	1.80
770716--770791	29	2.6	29	85	0	89	22	10	26	40	1.86
773880--773910	7	4.4	7	100	0	62	29	29	41	0	1.56
775008--775120	14	8.5	13	72	19	83	46	0	0	52	1.13
775018--775121	16	6.8	15	75	18	67	48	0	0	50	1.14
775020--775156	7	21.3	6	70	20	57	48	2	1	47	1.22
775049--775096	12	4.2	11	82	15	53	50	0	0	50	1.00
775070--775152	36	2.4	34	79	16	98	49	2	2	45	1.28
775118--775164	24	1.9	25	82	4	60	53	6	2	38	1.39
775182--775242	14	4.3	14	75	19	54	49	3	4	42	1.40
775077--775289	65	3.3	63	78	14	211	49	3	4	43	1.38
775412--775469	24	2.5	24	86	5	75	44	6	10	37	1.65
775595--775647	7	7.6	7	82	0	70	18	1	35	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775753--775826	37	2.1	36	87	5	105	40	10	6	41	1.66
776034--776182	2	76.0	2	67	20	66	43	5	3	47	1.42
776031--776183	68	2.4	62	75	15	152	43	5	3	48	1.41
776133--776168	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
776085--776259	83	2.1	83	89	2	262	45	5	2	47	1.37
776116--776245	67	1.9	70	84	4	176	43	5	2	48	1.38
776217--776444	13	17.3	13	67	19	66	44	3	3	47	1.40
776280--776429	18	8.2	18	73	17	114	45	2	4	48	1.35
776232--776447	93	2.3	93	89	7	319	44	3	3	48	1.38
780161--780198	15	2.6	15	88	12	53	63	0	0	36	0.95
781323--781378	9	6.3	9	82	12	71	75	0	3	21	0.96
781319--781381	4	15.0	4	80	12	65	74	0	3	22	0.96
781333--781386	14	4.1	13	83	11	74	74	0	1	24	0.92
781307--781384	18	4.6	17	83	13	90	71	0	6	21	1.08
783054--783086	17	1.9	17	100	0	66	30	18	15	36	1.91
787858--787917	30	2.0	30	100	0	120	53	6	13	26	1.64
792797--793609	217	3.8	211	91	3	1176	50	7	11	30	1.66
793630--793737	2	53.0	2	90	3	171	48	0	0	50	1.13
793637--793970	20	17.1	20	66	20	76	46	4	4	45	1.43
794008--794080	20	3.4	20	79	17	83	39	6	1	52	1.37
794019--794068	13	3.8	13	77	17	59	38	6	2	54	1.37
794021--794080	23	2.7	23	80	16	72	38	6	1	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794032--794119	33	2.8	33	86	5	119	43	6	3	46	1.47
794032--794115	31	2.7	32	83	12	95	41	7	3	47	1.48
794142--794256	18	5.9	18	71	18	79	42	9	6	41	1.62
794144--794338	38	5.2	37	77	16	163	45	7	4	42	1.53
794139--794281	80	1.8	75	88	7	214	43	9	5	41	1.60
794235--794304	33	2.1	33	89	5	106	44	8	5	41	1.59
794286--794364	2	40.0	2	97	2	151	50	0	0	49	1.00
794292--794388	18	5.0	21	90	8	104	45	2	3	49	1.29
794510--794718	33	6.5	33	71	19	158	43	7	6	42	1.58
794577--794718	31	4.6	32	73	20	133	43	7	7	42	1.59
794607--794717	56	2.0	56	91	7	181	43	6	8	42	1.59
794534--794729	18	11.1	18	66	16	88	44	7	6	41	1.58
795888--795919	15	2.1	15	100	0	64	34	25	28	12	1.92
799002--799030	14	2.1	14	100	0	58	6	20	41	31	1.79
799462--799766	123	2.5	123	93	1	513	25	17	15	40	1.89
799673--800232	112	5.0	112	84	4	727	30	17	13	38	1.89
799673--800224	225	2.5	221	89	3	820	30	18	13	38	1.89
800926--801262	114	3.0	114	95	0	584	31	20	15	32	1.94
814839--814900	3	21.0	3	84	15	85	67	0	0	32	0.91
815650--815691	20	2.1	20	86	0	57	7	11	19	61	1.52
816629--816667	16	2.4	16	91	0	60	33	17	28	20	1.96
820038--820115	37	2.1	39	90	4	124	14	8	34	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819821--820367	248	2.2	250	89	3	832	22	11	27	38	1.88
820284--820404	37	3.2	37	88	3	154	14	9	36	38	1.80
820027--820661	294	2.2	291	90	4	994	21	11	29	37	1.89
820568--820661	38	2.5	37	86	6	136	11	11	38	38	1.78
821244--821282	18	2.3	18	86	8	55	33	30	2	33	1.72
821239--821282	18	2.6	16	82	7	52	31	27	4	36	1.77
825086--825134	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
825637--825688	18	3.1	18	81	16	74	26	40	0	32	1.57
831817--831856	21	1.9	21	94	0	71	35	7	2	55	1.42
833803--833962	66	2.5	64	80	9	173	28	18	21	30	1.97
835755--835965	76	2.8	76	87	3	289	19	23	32	24	1.97
838537--838576	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
838559--838619	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
844032--844231	75	2.6	77	88	3	289	19	23	33	23	1.97
850184--850366	94	2.0	93	96	1	339	30	7	12	49	1.69
860889--860927	2	20.0	2	85	15	55	48	0	2	48	1.15
860949--861268	36	8.6	36	82	9	342	44	1	5	48	1.33
861289--861327	9	4.2	10	93	6	57	28	0	0	71	0.86
861293--861327	3	11.7	3	88	11	54	28	0	0	71	0.86
882515--882541	14	1.9	14	100	0	54	0	7	40	51	1.30
884753--884825	32	2.3	32	85	2	94	34	9	13	42	1.77
885556--885599	7	6.4	7	89	5	54	52	29	0	18	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885560--885599	13	3.0	13	92	3	62	50	30	0	20	1.49
885556--885599	20	2.1	21	87	4	63	52	29	0	18	1.46
887322--887422	36	2.8	36	100	0	202	46	16	7	28	1.75
901186--901230	4	10.8	4	82	17	56	75	0	2	22	0.91
901190--901353	19	8.6	18	72	21	95	73	0	4	20	1.05
901215--901286	35	2.2	32	79	15	78	73	1	4	20	1.07
901304--901387	29	2.9	27	79	13	71	79	1	2	16	0.90
901186--901387	17	11.6	17	67	16	94	73	0	4	20	1.07
903518--904489	94	10.0	94	94	1	1332	22	18	25	34	1.96
904072--904499	106	4.0	106	93	0	694	23	17	24	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7