genome.fa.s7911.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007911.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110307_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1972160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317--409	3	31.0	3	100	0	186	66	0	33	0	0.92
408--466	3	19.7	3	100	0	118	33	0	66	0	0.92
2473--2510	16	2.3	17	86	13	53	23	10	7	57	1.58
3536--3608	20	3.6	20	81	7	94	32	20	24	21	1.97
3787--3846	29	2.0	29	87	6	84	41	16	5	36	1.70
5070--5117	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
5772--5825	23	2.3	23	96	0	99	25	7	37	29	1.83
5997--6066	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
6423--6496	20	3.7	20	82	7	87	32	22	22	21	1.98
6517--6573	22	2.8	19	78	17	69	21	21	33	24	1.97
6531--6573	22	1.9	23	90	4	70	20	20	32	25	1.97
6653--6712	29	2.0	31	83	6	79	43	16	5	35	1.70
7769--7793	7	3.6	7	100	0	50	64	24	0	12	1.27
9338--9400	31	2.0	32	90	3	101	34	19	1	44	1.60
9520--9567	23	2.1	22	81	11	60	45	0	2	52	1.12
10782--10876	24	4.0	24	75	2	75	55	17	13	12	1.68
10937--10973	19	2.1	18	90	10	58	37	10	5	45	1.62
11249--11314	18	3.7	18	97	0	123	31	24	22	21	1.98
19374--19400	13	2.1	13	100	0	54	40	7	7	44	1.60
19491--19517	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
19519--19555	19	2.1	18	90	10	58	37	10	5	45	1.62
20602--20975	176	2.1	177	94	1	653	37	6	13	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20941--21055	24	4.8	24	79	6	126	58	15	10	15	1.63
20973--21009	14	2.6	14	100	0	74	64	18	8	8	1.45
21001--21048	10	4.4	10	80	19	60	56	12	14	16	1.68
20959--21033	38	2.0	38	89	0	114	61	16	9	13	1.56
20973--21055	14	6.5	13	75	20	61	59	15	12	13	1.62
26886--26920	11	3.2	11	87	0	52	0	20	0	80	0.72
26873--26939	28	2.4	28	74	16	75	2	17	4	74	1.11
26887--26938	19	2.9	19	76	21	58	0	19	1	78	0.84
26886--26932	6	8.0	6	77	13	53	0	19	2	78	0.85
32557--32597	20	2.0	21	90	4	66	36	24	14	24	1.93
32557--32606	20	2.6	19	84	9	57	36	24	14	26	1.93
36341--36396	17	3.2	16	75	22	51	60	1	3	33	1.24
43611--43683	26	2.7	27	78	8	67	49	19	6	24	1.72
44710--44851	32	4.4	32	75	6	117	19	26	27	26	1.99
44711--44831	64	1.9	64	84	3	163	19	25	28	25	1.99
50055--50098	22	2.0	22	100	0	88	31	18	13	36	1.90
51466--51505	20	2.0	20	90	0	62	52	7	2	37	1.43
53257--53336	21	3.8	21	96	1	142	28	20	11	40	1.86
61166--61203	14	2.6	14	91	8	58	78	0	2	18	0.86
61166--61203	5	7.6	5	88	11	60	78	0	2	18	0.86
63825--63886	14	4.5	14	93	2	99	22	0	32	45	1.53
64042--64140	23	4.3	23	89	5	148	24	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75631--75703	30	2.4	30	79	2	74	23	17	12	46	1.82
75775--75833	30	2.0	30	86	0	82	44	13	8	33	1.74
76133--76166	16	2.2	16	90	10	54	23	0	8	67	1.18
76141--76229	46	1.9	46	83	0	115	25	4	8	60	1.46
79827--79933	24	4.5	24	73	0	97	47	16	13	22	1.81
79827--79935	48	2.3	48	77	0	119	47	16	13	22	1.81
81057--81092	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
83667--83773	24	4.5	24	73	0	97	47	16	13	22	1.81
83667--83775	48	2.3	48	77	0	119	47	16	13	22	1.81
84900--84935	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
86253--86322	18	4.2	18	71	17	78	14	18	48	18	1.81
86257--86317	31	2.0	31	93	0	104	16	18	47	18	1.83
91294--91357	31	2.1	32	88	5	96	40	0	1	57	1.08
91294--91360	30	2.2	30	84	10	84	40	0	1	58	1.07
92896--92939	22	2.0	22	100	0	88	22	4	18	54	1.61
98051--98202	70	2.2	71	88	4	220	50	8	9	31	1.64
100587--100661	22	3.4	22	76	8	64	73	5	1	20	1.10
100607--100680	12	5.8	12	72	21	53	75	4	2	17	1.07
102248--102620	135	2.8	135	85	3	484	26	21	17	33	1.96
102646--103208	39	14.5	39	90	0	815	35	16	17	31	1.92
103214--103501	77	3.8	77	86	1	409	42	11	14	31	1.82
103174--103529	152	2.4	151	84	5	445	41	11	14	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105453--105534	28	3.0	28	98	1	157	14	6	32	46	1.69
106114--106160	18	2.7	17	86	3	67	27	29	8	34	1.87
108685--108717	11	2.9	11	95	4	57	90	6	0	3	0.52
108685--108752	12	5.7	12	83	10	68	83	2	2	10	0.85
108698--108746	26	1.9	25	87	4	71	83	2	4	10	0.85
108838--108893	27	2.0	27	86	6	76	58	8	8	23	1.56
113418--113447	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
115229--115275	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
117027--117084	29	2.0	29	87	9	84	41	3	5	50	1.42
117273--117299	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
120087--120132	21	2.2	21	100	0	92	39	13	28	19	1.89
122767--122914	53	2.8	53	82	3	172	25	24	18	31	1.98
123337--123407	22	3.3	21	67	15	56	35	19	18	26	1.95
123289--123549	42	6.3	42	72	9	198	31	21	19	27	1.97
123459--123526	22	3.2	21	66	16	50	30	19	20	29	1.97
123494--123885	214	1.8	214	94	0	703	31	18	16	33	1.93
138591--138940	42	8.3	42	94	1	558	23	22	21	32	1.98
138947--139066	37	3.2	37	93	1	195	34	21	23	20	1.97
139093--139203	37	3.0	37	90	0	177	42	19	16	21	1.89
138898--139200	153	2.0	153	87	1	437	34	21	21	22	1.97
139205--139772	111	5.2	111	90	2	860	28	22	18	29	1.97
139928--139963	3	11.7	3	94	5	63	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146860--146952	32	2.9	32	81	0	114	33	9	24	32	1.88
147904--147933	15	2.0	15	93	0	51	10	6	33	50	1.62
148552--148891	54	6.3	54	85	2	416	28	17	19	33	1.95
148530--148885	162	2.2	162	85	3	466	28	16	19	34	1.94
155479--155520	19	2.3	19	87	4	59	14	33	30	21	1.93
155502--155562	23	2.7	23	89	2	88	18	24	34	22	1.96
162520--163422	45	20.1	45	89	0	1241	25	20	13	40	1.89
166627--167018	54	7.2	54	84	4	493	28	15	20	35	1.93
166652--167018	108	3.4	108	89	0	554	28	15	19	36	1.92
184218--184266	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
184086--184246	66	2.5	66	84	6	204	29	24	19	26	1.98
190017--190097	24	3.5	24	72	14	73	22	23	23	30	1.99
190035--190117	44	1.9	43	87	2	121	24	22	24	28	1.99
190515--190542	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
191655--191698	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
192255--192293	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
192808--192967	66	2.5	63	84	8	189	30	23	19	26	1.98
196751--197263	257	2.0	255	93	3	872	39	11	5	44	1.63
203963--204240	90	3.1	90	90	1	423	21	25	24	29	1.99
212331--212406	20	3.8	20	92	0	125	26	11	11	50	1.74
212331--212427	40	2.4	40	82	0	104	27	12	11	48	1.75
212508--212575	21	3.2	21	83	8	77	33	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216237--216262	13	2.0	13	100	0	52	23	23	38	15	1.92
216310--216479	85	2.0	84	95	1	304	18	17	18	45	1.86
238855--238885	16	1.9	16	93	0	53	35	19	12	32	1.90
245624--245705	42	1.9	43	90	2	130	59	12	15	12	1.61
247431--247469	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
252936--253004	23	3.0	23	79	8	86	28	26	24	20	1.99
253221--253272	23	2.3	23	84	12	65	40	21	9	28	1.84
253479--253509	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
255092--255122	11	2.8	11	100	0	62	19	25	9	45	1.81
258095--258158	23	2.8	23	80	0	92	31	26	25	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9