genome.fa.s7911.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007911.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110307_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1972160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  4  of  9  ( 1033 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739863--739917	30	1.9	30	85	7	78	30	9	1	58	1.40
749195--749292	49	1.9	52	85	6	139	45	14	23	16	1.83
750063--750580	105	5.0	105	80	7	488	33	25	20	20	1.97
750170--750535	203	1.8	203	95	0	660	32	25	21	19	1.97
752058--752105	12	3.8	12	81	10	51	27	2	2	68	1.11
755790--755829	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
757886--757951	19	3.5	19	89	6	100	27	16	31	24	1.96
757840--758003	84	1.9	84	83	8	208	28	17	25	29	1.97
760203--760261	23	2.6	23	84	10	84	18	25	22	33	1.96
768673--768707	13	2.6	14	90	4	54	34	8	8	48	1.64
770558--770602	23	2.0	23	90	0	72	17	6	0	75	1.01
779520--779695	65	2.8	65	84	7	222	36	21	15	26	1.93
781548--781663	34	3.3	34	79	11	110	31	2	0	65	1.06
781569--781641	25	2.7	27	79	14	80	30	1	0	68	0.98
781575--781666	3	31.3	3	76	16	70	30	2	0	67	1.03
781680--781738	19	3.3	18	81	11	59	10	3	5	81	0.96
781772--781802	9	3.4	9	95	0	53	19	3	0	77	0.90
787171--787221	25	2.0	25	100	0	102	50	25	7	15	1.71
792646--792691	11	4.2	11	81	10	58	19	6	23	50	1.71
798770--798810	19	2.2	18	87	12	57	68	4	0	26	1.10
798993--799035	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
799202--799243	22	2.0	22	90	4	68	30	4	0	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799205--799258	21	2.4	23	79	17	60	33	3	1	61	1.25
799313--799370	15	3.9	15	80	12	59	32	1	3	62	1.22
800833--800867	15	2.2	17	90	10	56	60	8	11	20	1.57
811652--811689	17	2.2	17	90	0	58	47	2	0	50	1.15
818611--818757	63	2.3	63	91	0	240	26	12	20	40	1.87
819017--819062	23	2.0	23	82	0	56	17	39	2	41	1.62
823498--823542	23	2.0	23	87	12	67	46	11	24	17	1.81
828622--828652	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
829578--829611	16	2.2	16	94	5	61	26	11	5	55	1.58
831125--831222	19	5.2	18	71	14	74	6	17	0	76	0.98
831111--831187	40	1.9	41	82	10	97	7	18	0	74	1.06
831131--831235	18	5.7	18	68	20	58	7	17	0	75	1.03
831156--831224	9	8.1	8	74	16	59	4	17	0	78	0.91
831121--831237	35	3.2	36	75	11	112	7	17	0	75	1.03
831127--831235	54	2.0	54	81	10	125	7	17	0	75	1.02
841757--841823	33	2.0	34	94	2	118	44	5	5	43	1.53
845029--845086	26	2.2	26	100	0	116	39	12	17	31	1.86
847120--847211	39	2.4	39	90	5	143	19	19	11	48	1.79
847154--847847	89	7.8	88	83	7	759	24	21	15	38	1.92
847154--847830	267	2.6	265	84	6	840	24	21	15	38	1.92
857124--857163	21	1.9	22	90	10	66	17	10	35	37	1.83
857274--857298	8	3.1	8	100	0	50	24	12	40	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857337--857391	22	2.6	21	77	11	60	25	16	32	25	1.96
857496--857552	30	1.9	29	92	3	96	43	14	7	35	1.72
860069--860124	21	2.7	21	94	0	94	25	17	33	23	1.96
860193--860255	30	2.1	29	85	11	83	49	12	6	31	1.66
860204--860262	30	2.0	29	93	3	100	44	13	6	35	1.71
861508--861555	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
862699--862738	21	1.9	22	90	10	66	15	10	37	37	1.80
863061--863119	30	2.0	30	86	3	84	45	10	6	37	1.65
869812--870353	134	4.0	134	81	10	616	21	14	15	49	1.79
870115--870148	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
869977--870281	150	2.0	150	88	3	454	20	12	14	51	1.75
870344--870392	16	3.1	16	84	0	62	32	30	4	32	1.77
870560--870593	16	2.2	16	89	5	52	23	14	5	55	1.61
872346--872400	20	2.6	22	83	11	71	32	16	21	29	1.95
872091--872755	331	2.0	331	93	0	1141	37	10	21	30	1.87
873693--873723	6	5.2	6	92	0	53	48	3	16	32	1.62
878413--878443	6	5.2	6	92	0	53	48	3	16	32	1.62
880492--880551	30	2.0	30	83	9	77	28	5	20	46	1.71
880725--880757	15	2.1	16	88	5	50	57	0	3	39	1.14
881174--881223	15	3.5	14	72	22	50	26	2	6	66	1.26
881166--881230	28	2.4	26	73	16	69	29	1	4	64	1.22
881987--882184	27	7.3	27	91	0	270	14	45	22	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882944--883130	58	3.2	58	79	6	191	33	17	3	45	1.66
883252--883423	60	2.9	60	81	10	185	39	4	22	33	1.75
885907--885939	3	10.7	3	93	6	57	30	3	0	66	1.06
886547--886637	32	2.8	32	81	3	121	36	24	14	25	1.93
890206--890268	20	2.9	21	83	9	74	14	25	36	23	1.93
897104--897243	60	2.3	59	82	11	160	32	24	4	38	1.75
899928--899977	21	2.4	21	93	0	82	16	22	22	40	1.91
920625--920763	36	3.9	36	94	0	233	25	15	16	42	1.87
928706--928809	36	2.9	36	94	0	181	25	16	14	43	1.86
933207--933233	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
933750--933891	60	2.4	59	83	7	162	33	14	19	33	1.92
935659--935692	18	1.9	17	88	5	50	17	14	0	67	1.23
939624--939681	1	58.0	1	75	0	53	87	0	12	0	0.53
939624--939681	8	7.1	8	86	11	82	87	0	12	0	0.53
939587--939668	27	3.1	26	79	10	87	80	1	17	1	0.84
940409--940490	28	2.9	28	80	10	87	39	31	3	25	1.73
941659--942130	55	8.8	55	81	5	432	31	9	17	41	1.81
941659--942019	109	3.3	109	87	1	499	31	8	17	42	1.80
941659--942015	164	2.2	164	85	2	457	31	8	17	42	1.80
941659--942390	55	13.7	53	80	7	423	31	9	18	40	1.82
942023--942390	105	3.4	105	85	4	463	32	8	19	38	1.83
942023--942390	158	2.3	162	82	6	453	32	8	19	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942257--942389	56	2.4	55	77	9	148	30	9	18	42	1.81
942413--942467	20	2.6	22	77	11	62	21	20	21	36	1.95
942406--942950	240	2.3	241	85	5	719	31	17	17	33	1.94
943259--943624	139	2.6	139	92	1	601	36	17	21	24	1.94
943555--943618	17	3.3	19	67	20	51	40	12	23	23	1.88
945524--945560	18	2.1	18	90	10	58	16	16	5	62	1.51
954061--954169	53	2.1	53	100	0	218	39	11	16	32	1.85
959100--959138	21	1.9	20	84	5	51	15	0	17	66	1.25
980245--980274	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
982368--982399	15	2.1	16	94	5	57	31	34	0	34	1.58
984010--984036	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
985553--985598	20	2.3	20	85	10	60	34	4	2	58	1.30
985580--985766	26	7.7	24	71	19	113	31	3	7	57	1.44
985553--985765	3	67.3	3	68	18	78	31	3	7	57	1.43
989506--989541	19	1.9	18	88	5	54	22	8	0	69	1.15
990916--991006	31	3.0	31	95	3	159	34	6	16	42	1.74
991159--991200	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
991229--991268	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
991483--991552	34	2.1	32	89	5	104	32	15	30	21	1.94
993196--993318	63	2.0	61	84	6	158	56	4	8	30	1.49
996297--996348	26	2.0	26	85	7	70	26	1	3	67	1.18
1001128--1001164	13	2.8	14	84	12	51	40	2	8	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003362--1003469	43	2.5	44	84	4	139	31	19	19	29	1.96
1009196--1009348	65	2.4	64	84	3	191	32	17	20	29	1.95
1011322--1011923	135	4.5	134	72	7	422	37	19	15	27	1.93
1011323--1011923	267	2.3	267	82	2	744	37	19	15	27	1.92
1012216--1012347	3	42.3	3	75	10	77	33	4	4	57	1.39
1012253--1012301	19	2.6	19	84	9	57	34	2	8	55	1.41
1015767--1015804	20	1.9	20	100	0	76	31	15	36	15	1.90
1015770--1015818	20	2.5	20	86	6	64	32	20	32	14	1.92
1015836--1016007	95	1.8	94	86	3	247	34	14	24	26	1.94
1016341--1016566	59	3.8	59	88	3	339	30	10	21	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9