genome.fa.s7918.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007918.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110321_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2302251

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10184--10218	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
26797--26883	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
26896--27002	47	2.3	47	82	14	139	66	5	3	24	1.30
28986--29199	111	1.9	111	95	0	383	44	11	7	36	1.69
29331--29371	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
29489--29609	50	2.4	49	79	5	134	21	28	34	14	1.93
29502--29612	50	2.2	50	85	0	150	19	30	36	13	1.91
31277--31316	20	2.1	19	86	13	55	35	7	5	52	1.51
40383--40422	21	1.9	21	84	0	53	12	27	27	32	1.93
43922--43951	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
44033--44065	7	4.7	7	100	0	66	15	0	27	57	1.38
44033--44125	7	13.7	7	76	10	50	18	1	31	49	1.55
44509--44551	17	2.4	18	85	14	54	65	13	2	18	1.38
45612--45666	11	5.5	11	76	24	68	27	16	29	27	1.97
45603--45667	19	3.4	19	97	2	121	27	15	30	26	1.96
50488--50542	28	2.0	28	82	10	69	10	0	14	74	1.07
51170--51211	17	2.4	17	88	4	57	45	0	2	52	1.13
57667--57942	142	1.9	143	80	5	317	45	5	11	37	1.63
65629--65761	66	2.0	66	97	1	250	42	6	6	45	1.55
93962--93986	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
94479--94538	26	2.3	26	100	0	120	60	6	0	33	1.23
96705--96869	60	2.7	59	83	6	190	45	2	18	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104268--104298	14	2.2	14	94	0	53	3	12	25	58	1.50
109216--109255	20	2.0	21	85	5	55	40	5	2	52	1.37
112554--112612	31	1.9	30	83	13	75	45	1	0	52	1.10
117932--117974	21	2.0	21	100	0	86	46	27	13	11	1.78
119301--119387	44	2.0	44	100	0	174	25	17	29	27	1.97
141977--142014	14	2.5	16	83	12	53	47	2	2	47	1.30
145410--145476	23	2.9	23	88	0	89	19	28	25	26	1.99
150906--151004	35	2.9	34	84	1	108	28	2	26	43	1.66
154743--154798	17	3.2	17	76	16	53	55	1	0	42	1.10
155198--155264	15	4.4	14	75	11	53	41	1	0	56	1.08
176245--176312	21	3.1	21	76	12	66	23	36	23	16	1.94
178632--178661	13	2.2	14	94	5	53	46	13	0	40	1.43
182807--182856	22	2.3	22	89	0	82	52	4	8	36	1.50
190781--190805	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
195052--195100	25	2.0	25	100	0	98	24	16	20	38	1.92
195216--195257	17	2.6	16	82	10	50	73	2	2	21	1.06
195446--195646	40	4.8	41	73	9	174	22	19	32	24	1.97
195446--195698	129	2.0	129	98	0	488	23	19	31	25	1.98
196034--196116	35	2.3	36	82	10	100	38	10	18	32	1.85
196472--196551	40	2.0	40	95	0	142	36	11	21	31	1.88
196632--197096	30	15.1	30	71	15	176	43	14	11	30	1.80
196553--196879	67	4.9	67	96	1	577	44	12	12	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196662--196850	37	5.5	36	68	16	150	44	12	11	31	1.78
196761--196984	92	2.4	92	82	10	253	43	14	10	31	1.79
196945--197098	27	5.6	26	87	8	193	42	17	11	28	1.83
197351--197443	36	2.7	34	79	3	105	36	13	19	30	1.91
197649--197710	21	3.1	21	62	17	51	35	12	20	30	1.91
197644--197751	38	2.9	35	82	8	117	34	12	19	33	1.90
199287--199344	11	5.2	11	87	10	82	5	10	12	72	1.26
199280--199404	23	5.3	23	74	20	98	3	14	10	72	1.24
199341--199379	20	2.0	20	89	0	60	0	20	7	71	1.10
199334--199387	20	2.5	22	82	14	53	1	20	7	70	1.21
202468--202529	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
206148--206196	25	2.0	25	100	0	98	24	16	20	38	1.92
206310--206349	3	14.3	3	89	10	59	72	0	0	27	0.85
206457--206513	22	2.5	23	80	11	64	35	1	5	57	1.31
206489--206524	15	2.4	15	90	0	54	38	0	2	58	1.13
206646--206685	20	2.0	21	85	5	55	45	0	0	55	0.99
207436--207512	33	2.2	33	86	9	100	44	6	10	38	1.65
210410--210463	21	2.6	21	93	0	90	40	0	1	57	1.09
210429--210474	21	2.2	21	84	0	56	54	0	0	45	0.99
220856--220916	24	2.6	24	92	2	97	42	0	4	52	1.23
229889--229954	21	3.2	21	65	26	59	36	9	6	48	1.60
229891--229957	22	3.2	22	65	26	63	37	8	5	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229885--229971	41	2.1	41	95	0	156	39	6	6	47	1.57
230855--230908	16	3.4	16	82	5	56	57	3	5	33	1.40
235301--235378	29	2.6	29	83	8	84	21	8	25	43	1.82
237259--237305	22	2.1	23	88	4	69	46	0	0	53	1.00
237251--237332	30	2.5	33	79	16	100	48	1	0	50	1.08
241352--241436	40	2.1	40	93	4	145	21	18	21	38	1.93
262123--262157	18	1.9	18	88	0	52	0	54	5	40	1.24
266235--266358	61	2.0	61	93	0	212	37	12	17	33	1.87
270186--270333	43	3.5	42	75	13	142	53	6	13	26	1.64
270186--270334	42	3.5	41	76	13	142	53	6	13	26	1.65
270579--270641	20	3.0	20	77	9	56	36	3	1	58	1.23
272108--272169	32	1.9	32	90	0	97	41	4	6	46	1.51
272143--272539	198	2.0	195	97	2	742	34	8	11	46	1.69
275698--275724	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
278292--278619	20	16.2	20	78	11	312	41	23	19	16	1.90
278715--278756	6	7.5	6	97	2	63	28	54	16	0	1.42
278719--278759	5	7.6	5	97	2	55	26	53	19	0	1.45
282338--282396	28	2.1	28	100	0	118	40	10	3	45	1.54
284428--284467	20	2.0	20	85	5	53	57	20	5	17	1.58
284542--284627	42	2.0	42	93	0	145	27	10	11	50	1.72
291549--291594	23	2.0	22	83	4	56	36	2	10	50	1.50
291628--291660	5	6.8	5	86	6	50	57	0	3	39	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299511--299568	29	2.0	29	100	0	116	20	44	10	24	1.82
303152--303177	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
306602--306626	8	3.1	8	100	0	50	52	12	0	36	1.39
307538--307573	19	1.9	18	88	5	54	41	22	8	27	1.82
308904--308956	26	2.0	26	100	0	106	45	7	24	22	1.78
312809--312859	2	26.5	2	92	7	88	47	0	0	52	1.00
313895--313964	37	1.9	37	91	2	115	45	17	4	32	1.67
313894--313990	36	2.7	37	82	6	110	46	18	3	31	1.65
315057--316422	6	233.3	6	85	12	1825	33	1	17	48	1.54
315188--316409	8	150.2	8	65	11	267	33	0	17	49	1.51
322420--322451	15	2.1	15	100	0	64	31	21	25	21	1.98
337167--337290	38	3.2	39	76	17	139	49	5	21	23	1.71
337153--337270	41	3.0	38	78	14	125	45	5	22	25	1.75
338230--338297	32	2.1	32	91	5	111	35	0	20	44	1.52
338936--338961	12	2.2	12	100	0	52	46	38	0	15	1.46
351692--351910	119	1.8	119	94	1	386	53	7	19	19	1.68
357423--357472	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
360132--360168	19	1.9	19	100	0	74	32	24	0	43	1.55
362193--362241	22	2.2	23	85	3	64	42	4	4	48	1.40
374994--375077	24	3.5	24	81	0	96	58	14	14	13	1.64
375046--375072	14	1.9	14	100	0	54	59	14	11	14	1.62
381412--381482	12	5.9	12	83	0	79	47	36	15	0	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
381421--381493	9	8.1	9	84	0	65	46	36	16	0	1.47
381436--381493	3	19.3	3	83	0	53	43	36	20	0	1.52
381500--381534	18	1.9	18	88	0	52	25	42	28	2	1.69
382844--382894	24	2.1	24	100	0	102	21	15	19	43	1.88
386161--386336	87	2.0	87	92	0	289	29	21	22	26	1.99
387089--387130	22	1.9	22	90	9	68	52	9	9	28	1.65
387090--387141	22	2.3	22	81	12	61	51	11	9	26	1.68
402466--402535	23	3.3	23	62	25	62	32	15	21	30	1.94
402464--402623	41	3.9	41	93	3	261	34	18	16	31	1.93
402464--402623	83	2.0	80	91	3	257	34	18	16	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9