genome.fa.s7918.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007918.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110321_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2302251

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  3  of  9  ( 1022 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650000--650075	27	2.7	28	89	6	102	21	56	13	9	1.64
650015--650075	27	2.3	27	97	0	113	22	55	13	8	1.64
653856--653951	36	2.7	36	95	0	165	16	53	5	25	1.64
659719--659806	35	2.5	35	79	0	95	40	26	1	31	1.63
660284--660571	148	1.9	148	92	1	488	46	8	6	37	1.62
660765--660831	35	1.9	35	87	0	98	31	2	22	43	1.68
665091--665131	21	2.0	21	85	9	57	58	2	0	39	1.11
665078--665108	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
682028--682057	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
694951--694994	24	1.9	22	86	9	61	52	0	2	45	1.13
710567--710624	29	2.0	29	96	0	107	39	6	8	44	1.62
710989--711034	18	2.6	17	86	10	65	32	4	2	60	1.28
713083--713114	15	2.1	15	100	0	64	34	25	34	6	1.81
716697--716721	11	2.3	11	100	0	50	60	8	8	24	1.52
717147--717253	29	3.7	29	90	5	164	34	11	26	28	1.90
733576--733635	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
733717--733774	21	2.8	21	91	0	89	22	34	17	25	1.96
733856--733912	8	8.3	7	71	24	50	24	33	15	26	1.95
733837--733912	20	3.8	20	89	1	98	22	32	17	27	1.96
733844--733908	13	4.9	13	70	17	53	21	33	16	27	1.95
734266--734336	34	2.1	33	89	2	106	32	15	29	22	1.95
736717--736771	20	2.8	20	85	0	74	23	29	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737123--737192	33	2.1	33	86	5	97	32	14	30	22	1.94
738050--738098	19	2.5	20	83	6	64	53	6	12	28	1.62
739368--739427	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
739600--739646	21	2.3	21	92	3	78	21	31	19	27	1.97
740021--740091	34	2.1	33	89	2	106	32	15	29	22	1.95
740951--740998	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
742267--742326	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
742486--742557	8	9.8	8	72	22	59	20	34	18	26	1.95
742911--742981	34	2.1	33	86	2	97	33	15	28	22	1.95
745336--745406	34	2.1	33	86	2	97	33	15	28	22	1.95
755376--755420	20	2.2	20	84	0	54	17	22	37	22	1.94
755747--755918	89	1.9	89	100	0	344	27	11	16	44	1.81
755896--755950	16	3.4	16	94	0	92	23	12	18	45	1.83
776111--776151	16	2.7	15	88	7	57	65	0	2	31	1.05
776113--776151	7	5.3	7	85	11	51	66	0	2	30	1.05
776512--776583	21	3.2	21	80	7	72	29	0	2	68	1.04
776531--776583	15	3.7	14	79	18	56	28	0	1	69	0.99
776537--776584	8	6.7	7	80	19	55	29	0	2	68	1.01
776542--776592	15	3.3	15	86	10	68	29	0	3	66	1.09
776537--776584	22	2.2	20	82	13	60	29	0	2	68	1.01
777053--777128	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
777525--777772	130	1.9	130	90	0	397	37	14	12	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777699--777745	23	2.1	21	88	7	67	36	14	12	36	1.85
778099--778161	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
778241--778274	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
779318--779355	17	2.3	17	86	4	51	47	7	2	42	1.46
779586--779650	29	2.2	29	91	5	105	38	4	9	47	1.56
779518--779810	141	2.1	141	87	2	410	35	9	11	42	1.74
779728--779804	29	2.6	29	91	2	118	29	6	15	48	1.70
779880--779937	29	2.0	29	86	6	82	39	5	0	55	1.22
780314--780401	30	3.0	30	91	1	142	29	4	22	43	1.73
787801--787836	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
789031--789307	150	1.8	149	98	1	491	32	8	21	37	1.84
789504--789569	23	2.9	23	95	0	114	27	22	19	30	1.98
793018--793096	38	2.1	38	100	0	158	37	15	7	39	1.76
796573--796628	24	2.5	22	81	16	69	46	0	1	51	1.11
803506--803615	31	3.4	31	71	14	96	22	21	18	37	1.94
803490--803614	66	1.9	66	91	0	205	21	22	20	35	1.96
810304--810337	7	4.9	7	96	0	59	32	29	23	14	1.94
810840--810873	7	4.9	7	96	0	59	32	29	23	14	1.94
824258--824285	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
827519--827552	12	2.8	12	86	4	50	52	0	5	41	1.25
827529--827582	21	2.5	21	85	8	65	55	0	3	40	1.17
829289--829354	34	2.0	34	85	8	93	31	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832485--832524	13	3.1	13	81	0	53	50	0	0	50	1.00
833899--834126	72	3.3	70	85	6	311	35	17	11	35	1.85
839109--839215	34	3.2	33	69	19	94	41	5	10	42	1.62
839058--839243	68	2.7	68	89	2	266	39	5	11	44	1.63
839122--839228	34	3.2	33	67	19	85	40	6	8	44	1.61
841772--841817	19	2.4	18	89	7	65	52	2	0	45	1.13
842648--842689	19	2.3	18	80	8	50	52	0	2	45	1.13
844992--845055	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
845071--845288	103	2.1	103	94	0	391	36	24	13	25	1.92
845758--845795	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
847020--847152	66	2.0	67	89	2	205	40	4	10	44	1.59
856615--856675	30	2.0	30	84	6	79	44	8	8	39	1.64
857056--857112	24	2.3	25	81	3	71	40	5	1	52	1.34
862547--862603	29	2.0	29	82	6	71	49	3	5	42	1.42
866383--866593	110	1.9	110	100	0	422	22	16	27	33	1.95
867333--867767	20	21.2	20	76	9	351	37	25	19	17	1.93
867335--867767	42	10.6	41	83	8	451	37	25	19	17	1.93
867335--867760	62	6.9	60	79	14	331	36	26	19	17	1.94
867436--867759	62	5.2	61	84	10	369	36	26	19	17	1.94
867730--867947	109	2.0	109	100	0	436	32	18	16	33	1.93
867977--868056	6	13.5	6	98	1	153	32	51	16	0	1.45
868548--868608	6	10.5	6	98	1	108	0	16	52	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868704--868835	42	3.2	42	95	2	232	15	18	24	40	1.90
868704--868891	20	9.2	20	73	9	139	15	19	23	41	1.89
870433--870494	29	2.2	26	76	23	63	37	3	3	56	1.32
870434--870494	28	2.1	28	85	14	79	36	3	3	57	1.31
884147--884512	182	2.0	183	99	0	725	34	20	15	30	1.93
888738--888780	23	2.0	21	86	9	59	48	0	0	51	1.00
891790--891827	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
891790--891827	17	2.2	17	95	0	67	50	0	0	50	1.00
892025--892121	37	2.6	37	83	0	122	30	11	15	42	1.82
892663--892906	99	2.4	101	85	5	325	22	19	25	33	1.97
894042--894071	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
894888--895499	102	6.0	103	86	6	740	22	17	26	33	1.96
895696--895771	36	2.1	36	87	0	107	40	15	19	23	1.90
895607--895765	86	1.8	83	79	12	178	38	12	19	28	1.88
895671--895981	102	3.0	104	88	6	458	36	11	21	30	1.90
895965--896003	14	2.7	15	84	4	53	35	12	25	25	1.92
896115--896229	36	3.2	36	75	4	117	45	10	16	27	1.80
896068--896229	72	2.2	75	84	8	208	40	12	18	27	1.87
897439--897970	183	2.9	182	94	1	930	30	21	20	27	1.98
901443--901480	19	2.0	20	89	5	60	68	0	23	7	1.16
902580--902621	21	2.0	22	86	13	61	66	0	11	21	1.23
902871--902971	36	2.8	37	84	3	123	29	14	13	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903060--903100	21	2.1	19	90	9	64	19	26	21	31	1.97
908339--908383	19	2.5	17	82	7	54	37	2	24	35	1.68
909437--909492	22	2.6	22	88	2	87	17	16	19	46	1.84
909452--909492	12	3.6	12	77	12	50	17	17	19	46	1.85
911539--911589	26	2.0	25	84	3	66	11	13	11	62	1.54
911877--912244	182	2.0	185	96	3	690	30	24	22	22	1.99
915885--915925	16	2.6	16	88	3	57	36	7	21	34	1.82
915990--916038	23	2.0	25	84	7	66	30	20	14	34	1.92
919859--919898	21	1.9	21	84	0	53	37	17	22	22	1.94
925573--925611	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9