genome.fa.s7918.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007918.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110321_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2302251

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1022 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964873--1964948	29	2.7	28	71	13	66	67	3	1	27	1.17
1967475--1967598	14	8.9	14	68	11	60	25	1	27	45	1.62
1967514--1967590	30	2.7	29	78	6	93	25	2	25	45	1.66
1967587--1967626	21	1.9	21	89	0	62	20	5	30	45	1.72
1967625--1967663	5	8.0	5	82	5	53	56	5	0	38	1.22
1973631--1973673	12	3.6	12	93	0	68	20	16	20	41	1.90
1976532--1976585	23	2.3	23	87	9	74	61	12	7	18	1.54
1981451--1981489	16	2.5	16	87	4	53	35	10	23	30	1.88
1988012--1988056	20	2.2	21	92	7	76	66	8	8	15	1.43
1988612--1988660	11	4.5	11	82	10	64	30	0	0	69	0.89
1988617--1988660	23	1.9	23	100	0	88	27	0	0	72	0.85
2003444--2003593	72	2.1	71	93	1	255	41	10	13	35	1.78
2005171--2005217	23	2.0	23	88	8	69	46	27	10	14	1.78
2007479--2007509	6	5.2	6	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2007538--2007603	32	2.1	32	85	0	87	12	28	22	36	1.90
2015279--2015318	14	2.9	14	88	7	55	40	27	7	25	1.82
2018985--2019029	19	2.4	19	92	0	72	22	33	15	28	1.95
2019205--2019248	21	2.1	21	91	0	70	38	4	25	31	1.76
2022637--2022670	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
2022712--2022745	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
2023241--2023287	23	2.1	23	84	7	62	34	14	14	36	1.88
2023214--2023461	130	1.9	130	92	0	415	35	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2023857--2023932	35	2.2	35	90	0	116	35	1	25	38	1.64
2025194--2025246	25	2.1	25	86	6	72	32	24	22	20	1.98
2025372--2025417	24	1.9	24	90	0	74	30	23	23	21	1.99
2026026--2026451	216	2.0	216	93	1	739	31	19	12	36	1.89
2027606--2027662	3	19.0	3	75	13	55	35	0	0	64	0.93
2027605--2027675	24	2.9	25	79	10	83	38	0	0	61	0.96
2027605--2027674	34	2.1	34	86	5	97	37	0	0	62	0.95
2027620--2027673	21	2.8	20	75	21	60	38	0	0	61	0.96
2029115--2029327	108	2.0	109	83	3	270	39	7	7	45	1.62
2029179--2029232	24	2.3	23	84	9	65	44	1	0	53	1.11
2029287--2029330	23	1.9	23	85	0	61	47	2	0	50	1.13
2029314--2029346	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
2030009--2030042	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
2031019--2031064	23	2.1	21	84	11	58	19	10	6	63	1.48
2031019--2031072	22	2.5	23	79	8	60	18	14	5	61	1.52
2032035--2032075	19	2.2	19	90	0	64	41	4	12	41	1.64
2032818--2032851	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2040164--2040229	31	2.2	28	78	17	71	50	1	10	37	1.47
2040169--2040227	31	1.9	30	83	10	75	50	1	11	35	1.49
2042055--2042130	21	3.5	21	74	13	73	9	6	9	75	1.20
2042055--2042127	22	3.3	22	71	7	67	9	5	9	75	1.19
2042098--2042176	24	3.2	24	73	3	77	12	7	13	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042054--2042181	49	2.8	45	84	7	152	14	5	12	67	1.38
2042834--2042894	27	2.3	27	97	0	113	45	3	14	36	1.62
2046327--2046799	238	2.0	235	98	1	919	37	15	16	30	1.90
2058692--2058758	21	3.1	22	80	8	75	31	2	2	62	1.25
2058702--2058763	22	2.9	22	81	15	69	27	4	4	62	1.36
2066768--2066814	19	2.5	19	79	10	51	48	0	0	51	1.00
2084047--2084226	91	2.0	91	87	2	263	41	14	5	38	1.68
2096583--2096643	28	2.1	27	82	8	77	50	1	0	47	1.10
2098312--2098354	3	14.7	3	81	13	54	0	32	0	67	0.91
2102251--2102290	16	2.4	16	87	4	53	42	0	10	47	1.37
2102261--2102302	16	2.7	16	92	3	68	35	0	7	57	1.26
2102367--2102425	30	2.0	30	87	12	86	42	1	5	50	1.34
2102824--2102856	2	16.5	2	93	0	57	51	0	48	0	1.00
2105068--2105144	33	2.5	30	82	6	91	25	24	22	27	2.00
2110794--2110826	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2112305--2112480	45	3.9	45	85	3	212	25	29	17	27	1.97
2129335--2129368	17	1.9	18	88	5	52	29	11	17	41	1.85
2134525--2134576	3	17.3	3	76	7	52	30	3	3	61	1.32
2138119--2138176	29	2.0	30	96	3	109	15	13	10	60	1.59
2140202--2140258	25	2.5	22	85	8	69	75	10	10	3	1.16
2140224--2140271	12	3.9	12	83	10	53	72	12	10	4	1.24
2140231--2140266	11	3.2	11	92	4	54	72	11	11	5	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140202--2140271	25	2.9	24	78	17	58	74	11	11	2	1.18
2141428--2141473	4	12.2	4	77	13	53	54	21	0	23	1.45
2141436--2141471	18	2.1	17	89	5	54	55	22	0	22	1.44
2142076--2142208	36	3.7	35	79	6	117	33	19	12	33	1.90
2142555--2142653	29	3.5	29	86	4	139	30	10	15	44	1.79
2142605--2142668	28	2.3	27	83	5	74	32	7	12	46	1.70
2142551--2142668	56	2.1	56	80	7	132	30	9	14	45	1.76
2142664--2142767	52	2.0	52	90	5	165	34	12	16	36	1.86
2142754--2142908	67	2.3	67	91	3	242	30	12	10	45	1.76
2143009--2143229	120	1.9	117	80	11	263	30	14	11	43	1.81
2143653--2143732	35	2.2	37	82	8	94	41	20	8	30	1.82
2144011--2144376	40	8.6	40	71	15	200	24	31	19	24	1.98
2144135--2144235	41	2.5	40	88	1	139	22	35	15	25	1.94
2144011--2144376	172	2.1	170	88	2	556	24	31	19	24	1.98
2144042--2144418	40	8.8	43	71	12	166	24	31	19	25	1.98
2144573--2144620	3	16.3	3	78	4	53	33	4	2	60	1.27
2148956--2149005	26	1.9	26	87	0	73	48	6	20	26	1.72
2163534--2163586	27	2.0	26	82	10	63	13	52	3	30	1.57
2168514--2168543	15	2.0	15	93	0	51	3	50	20	26	1.64
2168620--2168672	27	2.0	26	82	10	63	13	52	3	30	1.57
2176373--2176428	19	3.1	19	89	5	80	12	14	7	66	1.44
2177064--2177133	26	2.7	26	97	2	131	20	20	0	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179177--2179268	45	2.0	45	100	0	184	43	14	15	27	1.85
2179269--2179501	106	2.2	108	85	6	312	33	24	17	25	1.96
2179413--2179560	43	3.4	43	70	14	142	34	22	20	22	1.97
2179409--2179615	86	2.4	86	93	2	344	33	23	20	23	1.97
2179792--2180330	83	6.5	83	80	6	540	29	26	20	23	1.99
2179792--2180330	85	6.5	83	80	5	547	29	26	20	23	1.99
2180561--2180604	16	2.9	15	83	12	54	29	0	2	68	1.02
2180569--2180598	8	3.8	8	90	0	51	33	0	0	66	0.92
2189149--2189174	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2194908--2195004	51	1.9	50	87	2	140	30	11	7	50	1.65
2195601--2195639	6	6.5	6	96	0	51	35	30	25	7	1.84
2195601--2195639	12	3.2	12	92	0	60	35	30	25	7	1.84
2195605--2195646	18	2.3	18	83	0	57	33	30	26	9	1.88
2195605--2195641	6	6.2	6	96	0	56	32	35	21	10	1.88
2198883--2198907	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2208678--2208763	38	2.2	40	83	8	122	24	18	17	39	1.92
2208692--2208768	38	2.0	38	97	0	145	31	18	16	33	1.93
2213788--2213854	28	2.4	27	92	7	109	44	34	8	11	1.73
2213585--2214037	241	1.9	234	90	5	721	37	26	11	24	1.90
2217891--2218339	229	2.0	227	94	0	790	45	8	7	39	1.61
2218405--2218454	20	2.5	20	81	12	75	52	10	16	22	1.73
2218572--2218618	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222188--2223037	183	4.7	184	98	1	1613	34	15	15	34	1.89
2225587--2225649	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2225587--2225659	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
2226015--2226076	22	2.7	23	87	5	81	35	6	19	38	1.77
2226015--2226091	23	3.5	22	82	10	77	35	5	19	40	1.74
2227451--2227510	23	2.6	23	81	0	75	43	3	18	35	1.67
2227547--2227597	23	2.2	23	89	0	75	37	5	21	35	1.78
2227431--2227649	87	2.5	87	93	0	366	42	7	15	33	1.76
2227662--2228327	198	3.4	199	85	2	849	31	15	13	39	1.86
2228430--2228515	30	2.9	30	80	13	81	47	1	1	50	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9