genome.fa.s7973.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007973.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110410_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1299094

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4756--4848	10	9.7	9	76	13	78	16	25	27	30	1.96
4756--4848	19	4.8	20	78	15	95	16	25	27	30	1.96
4755--4829	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
4756--4848	29	3.2	28	86	6	105	16	25	27	30	1.96
4849--4903	5	10.2	5	77	14	56	18	52	21	7	1.69
4849--4910	22	3.0	22	84	15	89	17	50	22	9	1.75
4851--4898	17	2.8	17	100	0	96	18	50	22	8	1.74
4900--4944	7	6.4	7	97	0	81	15	26	28	28	1.96
8716--8743	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
10685--10746	30	2.1	30	96	0	115	22	19	25	32	1.97
15678--16016	135	2.5	135	82	5	357	29	23	16	30	1.96
17008--17044	15	2.5	15	95	0	65	18	43	29	8	1.79
17072--17337	43	6.2	42	84	4	284	33	21	22	22	1.98
17052--17337	86	3.3	85	82	2	340	32	20	23	23	1.98
18186--18299	59	1.9	59	94	0	201	42	9	14	32	1.79
21280--21794	43	12.6	42	81	8	595	35	20	20	23	1.96
21280--21794	40	12.6	41	83	4	605	35	20	20	23	1.96
21275--21779	126	4.1	125	86	5	649	34	20	20	23	1.96
21280--21794	83	6.3	82	82	6	620	35	20	20	23	1.96
21280--21829	204	2.7	202	80	8	639	34	20	20	24	1.96
33560--33591	6	5.2	6	92	7	55	84	0	15	0	0.63
33557--33606	6	7.0	7	82	13	50	82	0	16	2	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33551--33606	21	2.7	22	81	10	64	80	0	17	1	0.80
33551--33606	27	2.1	27	83	6	69	80	0	17	1	0.80
34675--35072	135	3.0	133	82	6	420	27	23	17	31	1.97
38362--38543	42	4.4	41	75	15	151	36	20	19	23	1.95
38362--38558	82	2.4	83	85	5	256	36	20	19	23	1.95
38436--38583	42	3.6	40	78	16	158	35	21	16	25	1.95
38526--38649	42	3.0	40	79	11	128	36	16	14	32	1.90
38551--38649	41	2.4	41	81	8	112	34	14	15	36	1.87
38526--38681	84	1.9	84	80	12	187	37	15	14	32	1.88
39580--39620	20	2.0	20	95	0	73	21	7	29	41	1.80
41120--41188	21	3.3	21	83	4	68	42	20	34	2	1.67
41138--41201	21	3.0	21	86	4	67	43	20	31	4	1.72
41585--41936	43	8.2	42	79	9	334	32	23	17	27	1.96
41657--41938	129	2.2	129	86	6	385	31	23	16	29	1.96
48664--48706	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
51298--51355	30	1.9	31	82	3	73	44	1	18	34	1.60
51412--51865	151	3.0	149	95	0	784	27	14	20	36	1.92
52065--52128	21	3.0	22	80	13	62	50	1	14	34	1.52
55776--56227	149	3.0	149	96	0	798	27	14	21	37	1.92
59480--59537	30	1.9	31	82	3	73	44	1	18	34	1.60
59594--60042	146	3.0	148	93	2	735	27	14	21	36	1.93
60255--60302	21	2.3	21	81	0	60	50	2	16	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82866--82908	22	2.0	22	85	0	59	51	16	18	13	1.77
84548--84576	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
86587--86612	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
129561--129612	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
129602--129700	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
129667--129860	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
129667--129860	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
130005--130057	21	2.5	21	75	6	54	24	37	16	20	1.93
130234--130341	33	3.3	33	89	0	171	10	24	19	46	1.80
130258--130339	14	4.9	18	64	26	54	9	24	20	45	1.81
130277--130333	14	3.7	14	77	20	60	8	26	22	42	1.83
132035--132411	184	2.0	185	97	1	729	22	12	18	46	1.82
132031--132409	93	4.1	93	98	1	735	22	12	18	46	1.83
132453--132581	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
132489--132581	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
132453--132581	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
132577--132711	19	7.6	19	76	16	137	10	19	24	45	1.81
132599--132655	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
132582--132674	33	2.8	33	98	0	177	9	20	22	47	1.79
134529--134620	37	2.5	36	84	8	105	30	1	18	50	1.54
134718--134819	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
134848--135332	19	27.4	19	81	14	603	14	21	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134826--135304	52	9.0	52	91	5	773	14	21	17	46	1.84
134826--135304	160	3.0	161	95	3	855	14	21	17	46	1.84
137827--137873	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
138546--138914	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
139868--139900	16	2.1	16	94	0	57	57	21	12	9	1.62
140271--140322	24	2.1	26	89	7	81	53	17	13	15	1.72
140677--140746	32	2.3	30	80	9	79	65	0	1	32	1.01
142122--142192	16	4.4	16	92	0	124	57	22	11	8	1.60
147468--147518	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
148600--148680	26	3.3	24	73	23	80	45	1	1	51	1.16
148623--148684	21	3.0	20	77	17	63	45	1	1	51	1.20
148658--148759	29	3.5	28	77	17	93	45	0	1	52	1.12
148695--148758	28	2.3	26	84	12	83	48	0	1	50	1.10
148904--148938	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
149086--149136	20	2.5	20	93	0	93	35	13	9	41	1.78
149119--149191	30	2.5	30	97	2	139	31	20	6	41	1.79
149119--149191	15	4.9	15	83	3	103	31	20	6	41	1.79
150779--150824	24	1.9	24	90	0	74	41	19	21	17	1.90
151769--151833	25	2.6	24	76	7	67	24	20	15	40	1.91
151930--151968	17	2.3	17	86	0	51	64	0	12	23	1.28
152112--152157	18	2.6	17	82	3	56	65	10	10	13	1.48
156830--156909	31	2.6	31	82	4	90	42	2	3	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156863--156912	20	2.5	20	78	12	59	40	4	2	54	1.31
156849--156916	31	2.2	31	86	2	91	41	2	2	52	1.31
157638--157724	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
157633--157700	19	3.5	20	73	15	54	54	1	2	41	1.24
158540--158581	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
160818--160861	16	2.8	16	100	0	88	18	6	18	56	1.62
173858--173900	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
174370--174421	18	2.9	18	85	0	77	21	21	30	26	1.98
181165--181395	120	1.9	121	84	4	315	34	16	20	29	1.94
182939--182992	28	1.9	28	88	7	83	33	7	5	53	1.52
184331--184383	25	2.1	25	96	0	97	26	9	20	43	1.82
185506--185895	185	2.1	185	91	2	624	43	2	8	45	1.48
187400--187426	12	2.2	12	100	0	54	40	25	25	7	1.82
187737--187777	13	3.2	13	78	0	55	43	17	2	36	1.62
188985--189112	44	2.9	44	82	4	134	29	26	15	28	1.96
189003--189119	44	2.7	44	82	2	137	28	27	17	26	1.98
189814--189850	17	2.1	19	90	10	60	48	2	5	43	1.40
192768--192807	2	19.5	2	94	5	71	50	0	2	47	1.14
192944--192969	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
195692--195724	12	2.8	12	95	0	57	18	27	39	15	1.90
195802--195842	22	1.9	21	90	5	64	73	2	0	24	0.96
196299--196329	16	1.9	16	93	0	53	19	12	19	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197851--198021	20	8.4	20	76	10	159	29	25	19	24	1.99
197851--198004	41	3.8	41	90	2	222	31	24	19	24	1.98
197851--198021	61	2.8	61	77	9	152	29	25	19	24	1.99
198840--198893	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
201216--201498	140	2.0	140	97	0	539	28	13	15	43	1.84
201515--201579	20	3.2	20	93	0	112	32	26	16	24	1.96
201477--201611	54	2.5	54	81	4	139	36	23	17	22	1.95
201469--201628	74	2.2	74	82	3	189	34	22	17	25	1.96
201519--201628	20	5.8	20	73	17	65	32	22	19	25	1.97
201618--201681	20	3.2	20	86	0	92	15	17	20	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7