genome.fa.s7973.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007973.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110410_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1299094

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
601350--601376	14	1.9	14	100	0	54	55	0	14	29	1.40
603632--603671	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
603653--603712	23	2.7	23	80	10	72	16	23	38	21	1.93
607523--607562	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
610577--610629	20	2.7	20	93	0	88	45	11	20	22	1.83
610779--610856	37	2.1	38	83	9	99	51	3	1	43	1.28
620114--620211	3	32.7	3	87	0	142	37	2	0	60	1.09
620207--620245	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
620331--620365	16	2.2	16	100	0	70	8	54	20	17	1.68
622068--622135	28	2.4	28	80	5	73	32	5	0	61	1.20
632775--632844	24	3.0	23	83	8	79	84	0	15	0	0.63
632775--632843	14	4.9	14	77	8	68	84	0	15	0	0.63
632778--632843	30	2.2	30	86	10	91	84	0	15	0	0.61
632778--632842	10	6.7	9	77	19	60	84	0	15	0	0.62
632779--632845	11	6.0	11	81	16	68	83	0	16	0	0.64
632778--632842	20	3.3	19	87	8	87	84	0	15	0	0.62
633978--634450	83	5.7	83	94	2	815	28	12	21	36	1.90
635328--635429	40	2.5	40	98	0	195	49	9	22	18	1.77
635217--635539	153	2.1	153	98	0	628	41	13	20	25	1.88
635368--635727	113	3.2	113	92	2	607	39	14	18	27	1.90
636069--636154	3	28.7	3	87	0	127	37	2	0	60	1.10
636060--636163	18	5.8	18	87	2	138	40	1	0	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636150--636188	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
636059--636163	12	9.5	11	72	23	71	40	1	0	57	1.10
639725--639783	31	1.9	31	89	6	93	50	0	16	32	1.46
640548--640623	14	5.1	14	84	9	80	48	3	3	43	1.40
640581--640785	2	108.5	2	70	17	91	43	1	6	47	1.41
640706--640753	19	2.6	18	77	9	51	45	2	6	45	1.40
640949--641004	18	3.1	18	89	0	85	41	23	14	21	1.89
641458--641508	20	2.5	20	83	3	66	33	15	25	25	1.95
641847--641873	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
641873--641949	2	38.5	2	100	0	154	0	0	49	50	1.00
644877--644958	42	2.0	42	85	0	110	31	9	18	40	1.83
646754--646799	24	1.9	24	95	0	83	41	17	13	28	1.86
650093--650134	15	2.8	15	92	0	75	28	26	0	45	1.54
654942--655114	58	3.0	58	93	0	301	19	20	10	49	1.78
659383--659425	21	2.0	21	100	0	86	48	27	13	9	1.73
663003--663059	29	1.9	30	86	10	82	14	15	17	52	1.75
663695--663756	29	2.1	30	87	3	90	48	19	16	16	1.81
665807--665865	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
669490--669546	29	1.9	30	86	10	82	15	15	15	52	1.75
670071--670128	2	30.0	2	93	6	102	48	0	0	51	1.00
670569--670645	38	2.0	38	100	0	154	46	7	3	41	1.51
672378--672431	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681735--681803	18	3.6	19	78	14	70	34	21	15	27	1.94
683847--684238	194	2.0	193	81	2	446	38	11	11	38	1.79
686176--686361	54	3.4	54	87	4	284	52	10	11	25	1.69
689990--690031	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
695108--695155	19	2.5	19	75	3	51	43	0	0	56	0.99
700044--700108	24	2.7	24	90	2	103	26	13	41	18	1.88
710427--710531	2	55.5	2	74	20	93	45	1	1	50	1.23
710484--710542	28	2.1	28	90	0	91	50	0	3	45	1.18
716165--716202	12	3.3	12	85	10	53	31	0	0	68	0.90
718964--719079	32	3.6	32	85	2	144	31	15	18	34	1.93
721781--721824	12	3.7	12	100	0	88	27	18	38	15	1.91
721889--721997	29	3.8	29	92	2	175	14	30	32	22	1.94
722184--722235	25	2.1	25	92	0	86	30	11	30	26	1.92
722248--722293	23	2.0	23	100	0	92	47	4	39	8	1.54
722248--722308	23	2.6	23	86	5	59	50	4	36	8	1.54
722493--722624	45	3.0	45	80	14	134	40	0	12	47	1.41
722787--722833	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
722808--722838	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
726551--726609	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
727416--727478	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
727420--727485	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
727455--727503	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727946--728020	17	4.6	16	80	8	80	17	54	8	20	1.67
727959--728022	15	4.1	15	78	11	74	18	54	7	18	1.67
727946--728030	16	5.2	16	80	7	82	17	52	9	20	1.71
727960--728030	33	2.2	32	89	2	106	18	52	9	19	1.73
728070--728159	29	3.1	29	98	0	171	17	35	32	14	1.90
729104--729146	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
730825--730872	21	2.1	23	88	11	73	16	14	2	66	1.34
734244--734329	3	28.7	3	90	0	136	33	2	0	63	1.07
748290--748504	52	4.1	52	96	0	403	24	15	23	36	1.94
748453--748680	84	2.7	84	95	0	402	29	14	21	34	1.93
749418--750172	113	6.7	113	96	0	1341	37	12	19	30	1.90
750462--750565	3	34.7	3	88	0	154	33	1	0	64	1.05
753820--753880	19	3.3	19	69	17	65	3	14	29	52	1.58
753824--753887	18	3.6	18	71	23	62	4	14	28	53	1.60
756527--756896	182	2.0	184	85	6	502	46	8	5	40	1.57
761970--762036	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
768839--768864	6	4.3	6	100	0	52	53	30	15	0	1.42
769444--769519	16	4.8	16	93	3	127	47	30	15	6	1.71
769443--769519	31	2.4	32	93	2	129	48	29	15	6	1.70
770879--770917	20	2.0	20	85	10	53	71	2	10	15	1.23
770929--770991	25	2.6	25	79	20	64	76	4	6	12	1.14
771577--771619	19	2.3	19	92	4	70	13	6	0	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773684--773770	31	2.8	31	96	1	158	29	17	8	44	1.77
779590--779657	31	2.3	31	84	5	95	36	22	5	35	1.78
782152--782211	29	2.0	31	87	6	88	36	6	15	41	1.73
783429--783470	21	2.0	21	90	9	68	23	19	28	28	1.98
783503--784671	632	1.8	634	91	2	1923	31	21	16	30	1.95
785291--785338	20	2.5	19	80	6	60	52	6	10	31	1.60
786387--786413	13	2.1	13	100	0	54	37	0	44	18	1.50
786545--786585	20	2.0	20	90	0	64	36	2	9	51	1.48
786778--786914	35	3.9	35	92	2	222	20	34	27	17	1.95
793502--793536	15	2.2	16	90	10	54	25	2	0	71	1.00
798212--798281	3	24.0	3	77	11	74	41	0	0	58	0.98
799246--799311	27	2.4	28	85	5	82	25	1	3	69	1.11
805952--806010	31	1.9	31	96	0	109	32	15	15	37	1.88
808461--808515	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
809026--809353	166	2.0	166	98	0	638	35	13	12	39	1.81
809396--810030	72	8.8	72	95	1	1092	29	17	13	39	1.88
810382--810459	3	27.0	3	77	12	83	41	0	0	58	0.98
810382--810459	24	3.2	24	81	15	99	41	0	0	58	0.98
811690--811745	25	2.2	26	81	9	71	41	3	1	53	1.29
814382--814416	18	1.9	18	94	0	61	20	22	17	40	1.92
822058--822209	65	2.4	64	87	5	218	29	18	23	28	1.98
824832--824914	23	3.7	23	77	9	91	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824818--824933	44	2.7	43	80	7	137	25	20	26	26	1.99
828745--828784	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
830604--830660	21	2.7	21	97	0	105	26	14	24	35	1.93
830720--830842	65	1.9	65	86	6	178	28	18	23	29	1.98
830866--830920	20	2.8	20	94	0	92	25	21	27	25	2.00
836265--836295	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
840810--840848	14	2.8	14	85	14	62	58	0	5	35	1.20
847586--847622	19	2.1	18	90	10	58	56	0	16	27	1.40
848153--848194	20	2.0	20	86	4	57	42	7	23	26	1.80
850865--850924	31	1.9	31	93	0	102	38	10	21	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7