genome.fa.s7981.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110422_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1405786

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6700--6743	20	2.2	20	87	0	61	18	18	20	43	1.89
15471--15508	19	2.0	19	89	0	58	36	15	21	26	1.93
20815--21115	54	5.5	54	79	8	311	25	26	22	26	2.00
20818--21028	113	1.9	113	91	2	352	25	25	23	25	2.00
26759--26801	16	2.6	16	92	3	68	13	2	18	65	1.38
28379--28438	22	2.6	23	84	10	86	43	5	0	51	1.23
28368--28459	25	3.7	26	80	17	99	44	3	0	52	1.17
31036--31095	23	2.8	22	76	16	63	31	28	21	18	1.97
32516--32849	156	2.1	157	90	1	519	27	18	6	46	1.74
33735--33768	17	2.0	17	88	0	50	41	14	2	41	1.61
41011--41062	26	2.0	26	92	0	86	9	28	21	40	1.84
46194--46716	251	2.0	258	85	6	715	40	20	12	26	1.87
46679--46748	31	2.5	27	81	18	97	35	38	11	14	1.82
46679--46756	31	2.8	26	78	17	93	38	35	11	14	1.82
49453--49821	20	18.5	20	84	4	449	34	26	18	20	1.96
50495--50541	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
50716--50740	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
53046--53371	19	18.4	19	80	15	405	47	17	20	14	1.82
53046--53371	33	9.2	34	82	13	321	47	17	20	14	1.82
53074--53393	161	2.0	157	93	3	552	46	16	21	14	1.83
53074--53393	52	6.0	52	93	4	550	46	16	21	14	1.83
53400--53501	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53608--53644	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
53639--53711	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
53625--53697	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
55561--55617	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
55542--55634	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
55505--55639	19	7.6	19	75	16	119	46	22	19	11	1.81
55635--55763	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
55635--55726	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
55807--56186	93	4.1	93	99	0	753	46	18	12	22	1.83
55807--56186	185	2.0	186	99	0	753	46	18	12	22	1.83
57891--57980	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
57883--57997	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
57890--58002	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
58014--58068	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
57998--58068	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
58009--58090	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
58021--58109	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
58189--58259	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
58441--58495	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
58641--58834	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
58641--58834	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
58827--58903	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58889--58940	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
63975--64007	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
64173--64216	13	3.4	13	93	0	79	31	20	20	27	1.97
64165--64216	26	2.0	26	84	0	68	36	19	19	25	1.95
65920--65963	9	4.6	9	78	15	52	65	2	0	31	1.05
65972--66001	13	2.2	14	94	5	53	53	3	0	43	1.17
65983--66115	60	2.2	61	80	6	153	57	3	6	33	1.39
65983--66135	30	5.1	29	78	8	128	58	3	7	31	1.41
67364--67407	23	1.9	23	85	0	61	22	13	15	47	1.81
72964--73265	43	7.3	43	79	10	292	32	17	23	26	1.97
73100--73161	31	2.0	31	90	3	99	25	14	27	32	1.95
73057--73203	73	2.0	73	87	0	213	28	16	25	29	1.97
80535--80653	3	39.7	3	96	0	220	65	1	0	32	1.03
81506--81769	41	6.4	41	81	2	287	36	17	19	26	1.94
81506--81769	81	3.2	81	80	3	294	36	17	19	26	1.94
81555--81788	125	1.9	124	83	2	308	34	17	19	29	1.94
81703--81789	41	2.1	41	81	8	97	31	13	18	36	1.90
85510--85549	17	2.4	16	84	12	53	45	2	0	52	1.14
89549--89586	18	2.1	19	85	5	51	28	0	2	68	1.03
89552--89589	15	2.5	15	83	12	51	34	0	2	63	1.09
89683--89707	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
89632--89953	38	8.5	37	77	10	262	43	3	6	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89632--89955	77	4.3	75	85	6	372	43	3	6	46	1.45
91375--91404	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
92990--93021	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94568--94663	50	1.9	50	84	0	129	26	27	16	30	1.97
96939--96964	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97270--97334	30	2.2	29	83	8	78	35	27	20	16	1.94
98511--98606	50	1.9	50	84	0	129	26	27	16	30	1.97
99818--99854	12	3.1	12	92	0	56	40	18	10	29	1.85
100437--100474	17	2.3	16	86	8	58	39	15	13	31	1.86
106128--106193	30	2.2	31	86	2	89	37	22	4	34	1.75
113262--113446	95	2.0	94	84	5	248	32	18	18	30	1.95
114620--115526	84	10.9	84	86	2	1193	30	26	19	23	1.98
114620--115526	167	5.4	167	87	2	1169	30	26	19	23	1.98
114620--115526	251	3.6	249	87	3	1180	30	26	19	23	1.98
116181--116549	38	9.7	38	77	11	296	45	2	6	45	1.44
116219--116540	75	4.3	74	84	10	381	44	3	6	45	1.45
121108--121132	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
125212--125353	20	7.1	19	75	10	106	33	26	14	25	1.94
125251--125353	40	2.5	42	78	12	140	33	25	14	26	1.94
125336--125464	20	6.4	20	67	10	75	26	21	13	37	1.91
125337--125433	40	2.4	40	86	3	124	25	22	13	38	1.91
125337--125445	40	2.7	40	84	5	123	27	22	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125377--125506	60	2.2	60	80	2	154	27	23	14	34	1.94
125457--125526	20	3.5	20	86	3	79	31	25	10	32	1.89
126277--126310	12	2.8	12	95	0	59	58	26	0	14	1.36
126431--126477	24	2.0	24	86	0	67	31	21	14	31	1.94
128815--128849	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
129406--129478	27	2.7	27	91	0	119	45	20	12	21	1.84
129386--129548	20	7.8	20	68	13	103	44	21	11	23	1.84
129818--129879	24	2.6	24	97	0	115	33	9	16	40	1.81
131712--131807	21	4.6	21	75	10	97	27	14	37	20	1.92
131712--131807	42	2.3	42	87	3	131	27	14	37	20	1.92
131719--131828	42	2.6	42	81	8	125	28	14	37	20	1.91
132181--132364	21	8.8	21	76	10	180	33	32	11	22	1.90
132475--132678	42	4.9	42	87	1	243	24	13	35	25	1.93
134190--134244	20	2.8	20	86	8	69	40	20	14	25	1.90
134210--134247	20	1.9	20	100	0	76	31	21	13	34	1.91
134678--134724	22	2.1	22	92	0	76	19	17	46	17	1.84
134682--134732	22	2.3	22	86	0	75	23	15	45	15	1.85
134843--135028	20	9.2	20	70	10	110	37	12	20	29	1.90
134900--135003	40	2.6	40	86	6	131	35	12	22	29	1.91
134843--134956	60	1.9	60	87	3	167	37	14	19	28	1.91
134843--135008	60	2.8	60	79	0	136	37	13	20	28	1.90
135037--135088	20	2.6	21	87	6	72	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137498--137535	20	1.9	20	94	0	67	36	10	0	52	1.36
142475--142524	18	2.8	18	96	0	91	36	6	24	34	1.80
142948--143429	233	2.1	230	84	5	614	41	17	11	29	1.85
151144--151179	17	2.0	18	89	10	56	11	30	33	25	1.90
153569--153651	12	6.9	12	68	15	64	20	15	18	45	1.85
153569--153658	24	3.8	24	79	7	85	20	14	17	47	1.82
158986--159069	2	44.5	2	73	11	61	51	0	0	48	1.00
162567--162947	185	2.1	186	94	1	674	42	3	9	45	1.52
163675--163710	14	2.4	15	90	9	56	33	2	5	58	1.36
170229--170348	35	3.3	36	87	6	163	43	18	5	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8