genome.fa.s7981.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110422_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1405786

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620108--620158	24	2.1	25	82	10	61	27	9	0	62	1.26
622087--622140	22	2.6	21	85	8	67	35	14	18	31	1.91
622934--623445	81	6.3	81	89	1	751	34	11	25	28	1.91
622930--623445	242	2.1	243	90	2	806	34	11	25	28	1.91
626473--626522	21	2.4	21	76	6	57	26	14	22	38	1.91
632666--632702	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
632809--632853	20	2.2	20	100	0	90	24	31	20	24	1.98
633025--633067	22	2.0	22	90	0	68	23	44	16	16	1.86
633462--633567	20	5.4	20	80	3	90	16	16	21	44	1.87
633531--633574	20	2.2	20	83	0	52	15	13	18	52	1.75
633714--633768	25	2.2	26	78	15	62	20	9	18	52	1.71
635564--635600	19	1.9	19	94	0	65	8	16	27	48	1.74
635651--635694	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
636166--636243	21	3.7	21	80	0	93	21	34	17	25	1.96
637787--637864	40	2.0	40	84	5	104	44	25	16	12	1.83
637787--637860	20	3.7	20	85	3	87	44	25	17	12	1.83
637859--638053	20	10.4	20	76	13	182	25	19	20	34	1.96
637859--638053	94	2.1	94	86	2	268	25	19	20	34	1.96
638024--638306	140	2.0	140	97	0	539	43	14	12	29	1.82
640396--640422	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
640397--640429	14	2.5	13	90	9	50	6	21	24	48	1.72
640622--640675	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640622--640689	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
641495--641563	20	3.5	20	90	4	104	26	20	28	24	1.99
641551--641606	21	2.7	21	91	0	85	19	10	25	44	1.83
642396--642439	23	1.9	23	81	9	54	43	0	2	54	1.12
642868--642920	27	1.9	27	85	11	72	26	5	24	43	1.76
646327--646383	21	2.7	21	91	0	87	24	28	21	26	1.99
647085--647121	19	1.9	19	89	10	58	21	32	32	13	1.92
652372--652417	21	2.2	21	96	0	83	30	28	17	23	1.97
670685--670764	29	2.8	29	90	5	119	33	15	8	42	1.77
675383--675464	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
682293--682328	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
683652--683682	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
683881--683924	19	2.3	19	96	0	79	6	27	6	59	1.49
688553--688596	13	3.5	13	90	6	72	18	52	15	13	1.75
688660--688685	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
688618--688708	40	2.3	41	84	3	123	51	0	0	48	1.00
688723--688748	12	2.2	12	100	0	52	30	50	11	7	1.67
688927--689063	64	2.1	65	85	4	179	32	23	13	29	1.93
693494--693540	18	2.6	18	96	0	85	46	4	14	34	1.64
695409--695444	12	2.8	13	87	8	56	36	11	8	44	1.70
696906--696947	19	2.2	20	82	4	50	23	2	19	54	1.55
698893--698949	26	2.2	26	93	0	96	36	1	33	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700086--700139	26	2.1	26	89	0	81	24	16	24	35	1.95
701418--701458	21	1.9	22	90	5	66	21	12	19	46	1.82
702716--702778	24	2.7	24	87	2	92	31	23	23	20	1.98
703186--703212	13	2.1	13	100	0	54	22	29	7	40	1.81
706941--706985	21	2.0	24	87	12	69	44	13	6	35	1.70
710048--710074	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
712246--712282	15	2.5	15	90	0	56	37	13	5	43	1.67
715709--715770	20	3.0	20	76	21	58	75	4	6	12	1.15
715989--716048	29	2.1	27	82	11	68	71	0	6	21	1.08
715989--716048	18	3.2	19	83	9	70	71	0	6	21	1.08
716019--716066	15	2.9	17	76	14	55	79	0	6	14	0.92
716109--716159	17	3.0	17	80	13	52	76	1	7	13	1.09
716125--716159	16	2.1	17	89	5	54	80	0	5	14	0.89
716188--716231	17	2.5	19	82	14	58	77	0	6	15	0.97
717401--717451	16	3.0	17	86	13	70	70	0	3	25	1.04
717409--717451	9	5.2	8	86	13	61	72	0	2	25	0.97
717467--717925	98	4.5	101	75	15	317	45	7	2	44	1.46
717481--717798	33	9.2	35	78	12	247	44	7	3	45	1.47
717911--717951	2	21.0	2	83	14	50	51	0	4	43	1.23
718512--719389	84	10.5	83	74	8	713	25	20	24	29	1.99
718515--719059	164	3.3	164	90	1	797	24	20	24	29	1.99
724661--724698	14	2.6	14	81	18	51	60	2	0	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724852--724928	13	5.7	13	70	18	59	79	1	7	11	1.00
724852--724910	25	2.4	25	83	11	68	79	1	8	10	1.00
724877--724926	25	2.1	23	82	14	57	80	2	10	8	0.99
726150--726190	5	8.6	5	82	17	52	75	0	0	24	0.80
726150--726184	9	3.9	9	100	0	70	77	0	0	22	0.78
726343--726410	31	2.2	32	79	12	79	45	5	2	45	1.42
726207--726444	68	3.6	64	76	13	232	44	6	3	44	1.47
726207--726513	36	9.4	32	73	15	184	45	6	3	44	1.46
733028--733066	15	2.6	15	95	0	69	46	7	12	33	1.71
754848--754879	7	4.6	7	100	0	64	46	0	15	37	1.46
772368--772417	23	2.2	23	85	7	66	48	0	2	50	1.12
776871--776896	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
780792--781013	76	3.1	74	80	11	216	31	1	9	56	1.40
781708--781733	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
785030--785067	16	2.5	15	87	8	51	39	0	0	60	0.97
785831--786112	4	70.5	4	85	0	339	7	24	18	50	1.72
785839--786183	12	28.6	12	79	7	184	9	24	19	46	1.80
785831--786183	16	21.9	16	82	4	226	9	24	19	46	1.80
785834--786159	20	16.3	20	84	2	253	9	24	19	47	1.78
786118--786182	4	16.8	4	92	6	107	21	24	26	27	1.99
786181--786317	2	68.5	2	100	0	274	0	49	0	50	1.00
797393--797423	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803108--803206	21	4.7	21	76	9	103	24	35	18	22	1.96
803108--803206	42	2.4	42	86	6	130	24	35	18	22	1.96
803128--803299	20	8.8	19	77	14	104	20	32	19	26	1.97
806691--806733	20	2.4	17	76	23	52	23	32	18	25	1.97
806633--806733	21	4.8	20	80	10	96	21	37	17	22	1.94
806896--806935	20	1.9	22	90	10	66	37	37	10	15	1.80
809002--809053	27	1.9	27	92	0	86	15	19	11	53	1.71
811529--811594	31	2.1	31	94	5	116	34	6	30	28	1.81
814178--814219	17	2.5	17	84	7	50	50	2	16	30	1.58
814178--814219	6	7.3	6	81	10	52	50	2	16	30	1.58
816740--816773	6	5.7	6	100	0	68	50	17	0	32	1.47
831962--832001	19	2.0	20	86	13	57	15	5	12	67	1.38
833514--833593	23	3.5	22	75	12	81	18	20	25	36	1.95
836225--836280	25	2.2	25	96	0	103	8	0	21	69	1.15
836400--836588	69	2.9	63	78	9	207	39	13	6	40	1.72
836388--836599	63	3.3	63	78	7	217	38	12	7	41	1.72
837418--837628	35	6.2	35	87	5	308	24	12	21	41	1.88
837418--837597	18	10.5	17	66	9	96	24	12	21	42	1.87
837431--837628	102	2.0	99	89	3	306	25	13	21	40	1.89
837418--837628	67	3.1	67	90	2	332	24	12	21	41	1.88
837837--838045	40	5.3	39	69	13	140	35	15	22	27	1.94
837824--838067	80	3.1	79	83	7	296	36	15	21	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842312--842364	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
842414--842486	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
842476--842529	20	2.6	21	82	5	74	38	20	22	18	1.93
843065--843131	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
843136--843279	20	7.6	19	74	15	120	12	22	21	43	1.86
843190--843255	33	2.0	34	96	3	125	12	25	24	37	1.90
843136--843272	19	7.2	19	73	17	115	12	23	22	41	1.88
845424--845490	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
845372--845490	42	2.8	42	78	5	107	22	35	18	23	1.96
846849--846884	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8