genome.fa.s7981.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110422_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1405786

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170277--170340	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
174822--174940	35	3.3	37	88	8	174	44	18	4	32	1.69
176889--176970	23	3.7	23	81	6	96	51	10	20	17	1.75
176920--176959	21	1.9	21	100	0	80	47	7	20	25	1.75
180191--180263	22	3.3	22	88	1	110	35	15	17	31	1.91
182270--182298	12	2.3	13	94	5	51	65	0	3	31	1.09
188464--188497	17	2.0	17	88	0	50	32	0	20	47	1.51
189911--189994	23	3.6	23	76	9	80	50	2	2	45	1.27
190047--190086	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
193784--193855	24	3.0	24	100	0	144	45	8	8	37	1.64
200056--200096	20	2.0	21	90	4	66	17	12	31	39	1.86
200699--200781	18	4.7	18	70	24	61	44	1	0	54	1.08
200851--200890	16	2.5	16	88	8	55	32	2	0	65	1.06
200917--201011	16	5.9	16	71	11	59	15	8	25	50	1.72
205988--206026	20	2.1	19	85	9	53	35	7	0	56	1.28
207111--207152	22	1.9	22	85	0	57	33	7	0	59	1.25
210555--210608	20	2.7	21	80	8	67	50	1	3	44	1.30
210592--210643	23	2.1	25	82	10	63	44	1	11	42	1.51
210609--210696	33	2.6	35	80	7	101	44	5	10	39	1.62
210696--210765	19	3.6	19	70	11	61	42	1	5	50	1.35
210771--210832	12	5.3	12	76	21	53	30	1	1	66	1.11
210770--210832	17	3.7	17	75	24	62	31	1	1	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210770--210820	14	3.7	14	80	14	54	33	0	1	64	1.05
210778--210819	22	1.9	22	85	9	59	33	0	2	64	1.07
210771--210828	25	2.3	23	78	18	62	31	1	1	65	1.13
214099--214136	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
218502--218533	14	2.3	14	94	0	55	18	40	0	40	1.51
226862--226919	31	1.9	29	93	6	98	18	8	6	65	1.43
228696--228794	31	3.2	30	88	5	137	27	23	17	32	1.96
228759--228946	93	2.1	90	87	5	270	26	25	11	36	1.90
229342--229385	19	2.4	18	85	7	61	40	2	2	54	1.25
229410--229481	31	2.3	31	75	0	72	29	23	15	31	1.95
229367--229606	126	1.9	124	89	1	372	32	17	14	36	1.89
230120--230276	65	2.4	65	85	4	201	28	21	19	31	1.97
232932--232965	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
236098--236170	23	3.3	22	72	14	62	24	21	23	30	1.99
238327--238481	65	2.4	65	84	6	199	29	20	20	30	1.97
240644--240693	3	16.3	3	91	4	82	36	0	0	64	0.94
246770--247101	171	1.9	171	87	2	488	31	16	20	31	1.95
247627--247920	90	3.3	90	87	0	428	30	17	22	30	1.96
248201--248339	40	3.4	40	72	13	147	34	29	14	21	1.93
248241--248384	43	3.4	41	71	11	114	34	29	15	21	1.94
248188--248384	83	2.4	83	90	0	313	35	28	15	20	1.93
248121--248526	220	1.8	220	87	1	598	36	26	13	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248283--249034	137	5.5	137	85	1	999	34	26	15	22	1.95
248961--249063	40	2.6	40	90	0	161	35	32	16	15	1.90
248831--249372	176	3.1	177	86	1	739	34	26	15	23	1.94
249143--249238	40	2.4	40	94	0	165	35	31	13	19	1.91
249183--249472	137	2.1	137	83	2	350	33	25	15	25	1.95
251321--251353	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
251421--251462	16	2.7	16	85	3	59	45	2	0	52	1.13
255932--256050	58	2.1	58	93	0	202	44	5	10	40	1.60
260115--260181	30	2.2	30	97	2	125	32	16	11	38	1.85
260471--260548	32	2.4	32	91	4	122	26	26	2	43	1.68
266306--266387	23	3.6	23	96	0	155	28	7	18	46	1.75
269233--269341	49	2.2	50	85	3	141	52	5	1	40	1.35
269309--269341	16	2.1	16	94	5	59	60	0	0	39	0.97
269743--269785	16	2.6	16	85	7	59	39	9	25	25	1.85
269835--269893	23	2.6	23	88	0	82	42	6	16	33	1.75
269922--269969	23	2.1	23	84	7	62	37	10	18	33	1.85
269807--269969	87	1.9	87	90	0	263	42	11	14	31	1.81
269988--270484	199	2.5	195	81	8	544	30	16	14	38	1.89
273965--274012	21	2.3	21	96	0	87	35	16	14	33	1.89
273779--274212	221	2.0	217	82	5	534	31	14	17	36	1.89
276648--276699	15	3.5	15	94	0	86	32	1	48	17	1.58
277192--277976	198	3.9	198	93	2	1322	31	15	17	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277191--277976	401	2.0	398	93	2	1346	31	15	17	36	1.90
278251--278300	19	2.6	19	93	0	82	58	10	2	30	1.42
279444--279479	17	2.1	17	100	0	72	30	11	8	50	1.67
280082--280111	15	2.0	15	93	0	51	23	46	10	20	1.80
282323--282369	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
282324--282942	182	3.4	182	89	2	913	26	16	13	43	1.85
284252--284407	51	3.1	51	85	0	204	41	3	10	45	1.54
285527--285556	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
291707--291819	55	2.1	55	87	0	163	20	41	18	19	1.90
297836--297865	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
299299--299331	9	3.8	9	88	4	50	57	0	3	39	1.14
299740--299781	21	1.9	22	85	9	59	47	0	9	42	1.36
318534--318595	24	2.6	25	72	23	60	61	8	11	19	1.54
318590--318640	12	4.3	12	71	14	52	74	1	3	19	1.07
318590--318638	23	2.1	23	81	7	55	75	2	4	18	1.06
320004--320086	5	16.2	5	77	16	73	72	1	4	21	1.10
320181--320399	36	6.2	35	75	18	170	44	6	4	44	1.50
320207--320337	65	2.0	65	83	4	165	45	8	5	40	1.57
320811--321417	84	7.3	83	77	5	496	25	19	23	31	1.98
326402--326437	13	2.6	15	83	16	51	63	0	0	36	0.94
327988--328059	6	11.7	6	72	21	51	76	0	2	20	0.91
327988--328054	26	2.6	25	77	17	66	76	0	2	20	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327988--328061	31	2.4	33	82	15	95	75	0	2	21	0.92
327988--328059	20	3.8	19	76	10	76	76	0	2	20	0.91
328016--328061	17	2.7	18	83	9	53	76	0	2	21	0.90
328051--328127	40	2.0	38	85	14	104	49	6	1	42	1.36
328153--328357	34	6.0	34	75	15	135	44	6	4	44	1.51
328155--328359	66	3.0	66	77	13	191	44	6	4	44	1.49
332310--332347	19	1.9	19	85	15	51	15	18	21	44	1.86
334132--334156	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
339124--339148	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
350949--351041	31	3.0	31	77	13	102	13	23	27	34	1.93
353698--353768	29	2.5	29	93	2	117	50	14	15	19	1.77
354873--354943	31	2.3	31	85	0	88	12	22	32	32	1.92
354889--354953	31	2.1	31	91	0	103	10	27	33	27	1.90
363955--364525	162	3.4	161	83	9	655	40	14	16	28	1.88
364175--364588	182	2.3	182	89	2	625	40	13	17	28	1.87
368021--368064	21	2.1	21	86	0	61	38	13	31	15	1.87
368098--368197	33	3.0	33	94	0	173	29	0	45	26	1.54
368380--368418	18	2.2	18	100	0	78	56	0	38	5	1.22
369942--369987	19	2.4	19	92	0	74	34	2	10	52	1.49
370253--371813	199	7.8	198	84	4	1880	36	13	16	32	1.88
370253--371813	601	2.6	600	89	2	2301	36	13	16	32	1.88
374653--374705	24	2.2	24	86	0	70	32	5	15	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
375013--376180	200	5.9	199	84	3	1418	38	13	15	32	1.87
380313--380650	178	1.9	178	85	2	464	40	13	12	33	1.82
380485--380968	200	2.4	198	82	2	585	39	13	14	32	1.85
381075--381119	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
384374--384470	3	32.3	3	93	0	167	65	0	34	0	0.93
385290--385324	14	2.5	14	100	0	70	25	45	8	20	1.79
390736--390762	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
399787--399857	33	2.2	33	87	2	108	43	12	8	35	1.73
399852--399893	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
404906--404950	23	2.0	22	83	12	56	64	4	0	31	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8