genome.fa.s7985.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110430_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2235968

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  2  of  9  ( 1062 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190057--190090	16	2.1	16	88	0	50	35	2	0	61	1.11
190032--190150	39	3.1	38	75	17	118	36	12	0	49	1.47
192240--192307	30	2.3	30	86	0	91	11	7	22	58	1.57
192318--192392	23	3.2	23	82	1	87	26	10	16	46	1.79
192373--192422	23	2.2	23	85	0	64	28	16	14	42	1.86
192412--192459	22	2.2	22	84	0	60	20	4	16	58	1.55
193669--193721	22	2.4	22	100	0	106	20	13	30	35	1.91
221721--221773	2	26.5	2	96	0	97	47	0	0	52	1.00
221837--221861	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
221899--221940	6	6.7	6	86	8	57	14	7	0	78	0.95
221899--221940	19	2.2	19	87	8	59	14	7	0	78	0.95
222039--222086	9	5.4	9	75	5	53	22	2	2	72	1.05
222043--222087	17	2.6	17	82	3	54	24	2	2	71	1.09
222811--222841	10	3.1	10	90	0	53	29	35	0	35	1.58
222883--222923	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
225083--225154	26	3.0	24	68	27	62	27	6	2	62	1.35
229199--229247	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
229663--230100	228	1.9	223	93	3	743	46	7	7	38	1.61
230166--230215	20	2.5	20	81	12	75	52	10	16	22	1.73
230332--230378	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
232694--232758	32	2.0	32	85	8	87	29	1	44	24	1.63
234548--234591	19	2.4	19	92	3	72	31	2	9	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234672--235886	198	6.1	198	96	1	2118	36	14	15	33	1.88
234672--235886	398	3.1	396	95	1	2197	36	14	15	33	1.88
237345--237406	18	3.4	18	88	0	88	38	6	33	20	1.79
237345--237406	6	10.3	6	83	0	61	38	6	33	20	1.79
237360--237410	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
237348--237410	12	5.2	12	90	0	81	36	6	33	23	1.80
238777--239445	184	3.7	184	97	1	1272	35	14	15	34	1.89
241995--242057	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
241995--242065	23	3.1	23	85	4	81	35	5	19	39	1.76
242424--242486	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
242424--242496	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
241897--242766	431	2.0	428	99	0	1713	39	8	12	38	1.74
244386--244443	3	19.3	3	96	0	107	32	0	1	65	1.03
244904--245084	20	8.9	20	80	8	125	29	21	18	29	1.97
244998--245096	20	4.9	20	92	0	135	29	24	20	26	1.99
245784--245836	24	2.2	24	89	0	79	22	18	18	39	1.92
248099--248133	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
248193--248462	140	1.9	140	97	0	513	28	13	15	42	1.84
248433--248717	20	14.9	20	76	11	247	32	20	18	28	1.96
248535--248761	94	2.4	94	88	2	332	33	19	19	27	1.96
248756--248813	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
248912--248973	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250375--250485	42	2.6	42	75	8	102	21	19	36	22	1.96
250972--251038	20	3.5	18	82	11	80	37	26	17	17	1.93
251081--251128	20	2.4	20	82	0	60	20	18	25	35	1.95
251276--251325	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
253055--253141	20	4.4	20	82	4	79	49	20	14	14	1.79
253527--253579	22	2.4	21	81	6	61	28	18	28	24	1.98
253745--253862	20	5.9	20	89	0	164	24	21	24	29	1.99
253854--253948	21	4.4	22	72	5	86	40	18	22	18	1.92
253853--253948	43	2.2	43	100	0	192	39	18	21	19	1.92
266988--267032	23	1.9	25	86	13	69	53	4	0	42	1.21
267181--267226	19	2.4	19	89	7	67	45	2	0	52	1.13
267764--267877	40	2.8	42	74	11	128	30	13	14	41	1.84
270391--270499	44	2.5	44	86	1	148	37	14	20	27	1.92
270868--270907	19	2.1	19	85	0	53	65	2	7	25	1.32
272980--273040	31	2.0	31	90	0	95	37	18	16	27	1.92
275335--275391	28	2.0	28	96	0	105	31	24	14	29	1.94
276176--276229	27	2.0	27	96	0	99	42	3	11	42	1.58
280927--280981	28	1.9	29	85	3	76	60	3	9	27	1.44
282786--282836	3	16.7	3	83	4	66	62	0	1	35	1.06
283037--283497	109	4.2	110	86	6	564	30	16	21	31	1.96
283075--283497	217	1.9	216	85	7	577	30	17	21	31	1.96
283075--283526	216	2.1	218	83	8	571	30	17	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283432--284134	66	10.8	66	93	2	1171	32	17	19	30	1.95
290921--290953	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
291226--291461	72	3.2	73	86	4	309	35	12	12	40	1.80
291674--291725	23	2.3	23	75	0	59	38	15	7	38	1.76
291530--291821	158	1.8	158	87	0	431	34	12	11	42	1.78
291693--291955	131	2.0	131	90	0	409	35	11	11	41	1.78
291964--292007	23	1.9	23	90	0	70	38	18	9	34	1.82
294458--294485	13	2.2	13	100	0	56	64	7	0	28	1.20
295112--295142	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
295198--295232	18	2.0	17	94	5	61	17	28	0	54	1.43
300643--300730	29	3.0	29	77	9	97	15	10	26	47	1.77
307566--307617	22	2.4	22	76	20	63	38	0	0	61	0.96
307575--307625	24	2.1	25	88	3	77	43	0	0	56	0.99
307597--307665	37	1.9	35	85	5	93	47	4	0	47	1.21
307615--307694	41	2.1	37	86	9	106	50	3	0	46	1.19
307672--307744	29	2.4	29	82	15	85	46	0	2	50	1.15
312087--312128	20	2.0	21	90	4	68	23	33	21	21	1.97
312864--312892	15	1.9	15	100	0	58	20	20	27	31	1.98
313424--313539	58	2.0	58	96	0	214	25	23	16	34	1.95
313897--313939	12	3.4	12	75	12	50	39	20	9	30	1.84
313886--313945	26	2.3	26	97	0	111	38	23	8	30	1.84
314772--314823	20	2.7	19	82	5	68	75	0	5	19	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314772--314821	19	2.6	20	87	6	68	76	0	6	18	0.99
314956--315034	20	4.3	18	73	16	65	69	2	0	27	1.01
314956--315036	35	2.3	35	81	12	96	70	2	0	27	1.00
314954--315035	40	2.1	39	84	8	105	70	2	0	26	0.99
315183--315246	23	2.8	23	80	13	71	71	4	1	21	1.12
315191--315293	41	2.6	39	79	17	113	72	4	3	18	1.18
315191--315281	11	8.0	11	71	18	53	73	4	4	17	1.16
315220--315317	41	2.4	40	80	12	103	71	6	5	17	1.25
316154--316201	2	24.5	2	79	12	55	50	0	4	45	1.21
316154--316198	13	3.5	13	84	0	63	51	0	4	44	1.21
316154--316201	17	3.1	15	75	18	53	50	0	4	45	1.21
316899--317423	240	2.2	240	89	1	809	25	17	23	33	1.96
317373--317457	34	2.5	34	92	0	134	20	16	27	36	1.93
317134--317697	274	2.1	274	92	0	930	25	17	23	34	1.96
317437--317814	110	3.3	110	69	17	312	26	18	22	32	1.97
318983--319162	88	2.0	88	89	2	272	32	19	16	32	1.94
323101--323147	15	3.2	15	84	3	60	74	2	8	14	1.15
323183--323257	18	4.2	16	81	13	69	76	2	8	13	1.12
323469--323503	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
323548--323680	14	9.5	14	67	18	55	72	3	3	20	1.13
323548--323645	10	9.3	10	71	20	58	74	3	4	18	1.11
323582--323680	21	4.8	20	72	16	69	73	4	4	18	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323548--323712	75	2.2	75	78	12	171	72	3	4	20	1.16
323672--323748	23	3.3	23	82	10	86	74	3	3	18	1.13
323663--323746	16	5.5	15	72	14	73	73	3	3	19	1.12
324919--324976	6	9.7	6	86	0	71	3	13	50	32	1.59
325075--325146	22	3.4	22	73	11	87	40	25	15	19	1.90
325053--325145	41	2.3	41	94	0	159	40	23	15	20	1.90
325135--325207	21	3.5	21	71	3	76	34	26	15	24	1.94
325138--325231	41	2.3	41	94	3	163	37	24	18	20	1.94
325162--325235	20	3.7	20	70	3	76	40	22	20	16	1.91
325257--325301	19	2.4	19	100	0	90	35	15	28	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9