genome.fa.s7985.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110430_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2235968

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1062 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2014506--2014541	15	2.4	15	90	0	54	8	66	19	5	1.38
2018483--2019206	149	4.9	148	85	6	931	24	21	34	19	1.97
2018220--2019200	286	3.4	279	82	9	1101	23	21	34	20	1.97
2018220--2019207	435	2.3	427	85	4	1298	23	21	34	20	1.97
2022591--2022631	20	2.0	22	85	9	59	41	0	2	56	1.13
2024674--2024716	11	3.8	11	78	6	50	37	0	2	60	1.10
2024675--2024724	23	2.2	23	81	0	55	38	0	2	60	1.09
2032731--2032881	60	2.5	60	81	6	164	34	22	1	41	1.65
2035505--2035581	39	2.0	39	84	5	102	32	23	12	31	1.92
2036240--2036264	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
2050230--2050258	12	2.5	12	94	5	51	68	6	0	24	1.13
2066361--2066398	20	1.9	20	94	0	67	23	26	10	39	1.87
2070716--2070741	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2078055--2078146	15	6.4	14	73	20	75	69	7	1	21	1.20
2078070--2078147	31	2.5	31	91	2	122	70	7	0	21	1.12
2079656--2079706	22	2.2	24	83	13	63	33	27	23	15	1.95
2079795--2079861	14	4.5	15	71	15	59	38	19	7	34	1.80
2079795--2079931	44	3.1	44	78	8	145	35	18	7	38	1.78
2079807--2079873	14	4.6	14	71	14	55	40	17	5	35	1.75
2081873--2081928	25	2.2	25	78	6	60	58	3	3	33	1.32
2083588--2083624	4	9.2	4	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2087689--2087747	32	1.9	31	82	6	75	35	6	8	49	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087775--2087857	32	2.6	34	77	11	93	33	18	9	38	1.83
2088709--2088769	30	2.0	30	90	0	95	31	9	19	39	1.84
2096017--2096067	13	3.9	13	75	10	59	49	11	15	23	1.78
2099965--2099999	16	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
2109352--2109380	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2111589--2111647	18	3.0	19	65	26	50	35	10	5	49	1.59
2113670--2113819	59	2.5	59	81	1	156	42	3	16	37	1.65
2113770--2113808	19	2.0	19	85	5	51	48	2	10	38	1.51
2116570--2116697	33	3.8	33	96	2	238	43	18	25	12	1.85
2116570--2116697	67	1.9	66	96	1	238	43	18	25	12	1.85
2116697--2116739	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
2116725--2116758	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
2116877--2116913	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2118421--2118600	19	9.8	19	77	14	173	43	22	21	12	1.85
2118421--2118600	33	4.9	38	81	10	173	43	22	21	12	1.85
2119158--2119251	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
2119183--2119313	41	3.2	41	80	4	122	20	19	20	38	1.93
2119240--2119332	20	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
2119240--2119335	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
2133903--2133941	19	2.1	19	90	0	60	33	25	15	25	1.95
2134249--2134291	22	2.0	22	95	0	77	20	41	16	20	1.90
2134676--2134750	20	3.7	20	83	3	78	14	18	22	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134697--2134753	21	2.8	20	86	5	78	10	17	22	49	1.77
2134716--2134760	20	2.2	21	88	4	65	11	15	20	53	1.72
2136341--2136387	21	2.2	21	80	0	58	21	17	31	29	1.96
2136679--2136736	19	3.0	20	85	5	75	13	13	20	51	1.75
2136742--2136809	20	3.4	20	86	8	93	19	19	26	35	1.95
2138240--2138303	20	3.2	20	90	0	101	45	21	20	12	1.84
2138342--2138398	20	2.8	20	89	0	87	31	21	17	29	1.96
2138913--2138949	14	2.6	14	91	4	56	8	18	21	51	1.72
2140011--2140051	20	2.0	20	90	0	64	21	17	31	29	1.96
2140022--2140182	20	7.9	20	70	11	94	24	18	22	34	1.96
2140048--2140122	21	3.6	21	73	10	73	24	16	22	37	1.93
2140037--2140143	41	2.6	41	89	0	160	24	17	23	34	1.96
2141816--2141867	27	2.0	27	88	3	79	32	19	13	34	1.90
2143198--2143240	21	2.1	20	82	4	50	37	0	4	58	1.19
2145788--2145956	28	6.0	28	92	0	257	36	18	16	28	1.93
2151487--2151542	28	2.0	28	92	0	94	37	23	12	26	1.90
2151814--2152102	127	2.3	123	92	3	463	24	24	17	33	1.96
2155292--2155366	36	2.1	36	97	0	141	28	28	17	26	1.98
2156741--2156765	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2162504--2162783	95	2.9	92	80	12	287	41	11	11	35	1.77
2162546--2162783	98	2.4	94	80	13	277	39	10	12	36	1.78
2162596--2162791	101	2.0	98	87	7	279	42	10	11	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162719--2162875	75	2.1	76	87	3	237	43	10	12	33	1.76
2162815--2162996	97	1.9	98	89	3	287	42	11	9	35	1.74
2164835--2164867	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2165039--2165264	124	1.8	124	99	0	445	18	20	12	49	1.79
2167390--2167414	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2175670--2175721	26	2.0	26	85	7	70	46	0	3	50	1.20
2175671--2175733	25	2.6	24	75	22	60	50	0	3	46	1.17
2175848--2175885	20	1.9	20	100	0	76	36	5	28	28	1.79
2177277--2177331	21	2.8	19	76	12	58	63	5	3	27	1.33
2178502--2178538	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2178611--2178687	21	3.7	21	94	0	127	24	22	25	27	2.00
2178690--2178882	21	9.4	21	75	10	159	25	23	20	30	1.98
2178652--2178822	82	2.1	81	93	1	288	25	22	22	29	1.99
2178772--2178882	41	2.7	41	85	2	152	25	24	18	31	1.98
2179111--2179159	22	2.2	22	82	7	55	69	6	6	18	1.31
2179119--2179168	22	2.2	23	82	7	66	62	10	8	20	1.52
2179430--2179481	16	3.1	17	78	13	63	36	0	3	59	1.16
2179637--2179738	21	4.9	21	90	1	152	29	18	27	24	1.98
2179730--2179777	21	2.4	20	86	6	62	27	22	20	29	1.99
2179830--2179866	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2180165--2180206	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2180612--2180688	34	2.3	34	79	2	84	42	7	29	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181360--2181473	24	4.8	24	70	2	86	56	15	14	13	1.68
2181681--2181738	14	4.4	14	77	16	70	65	17	5	12	1.43
2181640--2181741	24	4.2	24	82	0	114	62	16	7	12	1.52
2184053--2184448	197	2.0	197	99	0	783	27	16	20	35	1.94
2201501--2201566	34	1.9	34	96	0	123	30	30	30	9	1.88
2201634--2201757	24	5.2	24	88	5	90	41	20	14	23	1.89
2201651--2201766	24	4.8	24	90	4	171	39	19	15	25	1.91
2201651--2201784	48	2.8	47	85	4	169	41	19	14	24	1.89
2203490--2203562	36	2.0	36	97	0	137	28	20	8	42	1.81
2213515--2213756	120	2.0	120	100	0	484	35	23	12	28	1.91
2217530--2217581	26	2.0	26	100	0	104	34	3	15	46	1.64
2219231--2219260	16	1.9	15	93	6	51	43	13	10	33	1.77
2227227--2227315	43	2.1	43	100	0	178	33	19	15	31	1.93
2230992--2231046	24	2.3	24	96	0	101	32	14	21	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!