genome.fa.s7985.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110430_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2235968

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624033--624123	33	2.8	32	93	3	148	10	19	20	48	1.79
624028--624142	18	6.8	18	73	19	88	10	20	22	46	1.80
624062--624158	19	5.4	18	69	18	69	11	18	25	44	1.83
626060--626095	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
626202--626303	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
626310--626534	33	6.5	33	80	12	188	14	20	18	46	1.84
626332--626534	19	11.4	19	81	16	256	14	20	18	46	1.83
626310--626467	52	2.9	54	79	14	173	15	20	17	46	1.84
626332--626506	52	3.2	52	91	4	269	14	21	17	46	1.83
628814--628838	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
629013--629059	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
629742--630110	20	18.5	20	86	5	451	20	18	26	34	1.96
630738--630769	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
638867--638912	20	2.2	22	88	11	71	60	4	6	28	1.40
641650--641714	19	3.2	19	68	16	58	41	6	12	40	1.67
649025--649080	26	2.2	26	100	0	112	64	3	3	28	1.27
649455--649530	22	3.5	22	83	0	89	39	30	22	7	1.82
650006--650062	21	2.7	21	94	0	96	28	15	26	29	1.96
650051--650103	22	2.4	22	100	0	106	16	18	28	35	1.93
650210--650241	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
650318--650374	22	2.6	22	85	0	87	36	29	14	19	1.91
650365--650433	20	3.5	19	70	16	59	39	20	21	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650357--650502	41	3.6	40	88	8	158	36	21	20	21	1.95
650405--650474	20	3.5	20	74	3	77	38	22	21	17	1.93
650402--650506	21	5.1	21	69	4	88	37	24	19	19	1.94
656532--656584	24	2.2	24	79	0	61	18	35	3	41	1.69
657881--657972	31	2.9	31	84	7	114	38	11	23	26	1.90
671434--671566	29	4.6	29	79	8	121	12	4	51	31	1.60
671434--671566	59	2.3	57	81	8	137	12	4	51	31	1.60
671974--672108	30	4.6	30	80	6	136	12	4	51	31	1.60
674783--674846	19	3.2	20	77	14	62	45	1	0	53	1.10
674759--674845	31	2.8	31	77	10	97	42	1	2	54	1.20
675556--675645	19	4.5	18	72	22	56	51	3	1	44	1.25
675560--675639	31	2.6	30	80	11	90	52	3	1	42	1.27
681974--682078	33	3.2	33	79	1	104	33	26	15	24	1.95
686882--686910	10	2.7	11	94	5	51	24	0	0	75	0.80
690041--690087	20	2.3	20	100	0	94	51	10	0	38	1.37
690428--690493	6	11.0	6	88	6	80	1	65	4	28	1.21
691169--691221	15	3.5	15	86	0	70	13	64	11	11	1.51
698168--698344	59	3.0	60	75	6	153	41	6	21	30	1.79
708342--708393	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
708358--708459	24	4.2	24	81	9	111	44	18	14	22	1.86
709554--709589	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
710021--710057	17	2.1	18	90	5	58	35	13	5	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710909--710980	18	4.3	18	79	16	91	13	19	50	16	1.79
710909--710975	31	2.2	31	94	0	116	14	19	49	16	1.80
710922--710957	13	2.8	13	100	0	72	16	16	50	16	1.79
720900--720939	19	2.1	19	85	0	53	25	2	7	65	1.32
721101--721156	29	1.9	29	96	0	103	46	10	8	33	1.70
724255--724301	19	2.3	20	82	7	60	36	8	6	48	1.59
724919--725130	105	2.0	105	100	0	424	26	20	28	24	1.99
726698--726734	18	2.1	18	89	0	56	43	2	0	54	1.14
727492--727532	18	2.2	19	91	4	66	46	4	7	41	1.53
728970--729131	48	3.4	48	86	1	209	22	17	27	32	1.96
729000--729148	48	3.1	46	85	5	183	21	19	26	32	1.97
729239--729317	34	2.3	34	86	0	113	48	3	22	25	1.68
729587--729620	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
730186--730223	16	2.2	19	86	13	55	44	2	0	52	1.14
731700--731740	11	3.7	11	83	9	57	51	0	0	48	1.00
731703--731740	10	3.4	12	82	17	55	50	0	0	50	1.00
731730--731815	8	10.9	8	71	16	54	54	2	0	43	1.13
731703--731752	21	2.3	21	86	10	66	48	0	0	52	1.00
731715--731773	30	1.9	32	89	6	95	49	0	0	50	1.00
731758--731809	18	2.9	18	94	0	86	57	3	0	38	1.17
731712--731871	83	1.9	83	80	13	188	52	1	0	45	1.13
731756--731823	18	3.5	18	73	23	57	58	2	0	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731861--731948	27	3.3	26	72	15	72	48	1	2	47	1.21
731974--732018	23	2.0	23	81	0	54	51	2	4	42	1.34
732115--732166	20	2.6	19	79	11	59	57	0	0	42	0.98
733816--733957	68	2.1	68	88	2	205	34	10	27	27	1.90
733931--734010	39	2.1	39	97	0	151	37	15	22	25	1.93
746957--746982	6	4.3	6	100	0	52	15	0	50	34	1.45
749914--750032	35	3.3	36	83	6	161	33	5	17	43	1.71
754488--754580	35	2.7	34	83	9	109	33	7	19	39	1.80
754523--754583	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
754515--754634	35	3.3	36	88	6	172	32	5	19	43	1.72
755603--755646	19	2.3	19	96	0	79	18	4	43	34	1.70
756715--756772	31	1.9	30	85	3	80	51	5	0	43	1.24
757087--757144	31	1.9	30	89	6	91	56	6	12	24	1.59
757189--757264	11	7.3	11	69	11	52	44	1	2	51	1.23
757185--757264	31	2.6	31	91	0	133	45	1	2	51	1.22
767952--768068	14	8.2	15	69	18	54	35	17	6	40	1.77
767884--768091	85	2.5	85	93	3	352	33	17	6	42	1.75
771248--772580	181	7.5	182	82	7	1268	27	14	13	45	1.82
771566--771887	163	2.0	163	85	2	432	27	12	12	46	1.78
773050--773075	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
782592--782659	31	2.2	31	91	2	109	69	10	5	14	1.35
783108--783158	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783108--783488	20	18.6	20	77	8	178	39	19	23	18	1.92
783253--783466	83	2.6	83	96	0	383	36	18	26	19	1.94
783212--783466	103	2.5	106	88	3	360	36	18	25	19	1.94
783228--783488	83	3.2	83	88	2	341	38	18	25	18	1.93
783459--783498	20	2.0	20	90	0	62	52	20	17	10	1.72
783575--783638	6	10.7	6	100	0	128	32	50	17	0	1.46
784326--784477	6	25.5	6	99	0	297	0	16	50	32	1.45
784612--784665	20	2.7	20	94	0	90	11	18	18	51	1.74
784632--784722	40	2.3	39	86	1	119	16	17	19	46	1.85
784652--784722	20	3.6	20	96	1	126	16	18	21	43	1.88
785687--785739	22	2.5	22	75	9	56	49	11	5	33	1.62
794147--794183	17	2.2	17	90	4	58	51	8	2	37	1.46
794194--794231	14	2.7	14	80	15	51	68	2	2	26	1.16
794590--794628	20	1.9	21	89	5	62	46	0	0	53	1.00
805798--805992	21	9.5	19	76	12	138	21	18	23	36	1.95
805797--806010	42	5.2	40	82	8	175	21	18	22	37	1.94
805798--806001	61	3.3	62	87	5	254	21	18	23	36	1.95
805827--806007	63	2.9	64	87	4	255	20	17	23	38	1.93
806746--806772	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
806862--806944	21	4.0	21	78	9	80	33	21	20	24	1.97
807412--807456	23	2.0	23	82	8	56	31	4	2	62	1.27
810747--810810	24	2.7	24	85	0	74	21	14	14	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814364--814397	17	2.0	17	94	0	59	47	2	2	47	1.32
814413--814454	16	2.5	17	80	7	50	38	0	11	50	1.40
816074--816100	6	4.5	6	100	0	54	33	33	14	18	1.92
820008--820068	19	3.3	19	73	8	54	59	6	0	34	1.24
824024--824087	30	2.1	31	88	8	96	25	25	0	50	1.50
835602--835629	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
844101--844131	12	2.6	12	94	0	53	80	0	0	19	0.71
844573--844636	2	32.5	2	90	3	103	50	3	0	46	1.17
844702--844741	11	3.5	11	93	3	62	47	5	0	47	1.24
844596--844809	105	2.0	106	99	0	421	43	11	2	42	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9