genome.fa.s8000.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008000.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110457_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1646480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218746--218822	10	8.3	10	68	25	62	55	22	12	9	1.65
218756--218806	22	2.3	22	93	0	84	54	23	13	7	1.65
218740--218816	38	2.0	38	94	0	136	55	23	12	7	1.63
218733--218800	32	2.1	32	86	5	93	57	22	11	8	1.61
218714--218816	38	3.0	32	76	15	116	56	22	11	9	1.64
219918--219944	14	1.9	14	100	0	54	44	29	14	11	1.80
221069--221103	17	2.1	17	89	10	54	54	14	0	31	1.40
221384--221506	32	3.8	32	79	3	131	31	17	13	36	1.89
221387--221522	64	2.1	64	83	2	166	31	16	13	38	1.87
221387--221543	32	4.9	32	78	3	118	33	14	12	39	1.84
221387--221544	64	2.5	64	80	4	156	32	15	12	39	1.85
227600--227667	3	22.7	3	93	0	118	66	0	1	32	1.01
227818--227994	73	2.4	73	96	0	318	31	22	20	25	1.98
227945--228171	45	5.0	45	94	2	391	33	19	22	23	1.97
227945--228171	91	2.5	91	95	1	402	33	19	22	23	1.97
230136--230366	68	3.3	68	89	5	320	29	22	17	30	1.96
230236--230408	75	2.3	75	94	0	310	31	19	17	30	1.95
233593--233622	8	3.8	8	90	0	51	0	23	0	76	0.78
235999--236039	6	6.1	7	86	13	52	58	12	14	14	1.63
236091--236128	15	2.6	15	87	4	51	63	7	15	13	1.51
236207--236289	43	1.9	44	82	2	105	36	22	12	28	1.90
236328--236389	30	2.1	30	90	0	97	17	24	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237658--237693	19	1.9	19	88	5	56	63	0	2	33	1.08
240037--240091	3	18.7	3	88	3	85	67	0	1	30	1.01
240041--240091	26	2.0	26	92	0	84	68	0	1	29	1.00
240438--240498	31	2.0	31	90	0	95	22	21	9	45	1.81
240561--240621	21	3.0	20	77	11	63	55	3	0	40	1.16
240856--240908	28	1.9	27	88	3	79	33	15	43	7	1.74
247422--247485	27	2.4	27	91	0	110	20	12	18	48	1.80
249039--249146	20	5.3	20	74	2	99	37	22	16	24	1.94
249155--249225	20	3.5	20	84	0	97	35	23	12	28	1.92
249217--249308	20	4.6	19	82	11	87	34	23	9	31	1.88
249465--249503	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
250075--250108	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
250232--250287	24	2.3	24	90	0	85	26	16	17	39	1.91
250462--250489	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
252120--252155	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
253042--253191	67	2.2	67	94	2	257	31	26	24	17	1.97
253804--253863	23	2.6	23	97	0	111	18	26	31	23	1.97
260606--260665	23	2.6	23	94	0	102	18	25	31	25	1.97
260606--260673	23	3.0	22	91	4	91	19	23	29	27	1.98
261319--261379	29	2.1	29	84	6	79	32	26	13	27	1.93
261501--261550	25	2.0	25	92	0	82	26	10	22	42	1.84
262800--262852	22	2.5	22	81	6	65	26	7	43	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263031--263100	20	3.5	20	86	0	77	25	15	21	37	1.93
263692--263758	29	2.3	29	92	0	116	19	23	22	34	1.97
264210--264247	14	2.7	14	87	0	58	44	15	7	31	1.75
265533--265584	21	2.5	21	81	3	61	40	17	25	17	1.90
265573--265707	20	6.7	20	78	7	112	33	24	17	25	1.96
265570--265707	61	2.3	61	84	0	186	34	23	16	24	1.95
265875--265918	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
266181--266239	20	3.0	20	89	0	82	16	20	22	40	1.91
266376--266430	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
267559--267603	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
267769--267815	21	2.2	21	84	0	58	23	17	29	29	1.97
268085--268137	20	2.7	20	90	0	79	39	24	20	15	1.91
268140--268197	14	3.9	14	77	16	62	48	22	17	12	1.80
268124--268202	32	2.4	33	93	2	133	46	21	18	12	1.82
268209--268337	19	7.7	18	71	23	111	12	19	21	46	1.82
268231--268321	14	5.9	14	74	20	83	10	17	23	48	1.79
268214--268337	65	1.9	66	96	1	232	12	18	21	47	1.81
268324--268377	20	2.7	20	91	0	81	14	20	24	40	1.90
268214--268337	33	3.8	33	96	2	232	12	18	21	47	1.81
268742--268829	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
270245--270280	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
270383--270420	20	1.9	20	94	0	67	44	23	15	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270492--270539	20	2.4	20	100	0	96	14	22	27	35	1.93
270753--270802	20	2.5	20	76	0	64	24	16	22	38	1.93
270829--270880	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91
271653--271699	24	2.0	24	86	0	67	23	21	21	34	1.97
271881--271917	12	3.1	12	100	0	74	72	0	27	0	0.84
274208--274338	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
274208--274334	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
274209--274341	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
274334--274408	19	4.2	19	75	16	70	14	21	21	42	1.88
274365--274409	19	2.4	19	96	0	81	13	20	20	46	1.83
274516--274552	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
275929--276039	21	5.3	21	67	8	55	21	21	33	23	1.97
275909--276114	42	4.9	41	73	9	164	22	17	36	22	1.95
275939--276114	84	2.1	84	98	0	343	23	17	38	21	1.93
276333--276517	91	2.0	90	90	8	293	47	18	12	22	1.82
278206--278244	20	2.0	20	89	0	60	51	15	20	12	1.76
278229--278255	14	1.9	14	100	0	54	40	22	29	7	1.81
278212--278307	33	2.9	33	82	1	120	42	20	23	12	1.86
278279--278329	19	2.7	19	96	0	93	45	21	21	11	1.84
278325--278390	18	3.5	19	83	4	80	10	16	25	46	1.79
278336--278387	19	2.7	19	88	5	70	11	19	25	44	1.84
278932--279001	21	3.3	21	100	0	140	18	14	20	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279092--279132	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
279721--279858	21	6.7	21	69	6	68	37	24	16	21	1.93
279825--280074	20	12.5	20	84	3	261	37	24	18	19	1.94
280758--280804	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
280979--281003	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
283336--283433	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
283317--283433	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
283510--283564	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
283495--283583	33	2.7	33	98	1	169	46	17	23	12	1.82
283524--283640	52	2.2	52	95	0	207	44	17	21	16	1.87
283647--283746	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
283630--283746	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
283853--283889	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
285815--285949	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
285871--285927	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
285852--285944	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
285815--285949	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
285945--286073	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
285945--286036	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
286117--286590	93	5.1	93	98	0	921	45	18	12	22	1.83
288293--288382	14	5.7	14	74	23	81	41	24	25	8	1.84
288285--288399	33	3.5	33	95	0	203	44	21	24	9	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288292--288404	19	6.8	18	72	23	88	42	23	24	9	1.84
288416--288469	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
288400--288480	33	2.5	33	93	0	135	7	23	22	46	1.76
288456--288533	41	1.9	41	94	0	138	11	26	16	44	1.82
288457--288532	21	3.7	21	82	3	100	10	26	17	46	1.80
288612--288682	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
288837--288891	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
289014--289095	40	2.1	40	81	6	96	23	15	23	37	1.93
289037--289229	20	9.6	20	83	3	219	19	20	25	35	1.96
289216--289298	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9